More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2621 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_2621  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  100 
 
 		 342 aa  694    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.59427  normal  0.708084 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3813  alanine racemase  41.94 
 
 		 340 aa  233  4.0000000000000004e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2939  alanine racemase  37.54 
 
 		 340 aa  221  9.999999999999999e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0302  sugar-binding protein, putative  36.44 
 
 		 338 aa  215  9e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.110668  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0278  putative sugar-binding protein  36.44 
 
 		 338 aa  215  9e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.396781  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0783  transcriptional regulator repressor  37.79 
 
 		 342 aa  205  8e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0291  alanine racemase  39.71 
 
 		 367 aa  205  1e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.397925  normal  0.910588 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5490  transcriptional regulator, LacI family  35.29 
 
 		 337 aa  200  3e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.932078  normal  0.122051 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0386  transcriptional regulator, LacI family  37.24 
 
 		 341 aa  199  6e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.80121  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0354  transcriptional regulator, LacI family  37.43 
 
 		 342 aa  196  3e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.152547 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3308  LacI family transcription regulator  37.61 
 
 		 346 aa  196  6e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.608255  normal  0.781204 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1653  HTH-type transcriptional regulator  35.28 
 
 		 354 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.117705  hitchhiker  0.0000123229 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2854  LacI family transcription regulator  34.3 
 
 		 391 aa  176  7e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1871  raffinose repressor, putative  36.79 
 
 		 336 aa  168  1e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0673  transcriptional regulator, LacI family  33.24 
 
 		 382 aa  168  1e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.208846  normal  0.309345 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3699  LacI family transcription regulator  34.5 
 
 		 344 aa  161  1e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4172  LacI family transcription regulator  34.5 
 
 		 344 aa  161  2e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0578357  normal  0.922561 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0467  putative raffinose repressor  35.71 
 
 		 336 aa  161  2e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0713  putative raffinose repressor  35.71 
 
 		 338 aa  161  2e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1009  putative raffinose repressor  35.71 
 
 		 338 aa  161  2e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0737  transcriptional regulator RafR, putative  35.71 
 
 		 338 aa  160  2e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1982  putative raffinose repressor  35.71 
 
 		 338 aa  161  2e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0824  transcriptional regulator RafR, putative  35.71 
 
 		 338 aa  159  5e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2103  LacI family regulatory protein  35.36 
 
 		 336 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4095  LacI family transcription regulator  34.78 
 
 		 342 aa  158  2e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.765515  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4271  LacI family transcription regulator  34.78 
 
 		 342 aa  158  2e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.94658  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3246  LacI family transcription regulator  35.14 
 
 		 342 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.759172  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1945  LacI family transcription regulator  31.01 
 
 		 344 aa  154  2e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1282  LacI family transcription regulator  33.14 
 
 		 352 aa  154  2.9999999999999998e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000725073  normal  0.939834 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  30.06 
 
 		 333 aa  154  2.9999999999999998e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6046  LacI family transcription regulator  33.14 
 
 		 338 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000000234203  hitchhiker  0.00000507453 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0224  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.32 
 
 		 339 aa  149  5e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.770893  normal  0.229032 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2371  LacI family transcription regulator  29.65 
 
 		 337 aa  149  9e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0453022  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5384  transcriptional regulator, LacI family  31.16 
 
 		 336 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7709  LacI family transcription regulator  30.47 
 
 		 337 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1685  transcriptional regulator, LacI family  31.67 
 
 		 337 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  33.13 
 
 		 353 aa  146  5e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2268  transcriptional regulator, LacI family  30.86 
 
 		 339 aa  144  2e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.580288  hitchhiker  0.000512159 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  31.76 
 
 		 337 aa  144  2e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1725  transcriptional regulator, LacI family  32.26 
 
 		 338 aa  143  4e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2697  LacI family transcription regulator  32.65 
 
 		 339 aa  142  7e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0956022  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0848  transcriptional regulator, LacI family  30.32 
 
 		 334 aa  142  9.999999999999999e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.985148  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3179  transcriptional regulator, LacI family  32.16 
 
 		 355 aa  140  1.9999999999999998e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.588941  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.29 
 
 		 336 aa  140  3.9999999999999997e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2870  transcriptional regulator, LacI family  31.59 
 
 		 342 aa  140  3.9999999999999997e-32  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3623  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.38 
 
 		 335 aa  139  7e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.487296  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1332  transcriptional regulator, LacI family  32.84 
 
 		 341 aa  139  7.999999999999999e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0275  transcriptional regulator, LacI family  34.91 
 
