More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS00405 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS00405  hypothetical protein  100 
 
 		 143 aa  276  6e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00113675  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2073  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  74.65 
 
 		 144 aa  201  2e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.163094  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2093  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  69.01 
 
 		 144 aa  186  1e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0872269  normal  0.332036 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1606  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  57.34 
 
 		 151 aa  141  3e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2863  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  57.34 
 
 		 151 aa  139  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.858803 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2098  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  57.75 
 
 		 151 aa  134  4e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.607265  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2862  Rrf2 family protein  57.86 
 
 		 154 aa  134  4e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.246618  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1756  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  55.24 
 
 		 164 aa  133  6.0000000000000005e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1088  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  56.34 
 
 		 151 aa  132  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1784  Rrf2 family protein  57.14 
 
 		 153 aa  131  3e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.121065  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1088  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  56.34 
 
 		 151 aa  131  3e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.683076  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1505  Rrf2 family protein  57.14 
 
 		 153 aa  131  3e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.080544  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0457  Rrf2 family protein  57.14 
 
 		 153 aa  131  3e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1376  putative transcriptional regulator  57.14 
 
 		 153 aa  131  3e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.135782  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1174  Rrf2 family protein  57.14 
 
 		 153 aa  131  3e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.246229  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1372  putative transcriptional regulator  57.14 
 
 		 153 aa  131  3e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.102116  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1178  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  57.24 
 
 		 151 aa  130  5e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000716661  normal  0.224139 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0725  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  57.24 
 
 		 151 aa  130  6e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.241075  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3037  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  54.07 
 
 		 140 aa  130  6e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0850205  normal  0.0637493 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1205  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  57.24 
 
 		 151 aa  130  6e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4313  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  54.93 
 
 		 151 aa  126  8.000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0000750143  normal  0.208214 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2417  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  47.73 
 
 		 141 aa  120  8e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.229432 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1586  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  50.36 
 
 		 151 aa  118  3e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0540164 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2124  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  46.32 
 
 		 148 aa  117  6e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0695  Rrf2 family protein  56.3 
 
 		 141 aa  110  9e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000561607  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4336  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  47.48 
 
 		 143 aa  109  1.0000000000000001e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3208  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  48.18 
 
 		 143 aa  108  2.0000000000000002e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4634  rrf2 family protein  47.48 
 
 		 143 aa  108  3e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4620  rrf2 family protein  47.48 
 
 		 143 aa  108  3e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4403  rrf2 family protein  47.48 
 
 		 143 aa  108  3e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4243  Rrf2 family protein; transcriptional regulator  47.48 
 
 		 143 aa  108  3e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.112784  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4636  rrf2 family protein  47.48 
 
 		 143 aa  108  3e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4255  Rrf2 family protein; transcriptional regulator  47.48 
 
 		 143 aa  108  3e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4743  rrf2 family protein  47.48 
 
 		 143 aa  108  3e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0619  rrf2 family protein  47.48 
 
 		 143 aa  108  3e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4616  rrf2 family protein  47.48 
 
 		 143 aa  108  3e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1321  Rrf2 family protein  45.39 
 
 		 149 aa  107  4.0000000000000004e-23  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0939  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  44.93 
 
 		 148 aa  103  1e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3614  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  42.65 
 
 		 137 aa  100  7e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0184881  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3422  rrf2 family protein  45.07 
 
 		 143 aa  100  8e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000049923 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1779  rrf2 family protein  44.37 
 
 		 143 aa  100  9e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000236415  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1758  RRF2 family protein  44.37 
 
 		 143 aa  100  9e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1736  RRF2 family protein  44.37 
 
 		 143 aa  100  9e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.582231  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2022  rrf2 family protein  45.07 
 
 		 143 aa  100  9e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000169778  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1921  rrf2 family protein  45.07 
 
 		 143 aa  100  9e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.581876  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1917  rrf2 family protein  44.37 
 
 		 143 aa  100  9e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0431103  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1953  rrf2 family protein  44.37 
 
 		 143 aa  100  9e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000194706 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1726  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  40.31 
 
