156 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3567 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_3567  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  100 
 
 		 152 aa  307  4e-83  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00720162 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0098  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  65.56 
 
 		 153 aa  198  1.9999999999999998e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.35302  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0970  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  63.64 
 
 		 154 aa  191  4e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.794962 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2628  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  61.18 
 
 		 153 aa  188  2e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.106068 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3584  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  65.94 
 
 		 154 aa  187  5e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.855129  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4418  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  65 
 
 		 154 aa  186  1e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4530  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  65 
 
 		 154 aa  185  2e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.193986  normal  0.482079 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4048  hypothetical protein  65 
 
 		 154 aa  185  2e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.267038  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3119  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  67.41 
 
 		 165 aa  182  1.0000000000000001e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2165  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  60.93 
 
 		 152 aa  178  2e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00710337  normal  0.480622 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3952  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  62.76 
 
 		 146 aa  177  4e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.274037  normal  0.692006 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3335  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  67.18 
 
 		 147 aa  170  5.999999999999999e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.659852  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1478  transcriptional regulator family protein  57.14 
 
 		 172 aa  163  1.0000000000000001e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.113614  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1052  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  59.15 
 
 		 155 aa  162  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.816275  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1334  DNA-binding protein  57.86 
 
 		 153 aa  161  3e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.172988  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1311  hypothetical protein  57.86 
 
 		 153 aa  160  8.000000000000001e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0567  transcriptional regulator  57.86 
 
 		 153 aa  160  8.000000000000001e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1000  transcriptional regulator  57.86 
 
 		 153 aa  160  8.000000000000001e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.360873  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0293  transcriptional regulator  57.86 
 
 		 172 aa  159  9e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0135694  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2516  putative DNA-binding protein  57.86 
 
 		 571 aa  159  1e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5965  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  56.83 
 
 		 151 aa  159  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0284344 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7110  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  55 
 
 		 151 aa  159  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0147621  normal  0.1046 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1261  transcriptional regulator  57.14 
 
 		 153 aa  157  4e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.62551  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4541  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  57.34 
 
 		 161 aa  154  3e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.417251  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3265  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  54.74 
 
 		 173 aa  151  4e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3487  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  53.47 
 
 		 146 aa  148  2e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.740376  hitchhiker  0.00818158 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5306  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  54.35 
 
 		 146 aa  147  4e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6236  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  51.8 
 
 		 165 aa  147  5e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1422  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  52.52 
 
 		 156 aa  144  4.0000000000000006e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.968203 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09960  hypothetical protein  54.35 
 
 		 142 aa  143  8.000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3572  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  52.48 
 
 		 159 aa  143  1e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0421402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0924  hypothetical protein  54.35 
 
 		 142 aa  142  1e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.945125  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2547  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  50.69 
 
 		 163 aa  137  3.9999999999999997e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.922047  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0368  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  52.59 
 
 		 152 aa  137  7.999999999999999e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.172949 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2538  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  53.03 
 
 		 137 aa  134  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000724795  normal  0.769901 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3948  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  52.67 
 
 		 137 aa  134  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.915994  normal  0.554541 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2051  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  44.53 
 
 		 138 aa  122  2e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.482177 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4329  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  48.51 
 
 		 147 aa  122  2e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3895  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  45.45 
 
 		 151 aa  115  1.9999999999999998e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.146711  normal  0.812213 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2591  transcriptional regulator  46.97 
 
 		 156 aa  106  9.000000000000001e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00374583 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2256  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  44.7 
 
 		 136 aa  102  3e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.214948  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2648  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  38.97 
 
 		 150 aa  89.7  1e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.68692 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1726  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  38.17 
 
 		 135 aa  87  8e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.992938 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4985  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  44.23 
 
 		 136 aa  80.9  0.000000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0980195  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1079  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  35.11 
 
 		 136 aa  80.9  0.000000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.7621  normal  0.359746 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3422  rrf2 family protein  32.87 
 
 		 143 aa  73.2  0.000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000049923 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2001  rrf2 family protein  32.87 
 
 		 143 aa  70.9  0.000000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.301895  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1779  rrf2 family protein  32.17 
 
 		 143 aa  69.3  0.00000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000236415  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1758  RRF2 family protein  32.17 
 
