More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3308 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3308  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 346 aa  710    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.608255  normal  0.781204 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1653  HTH-type transcriptional regulator  59.76 
 
 		 354 aa  429  1e-119  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.117705  hitchhiker  0.0000123229 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1945  LacI family transcription regulator  58.43 
 
 		 344 aa  399  9.999999999999999e-111  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2854  LacI family transcription regulator  54.07 
 
 		 391 aa  374  1e-102  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0291  alanine racemase  46.65 
 
 		 367 aa  288  8e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.397925  normal  0.910588 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0783  transcriptional regulator repressor  43.73 
 
 		 342 aa  276  6e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2939  alanine racemase  43.6 
 
 		 340 aa  268  7e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0386  transcriptional regulator, LacI family  43.4 
 
 		 341 aa  268  7e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.80121  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0354  transcriptional regulator, LacI family  43.73 
 
 		 342 aa  267  2e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.152547 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0302  sugar-binding protein, putative  41.69 
 
 		 338 aa  263  4.999999999999999e-69  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.110668  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0278  putative sugar-binding protein  41.69 
 
 		 338 aa  263  4.999999999999999e-69  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.396781  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3813  alanine racemase  43.86 
 
 		 340 aa  256  4e-67  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5490  transcriptional regulator, LacI family  40.52 
 
 		 337 aa  253  3e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.932078  normal  0.122051 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1871  raffinose repressor, putative  40.68 
 
 		 336 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2103  LacI family regulatory protein  39.59 
 
 		 336 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0824  transcriptional regulator RafR, putative  39.3 
 
 		 338 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0467  putative raffinose repressor  39.59 
 
 		 336 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0737  transcriptional regulator RafR, putative  39.3 
 
 		 338 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7709  LacI family transcription regulator  35.29 
 
 		 337 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0713  putative raffinose repressor  39.3 
 
 		 338 aa  212  7.999999999999999e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1009  putative raffinose repressor  39.3 
 
 		 338 aa  212  7.999999999999999e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1982  putative raffinose repressor  39.3 
 
 		 338 aa  212  7.999999999999999e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0224  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.98 
 
 		 339 aa  208  9e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.770893  normal  0.229032 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6046  LacI family transcription regulator  37.57 
 
 		 338 aa  208  1e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000000234203  hitchhiker  0.00000507453 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3699  LacI family transcription regulator  40.07 
 
 		 344 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2621  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.61 
 
 		 342 aa  196  6e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.59427  normal  0.708084 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4172  LacI family transcription regulator  39.35 
 
 		 344 aa  194  2e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0578357  normal  0.922561 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3246  LacI family transcription regulator  36.68 
 
 		 342 aa  192  9e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.759172  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4095  LacI family transcription regulator  36.05 
 
 		 342 aa  192  1e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.765515  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4271  LacI family transcription regulator  36.05 
 
 		 342 aa  192  1e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.94658  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0673  transcriptional regulator, LacI family  33.53 
 
 		 382 aa  189  5e-47  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.208846  normal  0.309345 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  36.48 
 
 		 353 aa  177  3e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0663  transcriptional regulator, LacI family  29.88 
 
 		 338 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04250  transcriptional regulator, LacI family  30.18 
 
 		 337 aa  168  1e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.335349  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0848  transcriptional regulator, LacI family  30.81 
 
 		 334 aa  166  4e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.985148  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1332  transcriptional regulator, LacI family  33.53 
 
 		 341 aa  165  1.0000000000000001e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2870  transcriptional regulator, LacI family  32.95 
 
 		 342 aa  163  4.0000000000000004e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0634  transcriptional regulator, LacI family  31.4 
 
 		 334 aa  162  8.000000000000001e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  32.05 
 
 		 333 aa  162  1e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2204  transcriptional regulator, LacI family  28.93 
 
 		 337 aa  160  2e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2491  LacI family transcription regulator  32.16 
 
 		 338 aa  160  3e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.934393  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2393  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  32.16 
 
 		 338 aa  160  3e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  7.93999e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2659  transcriptional regulator, LacI family  34.29 
 
 		 340 aa  155  8e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  29.12 
 
 		 341 aa  155  1e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0582  alanine racemase  31.23 
 
 		 337 aa  154  2e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000548778  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1282  LacI family transcription regulator  32.26 
 
 		 352 aa  154  2e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000725073  normal  0.939834 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0297  LacI family transcription regulator  30.41 
 
 		 340 aa  154  2e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00410  transcriptional regulator, LacI family  28.53 
 
 		 337 aa  152  1e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.85 
 
 		 336 aa  151  2e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5384  transcriptional regulator, LacI family  35.22 
 
