More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcE24377A_3379 on replicon NC_009801
Organism: Escherichia coli E24377A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010498  EcSMS35_3113  HTH-type transcriptional regulator RafR  99.7 
 
 
336 aa  685    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.021598 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3379  HTH-type transcriptional regulator RafR  100 
 
 
336 aa  687    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4078  LacI family transcription regulator  65.45 
 
 
331 aa  405  1.0000000000000001e-112  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1332  transcriptional regulator, LacI family  54.73 
 
 
341 aa  375  1e-103  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0848  transcriptional regulator, LacI family  54.33 
 
 
334 aa  368  1e-101  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.985148  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2659  transcriptional regulator, LacI family  55.36 
 
 
340 aa  362  5.0000000000000005e-99  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0634  transcriptional regulator, LacI family  52.54 
 
 
334 aa  353  2.9999999999999997e-96  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2393  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  48.8 
 
 
338 aa  310  2e-83  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  7.93999e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2491  LacI family transcription regulator  48.8 
 
 
338 aa  310  2e-83  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.934393  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3699  LacI family transcription regulator  41.49 
 
 
344 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2103  LacI family regulatory protein  41.49 
 
 
336 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1871  raffinose repressor, putative  41.19 
 
 
336 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6046  LacI family transcription regulator  41.92 
 
 
338 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000000234203  hitchhiker  0.00000507453 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4172  LacI family transcription regulator  40.6 
 
 
344 aa  235  7e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0578357  normal  0.922561 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0467  putative raffinose repressor  41.19 
 
 
336 aa  233  3e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0824  transcriptional regulator RafR, putative  41.19 
 
 
338 aa  233  3e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0737  transcriptional regulator RafR, putative  41.19 
 
 
338 aa  233  3e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0713  putative raffinose repressor  40.9 
 
 
338 aa  231  1e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1009  putative raffinose repressor  40.9 
 
 
338 aa  231  1e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1982  putative raffinose repressor  40.9 
 
 
338 aa  231  1e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3246  LacI family transcription regulator  40.3 
 
 
342 aa  224  1e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.759172  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4095  LacI family transcription regulator  39.7 
 
 
342 aa  222  6e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.765515  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4271  LacI family transcription regulator  39.7 
 
 
342 aa  222  6e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.94658  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0224  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.39 
 
 
339 aa  217  2e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.770893  normal  0.229032 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7709  LacI family transcription regulator  35.82 
 
 
337 aa  205  7e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5490  transcriptional regulator, LacI family  35.09 
 
 
337 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.932078  normal  0.122051 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0673  transcriptional regulator, LacI family  34.63 
 
 
382 aa  172  5e-42  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.208846  normal  0.309345 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3813  alanine racemase  38.57 
 
 
340 aa  162  6e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0291  alanine racemase  32.74 
 
 
367 aa  162  8.000000000000001e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.397925  normal  0.910588 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5384  transcriptional regulator, LacI family  33.02 
 
 
336 aa  159  5e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0302  sugar-binding protein, putative  33.73 
 
 
338 aa  157  2e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.110668  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2939  alanine racemase  33.33 
 
 
340 aa  157  2e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0278  putative sugar-binding protein  33.73 
 
 
338 aa  157  2e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.396781  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1653  HTH-type transcriptional regulator  32.65 
 
 
354 aa  154  2e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.117705  hitchhiker  0.0000123229 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3308  LacI family transcription regulator  32.17 
 
 
346 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.608255  normal  0.781204 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0386  transcriptional regulator, LacI family  30.61 
 
 
341 aa  145  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.80121  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2854  LacI family transcription regulator  30.75 
 
 
391 aa  143  3e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0354  transcriptional regulator, LacI family  30.3 
 
 
342 aa  143  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.152547 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7146  transcriptional regulator, LacI family  34.19 
 
 
439 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5998  transcriptional regulator, LacI family  33.55 
 
 
345 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.229009  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6153  transcriptional regulator, LacI family  34.57 
 
 
347 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.312144  hitchhiker  0.000597888 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0783  transcriptional regulator repressor  32.16 
 
 
342 aa  137  2e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1945  LacI family transcription regulator  31.12 
 
 
344 aa  137  3.0000000000000003e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  31.6 
 
 
353 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6569  transcriptional regulator, LacI family  29.5 
 
 
347 aa  132  7.999999999999999e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0434919  normal  0.571175 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2099  transcriptional regulator, LacI family  30.09 
 
