227 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0098 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_0098  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  100 
 
 
153 aa  310  3.9999999999999997e-84  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.35302  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2165  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  69.54 
 
 
152 aa  206  8e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00710337  normal  0.480622 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3584  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  70.34 
 
 
154 aa  205  2e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.855129  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4530  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  64.94 
 
 
154 aa  203  6e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.193986  normal  0.482079 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4418  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  66.67 
 
 
154 aa  201  4e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4048  hypothetical protein  66.67 
 
 
154 aa  199  9e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.267038  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0970  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  67.13 
 
 
154 aa  196  7.999999999999999e-50  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.794962 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2628  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  62.5 
 
 
153 aa  195  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.106068 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3567  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  65.56 
 
 
152 aa  181  2.0000000000000003e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00720162 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3119  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  64.44 
 
 
165 aa  180  6e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3952  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  64.49 
 
 
146 aa  179  9.000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.274037  normal  0.692006 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4541  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  61.15 
 
 
161 aa  177  5.999999999999999e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.417251  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6236  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  57.14 
 
 
165 aa  176  9e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3335  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  65.65 
 
 
147 aa  169  1e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.659852  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3572  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  52.05 
 
 
159 aa  155  3e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0421402  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1052  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  52.45 
 
 
155 aa  155  3e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.816275  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1478  transcriptional regulator family protein  51.8 
 
 
172 aa  153  9e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.113614  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09960  hypothetical protein  55.07 
 
 
142 aa  152  1e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0924  hypothetical protein  55.07 
 
 
142 aa  152  2e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.945125  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3487  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  52.94 
 
 
146 aa  152  2e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.740376  hitchhiker  0.00818158 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5306  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  52.94 
 
 
146 aa  152  2e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7110  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  50.35 
 
 
151 aa  151  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0147621  normal  0.1046 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1334  DNA-binding protein  52.52 
 
 
153 aa  151  2.9999999999999998e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.172988  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1311  hypothetical protein  52.9 
 
 
153 aa  150  7e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0567  transcriptional regulator  52.9 
 
 
153 aa  150  7e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1000  transcriptional regulator  52.9 
 
 
153 aa  150  7e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.360873  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0293  transcriptional regulator  52.9 
 
 
172 aa  150  8e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0135694  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2516  putative DNA-binding protein  52.9 
 
 
571 aa  149  1e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5965  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  51.06 
 
 
151 aa  149  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0284344 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2547  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  53.33 
 
 
163 aa  149  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.922047  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1261  transcriptional regulator  52.17 
 
 
153 aa  147  5e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.62551  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3948  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  52.55 
 
 
137 aa  147  5e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.915994  normal  0.554541 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3265  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  51.82 
 
 
173 aa  146  1.0000000000000001e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1422  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  49.66 
 
 
156 aa  145  2.0000000000000003e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.968203 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0368  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  51.11 
 
 
152 aa  143  7.0000000000000006e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.172949 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2538  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  50 
 
 
137 aa  132  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000724795  normal  0.769901 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2051  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  48.15 
 
 
138 aa  130  6e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.482177 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3895  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  46.76 
 
 
151 aa  119  1.9999999999999998e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.146711  normal  0.812213 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4329  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  41.84 
 
 
147 aa  115  3e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2591  transcriptional regulator  40.15 
 
 
156 aa  95.1  3e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00374583 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2256  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  39.39 
 
 
136 aa  87  9e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.214948  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2648  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  34.56 
 
 
150 aa  79  0.00000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.68692 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2093  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  31.3 
 
 
144 aa  78.6  0.00000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0872269  normal  0.332036 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4985  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  40.78 
 
 
136 aa  77.4  0.00000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0980195  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS00405  hypothetical protein  32.12 
 
 
143 aa  74.7  0.0000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00113675  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2073  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  30.66 
 
 
144 aa  73.2  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.163094  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3037  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  31.88 
 
 
140 aa  72.4  0.000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0850205  normal  0.0637493 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1726  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  34.13 
 
 
135 aa  72  0.000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.992938 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1079  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  34.43 
 
 
136 aa  71.6  0.000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.7621  normal  0.359746 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1756  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  36.57 
 
 
164 aa  67.8  0.00000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1586  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  29.25 
 