 		 143 aa  69.3  0.00000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1736  RRF2 family protein  32.17 
 
 		 143 aa  69.3  0.00000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.582231  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2022  rrf2 family protein  32.17 
 
 		 143 aa  69.3  0.00000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000169778  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1917  rrf2 family protein  32.17 
 
 		 143 aa  69.3  0.00000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0431103  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1586  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 151 aa  68.9  0.00000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0540164 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1921  rrf2 family protein  32.17 
 
 		 143 aa  69.3  0.00000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.581876  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3037  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  31.62 
 
 		 140 aa  69.3  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0850205  normal  0.0637493 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1953  rrf2 family protein  32.17 
 
 		 143 aa  69.3  0.00000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000194706 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1056  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 150 aa  68.2  0.00000000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0801  hypothetical protein  30.15 
 
 		 144 aa  67.8  0.00000000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1791  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 143 aa  67  0.00000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000874227  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4008  protein of unknown function UPF0074  29.58 
 
 		 187 aa  65.1  0.0000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4313  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 151 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0000750143  normal  0.208214 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26060  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  36.05 
 
 		 146 aa  64.7  0.0000000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.523636  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1756  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 164 aa  64.3  0.0000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1178  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 151 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000716661  normal  0.224139 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1784  Rrf2 family protein  31.33 
 
 		 153 aa  63.5  0.0000000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.121065  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1505  Rrf2 family protein  31.33 
 
 		 153 aa  63.5  0.0000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.080544  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0725  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 151 aa  63.5  0.0000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.241075  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1205  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 151 aa  63.5  0.0000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1174  Rrf2 family protein  31.33 
 
 		 153 aa  63.5  0.0000000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.246229  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1372  putative transcriptional regulator  31.33 
 
 		 153 aa  63.5  0.0000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.102116  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1376  putative transcriptional regulator  31.33 
 
 		 153 aa  63.5  0.0000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.135782  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0457  Rrf2 family protein  31.33 
 
 		 153 aa  63.5  0.0000000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3614  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  34.56 
 
 		 137 aa  63.5  0.000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0184881  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0939  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  31.82 
 
 		 148 aa  61.6  0.000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2124  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 148 aa  62  0.000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2098  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 151 aa  62  0.000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.607265  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5019  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 135 aa  61.6  0.000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0401266  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1088  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 151 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1088  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 151 aa  60.5  0.000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.683076  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1606  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  32.59 
 
 		 151 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2862  Rrf2 family protein  31.85 
 
 		 154 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.246618  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00405  hypothetical protein  31.19 
 
 		 143 aa  59.7  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00113675  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2863  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 151 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.858803 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1746  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 139 aa  59.3  0.00000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.488716  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0848  transcriptional regulator superfamily  32.84 
 
 		 137 aa  59.3  0.00000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.264832  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0695  Rrf2 family protein  31.62 
 
 		 141 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000561607  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2073  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 144 aa  58.2  0.00000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.163094  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1321  Rrf2 family protein  26.43 
 
 		 149 aa  57.8  0.00000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4616  rrf2 family protein  30.34 
 
 		 143 aa  57.4  0.00000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4636  rrf2 family protein  30.34 
 
 		 143 aa  57.4  0.00000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4634  rrf2 family protein  30.34 
 
 		 143 aa  57.4  0.00000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4403  rrf2 family protein  30.34 
 
 		 143 aa  57.4  0.00000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4243  Rrf2 family protein; transcriptional regulator  30.34 
 
 		 143 aa  57.4  0.00000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.112784  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4255  Rrf2 family protein; transcriptional regulator  30.34 
 
 		 143 aa  57.4  0.00000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4743  rrf2 family protein  30.34 
 
 		 143 aa  57.4  0.00000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4620  rrf2 family protein  30.34 
 
 		 143 aa  57.4  0.00000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0619  rrf2 family protein  30.34 
 
 		 143 aa  57.4  0.00000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0676  hypothetical protein  28.37 
 
 		 139 aa  56.2  0.0000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0680  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  27.78 
 
 		 140 aa  56.6  0.0000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00302729  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3208  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 143 aa  56.6  0.0000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>