 
346 aa  130  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.116566 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0663  transcriptional regulator, LacI family  27.16 
 
 
338 aa  128  2.0000000000000002e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1282  LacI family transcription regulator  30.18 
 
 
352 aa  127  3e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000725073  normal  0.939834 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4797  LacI family transcription regulator  30.75 
 
 
336 aa  125  8.000000000000001e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.184791  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  31.15 
 
 
349 aa  124  2e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2621  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.49 
 
 
342 aa  124  2e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.59427  normal  0.708084 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2338  transcriptional regulator, LacI family  29.45 
 
 
347 aa  124  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.342005  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4919  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.01 
 
 
349 aa  124  2e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.35548 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2268  transcriptional regulator, LacI family  28.35 
 
 
339 aa  124  3e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.580288  hitchhiker  0.000512159 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4925  transcriptional regulator, LacI family  33.58 
 
 
358 aa  123  4e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.344925  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5394  transcriptional regulator LacI family  35.34 
 
 
345 aa  123  5e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00772538  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4061  maltose operon transcriptional repressor  30.6 
 
 
343 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0524  alanine racemase  31.86 
 
 
339 aa  121  9.999999999999999e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.287125 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3919  maltose operon transcriptional repressor  30.6 
 
 
343 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3751  maltose operon transcriptional repressor  30.6 
 
 
343 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3767  maltose operon transcriptional repressor  30.96 
 
 
343 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4226  maltose operon transcriptional repressor  30.6 
 
 
343 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4028  maltose operon transcriptional repressor  30.6 
 
 
343 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4134  maltose operon transcriptional repressor  30.6 
 
 
340 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3227  LacI family transcription regulator  33.93 
 
 
362 aa  120  3e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0525  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.62 
 
 
356 aa  120  3e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.57 
 
 
336 aa  120  3e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2575  transcriptional regulator, LacI family  29.48 
 
 
340 aa  120  3.9999999999999996e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000166441  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2711  alanine racemase  29.79 
 
 
342 aa  119  9e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000872573  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0272  LacI family transcription regulator  28.05 
 
 
365 aa  119  9.999999999999999e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.419733  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3838  LacI family transcription regulator  30.25 
 
 
343 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4116  maltose operon transcriptional repressor  29.89 
 
 
340 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.271073  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1123  maltose operon transcriptional repressor  29.89 
 
 
343 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0938  LacI family transcription regulator  30.82 
 
 
340 aa  116  5e-25  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0104625  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  29.64 
 
 
342 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00410  transcriptional regulator, LacI family  28.62 
 
 
337 aa  114  2.0000000000000002e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09530  transcriptional regulator, LacI family  26.43 
 
 
340 aa  114  2.0000000000000002e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00123183  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  28.89 
 
 
346 aa  114  3e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1515  transcriptional regulator, LacI family  28.92 
 
 
339 aa  114  3e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  28.71 
 
 
347 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3939  LacI family transcription regulator  30.06 
 
 
354 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0129  transcriptional regulator, LacI family  29.25 
 
 
332 aa  113  4.0000000000000004e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.08592 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2398  transcriptional regulator LacI family  29.45 
 
 
349 aa  113  5e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  25.54 
 
 
341 aa  113  5e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  28.31 
 
 
333 aa  113  5e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0632  LacI family transcription regulator  28.24 
 
 
344 aa  112  8.000000000000001e-24  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2029  transcriptional regulator, LacI family  31.17 
 
 
337 aa  112  1.0000000000000001e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2762  alanine racemase  28.05 
 
 
356 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2385  transcriptional regulator, LacI family  30.03 
 
 
346 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.171577  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1856  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.26 
 
 
342 aa  111  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.945809  hitchhiker  0.0011577 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  30.53 
 
 
353 aa  110  2.0000000000000002e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0909  LacI family transcription regulator  30.72 
 
 
338 aa  110  3e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3601  transcriptional regulator, LacI family  31.32 
 
 
358 aa  110  4.0000000000000004e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0229751  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  28.25 
 
 
346 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4315  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.43 
 
 
352 aa  110  4.0000000000000004e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0957821 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0961  transcriptional regulator, LacI family  30.4 
 
 
359 aa  109  5e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  30 
 
 
333 aa  109  5e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2204  transcriptional regulator, LacI family  28.57 
 
 
337 aa  109  5e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3460  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.03 
 
 
344 aa  109  6e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.105579  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0945  LacI family transcription regulator  28.4 
 
 
348 aa  109  8.000000000000001e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000657853  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>