More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2435 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2435  transcriptional regulator  100 
 
 		 284 aa  582  1.0000000000000001e-165  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2593  DeoR family transcriptional regulator  81.06 
 
 		 278 aa  441  1e-123  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.518258  normal  0.80175 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0224  DeoR family transcriptional regulator  78.82 
 
 		 270 aa  407  1.0000000000000001e-112  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0877662  normal  0.197507 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5808  transcriptional regulator, DeoR family  68.24 
 
 		 270 aa  362  3e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.297329  normal  0.0818645 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6709  transcriptional regulator, DeoR family  67.45 
 
 		 270 aa  358  4e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.902582  normal  0.293598 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3571  DeoR family transcriptional regulator  64.84 
 
 		 274 aa  353  2e-96  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0605658  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6265  transcriptional regulator DeoR family  62.85 
 
 		 270 aa  337  1.9999999999999998e-91  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1048  DeoR family transcriptional regulator  41.15 
 
 		 257 aa  177  2e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2185  transcriptional regulator, DeoR family  38.04 
 
 		 262 aa  163  3e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0982  transcriptional repressor UlaR  35.43 
 
 		 251 aa  158  1e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0122  transcriptional repressor UlaR  35.19 
 
 		 251 aa  143  4e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04058  DNA-binding transcriptional dual regulator  31.37 
 
 		 251 aa  136  4e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3822  transcriptional repressor UlaR  31.37 
 
 		 251 aa  136  4e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000654343 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3802  transcriptional regulator, DeoR family  31.37 
 
 		 251 aa  136  4e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4435  transcriptional repressor UlaR  31.37 
 
 		 251 aa  136  4e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4720  transcriptional repressor UlaR  31.37 
 
 		 251 aa  136  4e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4661  transcriptional repressor UlaR  31.37 
 
 		 251 aa  136  4e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.815377 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4750  transcriptional repressor UlaR  31.37 
 
 		 251 aa  136  4e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04020  hypothetical protein  31.37 
 
 		 251 aa  136  4e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5706  transcriptional repressor UlaR  31.37 
 
 		 251 aa  136  4e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4742  transcriptional repressor UlaR  30.98 
 
 		 251 aa  135  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4778  transcriptional repressor UlaR  30.98 
 
 		 251 aa  135  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4649  transcriptional repressor UlaR  30.98 
 
 		 251 aa  135  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4799  transcriptional repressor UlaR  30.98 
 
 		 251 aa  135  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4659  transcriptional repressor UlaR  30.98 
 
 		 251 aa  135  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0286  transcriptional repressor UlaR  33.33 
 
 		 257 aa  135  7.000000000000001e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1758  regulatory protein DeoR  30.96 
 
 		 249 aa  130  2.0000000000000002e-29  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.299089  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2613  transcriptional regulator, DeoR family  34.19 
 
 		 257 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000000333133  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0408  transcriptional regulator, DeoR family  31.76 
 
 		 257 aa  123  4e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.237553  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0568  regulatory protein DeoR  28.57 
 
 		 254 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.250668  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0146  transcriptional regulator, DeoR family  29.13 
 
 		 250 aa  113  5e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000230525  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0729  transcriptional regulator, DeoR family  31.1 
 
 		 256 aa  111  1.0000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000103564 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2396  DeoR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 249 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.71278  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2651  transcriptional regulator, DeoR family  34.04 
 
 		 250 aa  109  4.0000000000000004e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1193  GlpR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 260 aa  108  7.000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.604361 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0575  DeoR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 274 aa  108  1e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000140104  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1716  transcriptional regulator, DeoR family  28.24 
 
 		 252 aa  108  1e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.467325  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2392  transcriptional regulator, DeoR family  30.6 
 
 		 253 aa  105  7e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3705  transcriptional regulator, DeoR family  30.95 
 
 		 258 aa  105  9e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2563  transcriptional regulator, DeoR family  30.13 
 
 		 254 aa  105  1e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.488958  normal  0.0207401 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3478  DeoR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 250 aa  105  1e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0418325  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0011  DeoR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 258 aa  104  1e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000425621  unclonable  0.00000000668451 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1701  DeoR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 264 aa  104  1e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.596529  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3746  DeoR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 250 aa  103  2e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.193634  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0326  DeoR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 251 aa  104  2e-21  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.281127  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3565  DeoR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 250 aa  104  2e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3464  DeoR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 250 aa  103  2e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.060448  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3848  DeoR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 250 aa  104  2e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.002362  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5444  transcriptional regulator, DeoR family  30.21 
 
