154 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1422 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1422  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  100 
 
 		 156 aa  319  7e-87  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.968203 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1478  transcriptional regulator family protein  68.35 
 
 		 172 aa  197  6e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.113614  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1334  DNA-binding protein  66.91 
 
 		 153 aa  193  6e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.172988  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1311  hypothetical protein  67.39 
 
 		 153 aa  192  1e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0293  transcriptional regulator  67.39 
 
 		 172 aa  192  1e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0135694  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0567  transcriptional regulator  67.39 
 
 		 153 aa  192  1e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1261  transcriptional regulator  67.39 
 
 		 153 aa  192  1e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.62551  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1000  transcriptional regulator  67.39 
 
 		 153 aa  192  1e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.360873  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2516  putative DNA-binding protein  66.67 
 
 		 571 aa  189  1e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5965  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  61.87 
 
 		 151 aa  171  3.9999999999999995e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0284344 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7110  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  58.27 
 
 		 151 aa  166  9e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0147621  normal  0.1046 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2547  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  60.15 
 
 		 163 aa  158  3e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.922047  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3572  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  56.64 
 
 		 159 aa  155  3e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0421402  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5306  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  57.25 
 
 		 146 aa  153  8e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3584  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  50.34 
 
 		 154 aa  153  9e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.855129  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3487  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  57.25 
 
 		 146 aa  153  9e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.740376  hitchhiker  0.00818158 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09960  hypothetical protein  55.4 
 
 		 142 aa  152  1e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4530  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  51.37 
 
 		 154 aa  151  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.193986  normal  0.482079 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0924  hypothetical protein  54.68 
 
 		 142 aa  150  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.945125  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4418  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  51.05 
 
 		 154 aa  150  8.999999999999999e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3948  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  56.2 
 
 		 137 aa  147  4e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.915994  normal  0.554541 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4048  hypothetical protein  49.65 
 
 		 154 aa  147  8e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.267038  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0098  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  49.66 
 
 		 153 aa  145  2.0000000000000003e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.35302  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0970  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  49.65 
 
 		 154 aa  145  2.0000000000000003e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.794962 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3265  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  48.63 
 
 		 173 aa  144  6e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2628  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 153 aa  141  4e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.106068 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2165  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  51.08 
 
 		 152 aa  138  3e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00710337  normal  0.480622 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0368  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  51.11 
 
 		 152 aa  138  3e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.172949 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1052  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  50 
 
 		 155 aa  137  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.816275  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3119  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 165 aa  135  2e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6236  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  47.48 
 
 		 165 aa  134  4e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3335  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  50.38 
 
 		 147 aa  134  6.0000000000000005e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.659852  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3567  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  52.86 
 
 		 152 aa  132  9.999999999999999e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00720162 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2538  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  46.97 
 
 		 137 aa  129  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000724795  normal  0.769901 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3952  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  45.65 
 
 		 146 aa  128  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.274037  normal  0.692006 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4541  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 161 aa  126  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.417251  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4329  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  46.27 
 
 		 147 aa  120  9.999999999999999e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2051  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 138 aa  113  1.0000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.482177 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3895  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  39.1 
 
 		 151 aa  95.5  2e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.146711  normal  0.812213 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2591  transcriptional regulator  40.91 
 
 		 156 aa  89  2e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00374583 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4985  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  44.23 
 
 		 136 aa  87.4  6e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0980195  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2648  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  40.71 
 
 		 150 aa  81.6  0.000000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.68692 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2256  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 136 aa  81.3  0.000000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.214948  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1079  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  36.04 
 
 		 136 aa  74.3  0.0000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.7621  normal  0.359746 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3037  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  33.33 
 
 		 140 aa  65.9  0.0000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0850205  normal  0.0637493 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1753  putative transcriptional regulator  33.08 
 
 		 140 aa  65.1  0.0000000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00405  hypothetical protein  33.33 
 
 		 143 aa  63.2  0.000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00113675  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1726  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  32.12 
 
 		 135 aa  63.5  0.000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.992938 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4336  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 143 aa  63.5  0.000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0801  hypothetical protein  27.48 
 
