More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1335 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_1335  short chain dehydrogenase family protein  100 
 
 		 247 aa  509  1e-143  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00551908  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2600  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.16 
 
 		 258 aa  339  2e-92  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000480386  hitchhiker  0.000000443735 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.16 
 
 		 258 aa  339  2e-92  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000108179  normal  0.0377265 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1674  short chain dehydrogenase family protein  65.16 
 
 		 247 aa  338  5.9999999999999996e-92  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2774  short chain dehydrogenase family protein  65.16 
 
 		 258 aa  337  8e-92  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.051909  hitchhiker  0.000224975 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1393  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.93 
 
 		 247 aa  337  1.9999999999999998e-91  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0083444  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1491  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.34 
 
 		 247 aa  334  9e-91  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000349992  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2860  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.34 
 
 		 247 aa  334  9e-91  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0264369  hitchhiker  0.0000000000470617 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1486  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.34 
 
 		 247 aa  334  9e-91  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0978937  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1522  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.93 
 
 		 247 aa  333  1e-90  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0183678  normal  0.814955 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2553  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.66 
 
 		 256 aa  322  2e-87  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2786  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.92 
 
 		 257 aa  321  8e-87  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0573631  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1470  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.82 
 
 		 255 aa  320  9.999999999999999e-87  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00108636  hitchhiker  0.000219096 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.51 
 
 		 255 aa  314  8e-85  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0196374  unclonable  0.0000000191957 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1372  short chain dehydrogenase family protein  59.18 
 
 		 274 aa  302  4.0000000000000003e-81  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0570365 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3431  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.48 
 
 		 238 aa  158  7e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000136725 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2296  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.76 
 
 		 238 aa  138  8.999999999999999e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0366896 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.34 
 
 		 249 aa  134  9.999999999999999e-31  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0449  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.77 
 
 		 257 aa  111  9e-24  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.237578  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2534  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.29 
 
 		 247 aa  109  4.0000000000000004e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2872  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.14 
 
 		 222 aa  102  6e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.17 
 
 		 249 aa  95.9  6e-19  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.000668025  hitchhiker  0.00000185563 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3863  short chain dehydrogenase  27.84 
 
 		 260 aa  72.4  0.000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.331172  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.23 
 
 		 249 aa  68.9  0.00000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.646056  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.09 
 
 		 260 aa  67.8  0.0000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0117  short chain dehydrogenase  24.69 
 
 		 250 aa  67.8  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0459  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.33 
 
 		 260 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.240703 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1550  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.5 
 
 		 248 aa  67.8  0.0000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1727  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.07 
 
 		 265 aa  67.4  0.0000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.218017  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0429  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  30.33 
 
 		 260 aa  67  0.0000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.406504 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0462  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.33 
 
 		 260 aa  67  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.767614  hitchhiker  0.00534124 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0185  short chain dehydrogenase  26.02 
 
 		 256 aa  65.9  0.0000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6249  short chain dehydrogenase  27.5 
 
 		 245 aa  65.9  0.0000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2453  short chain dehydrogenase  28.4 
 
 		 261 aa  65.9  0.0000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6048  short chain dehydrogenase  27.97 
 
 		 266 aa  65.9  0.0000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.549002  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3786  short chain dehydrogenase  25.31 
 
 		 246 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.468877 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5106  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.6 
 
 		 262 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.311622  normal  0.753041 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8914  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.74 
 
 		 255 aa  64.7  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.505504 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08440  putative short chain alcohol dehydrogenase  24.9 
 
 		 266 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000229698 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1537  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.5 
 
 		 255 aa  64.3  0.000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0896  short chain dehydrogenase  25.71 
 
 		 246 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.15 
 
 		 278 aa  63.2  0.000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.343225  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0660  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.19 
 
 		 284 aa  63.2  0.000000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1221  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  23.11 
 
 		 241 aa  62.8  0.000000005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.810471 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4572  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.98 
 
 		 258 aa  62.8  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0352  short chain dehydrogenase  27.94 
 
 		 259 aa  62.8  0.000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0601  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  25.86 
 
 		 258 aa  62.4  0.000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2965  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.42 
 
 		 293 aa  62.8  0.000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4209  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.31 
 
 		 247 aa  62.4  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.351821  normal  0.500614 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1010  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.31 
 