 
151 aa  65.9  0.0000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0540164 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1746  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  28.26 
 
 
139 aa  63.9  0.0000000007  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.488716  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4008  protein of unknown function UPF0074  29.05 
 
 
187 aa  63.9  0.0000000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0801  hypothetical protein  31.85 
 
 
144 aa  63.5  0.000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2001  rrf2 family protein  29.58 
 
 
143 aa  61.6  0.000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.301895  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26060  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  34.56 
 
 
146 aa  61.2  0.000000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.523636  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1606  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  31.16 
 
 
151 aa  61.2  0.000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1953  rrf2 family protein  28.47 
 
 
143 aa  60.8  0.000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000194706 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1779  rrf2 family protein  28.47 
 
 
143 aa  60.8  0.000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000236415  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2022  rrf2 family protein  28.47 
 
 
143 aa  60.8  0.000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000169778  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1758  RRF2 family protein  28.47 
 
 
143 aa  60.8  0.000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1736  RRF2 family protein  28.47 
 
 
143 aa  60.8  0.000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.582231  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1917  rrf2 family protein  28.47 
 
 
143 aa  60.8  0.000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0431103  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1921  rrf2 family protein  28.47 
 
 
143 aa  60.8  0.000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.581876  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3422  rrf2 family protein  28.47 
 
 
143 aa  60.5  0.000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000049923 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1056  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  29.08 
 
 
150 aa  58.5  0.00000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1791  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  27.78 
 
 
143 aa  57.8  0.00000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000874227  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0848  transcriptional regulator superfamily  31.88 
 
 
137 aa  57.8  0.00000006  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.264832  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18410  predicted transcriptional regulator  28.68 
 
 
152 aa  57  0.00000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.199021  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0676  hypothetical protein  26.43 
 
 
139 aa  56.6  0.0000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3139  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  33.58 
 
 
144 aa  56.6  0.0000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2863  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  30.43 
 
 
151 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.858803 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4313  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  30.37 
 
 
151 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0000750143  normal  0.208214 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2098  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  30.37 
 
 
151 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.607265  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1784  Rrf2 family protein  29.25 
 
 
153 aa  55.5  0.0000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.121065  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1505  Rrf2 family protein  29.25 
 
 
153 aa  55.5  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.080544  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1225  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  37.04 
 
 
148 aa  55.5  0.0000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0259707  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1174  Rrf2 family protein  29.25 
 
 
153 aa  55.5  0.0000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.246229  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1372  putative transcriptional regulator  29.25 
 
 
153 aa  55.5  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.102116  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1376  putative transcriptional regulator  29.25 
 
 
153 aa  55.5  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.135782  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0457  Rrf2 family protein  29.25 
 
 
153 aa  55.5  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1178  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  28.78 
 
 
151 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000716661  normal  0.224139 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0725  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  28.78 
 
 
151 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.241075  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1205  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  28.78 
 
 
151 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3614  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  35.8 
 
 
137 aa  53.9  0.0000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0184881  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2862  Rrf2 family protein  28.47 
 
 
154 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.246618  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0694  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  27.01 
 
 
146 aa  53.9  0.0000007  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0238705  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4580  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  29.49 
 
 
161 aa  53.1  0.000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.36381 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3300  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  35.96 
 
 
154 aa  53.5  0.000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00214095  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4583  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  29.49 
 
 
164 aa  53.1  0.000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.870421 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1088  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  28.57 
 
 
151 aa  52.4  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0680  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  24.82 
 
 
140 aa  52  0.000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00302729  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1088  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  28.57 
 
 
151 aa  52  0.000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.683076  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1319  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  29.66 
 
 
153 aa  51.6  0.000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0281  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  29.93 
 
 
158 aa  51.6  0.000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3180  transcriptional regulator  27.34 
 
 
137 aa  51.2  0.000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0130627  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0655  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  38.2 
 
 
154 aa  51.2  0.000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0512003  normal  0.640764 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3409  rrf2 family protein  25.58 
 
 
137 aa  51.2  0.000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000108147  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2124  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  26.09 
 
 
148 aa  51.2  0.000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1653  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  30.65 
 
 
150 aa  51.2  0.000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.408134  hitchhiker  0.00610014 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>