More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3738 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_3738  DeoR family transcriptional regulator  100 
 
 
266 aa  535  1e-151  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.387174  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0608  GntR family transcriptional regulator  40.15 
 
 
254 aa  154  2e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0659  DeoR family transcriptional regulator  37.55 
 
 
288 aa  152  5.9999999999999996e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0255217  normal  0.62024 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3818  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  35.43 
 
 
258 aa  142  7e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.892973  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1193  GlpR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
260 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.604361 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2536  DeoR family transcriptional regulator  35.32 
 
 
261 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2603  DeoR family transcriptional regulator  35.32 
 
 
261 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252662  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2702  DeoR family transcriptional regulator  35.32 
 
 
261 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0568  regulatory protein DeoR  31.89 
 
 
254 aa  135  8e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.250668  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3908  DeoR family transcriptional regulator  35.43 
 
 
267 aa  134  9.999999999999999e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00814425  normal  0.0123745 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0943  transcriptional repressor AgaR  32.56 
 
 
258 aa  133  3e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3377  DeoR-family regulatory protein  32.56 
 
 
258 aa  133  3e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.365901 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0995  DeoR family transcriptional regulator  32.56 
 
 
258 aa  133  3e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.775359  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0146  transcriptional regulator, DeoR family  33.46 
 
 
250 aa  132  3.9999999999999996e-30  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000230525  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0408  transcriptional regulator, DeoR family  31.18 
 
 
257 aa  132  3.9999999999999996e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.237553  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2392  transcriptional regulator, DeoR family  31.78 
 
 
253 aa  132  5e-30  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3128  transcriptional regulator, DeoR family  35.43 
 
 
255 aa  132  6.999999999999999e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1716  transcriptional regulator, DeoR family  31.25 
 
 
252 aa  129  4.0000000000000003e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.467325  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2577  DeoR family transcriptional regulator  32.69 
 
 
256 aa  128  1.0000000000000001e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0890  transcriptional regulator, DeoR family  37.33 
 
 
260 aa  125  6e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.390832  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0656  DeoR family transcriptional regulator  32.55 
 
 
284 aa  125  9e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.936277  normal  0.637392 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3170  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  32.16 
 
 
257 aa  124  1e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2991  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  32.16 
 
 
257 aa  124  1e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2177  transcriptional regulator, DeoR family  33.46 
 
 
253 aa  124  2e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0975605  hitchhiker  0.00125188 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3644  transcriptional regulator, DeoR family  32.05 
 
 
263 aa  124  2e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1880  transcriptional regulator, DeoR family  31.91 
 
 
254 aa  124  2e-27  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02557  DNA-bindng transcriptional repressor  31.76 
 
 
257 aa  123  3e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.632125  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0982  transcriptional regulator, DeoR family  31.76 
 
 
257 aa  123  3e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.015396  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2613  transcriptional regulator, DeoR family  32.68 
 
 
257 aa  123  3e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000000333133  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1005  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  31.76 
 
 
257 aa  123  3e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0173868  hitchhiker  0.000000410448 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02522  hypothetical protein  31.76 
 
 
257 aa  123  3e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.810713  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2843  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  31.76 
 
 
257 aa  123  3e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2807  DeoR family transcriptional regulator  33.73 
 
 
260 aa  123  3e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.807975  normal  0.355136 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0642  DeoR family transcriptional regulator  32.3 
 
 
256 aa  122  4e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000291189  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7307  transcriptional regulator, DeoR family  36.09 
 
 
266 aa  123  4e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3507  regulatory protein DeoR  32.68 
 
 
254 aa  122  5e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0997  transcriptional regulator, DeoR family  33.07 
 
 
267 aa  122  5e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.566799 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02920  transcriptional regulator of sugar metabolism  34.96 
 
 
276 aa  121  9.999999999999999e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2219  regulatory protein DeoR  34.9 
 
 
256 aa  121  9.999999999999999e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  hitchhiker  0.0075585  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2129  transcriptional regulator, DeoR family  30.38 
 
 
255 aa  121  9.999999999999999e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0932716  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5367  transcriptional regulator, DeoR family  34.36 
 
 
264 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.35499 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2797  regulatory protein DeoR  28.57 
 
 
254 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2830  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  31.37 
 
 
257 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000942539 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3571  DeoR family transcriptional regulator  31.56 
 
 
274 aa  119  3.9999999999999996e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0605658  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3957  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  31.37 
 
 
257 aa  119  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4218  DeoR family transcriptional regulator  33.46 
 
 
284 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.271905 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1079  DeoR family transcriptional regulator  33.07 
 
 
251 aa  119  6e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5910  transcriptional regulator, DeoR family  36.08 
 
 
254 aa  119  6e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.874866 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2386  DeoR family transcriptional regulator  36.19 
 
 
268 aa  119  6e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.216225  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7075  DeoR family transcriptional regulator  35.55 
 
 
253 aa  118  7.999999999999999e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5808  transcriptional regulator, DeoR family  32.69 
 
 
270 aa  118  7.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.297329  normal  0.0818645 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3849  DeoR family transcriptional regulator  32.2 
 
 
257 aa  118  9e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.697136 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28620  transcriptional regulator, DeoR family  37.07 
 
