More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0224 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0224  DeoR family transcriptional regulator  100 
 
 		 270 aa  551  1e-156  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0877662  normal  0.197507 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2593  DeoR family transcriptional regulator  77.1 
 
 		 278 aa  413  1e-114  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.518258  normal  0.80175 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2435  transcriptional regulator  78.82 
 
 		 284 aa  407  1.0000000000000001e-112  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5808  transcriptional regulator, DeoR family  68.89 
 
 		 270 aa  389  1e-107  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.297329  normal  0.0818645 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6709  transcriptional regulator, DeoR family  68.52 
 
 		 270 aa  386  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.902582  normal  0.293598 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3571  DeoR family transcriptional regulator  69.11 
 
 		 274 aa  378  1e-104  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0605658  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6265  transcriptional regulator DeoR family  64.07 
 
 		 270 aa  367  1e-101  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1048  DeoR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 257 aa  194  1e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2185  transcriptional regulator, DeoR family  38.78 
 
 		 262 aa  176  5e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0982  transcriptional repressor UlaR  35.43 
 
 		 251 aa  155  8e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0122  transcriptional repressor UlaR  34.52 
 
 		 251 aa  142  5e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4778  transcriptional repressor UlaR  33.46 
 
 		 251 aa  136  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4661  transcriptional repressor UlaR  33.85 
 
 		 251 aa  136  4e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.815377 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4799  transcriptional repressor UlaR  33.46 
 
 		 251 aa  136  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4742  transcriptional repressor UlaR  33.46 
 
 		 251 aa  136  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4649  transcriptional repressor UlaR  33.46 
 
 		 251 aa  136  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4659  transcriptional repressor UlaR  33.46 
 
 		 251 aa  136  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04058  DNA-binding transcriptional dual regulator  33.85 
 
 		 251 aa  136  5e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3802  transcriptional regulator, DeoR family  33.85 
 
 		 251 aa  136  5e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4750  transcriptional repressor UlaR  33.85 
 
 		 251 aa  136  5e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4435  transcriptional repressor UlaR  33.85 
 
 		 251 aa  136  5e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5706  transcriptional repressor UlaR  33.85 
 
 		 251 aa  136  5e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04020  hypothetical protein  33.85 
 
 		 251 aa  136  5e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4720  transcriptional repressor UlaR  33.85 
 
 		 251 aa  136  5e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3822  transcriptional repressor UlaR  33.85 
 
 		 251 aa  136  5e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000654343 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0286  transcriptional repressor UlaR  31.54 
 
 		 257 aa  134  9.999999999999999e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1758  regulatory protein DeoR  32.27 
 
 		 249 aa  132  6e-30  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.299089  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2613  transcriptional regulator, DeoR family  31.25 
 
 		 257 aa  117  3e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000000333133  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0568  regulatory protein DeoR  27.6 
 
 		 254 aa  115  8.999999999999998e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.250668  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0344  transcriptional regulator, DeoR family  30.08 
 
 		 252 aa  112  7.000000000000001e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.273291  hitchhiker  0.00282371 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5444  transcriptional regulator, DeoR family  31.64 
 
 		 248 aa  112  9e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3128  transcriptional regulator, DeoR family  28.57 
 
 		 255 aa  110  4.0000000000000004e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0739  transcriptional regulator, DeoR family  31.25 
 
 		 250 aa  109  6e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0011  DeoR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 258 aa  108  1e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000425621  unclonable  0.00000000668451 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2396  DeoR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 249 aa  108  1e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.71278  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3818  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  32.31 
 
 		 258 aa  108  1e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.892973  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3478  DeoR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 250 aa  107  2e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0418325  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2563  transcriptional regulator, DeoR family  30.04 
 
 		 254 aa  107  2e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.488958  normal  0.0207401 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0712  transcriptional regulator, DeoR family  29.53 
 
 		 258 aa  107  3e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3818  transcriptional regulator, DeoR family  30.99 
 
 		 250 aa  106  3e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00596962  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0146  transcriptional regulator, DeoR family  28.74 
 
 		 250 aa  107  3e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000230525  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3565  DeoR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 250 aa  106  4e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3464  DeoR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 250 aa  106  4e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.060448  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3848  DeoR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 250 aa  106  4e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.002362  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3769  transcriptional regulator, DeoR family  31.63 
 
 		 250 aa  106  4e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000230388  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1701  DeoR family transcriptional regulator  30 
 
 		 264 aa  106  4e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.596529  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3728  transcriptional regulator, DeoR family  31.63 
 