 		 135 aa  99  2e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.992938 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1079  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  40.74 
 
 		 136 aa  99  2e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.7621  normal  0.359746 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1225  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  45.52 
 
 		 148 aa  97.8  5e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0259707  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2001  rrf2 family protein  43.66 
 
 		 143 aa  97.1  7e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.301895  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1791  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 143 aa  96.3  1e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000874227  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0680  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  38.52 
 
 		 140 aa  92.4  2e-18  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00302729  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1746  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 139 aa  91.7  3e-18  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.488716  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0676  hypothetical protein  39.29 
 
 		 139 aa  90.9  5e-18  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1447  RRF2 family protein  39.13 
 
 		 138 aa  88.2  4e-17  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0587227  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2649  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  42.75 
 
 		 151 aa  87.4  5e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000442413  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26060  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  41.18 
 
 		 146 aa  87.4  6e-17  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.523636  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2648  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  39.57 
 
 		 150 aa  87  7e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.68692 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2406  hypothetical protein  46.38 
 
 		 148 aa  86.3  1e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.888596  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2165  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 152 aa  85.1  3e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00710337  normal  0.480622 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0848  transcriptional regulator superfamily  38.41 
 
 		 137 aa  84.3  5e-16  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.264832  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4541  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 161 aa  84  6e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.417251  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18410  predicted transcriptional regulator  40.31 
 
 		 152 aa  83.6  8e-16  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.199021  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3265  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 173 aa  83.6  9e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5019  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 135 aa  83.6  9e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0401266  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7110  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  35.16 
 
 		 151 aa  82  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0147621  normal  0.1046 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1056  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 150 aa  82  0.000000000000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5306  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 146 aa  81.6  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4008  protein of unknown function UPF0074  40.15 
 
 		 187 aa  81.3  0.000000000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5127  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 141 aa  80.9  0.000000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1052  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 155 aa  80.9  0.000000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.816275  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5965  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  34.38 
 
 		 151 aa  80.5  0.000000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0284344 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2628  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 153 aa  79.7  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.106068 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0801  hypothetical protein  32.64 
 
 		 144 aa  78.6  0.00000000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3487  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 146 aa  79  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.740376  hitchhiker  0.00818158 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09960  hypothetical protein  32.86 
 
 		 142 aa  78.6  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0924  hypothetical protein  32.86 
 
 		 142 aa  78.6  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.945125  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2051  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  37.96 
 
 		 138 aa  77.4  0.00000000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.482177 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2591  transcriptional regulator  38.98 
 
 		 156 aa  76.3  0.0000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00374583 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0098  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  32.12 
 
 		 153 aa  74.7  0.0000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.35302  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3572  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 159 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0421402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1261  transcriptional regulator  30.99 
 
 		 153 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.62551  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1478  transcriptional regulator family protein  32.58 
 
 		 172 aa  73.9  0.0000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.113614  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2816  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  31.85 
 
 		 136 aa  74.3  0.0000000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1000  transcriptional regulator  30.99 
 
 		 153 aa  73.9  0.0000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.360873  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1311  hypothetical protein  30.99 
 
 		 153 aa  73.9  0.0000000000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0567  transcriptional regulator  30.99 
 
 		 153 aa  73.9  0.0000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0293  transcriptional regulator  30.99 
 
 		 172 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0135694  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2516  putative DNA-binding protein  31.16 
 
 		 571 aa  73.6  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1334  DNA-binding protein  31.16 
 
 		 153 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.172988  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0970  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 154 aa  73.2  0.000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.794962 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3584  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 154 aa  73.6  0.000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.855129  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2547  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 163 aa  72  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.922047  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2538  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 137 aa  72.4  0.000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000724795  normal  0.769901 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4418  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  29.01 
 
 		 154 aa  71.6  0.000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4530  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  29.01 
 
 		 154 aa  71.2  0.000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.193986  normal  0.482079 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6236  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  32.85 
 
 		 165 aa  70.9  0.000000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4048  hypothetical protein  29.01 
 
 		 154 aa  70.9  0.000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.267038  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3948  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  34.96 
 
 		 137 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.915994  normal  0.554541 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>