127 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1254 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1254  phage integrase family protein  100 
 
 		 186 aa  384  1e-106  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.709211 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1448  phage integrase family site specific recombinase  86.17 
 
 		 188 aa  330  7.000000000000001e-90  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1694  phage integrase family protein  86.17 
 
 		 212 aa  330  1e-89  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.470129  normal  0.0225811 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1771  phage integrase family protein  86.17 
 
 		 204 aa  329  1e-89  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.753085 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1799  phage integrase family protein  85.64 
 
 		 204 aa  327  5.0000000000000004e-89  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.968459  normal  0.396821 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0377  integrase family protein  72.04 
 
 		 186 aa  279  1e-74  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000239772 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3517  phage integrase family protein  71.51 
 
 		 188 aa  277  8e-74  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1255  integrase family protein  71.51 
 
 		 186 aa  276  1e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001839  site-specific recombinase phage integrase family  63.98 
 
 		 186 aa  249  1e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2953  phage integrase family site specific recombinase  58.06 
 
 		 186 aa  235  4e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.603832  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2711  prophage LambdaBa04, site-specific recombinase, phage integrase family  36.36 
 
 		 180 aa  109  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0042219  normal  0.247582 
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3453  integrase family protein  35.57 
 
 		 189 aa  104  9e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.590005  normal  0.791222 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1368  prophage LambdaBa04, site-specific recombinase, phage integrase family  37.91 
 
 		 180 aa  103  1e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.358053 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4009  prophage LambdaBa04, site-specific recombinase, phage integrase family  36.6 
 
 		 180 aa  103  1e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3599  integrase family protein  34.42 
 
 		 180 aa  100  1e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.616601  n/a   
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3590  integrase family protein  35.57 
 
 		 189 aa  99  3e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  0.0592429  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0652  DNA integration/recombination/invertion protein  35.06 
 
 		 180 aa  98.6  5e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2613  prophage LambdaBa04, site-specific recombinase, phage integrase family  31.91 
 
 		 180 aa  98.6  5e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.301879  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1859  prophage LambdaSa2, site-specific recombinase phage integrase family protein  32.96 
 
 		 180 aa  97.1  1e-19  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00377207  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0174  integrase family protein  38.86 
 
 		 186 aa  89.7  2e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00273109  n/a   
 
 
-
 
NC_010724  Nther_2955  integrase family protein  34.52 
 
 		 187 aa  85.9  3e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.819146  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1590  phage integrase family site specific recombinase  29.28 
 
 		 182 aa  85.1  5e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000133866  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0577  prophage LambdaBa02, site-specific recombinase, phage integrase family  29.05 
 
 		 180 aa  85.1  5e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3811  prophage LambdaBa02, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  29.44 
 
 		 180 aa  84  0.000000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0141622  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4099  prophage lambdaba02, site-specific recombinase phage integrase family protein protein  31.51 
 
 		 169 aa  82.8  0.000000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010182  BcerKBAB4_5345  integrase family protein  32.69 
 
 		 182 aa  81.6  0.000000000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007105  pE33L54_0017  prophage integration/recombination/invertion protein  31.38 
 
 		 190 aa  80.5  0.00000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000444728  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0815  integrase family protein  32.02 
 
 		 183 aa  79.7  0.00000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3451  integrase family protein  38.62 
 
 		 186 aa  77.8  0.00000000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0127606  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1007  site-specific recombinase  34.72 
 
 		 183 aa  76.3  0.0000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  8.22552e-63 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4392  prophage LambdaBa02, site-specific recombinase, phage integrase family  30.39 
 
 		 180 aa  75.9  0.0000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2230  prophage LambdaBa02, site-specific recombinase, phage integrase family  29.67 
 
 		 180 aa  75.5  0.0000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007107  pE33L9_0009  integrase/recombinase  28.72 
 
 		 190 aa  73.9  0.000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0312  phage integrase  29.35 
 
 		 209 aa  73.9  0.000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012790  GWCH70_3470  integrase family protein  32.03 
 
 		 182 aa  73.9  0.000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0412  integrase  29.26 
 
 		 190 aa  73.2  0.000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0192917  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1165  integrase family protein  31.05 
 
 		 187 aa  73.6  0.000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011656  BCAH187_E0001  site-specific recombinase  31.79 
 
 		 190 aa  72.8  0.000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.149945  normal  1 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0164  DNA integration/recombination/inversion protein  28.72 
 
 		 190 aa  70.1  0.00000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0167632  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4855  site-specific recombinase, phage integrase family  28.14 
 
 		 188 aa  70.1  0.00000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008496  LEUM_A08  integrase  30.27 
 
 		 195 aa  69.3  0.00000000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000000003137  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0382  site-specific recombinase, phage integrase family  28 
 
 		 188 aa  69.3  0.00000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4494  phage integrase family site specific recombinase  31.35 
 
 		 188 aa  68.6  0.00000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4886  phage integrase family site specific recombinase  30.27 
 
 		 188 aa  67.4  0.0000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4476  phage integrase family site specific recombinase  30.27 
 
 		 188 aa  67.4  0.0000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4641  phage integrase family site specific recombinase  30.32 
 
 		 188 aa  67  0.0000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4995  phage integrase family site specific recombinase  30.32 
 
