More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1653 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1653  HTH-type transcriptional regulator  100 
 
 		 354 aa  723    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.117705  hitchhiker  0.0000123229 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3308  LacI family transcription regulator  59.76 
 
 		 346 aa  429  1e-119  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.608255  normal  0.781204 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1945  LacI family transcription regulator  58.6 
 
 		 344 aa  394  1e-108  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2854  LacI family transcription regulator  53.78 
 
 		 391 aa  364  1e-99  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5490  transcriptional regulator, LacI family  45.16 
 
 		 337 aa  275  7e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.932078  normal  0.122051 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2939  alanine racemase  44.67 
 
 		 340 aa  274  2.0000000000000002e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0386  transcriptional regulator, LacI family  45.72 
 
 		 341 aa  273  2.0000000000000002e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.80121  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0302  sugar-binding protein, putative  44.08 
 
 		 338 aa  271  1e-71  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.110668  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0278  putative sugar-binding protein  44.08 
 
 		 338 aa  271  1e-71  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.396781  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0354  transcriptional regulator, LacI family  44.67 
 
 		 342 aa  268  1e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.152547 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0291  alanine racemase  45.29 
 
 		 367 aa  268  1e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.397925  normal  0.910588 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0783  transcriptional regulator repressor  44.12 
 
 		 342 aa  267  2.9999999999999995e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3813  alanine racemase  45.16 
 
 		 340 aa  265  7e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0224  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.23 
 
 		 339 aa  228  1e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.770893  normal  0.229032 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0737  transcriptional regulator RafR, putative  38.42 
 
 		 338 aa  219  6e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0467  putative raffinose repressor  38.42 
 
 		 336 aa  218  1e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1871  raffinose repressor, putative  39.3 
 
 		 336 aa  218  1e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2103  LacI family regulatory protein  38.42 
 
 		 336 aa  217  2e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0824  transcriptional regulator RafR, putative  38.12 
 
 		 338 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0713  putative raffinose repressor  38.12 
 
 		 338 aa  216  5e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1009  putative raffinose repressor  38.12 
 
 		 338 aa  216  5e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1982  putative raffinose repressor  38.12 
 
 		 338 aa  216  5e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3699  LacI family transcription regulator  41.84 
 
 		 344 aa  211  2e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4172  LacI family transcription regulator  41.13 
 
 		 344 aa  209  6e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0578357  normal  0.922561 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6046  LacI family transcription regulator  40.19 
 
 		 338 aa  208  9e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000000234203  hitchhiker  0.00000507453 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4095  LacI family transcription regulator  38.42 
 
 		 342 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.765515  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4271  LacI family transcription regulator  38.42 
 
 		 342 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.94658  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3246  LacI family transcription regulator  38.71 
 
 		 342 aa  206  4e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.759172  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7709  LacI family transcription regulator  35.26 
 
 		 337 aa  199  7.999999999999999e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0673  transcriptional regulator, LacI family  34.01 
 
 		 382 aa  187  2e-46  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.208846  normal  0.309345 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2621  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.28 
 
 		 342 aa  184  3e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.59427  normal  0.708084 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0663  transcriptional regulator, LacI family  30.28 
 
 		 338 aa  175  9.999999999999999e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2204  transcriptional regulator, LacI family  30.5 
 
 		 337 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.13 
 
 		 336 aa  172  7.999999999999999e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1282  LacI family transcription regulator  32.76 
 
 		 352 aa  172  1e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000725073  normal  0.939834 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2870  transcriptional regulator, LacI family  33.53 
 
 		 342 aa  170  4e-41  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  33.65 
 
 		 333 aa  169  7e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0297  LacI family transcription regulator  32.46 
 
 		 340 aa  167  2.9999999999999998e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1332  transcriptional regulator, LacI family  33.24 
 
 		 341 aa  166  8e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0582  alanine racemase  32.71 
 
 		 337 aa  162  9e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000548778  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1515  transcriptional regulator, LacI family  30.5 
 
 		 339 aa  160  3e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0699  transcriptional regulator, LacI family  31.1 
 
 		 341 aa  160  4e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5384  transcriptional regulator, LacI family  36.06 
 
 		 336 aa  159  6e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2491  LacI family transcription regulator  31.36 
 
 		 338 aa  157  2e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.934393  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2393  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  31.36 
 
 		 338 aa  157  2e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  7.93999e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2659  transcriptional regulator, LacI family  32.94 
 
 		 340 aa  156  6e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1725  transcriptional regulator, LacI family  32.74 
 
 		 338 aa  155  1e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3113  HTH-type transcriptional regulator RafR  32.65 
 
 		 336 aa  154  2e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.021598 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3379  HTH-type transcriptional regulator RafR  32.65 
 
