More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0291 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0291  alanine racemase  100 
 
 		 367 aa  751    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.397925  normal  0.910588 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0354  transcriptional regulator, LacI family  72.43 
 
 		 342 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.152547 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0386  transcriptional regulator, LacI family  72.27 
 
 		 341 aa  513  1e-144  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.80121  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0783  transcriptional regulator repressor  62.87 
 
 		 342 aa  436  1e-121  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3308  LacI family transcription regulator  46.65 
 
 		 346 aa  288  9e-77  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.608255  normal  0.781204 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2854  LacI family transcription regulator  44.31 
 
 		 391 aa  280  2e-74  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5490  transcriptional regulator, LacI family  45.32 
 
 		 337 aa  280  3e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.932078  normal  0.122051 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0302  sugar-binding protein, putative  46.53 
 
 		 338 aa  273  5.000000000000001e-72  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.110668  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0278  putative sugar-binding protein  46.53 
 
 		 338 aa  273  5.000000000000001e-72  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.396781  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2939  alanine racemase  45.22 
 
 		 340 aa  271  1e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1945  LacI family transcription regulator  44.22 
 
 		 344 aa  270  2e-71  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1653  HTH-type transcriptional regulator  45.29 
 
 		 354 aa  268  1e-70  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.117705  hitchhiker  0.0000123229 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3813  alanine racemase  46.36 
 
 		 340 aa  259  5.0000000000000005e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3699  LacI family transcription regulator  39.06 
 
 		 344 aa  218  1e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4172  LacI family transcription regulator  40.85 
 
 		 344 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0578357  normal  0.922561 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1871  raffinose repressor, putative  39.18 
 
 		 336 aa  211  2e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0737  transcriptional regulator RafR, putative  39.25 
 
 		 338 aa  211  2e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0713  putative raffinose repressor  39.25 
 
 		 338 aa  209  6e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1009  putative raffinose repressor  39.25 
 
 		 338 aa  209  6e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1982  putative raffinose repressor  39.25 
 
 		 338 aa  209  6e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0673  transcriptional regulator, LacI family  35.99 
 
 		 382 aa  209  6e-53  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.208846  normal  0.309345 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4095  LacI family transcription regulator  39.51 
 
 		 342 aa  209  7e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.765515  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4271  LacI family transcription regulator  39.51 
 
 		 342 aa  209  7e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.94658  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3246  LacI family transcription regulator  38.89 
 
 		 342 aa  208  1e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.759172  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0824  transcriptional regulator RafR, putative  38.94 
 
 		 338 aa  208  1e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0467  putative raffinose repressor  38.87 
 
 		 336 aa  206  7e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2621  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.71 
 
 		 342 aa  205  1e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.59427  normal  0.708084 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2103  LacI family regulatory protein  38.56 
 
 		 336 aa  204  3e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0224  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.69 
 
 		 339 aa  202  9e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.770893  normal  0.229032 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6046  LacI family transcription regulator  37.62 
 
 		 338 aa  199  7.999999999999999e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000000234203  hitchhiker  0.00000507453 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0524  alanine racemase  37.43 
 
 		 339 aa  185  9e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.287125 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7709  LacI family transcription regulator  33.53 
 
 		 337 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0663  transcriptional regulator, LacI family  32.94 
 
 		 338 aa  177  2e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1332  transcriptional regulator, LacI family  34.99 
 
 		 341 aa  177  3e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1277  LacI family transcription regulator  35.78 
 
 		 344 aa  173  3.9999999999999995e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0780915  normal  0.320448 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5384  transcriptional regulator, LacI family  35.93 
 
 		 336 aa  173  5.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1282  LacI family transcription regulator  34.9 
 
 		 352 aa  167  2.9999999999999998e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000725073  normal  0.939834 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4078  LacI family transcription regulator  34.23 
 
 		 331 aa  166  5e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  31.75 
 
 		 333 aa  165  1.0000000000000001e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2491  LacI family transcription regulator  31.53 
 
 		 338 aa  165  1.0000000000000001e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.934393  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2393  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  31.53 
 
 		 338 aa  165  1.0000000000000001e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  7.93999e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0848  transcriptional regulator, LacI family  32.25 
 
 		 334 aa  163  5.0000000000000005e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.985148  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2204  transcriptional regulator, LacI family  31.86 
 
 		 337 aa  163  5.0000000000000005e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3379  HTH-type transcriptional regulator RafR  32.74 
 
 		 336 aa  162  9e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3113  HTH-type transcriptional regulator RafR  32.44 
 
 		 336 aa  160  3e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.021598 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0297  LacI family transcription regulator  32.56 
 
