158 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_2538 on replicon NC_008577
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008577  Shewana3_2538  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  100 
 
 
137 aa  282  1.0000000000000001e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000724795  normal  0.769901 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0368  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  65.15 
 
 
152 aa  186  7e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.172949 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2051  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  64.12 
 
 
138 aa  179  1e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.482177 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09960  hypothetical protein  59.85 
 
 
142 aa  171  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0924  hypothetical protein  59.85 
 
 
142 aa  171  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.945125  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5965  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  56.06 
 
 
151 aa  160  4.0000000000000004e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0284344 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7110  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  56.06 
 
 
151 aa  161  4.0000000000000004e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0147621  normal  0.1046 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2516  putative DNA-binding protein  52.27 
 
 
571 aa  147  7e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0293  transcriptional regulator  52.27 
 
 
172 aa  145  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0135694  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1334  DNA-binding protein  52.27 
 
 
153 aa  145  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.172988  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1311  hypothetical protein  52.27 
 
 
153 aa  145  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0567  transcriptional regulator  52.27 
 
 
153 aa  145  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1000  transcriptional regulator  52.27 
 
 
153 aa  145  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.360873  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1478  transcriptional regulator family protein  51.52 
 
 
172 aa  144  4.0000000000000006e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.113614  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5306  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  53.03 
 
 
146 aa  142  1e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1261  transcriptional regulator  51.52 
 
 
153 aa  143  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.62551  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3265  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  50 
 
 
173 aa  142  2e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3335  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  52.67 
 
 
147 aa  141  3e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.659852  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3119  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  51.52 
 
 
165 aa  140  4e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1052  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  48.48 
 
 
155 aa  140  4e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.816275  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6236  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  54.2 
 
 
165 aa  140  6e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3487  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  52.27 
 
 
146 aa  139  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.740376  hitchhiker  0.00818158 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2547  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  50.76 
 
 
163 aa  137  3.9999999999999997e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.922047  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3572  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  50.76 
 
 
159 aa  134  4e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0421402  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0970  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  50.76 
 
 
154 aa  134  4e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.794962 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3584  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  49.24 
 
 
154 aa  134  5e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.855129  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0098  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  50 
 
 
153 aa  132  1.9999999999999998e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.35302  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2165  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  50.76 
 
 
152 aa  131  3e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00710337  normal  0.480622 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3952  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  48.48 
 
 
146 aa  129  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.274037  normal  0.692006 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4418  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  48.48 
 
 
154 aa  129  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4530  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  49.24 
 
 
154 aa  129  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.193986  normal  0.482079 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1422  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  46.97 
 
 
156 aa  129  2.0000000000000002e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.968203 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4048  hypothetical protein  48.48 
 
 
154 aa  128  3e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.267038  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4329  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  46.21 
 
 
147 aa  126  1.0000000000000001e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3567  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  53.03 
 
 
152 aa  121  3e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00720162 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2628  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  46.21 
 
 
153 aa  121  4e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.106068 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3948  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  48.78 
 
 
137 aa  120  6e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.915994  normal  0.554541 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4541  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  43.94 
 
 
161 aa  119  1.9999999999999998e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.417251  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3895  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  42.42 
 
 
151 aa  103  5e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.146711  normal  0.812213 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2591  transcriptional regulator  41.67 
 
 
156 aa  100  5e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00374583 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2256  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  40.15 
 
 
136 aa  99  2e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.214948  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4985  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  44.12 
 
 
136 aa  84.3  5e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0980195  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1726  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  36.8 
 
 
135 aa  76.6  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.992938 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1079  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  34.4 
 
 
136 aa  76.6  0.0000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.7621  normal  0.359746 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2073  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  32.06 
 
 
144 aa  75.5  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.163094  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3422  rrf2 family protein  34.81 
 
 
143 aa  74.3  0.0000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000049923 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2093  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  30.53 
 
 
144 aa  73.6  0.0000000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0872269  normal  0.332036 
 
 
-
 
NC_003296  RS00405  hypothetical protein  31.93 
 
 
143 aa  72.4  0.000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00113675  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2001  rrf2 family protein  34.81 
 
 
143 aa  71.2  0.000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.301895  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1779  rrf2 family protein  34.07 
 
 
143 aa  70.5  0.000000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000236415  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1758  RRF2 family protein  34.07 
 