 		 144 aa  62.4  0.000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4008  protein of unknown function UPF0074  28.67 
 
 		 187 aa  62.4  0.000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2093  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 144 aa  62.4  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0872269  normal  0.332036 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0939  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  33.6 
 
 		 148 aa  62.8  0.000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3208  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 143 aa  62.8  0.000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2417  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 141 aa  62  0.000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.229432 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4634  rrf2 family protein  33.08 
 
 		 143 aa  61.6  0.000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4403  rrf2 family protein  33.08 
 
 		 143 aa  61.6  0.000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4243  Rrf2 family protein; transcriptional regulator  33.08 
 
 		 143 aa  61.6  0.000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.112784  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4255  Rrf2 family protein; transcriptional regulator  33.08 
 
 		 143 aa  61.6  0.000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4636  rrf2 family protein  33.08 
 
 		 143 aa  61.6  0.000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4743  rrf2 family protein  33.08 
 
 		 143 aa  61.6  0.000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4616  rrf2 family protein  33.08 
 
 		 143 aa  61.6  0.000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4620  rrf2 family protein  33.08 
 
 		 143 aa  61.6  0.000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0619  rrf2 family protein  33.08 
 
 		 143 aa  61.6  0.000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3422  rrf2 family protein  30.22 
 
 		 143 aa  60.8  0.000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000049923 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1779  rrf2 family protein  30.22 
 
 		 143 aa  59.7  0.00000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000236415  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1758  RRF2 family protein  30.22 
 
 		 143 aa  59.7  0.00000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1736  RRF2 family protein  30.22 
 
 		 143 aa  59.7  0.00000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.582231  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1953  rrf2 family protein  30.22 
 
 		 143 aa  59.7  0.00000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000194706 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1917  rrf2 family protein  30.22 
 
 		 143 aa  59.7  0.00000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0431103  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2001  rrf2 family protein  30.43 
 
 		 143 aa  59.7  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.301895  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2022  rrf2 family protein  30.22 
 
 		 143 aa  59.3  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000169778  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1921  rrf2 family protein  30.22 
 
 		 143 aa  59.3  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.581876  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1586  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 151 aa  58.2  0.00000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0540164 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3614  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  36.75 
 
 		 137 aa  57.8  0.00000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0184881  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5019  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 135 aa  57  0.00000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0401266  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2073  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 144 aa  56.2  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.163094  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0676  hypothetical protein  29.06 
 
 		 139 aa  56.2  0.0000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2124  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 148 aa  55.8  0.0000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0624  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  26.62 
 
 		 154 aa  54.3  0.0000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0198257  normal  0.570271 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1791  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 143 aa  53.9  0.0000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000874227  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0921  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 173 aa  53.5  0.000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.343392 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26060  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  34.59 
 
 		 146 aa  52.8  0.000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.523636  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2269  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  32.23 
 
 		 174 aa  52.4  0.000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18410  predicted transcriptional regulator  37.37 
 
 		 152 aa  53.1  0.000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.199021  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0848  transcriptional regulator superfamily  28.06 
 
 		 137 aa  51.6  0.000004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.264832  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2862  Rrf2 family protein  32.14 
 
 		 154 aa  51.2  0.000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.246618  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2406  hypothetical protein  34.93 
 
 		 148 aa  51.2  0.000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.888596  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1321  Rrf2 family protein  24.83 
 
 		 149 aa  50.8  0.000006  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2649  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  32.48 
 
 		 151 aa  51.2  0.000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000442413  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1928  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 161 aa  50.8  0.000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.439593  hitchhiker  0.00175211 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5127  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  24.29 
 
 		 141 aa  50.8  0.000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1746  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 139 aa  50.4  0.000009  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.488716  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1756  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 164 aa  50.1  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1056  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 150 aa  50.1  0.00001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1447  RRF2 family protein  25.37 
 
 		 138 aa  49.7  0.00002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0587227  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2098  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 151 aa  48.5  0.00003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.607265  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1178  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 151 aa  48.1  0.00004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000716661  normal  0.224139 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2816  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  23.68 
 
 		 136 aa  48.1  0.00005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1205  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 151 aa  47.8  0.00007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>