 
253 aa  118  9e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0973174  normal  0.0755211 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45720  glycerol-3-phosphate regulon repressor protein GlpR  35.15 
 
 
251 aa  118  9e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0063  transcriptional regulator, DeoR family  33.59 
 
 
253 aa  118  9.999999999999999e-26  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.366513  normal  0.178311 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4850  transcriptional regulator, DeoR family  34.51 
 
 
255 aa  118  9.999999999999999e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.786631  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1535  transcriptional regulator, DeoR family  32.68 
 
 
253 aa  117  9.999999999999999e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.556819  hitchhiker  0.00734434 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3530  transcriptional regulator, DeoR family  31.27 
 
 
263 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.127721  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1714  transcriptional regulator, DeoR family  35.25 
 
 
256 aa  116  3e-25  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0085463  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2460  transcriptional regulator, DeoR family  34.8 
 
 
264 aa  116  3e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.18963  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3382  DeoR family transcriptional regulator  34.24 
 
 
263 aa  116  3e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1048  DeoR family transcriptional regulator  32.82 
 
 
257 aa  116  3.9999999999999997e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0566  DeoR family transcriptional regulator  32.77 
 
 
248 aa  116  3.9999999999999997e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14330  transcriptional regulator, DeoR family  33.83 
 
 
282 aa  116  3.9999999999999997e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0552  transcription repressor of fructose operon fruR  31.5 
 
 
248 aa  115  6e-25  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0575  DeoR family transcriptional regulator  29.34 
 
 
274 aa  115  6e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000140104  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3023  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  31.76 
 
 
257 aa  115  6.9999999999999995e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.471381  hitchhiker  0.00000157031 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2988  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  31.76 
 
 
257 aa  115  6.9999999999999995e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.192742  normal  0.0479774 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3146  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  31.76 
 
 
257 aa  115  6.9999999999999995e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.435865  normal  0.0282064 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3039  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  31.76 
 
 
257 aa  115  6.9999999999999995e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00817735 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3053  transcriptional regulator, DeoR family  32.2 
 
 
257 aa  115  7.999999999999999e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.538096  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1059  transcriptional regulator, DeoR family  33.2 
 
 
253 aa  114  1.0000000000000001e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0478  DeoR family transcriptional regulator  30.5 
 
 
254 aa  114  1.0000000000000001e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6265  transcriptional regulator DeoR family  31.42 
 
 
270 aa  115  1.0000000000000001e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3182  DeoR family transcriptional regulator  34.51 
 
 
255 aa  115  1.0000000000000001e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.457235  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2385  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  30.04 
 
 
269 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00243  Glycerol-3-phosphate regulon repressor  29.29 
 
 
252 aa  113  2.0000000000000002e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2957  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  31.37 
 
 
257 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17940  glycerol-3-phosphate regulon repressor  32.91 
 
 
251 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0705  transcriptional regulator, DeoR family  29.92 
 
 
255 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4870  DeoR family transcriptional regulator  34.9 
 
 
288 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.69583 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1560  glycerol-3-phosphate regulon repressor  32.91 
 
 
251 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5063  DeoR family transcriptional regulator  33.98 
 
 
251 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.184796  normal  0.547667 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0698  DeoR family transcriptional regulator  30.23 
 
 
266 aa  113  4.0000000000000004e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000315133  hitchhiker  0.0000015046 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2396  DeoR family transcriptional regulator  33.61 
 
 
249 aa  112  5e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.71278  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0082  DeoR family transcriptional regulator  34.51 
 
 
255 aa  112  6e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0376166  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0301  DeoR family transcriptional regulator  33.94 
 
 
269 aa  112  6e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.596764  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0091  DeoR family transcriptional regulator  34.51 
 
 
255 aa  112  6e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.316718  normal  0.0391482 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0072  DeoR family transcriptional regulator  34.51 
 
 
255 aa  112  6e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.314417  normal  0.278782 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6709  transcriptional regulator, DeoR family  30.77 
 
 
270 aa  112  7.000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.902582  normal  0.293598 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1510  transcriptional regulator, DeoR family  31.51 
 
 
250 aa  112  7.000000000000001e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000196548  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3530  transcriptional regulator, DeoR family  35.32 
 
 
257 aa  112  8.000000000000001e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1265  DeoR family transcriptional regulator  34.8 
 
 
285 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.940164  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0011  DeoR family transcriptional regulator  34.1 
 
 
258 aa  111  1.0000000000000001e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000425621  unclonable  0.00000000668451 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0299  DeoR family transcriptional regulator  34.31 
 
 
253 aa  111  1.0000000000000001e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.179752  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0895  transcriptional regulator, DeoR family  35.61 
 
 
260 aa  110  2.0000000000000002e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0542275 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3115  DeoR family transcriptional regulator  29.08 
 
 
252 aa  110  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.189997  hitchhiker  0.000781627 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0739  transcriptional regulator, DeoR family  32.54 
 
 
250 aa  110  2.0000000000000002e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0131  DeoR family transcriptional regulator  31.76 
 
 
253 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3571  DNA-binding transcriptional regulator AgaR  26.67 
 
 
269 aa  110  2.0000000000000002e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.557659 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>