 
143 aa  70.5  0.000000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1736  RRF2 family protein  34.07 
 
 
143 aa  70.5  0.000000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.582231  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1917  rrf2 family protein  34.07 
 
 
143 aa  70.5  0.000000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0431103  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1953  rrf2 family protein  34.07 
 
 
143 aa  70.5  0.000000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000194706 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2022  rrf2 family protein  34.07 
 
 
143 aa  70.5  0.000000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000169778  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1921  rrf2 family protein  34.07 
 
 
143 aa  70.5  0.000000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.581876  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2648  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  31.06 
 
 
150 aa  69.7  0.00000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.68692 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0801  hypothetical protein  31.62 
 
 
144 aa  67.8  0.00000000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1753  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 
140 aa  67.8  0.00000000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1746  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  36.27 
 
 
139 aa  64.3  0.0000000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.488716  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2649  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  30.07 
 
 
151 aa  63.9  0.0000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000442413  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1586  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  31.78 
 
 
151 aa  64.3  0.0000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0540164 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1791  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  31.85 
 
 
143 aa  63.2  0.000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000874227  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1447  RRF2 family protein  31.34 
 
 
138 aa  62.8  0.000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0587227  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0939  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  30.3 
 
 
148 aa  60.5  0.000000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3037  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  31.01 
 
 
140 aa  60.1  0.000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0850205  normal  0.0637493 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2124  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  28.03 
 
 
148 aa  59.7  0.00000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18410  predicted transcriptional regulator  35.79 
 
 
152 aa  58.5  0.00000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.199021  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3614  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  31.5 
 
 
137 aa  57.8  0.00000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0184881  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4008  protein of unknown function UPF0074  27.86 
 
 
187 aa  57.4  0.00000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4634  rrf2 family protein  29.5 
 
 
143 aa  57  0.00000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4403  rrf2 family protein  29.5 
 
 
143 aa  57  0.00000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4243  Rrf2 family protein; transcriptional regulator  29.5 
 
 
143 aa  57  0.00000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.112784  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4255  Rrf2 family protein; transcriptional regulator  29.5 
 
 
143 aa  57  0.00000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26060  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  34.31 
 
 
146 aa  57  0.00000009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.523636  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4616  rrf2 family protein  29.5 
 
 
143 aa  57  0.00000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4743  rrf2 family protein  29.5 
 
 
143 aa  57  0.00000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0619  rrf2 family protein  29.5 
 
 
143 aa  57  0.00000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4636  rrf2 family protein  29.5 
 
 
143 aa  57  0.00000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4620  rrf2 family protein  29.5 
 
 
143 aa  57  0.00000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2417  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  27.82 
 
 
141 aa  55.8  0.0000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.229432 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2863  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  30.23 
 
 
151 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.858803 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0281  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  27.74 
 
 
158 aa  55.8  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2816  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  26.98 
 
 
136 aa  55.1  0.0000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0848  transcriptional regulator superfamily  31.58 
 
 
137 aa  55.5  0.0000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.264832  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5019  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  31.06 
 
 
135 aa  55.1  0.0000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0401266  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1225  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  29.57 
 
 
148 aa  54.3  0.0000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0259707  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1606  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  30.77 
 
 
151 aa  54.3  0.0000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1056  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  33.05 
 
 
150 aa  53.9  0.0000008  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3208  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  28.78 
 
 
143 aa  52.8  0.000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2975  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  39.24 
 
 
184 aa  51.6  0.000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.672436  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1321  Rrf2 family protein  28.15 
 
 
149 aa  51.2  0.000004  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4336  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  28.06 
 
 
143 aa  51.2  0.000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20720  rrf2 family protein, putative transcriptional regulator  30.3 
 
 
169 aa  50.4  0.000007  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0624  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  27.5 
 
 
154 aa  50.1  0.000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0198257  normal  0.570271 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2862  Rrf2 family protein  28.47 
 
 
154 aa  49.7  0.00001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.246618  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1505  Rrf2 family protein  28.47 
 
 
153 aa  48.9  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.080544  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4313  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  29.08 
 
 
151 aa  48.9  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0000750143  normal  0.208214 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1088  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  29.2 
 
 
151 aa  49.3  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1174  Rrf2 family protein  28.47 
 
 
153 aa  48.9  0.00002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.246229  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>