 		 336 aa  154  2e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  33.33 
 
 		 348 aa  153  4e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  31.47 
 
 		 335 aa  153  4e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0634  transcriptional regulator, LacI family  32.07 
 
 		 334 aa  153  5e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0848  transcriptional regulator, LacI family  31.47 
 
 		 334 aa  152  7e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.985148  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4078  LacI family transcription regulator  31.47 
 
 		 331 aa  148  1.0000000000000001e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00410  transcriptional regulator, LacI family  30.99 
 
 		 337 aa  149  1.0000000000000001e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04250  transcriptional regulator, LacI family  29.09 
 
 		 337 aa  147  2.0000000000000003e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.335349  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1344  transcriptional regulator, LacI family  32.12 
 
 		 365 aa  146  5e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5998  transcriptional regulator, LacI family  31.87 
 
 		 345 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.229009  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  34.15 
 
 		 338 aa  145  1e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1376  alanine racemase  33.33 
 
 		 339 aa  145  1e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3838  LacI family transcription regulator  27.5 
 
 		 343 aa  144  2e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.46 
 
 		 330 aa  145  2e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2711  alanine racemase  27.41 
 
 		 342 aa  143  4e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000872573  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2762  alanine racemase  30.33 
 
 		 356 aa  143  4e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0926  putative transcriptional regulator  32.58 
 
 		 339 aa  143  4e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.133438  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  33.74 
 
 		 338 aa  143  5e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7146  transcriptional regulator, LacI family  31.49 
 
 		 439 aa  143  5e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0524  alanine racemase  33.23 
 
 		 339 aa  143  5e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.287125 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0984  transcriptional regulator, putative  32.58 
 
 		 339 aa  142  6e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.879842  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4919  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.38 
 
 		 349 aa  143  6e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.35548 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4061  maltose operon transcriptional repressor  27.19 
 
 		 343 aa  142  7e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4134  maltose operon transcriptional repressor  27.19 
 
 		 340 aa  142  7e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2398  LacI family transcription regulator  30.14 
 
 		 368 aa  142  7e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  32.37 
 
 		 353 aa  142  7e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3751  maltose operon transcriptional repressor  27.19 
 
 		 343 aa  142  8e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3919  maltose operon transcriptional repressor  27.19 
 
 		 343 aa  142  9e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4226  maltose operon transcriptional repressor  27.19 
 
 		 343 aa  142  9e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4028  maltose operon transcriptional repressor  27.19 
 
 		 343 aa  142  9e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3767  maltose operon transcriptional repressor  27.19 
 
 		 343 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1277  LacI family transcription regulator  33.55 
 
 		 344 aa  141  1.9999999999999998e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0780915  normal  0.320448 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  30.97 
 
 		 339 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0275  transcriptional regulator, LacI family  33.33 
 
 		 339 aa  141  1.9999999999999998e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.555598 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0402  transcriptional regulator, LacI family  29.11 
 
 		 339 aa  141  1.9999999999999998e-32  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000159796  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2575  transcriptional regulator, LacI family  27.07 
 
 		 340 aa  141  1.9999999999999998e-32  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000166441  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4116  maltose operon transcriptional repressor  26.88 
 
 		 340 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.271073  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1434  transcriptional regulator, LacI family  33.97 
 
 		 338 aa  140  1.9999999999999998e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  30.7 
 
 		 341 aa  140  3e-32  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1123  maltose operon transcriptional repressor  26.56 
 
 		 343 aa  139  4.999999999999999e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09530  transcriptional regulator, LacI family  28.27 
 
 		 340 aa  140  4.999999999999999e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00123183  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2268  transcriptional regulator, LacI family  30.91 
 
 		 339 aa  138  2e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.580288  hitchhiker  0.000512159 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2594  transcriptional regulator, LacI family  31.86 
 
 		 339 aa  138  2e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0420  LacI family transcription regulator  28.36 
 
 		 330 aa  137  3.0000000000000003e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.130171  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19800  transcriptional regulator, LacI family  31.86 
 
 		 336 aa  136  5e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5394  transcriptional regulator LacI family  30.21 
 
 		 345 aa  135  7.000000000000001e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00772538  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2822  LacI family transcription regulator  33.54 
 
 		 352 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.531617  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  28.27 
 
 		 341 aa  136  7.000000000000001e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1187  LacI family regulatory protein  33.54 
 
 		 384 aa  135  8e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.34285  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1876  LacI family transcription regulator  27.91 
 
 		 345 aa  135  9.999999999999999e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.44 
 
 		 337 aa  135  9.999999999999999e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0210  LacI family transcription regulator  28.32 
 
 		 353 aa  135  9.999999999999999e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000000188149  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>