 		 336 aa  150  4e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3113  HTH-type transcriptional regulator RafR  32.17 
 
 		 336 aa  149  9e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.021598 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3379  HTH-type transcriptional regulator RafR  32.17 
 
 		 336 aa  148  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1725  transcriptional regulator, LacI family  29.71 
 
 		 338 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2697  LacI family transcription regulator  30.64 
 
 		 339 aa  147  2.0000000000000003e-34  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0956022  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1515  transcriptional regulator, LacI family  28.09 
 
 		 339 aa  147  3e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0524  alanine racemase  33.04 
 
 		 339 aa  146  4.0000000000000006e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.287125 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3896  LacI family transcription regulator  30.81 
 
 		 339 aa  145  7.0000000000000006e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0275  transcriptional regulator, LacI family  35.1 
 
 		 339 aa  145  9e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.555598 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7146  transcriptional regulator, LacI family  30.48 
 
 		 439 aa  144  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  29.5 
 
 		 335 aa  144  2e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4919  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.38 
 
 		 349 aa  144  2e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.35548 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2268  transcriptional regulator, LacI family  30.53 
 
 		 339 aa  143  3e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.580288  hitchhiker  0.000512159 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0699  transcriptional regulator, LacI family  28.09 
 
 		 341 aa  144  3e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4078  LacI family transcription regulator  34.53 
 
 		 331 aa  144  3e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5998  transcriptional regulator, LacI family  30.48 
 
 		 345 aa  142  7e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.229009  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.97 
 
 		 330 aa  142  9.999999999999999e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5394  transcriptional regulator LacI family  30.82 
 
 		 345 aa  141  1.9999999999999998e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00772538  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2788  transcriptional regulator, LacI family  30 
 
 		 339 aa  140  3e-32  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3304  LacI family transcription regulator  30.89 
 
 		 335 aa  139  8.999999999999999e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.547709 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5149  transcriptional regulator, LacI family  33.72 
 
 		 346 aa  138  2e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2398  LacI family transcription regulator  29.48 
 
 		 368 aa  138  2e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2575  transcriptional regulator, LacI family  28.01 
 
 		 340 aa  137  3.0000000000000003e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000166441  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0938  LacI family transcription regulator  29.34 
 
 		 340 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0104625  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6153  transcriptional regulator, LacI family  29.75 
 
 		 347 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.312144  hitchhiker  0.000597888 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.86 
 
 		 337 aa  137  4e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0512  LacI family transcription regulator  29.45 
 
 		 336 aa  136  5e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5761  transcriptional regulator, LacI family  31.66 
 
 		 363 aa  136  5e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.230872  normal  0.079116 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  28.57 
 
 		 342 aa  135  9.999999999999999e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0210  LacI family transcription regulator  27 
 
 		 353 aa  135  9.999999999999999e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000000188149  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6569  transcriptional regulator, LacI family  29.75 
 
 		 347 aa  134  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0434919  normal  0.571175 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0459  LacI family transcription regulator  28.62 
 
 		 340 aa  134  3e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0262  LacI family transcription regulator  29.91 
 
 		 344 aa  134  3e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2594  transcriptional regulator, LacI family  29.09 
 
 		 339 aa  133  3.9999999999999996e-30  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1434  transcriptional regulator, LacI family  34.94 
 
 		 338 aa  133  3.9999999999999996e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4424  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.82 
 
 		 341 aa  133  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4310  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.82 
 
 		 341 aa  133  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4340  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.82 
 
 		 341 aa  133  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.302828  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4426  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.82 
 
 		 341 aa  133  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1510  LacI family transcription regulator  29.41 
 
 		 348 aa  133  5e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00014462 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4494  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.82 
 
 		 341 aa  133  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0768  LacI family transcription regulator  30.5 
 
 		 332 aa  132  6e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0915061  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1277  LacI family transcription regulator  31.67 
 
 		 344 aa  132  6.999999999999999e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0780915  normal  0.320448 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3179  transcriptional regulator, LacI family  31.96 
 
 		 355 aa  132  1.0000000000000001e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.588941  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0402  transcriptional regulator, LacI family  27.86 
 
 		 339 aa  132  1.0000000000000001e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000159796  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3700  LacI family transcription regulator  29.12 
 
 		 349 aa  132  1.0000000000000001e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000000696494  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  30.47 
 
 		 334 aa  131  1.0000000000000001e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1561  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.71 
 
 		 348 aa  130  3e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.63047 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1685  transcriptional regulator, LacI family  29.43 
 
 		 337 aa  130  5.0000000000000004e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0506  LacI family transcription regulator  29.2 
 
 		 332 aa  129  6e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.549777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2711  alanine racemase  25.32 
 
 		 342 aa  129  6e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000872573  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>