 		 340 aa  160  3e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0634  transcriptional regulator, LacI family  32.84 
 
 		 334 aa  159  5e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0275  transcriptional regulator, LacI family  35.78 
 
 		 339 aa  160  5e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.555598 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2659  transcriptional regulator, LacI family  33.62 
 
 		 340 aa  159  8e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  30.88 
 
 		 342 aa  157  2e-37  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00410  transcriptional regulator, LacI family  30.29 
 
 		 337 aa  157  2e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1725  transcriptional regulator, LacI family  30.21 
 
 		 338 aa  156  5.0000000000000005e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2268  transcriptional regulator, LacI family  32.56 
 
 		 339 aa  154  2e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.580288  hitchhiker  0.000512159 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  30.92 
 
 		 335 aa  153  4e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2870  transcriptional regulator, LacI family  32.75 
 
 		 342 aa  153  5e-36  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  32.19 
 
 		 342 aa  153  5e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2762  alanine racemase  32.34 
 
 		 356 aa  153  5e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4919  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.92 
 
 		 349 aa  152  5.9999999999999996e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.35548 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.67 
 
 		 336 aa  152  7e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2788  transcriptional regulator, LacI family  30.7 
 
 		 339 aa  150  2e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1515  transcriptional regulator, LacI family  29.48 
 
 		 339 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1798  LacI family transcription regulator  31.44 
 
 		 473 aa  149  1.0000000000000001e-34  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.651793 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0938  LacI family transcription regulator  29.25 
 
 		 340 aa  147  3e-34  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0104625  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3896  LacI family transcription regulator  30.84 
 
 		 339 aa  147  4.0000000000000006e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7146  transcriptional regulator, LacI family  33.14 
 
 		 439 aa  146  5e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1730  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.64 
 
 		 353 aa  146  7.0000000000000006e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0821566  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2575  transcriptional regulator, LacI family  27.57 
 
 		 340 aa  145  9e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000166441  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5394  transcriptional regulator LacI family  33.63 
 
 		 345 aa  145  1e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00772538  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5998  transcriptional regulator, LacI family  32.84 
 
 		 345 aa  145  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.229009  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2099  transcriptional regulator, LacI family  30.73 
 
 		 346 aa  145  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.116566 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  32.46 
 
 		 353 aa  144  2e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6569  transcriptional regulator, LacI family  32.05 
 
 		 347 aa  145  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0434919  normal  0.571175 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1789  transcriptional regulator, LacI family  31.53 
 
 		 343 aa  144  3e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3179  transcriptional regulator, LacI family  32.02 
 
 		 355 aa  143  4e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.588941  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04250  transcriptional regulator, LacI family  29.41 
 
 		 337 aa  141  9.999999999999999e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.335349  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2691  LacI family transcription regulator  30.23 
 
 		 335 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.07 
 
 		 335 aa  141  1.9999999999999998e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0134  LacI family transcription regulator  30.98 
 
 		 343 aa  141  1.9999999999999998e-32  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  29.89 
 
 		 341 aa  140  3e-32  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3030  transcriptional regulator, LacI family  34.2 
 
 		 342 aa  139  6e-32  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2338  transcriptional regulator, LacI family  31.34 
 
 		 347 aa  139  6e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.342005  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0582  alanine racemase  31.11 
 
 		 337 aa  139  7.999999999999999e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000548778  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3227  LacI family transcription regulator  30.12 
 
 		 362 aa  139  1e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0449  catabolite control protein A  29.41 
 
 		 332 aa  138  1e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.486602 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  28.78 
 
 		 335 aa  137  2e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5761  transcriptional regulator, LacI family  33.04 
 
 		 363 aa  138  2e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.230872  normal  0.079116 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.64 
 
 		 336 aa  137  2e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6153  transcriptional regulator, LacI family  30.86 
 
 		 347 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.312144  hitchhiker  0.000597888 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15580  transcriptional regulator, LacI family  30 
 
 		 336 aa  137  3.0000000000000003e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2742  DNA-binding transcriptional regulator CytR  28.61 
 
 		 335 aa  137  3.0000000000000003e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4790  catabolite control protein A  29.41 
 
 		 332 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  30.92 
 
 		 341 aa  136  4e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  30.92 
 
 		 341 aa  136  4e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.92 
 
 		 343 aa  137  4e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.92 
 
 		 341 aa  136  4e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  30.92 
 
 		 341 aa  136  4e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.92 
 
 		 341 aa  136  4e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.92 
 
 		 343 aa  137  4e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.92 
 
 		 341 aa  136  4e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0116  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.7 
 
 		 356 aa  136  5e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>