 		 250 aa  106  4e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.0938200000000001e-23 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3507  regulatory protein DeoR  28.06 
 
 		 254 aa  106  4e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1484  transcriptional regulator, DeoR family  30.99 
 
 		 250 aa  105  6e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.502368  normal  0.0131376 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3484  DeoR family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 250 aa  105  6e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2651  transcriptional regulator, DeoR family  33.05 
 
 		 250 aa  105  7e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2536  DeoR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 261 aa  105  7e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2603  DeoR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 261 aa  105  7e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252662  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3746  DeoR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 250 aa  105  8e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.193634  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02557  DNA-bindng transcriptional repressor  26.54 
 
 		 257 aa  104  2e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.632125  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0982  transcriptional regulator, DeoR family  26.54 
 
 		 257 aa  104  2e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.015396  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02522  hypothetical protein  26.54 
 
 		 257 aa  104  2e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.810713  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3170  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  26.54 
 
 		 257 aa  104  2e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1005  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  26.54 
 
 		 257 aa  104  2e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0173868  hitchhiker  0.000000410448 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2991  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  26.54 
 
 		 257 aa  104  2e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2843  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  26.54 
 
 		 257 aa  104  2e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3705  transcriptional regulator, DeoR family  27.94 
 
 		 258 aa  103  2e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0478  DeoR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 254 aa  103  3e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3738  DeoR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 266 aa  103  3e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.387174  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1510  transcriptional regulator, DeoR family  31.12 
 
 		 250 aa  103  3e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000196548  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2702  DeoR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 261 aa  103  3e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1681  DeoR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 309 aa  103  3e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.109023  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2830  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  26.15 
 
 		 257 aa  102  5e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000942539 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0575  DeoR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 274 aa  102  8e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000140104  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1716  transcriptional regulator, DeoR family  26.85 
 
 		 252 aa  102  8e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.467325  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3530  transcriptional regulator, DeoR family  31.03 
 
 		 263 aa  102  8e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.127721  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0131  DeoR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 253 aa  101  1e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0659  DeoR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 288 aa  101  2e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0255217  normal  0.62024 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3957  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  26.15 
 
 		 257 aa  101  2e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1193  GlpR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 260 aa  100  2e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.604361 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0408  transcriptional regulator, DeoR family  28.29 
 
 		 257 aa  100  3e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.237553  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3388  transcriptional regulator, DeoR family  29.41 
 
 		 248 aa  100  3e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000207946  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0729  transcriptional regulator, DeoR family  28.97 
 
 		 256 aa  99.8  4e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000103564 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4425  DeoR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 258 aa  99.4  5e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.612915  normal  0.551599 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1714  transcriptional regulator, DeoR family  30.94 
 
 		 256 aa  99.8  5e-20  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0085463  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1167  transcriptional regulator, DeoR family  30.92 
 
 		 256 aa  99.4  6e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1493  DeoR family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 254 aa  99  7e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3146  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  26.82 
 
 		 257 aa  99  8e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.435865  normal  0.0282064 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3023  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  26.82 
 
 		 257 aa  99  8e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.471381  hitchhiker  0.00000157031 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3039  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  26.82 
 
 		 257 aa  99  8e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00817735 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2988  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  26.82 
 
 		 257 aa  99  8e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.192742  normal  0.0479774 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0997  transcriptional regulator, DeoR family  30 
 
 		 267 aa  98.2  1e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.566799 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2807  DeoR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 260 aa  98.6  1e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.807975  normal  0.355136 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5798  transcriptional regulator, DeoR family  32.28 
 
 		 252 aa  98.2  1e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.159529 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0922  transcriptional regulator, DeoR family  29.83 
 
 		 248 aa  98.6  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.44653  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02585  predicted DNA-binding transcriptional regulator  28.46 
 
 		 265 aa  97.8  2e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02550  hypothetical protein  28.46 
 
 		 265 aa  97.8  2e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0035  transcriptional regulator, DeoR family  29.43 
 
 		 264 aa  97.4  2e-19  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000906536  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2873  DeoR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 255 aa  97.8  2e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2323  transcriptional regulator, DeoR family  30.4 
 
 		 266 aa  97.1  2e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0977  DeoR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 255 aa  97.8  2e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.96922  normal  0.682272 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2957  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  26.44 
 
 		 257 aa  97.4  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3032  DeoR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 255 aa  97.1  3e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1880  transcriptional regulator, DeoR family  28.74 
 
 		 254 aa  97.1  3e-19  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3908  DeoR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 267 aa  97.1  3e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00814425  normal  0.0123745 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>