 		 339 aa  139  7.999999999999999e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.555598 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0634  transcriptional regulator, LacI family  30.03 
 
 		 334 aa  137  2e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1769  LacI family transcription regulator  29.33 
 
 		 339 aa  138  2e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  30.68 
 
 		 348 aa  137  3.0000000000000003e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0663  transcriptional regulator, LacI family  29.39 
 
 		 338 aa  136  4e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00429  transcriptional repressor, LacI family protein  29.24 
 
 		 334 aa  136  5e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0416  LacI family transcription regulator  30.79 
 
 		 349 aa  135  8e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.339437  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0297  LacI family transcription regulator  29.57 
 
 		 340 aa  134  1.9999999999999998e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2691  LacI family transcription regulator  29.02 
 
 		 335 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0512  LacI family transcription regulator  31.47 
 
 		 336 aa  133  3.9999999999999996e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2762  alanine racemase  29.08 
 
 		 356 aa  133  5e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0506  LacI family transcription regulator  28.49 
 
 		 332 aa  132  6e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.549777  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1875  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.92 
 
 		 331 aa  132  1.0000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.398277  normal  0.10708 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  26.71 
 
 		 341 aa  131  2.0000000000000002e-29  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0938  LacI family transcription regulator  32.05 
 
 		 340 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0104625  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6569  transcriptional regulator, LacI family  32.03 
 
 		 347 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0434919  normal  0.571175 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6244  transcriptional regulator, LacI family  31.3 
 
 		 358 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7146  transcriptional regulator, LacI family  30.09 
 
 		 439 aa  129  6e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5998  transcriptional regulator, LacI family  30.38 
 
 		 345 aa  129  8.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.229009  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0282  LacI family transcriptional regulator  33.24 
 
 		 342 aa  128  1.0000000000000001e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.727359 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.11 
 
 		 330 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2863  putative catabolite control protein A  29.97 
 
 		 332 aa  129  1.0000000000000001e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.953072  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2548  catabolite control protein A, putative  29.97 
 
 		 332 aa  129  1.0000000000000001e-28  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6153  transcriptional regulator, LacI family  31.37 
 
 		 347 aa  127  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.312144  hitchhiker  0.000597888 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0524  alanine racemase  32.65 
 
 		 339 aa  127  3e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.287125 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5394  transcriptional regulator LacI family  30.25 
 
 		 345 aa  127  3e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00772538  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18230  transcriptional regulator, LacI family  28.82 
 
 		 386 aa  126  4.0000000000000003e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1790  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.36 
 
 		 337 aa  126  5e-28  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00351385  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0755  LacI family transcription regulator  33.55 
 
 		 357 aa  126  6e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2711  alanine racemase  28.27 
 
 		 342 aa  126  6e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000872573  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  28.11 
 
 		 335 aa  125  9e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3113  HTH-type transcriptional regulator RafR  32.85 
 
 		 336 aa  125  1e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.021598 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2204  transcriptional regulator, LacI family  28.62 
 
 		 337 aa  124  2e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3970  LacI family transcription regulator  33.8 
 
 		 348 aa  125  2e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.149546 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3379  HTH-type transcriptional regulator RafR  32.49 
 
 		 336 aa  124  2e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.43 
 
 		 339 aa  124  2e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  29.94 
 
 		 340 aa  124  3e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0418  alanine racemase  29.53 
 
 		 338 aa  124  3e-27  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.923997  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2393  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  29.64 
 
 		 338 aa  124  3e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  7.93999e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2491  LacI family transcription regulator  29.64 
 
 		 338 aa  124  3e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.934393  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  30.75 
 
 		 346 aa  123  4e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  31.09 
 
 		 347 aa  122  7e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  30.46 
 
 		 340 aa  122  9e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2575  transcriptional regulator, LacI family  27.19 
 
 		 340 aa  122  9e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000166441  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0768  LacI family transcription regulator  29.36 
 
 		 332 aa  122  9.999999999999999e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0915061  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  30.59 
 
 		 337 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  29.94 
 
 		 340 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06900  transcriptional regulator, LacI family  30.09 
 
 		 339 aa  121  9.999999999999999e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.03 
 
 		 336 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  29.55 
 
 		 342 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2445  LacI family transcription regulator  31.21 
 
 		 337 aa  121  1.9999999999999998e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.609487  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0274  alanine racemase  30.14 
 
 		 340 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3394  transcriptional regulator  30.65 
 
 		 361 aa  120  1.9999999999999998e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.330741 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>