 		 188 aa  67  0.0000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4574  integrase family protein  29.79 
 
 		 188 aa  66.6  0.0000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4865  site-specific recombinase, phage integrase family  30.32 
 
 		 188 aa  67  0.0000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4879  site-specific recombinase, phage integrase family  29.73 
 
 		 188 aa  65.9  0.0000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2286  phage integrase  32.97 
 
 		 188 aa  65.5  0.0000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000274502  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0439  phage integrase, C-terminus  48.21 
 
 		 73 aa  64.7  0.0000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.264159  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0998  phage integrase family protein  30 
 
 		 215 aa  59.7  0.00000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00570052  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0772  integrase family protein  33.12 
 
 		 209 aa  59.3  0.00000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2339  integrase family protein  29.56 
 
 		 210 aa  58.9  0.00000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0020288 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6236  integrase family protein  30.52 
 
 		 207 aa  57  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2232  integrase family protein  30.19 
 
 		 197 aa  56.6  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.394376  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2102  integrase family protein  30.43 
 
 		 193 aa  56.6  0.0000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2240  integrase family protein  30.19 
 
 		 197 aa  56.6  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000448435  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0824  phage integrase family protein  28.86 
 
 		 197 aa  55.1  0.0000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.917981  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5964  Phage integrase  26.37 
 
 		 208 aa  54.7  0.0000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3467  integrase family protein  28.86 
 
 		 197 aa  54.7  0.0000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0119  integrase family protein  30.61 
 
 		 209 aa  53.9  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2776  phage integrase  28.47 
 
 		 316 aa  53.5  0.000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0149476  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0811  Phage integrase  28.57 
 
 		 208 aa  52.4  0.000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06813  integrase  30.2 
 
 		 197 aa  52.8  0.000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3208  phage integrase family protein  29.25 
 
 		 204 aa  52.4  0.000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0839313  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0217  phage integrase family protein  29.49 
 
 		 200 aa  52.4  0.000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0791  integrase family protein  31.97 
 
 		 209 aa  52.4  0.000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.334688  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3357  integrase family protein  30.61 
 
 		 209 aa  52.4  0.000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.276444  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2164  phage integrase family protein  28.48 
 
 		 198 aa  51.6  0.000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1123  phage integrase family protein  28.48 
 
 		 198 aa  51.2  0.000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1181  phage integrase family protein  28.48 
 
 		 198 aa  51.2  0.000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.820562  normal  0.553114 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3899  phage integrase family protein  28.48 
 
 		 198 aa  51.2  0.000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0438  phage integrase, N-terminus  39.06 
 
 		 97 aa  50.8  0.00001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0989457  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1407  integrase family protein  27.43 
 
 		 374 aa  50.8  0.00001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0609363  normal  0.0878514 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1729  phage integrase family protein  31.33 
 
 		 207 aa  50.4  0.00002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.425016  normal  0.48456 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0127  hypothetical protein, putative phage gene  31.43 
 
 		 273 aa  50.1  0.00002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2062  phage integrase family site specific recombinase  27.92 
 
 		 198 aa  49.3  0.00003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.27505  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1370  phage integrase family site specific recombinase  24.5 
 
 		 179 aa  49.3  0.00003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1481  phage integrase family site specific recombinase  24.5 
 
 		 176 aa  49.7  0.00003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0378  integrase family protein  30.2 
 
 		 190 aa  49.7  0.00003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3446  phage integrase family protein  31.94 
 
 		 163 aa  48.9  0.00004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.993422  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0728  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.59 
 
 		 330 aa  49.3  0.00004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.442089  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1586  phage integrase family site specific recombinase  25.17 
 
 		 176 aa  48.5  0.00006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.645051  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1343  phage integrase family site specific recombinase  25.17 
 
 		 179 aa  48.1  0.00006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.311312  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1342  phage integrase family site specific recombinase  25.17 
 
 		 179 aa  48.1  0.00006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1950  phage integrase family protein  27.52 
 
 		 197 aa  48.1  0.00006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.827298  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1553  site-specific recombinase, phage integrase family  25.17 
 
 		 176 aa  48.5  0.00006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000100783 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1622  site-specific recombinase, phage integrase family  25.17 
 
 		 176 aa  48.5  0.00006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1516  site-specific recombinase, phage integrase family  25.17 
 
 		 176 aa  48.5  0.00006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4790  integrase family protein  29.56 
 
 		 209 aa  48.5  0.00006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1384  integrase family protein  25.17 
 
 		 176 aa  48.1  0.00007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.334457  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2590  hypothetical protein  26.67 
 
 		 210 aa  47.8  0.00008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0020859 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0251  phage integrase family protein  28.86 
 
 		 198 aa  47.4  0.0001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.705292 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3829  site-specific recombinase, phage integrase family  25.17 
 
 		 176 aa  47.4  0.0001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000329942 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1185  phage integrase family protein  25 
 
 		 176 aa  47  0.0001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00690161  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3034  integrase family protein  25.5 
 
 		 206 aa  47.4  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.155662  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2671  phage integrase family protein  24.43 
 
 		 191 aa  47  0.0002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.196134  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2386  integrase family protein  26.49 
 
 		 208 aa  46.6  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>