 		 248 aa  104  2e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3818  transcriptional regulator, DeoR family  32.71 
 
 		 250 aa  103  2e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00596962  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3728  transcriptional regulator, DeoR family  32.71 
 
 		 250 aa  103  2e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.0938200000000001e-23 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3769  transcriptional regulator, DeoR family  32.71 
 
 		 250 aa  103  2e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000230388  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1484  transcriptional regulator, DeoR family  32.71 
 
 		 250 aa  103  3e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.502368  normal  0.0131376 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1510  transcriptional regulator, DeoR family  31.91 
 
 		 250 aa  103  3e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000196548  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0739  transcriptional regulator, DeoR family  30.68 
 
 		 250 aa  103  3e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3484  DeoR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 250 aa  103  4e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5399  DeoR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 242 aa  102  5e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.054992  normal  0.41602 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5129  transcriptional regulator, DeoR family  29.76 
 
 		 254 aa  102  6e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0552  transcription repressor of fructose operon fruR  30.24 
 
 		 248 aa  102  7e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2577  DeoR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 256 aa  102  8e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3053  transcriptional regulator, DeoR family  28.52 
 
 		 257 aa  102  8e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.538096  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3507  regulatory protein DeoR  28.06 
 
 		 254 aa  102  1e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0659  DeoR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 288 aa  101  1e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0255217  normal  0.62024 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1714  transcriptional regulator, DeoR family  32.63 
 
 		 256 aa  100  2e-20  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0085463  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3191  transcriptional regulator, DeoR family  30.45 
 
 		 252 aa  100  2e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.932095  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5344  transcriptional regulator, DeoR family  32.65 
 
 		 290 aa  100  2e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4658  transcriptional regulator, DeoR family  30.54 
 
 		 261 aa  101  2e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0287988  normal  0.686311 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4425  DeoR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 258 aa  100  3e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.612915  normal  0.551599 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1265  DeoR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 285 aa  99.8  4e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.940164  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2536  DeoR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 261 aa  100  4e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2603  DeoR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 261 aa  100  4e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252662  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0975  LacR family lactose transport regulator  33.48 
 
 		 237 aa  99.8  4e-20  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02585  predicted DNA-binding transcriptional regulator  26.88 
 
 		 265 aa  99.8  5e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3057  regulatory protein, DeoR  30.04 
 
 		 278 aa  99.4  5e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.111728  normal  0.668147 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02550  hypothetical protein  26.88 
 
 		 265 aa  99.8  5e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0566  DeoR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 248 aa  99.4  5e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4041  transcriptional regulator, DeoR family protein  31.92 
 
 		 256 aa  99.8  5e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.112055  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0977  DeoR family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 255 aa  99.4  6e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.96922  normal  0.682272 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2873  DeoR family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 255 aa  99.4  6e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0953  transcriptional regulator, DeoR family  26.88 
 
 		 255 aa  99  7e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2702  DeoR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 261 aa  99.4  7e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3032  DeoR family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 255 aa  99  8e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3139  transcriptional regulator, DeoR family  26.88 
 
 		 255 aa  99  8e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2323  transcriptional regulator, DeoR family  29.21 
 
 		 266 aa  98.6  9e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1493  DeoR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 254 aa  98.6  1e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2830  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  29.06 
 
 		 257 aa  97.8  2e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000942539 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02557  DNA-bindng transcriptional repressor  29.06 
 
 		 257 aa  97.8  2e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.632125  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0982  transcriptional regulator, DeoR family  29.06 
 
 		 257 aa  97.8  2e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.015396  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5838  DeoR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 256 aa  97.8  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3377  transcriptional regulator, DeoR family  31.76 
 
 		 257 aa  97.4  2e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1005  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  29.06 
 
 		 257 aa  97.8  2e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0173868  hitchhiker  0.000000410448 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3170  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  29.06 
 
 		 257 aa  97.8  2e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2991  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  29.06 
 
 		 257 aa  97.8  2e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3908  DeoR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 267 aa  97.4  2e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00814425  normal  0.0123745 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02522  hypothetical protein  29.06 
 
 		 257 aa  97.8  2e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.810713  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0011  sugar metabolism transcriptional regulator  25.4 
 
 		 252 aa  97.4  2e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0042  transcriptional regulator, DeoR family  30.4 
 
 		 252 aa  97.4  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3128  transcriptional regulator, DeoR family  28.63 
 
 		 255 aa  97.8  2e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2843  DNA-bindng transcriptional repressor SrlR  29.06 
 
 		 257 aa  97.8  2e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1053  DeoR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 260 aa  96.7  3e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>