 		 254 aa  62.4  0.000000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.904003  normal  0.571542 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3487  short chain dehydrogenase  24.9 
 
 		 270 aa  62  0.000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4895  short chain dehydrogenase  25.4 
 
 		 258 aa  62  0.000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000739396  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.39 
 
 		 263 aa  62  0.000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.19807  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0130  short chain dehydrogenase  25.88 
 
 		 265 aa  61.6  0.00000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.727225  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0799  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  24.9 
 
 		 266 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2567  short chain dehydrogenase  25.1 
 
 		 245 aa  60.8  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3968  short chain dehydrogenase  23.9 
 
 		 269 aa  60.5  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0231224  normal  0.018096 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3439  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.34 
 
 		 270 aa  61.2  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.349709 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2452  short chain dehydrogenase  26.25 
 
 		 250 aa  60.8  0.00000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6207  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.01 
 
 		 277 aa  60.8  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3908  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.58 
 
 		 272 aa  60.1  0.00000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.106718  normal  0.186536 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4129  short chain dehydrogenase  24.9 
 
 		 270 aa  60.1  0.00000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1853  short chain dehydrogenase  25.82 
 
 		 249 aa  60.1  0.00000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.787999  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.83 
 
 		 272 aa  60.1  0.00000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.15703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0407  short chain dehydrogenase  27.89 
 
 		 259 aa  59.7  0.00000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.317505  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1201  short chain dehydrogenase  24.7 
 
 		 289 aa  59.7  0.00000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0718298  normal  0.0224844 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5585  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.41 
 
 		 265 aa  60.1  0.00000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.892025  normal  0.853623 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0427  short chain dehydrogenase  28.69 
 
 		 259 aa  59.7  0.00000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1889  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.52 
 
 		 256 aa  59.3  0.00000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2000  short chain dehydrogenase  27.49 
 
 		 259 aa  58.9  0.00000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0087  short chain dehydrogenase  27.49 
 
 		 259 aa  58.9  0.00000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1708  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26 
 
 		 250 aa  58.9  0.00000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.361807  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0589  short chain dehydrogenase  27.49 
 
 		 259 aa  58.9  0.00000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2288  short chain dehydrogenase  27.49 
 
 		 259 aa  58.9  0.00000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3096  short chain dehydrogenase  27.49 
 
 		 259 aa  58.9  0.00000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3307  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.9 
 
 		 275 aa  59.3  0.00000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4421  short chain dehydrogenase  25.82 
 
 		 249 aa  58.9  0.00000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.794825 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0208  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  23.53 
 
 		 263 aa  58.9  0.00000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.196422  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4335  short chain dehydrogenase  25.82 
 
 		 249 aa  58.9  0.00000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0693718  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4715  short chain dehydrogenase  25.82 
 
 		 249 aa  58.9  0.00000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.39 
 
 		 282 aa  58.9  0.00000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.390824  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0726  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  22.66 
 
 		 366 aa  58.9  0.00000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.642345  normal  1 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  22.73 
 
 		 300 aa  58.9  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.67964 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4881  short chain dehydrogenase  25.91 
 
 		 249 aa  58.5  0.00000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.968651 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13470  short chain dehydrogenase  25.23 
 
 		 251 aa  58.2  0.0000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12310  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  27.1 
 
 		 270 aa  58.2  0.0000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.3676  normal  0.223065 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38500  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  23.97 
 
 		 253 aa  57.4  0.0000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0468  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  20.85 
 
 		 257 aa  57.4  0.0000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0498  short chain dehydrogenase  26.36 
 
 		 243 aa  57.4  0.0000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.795397 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2301  short chain dehydrogenase  24.8 
 
 		 246 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00458311  hitchhiker  0.00750193 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6265  short chain dehydrogenase  30.38 
 
 		 257 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1974  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.39 
 
 		 258 aa  57.8  0.0000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6402  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  23.32 
 
 		 277 aa  57.4  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000182624  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10962  short chain dehydrogenase  25.68 
 
 		 253 aa  57  0.0000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.247015 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3938  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  23.36 
 
 		 262 aa  57  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3342  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.64 
 
 		 245 aa  57  0.0000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.468783  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2834  short chain dehydrogenase  31.01 
 
 		 257 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.499263 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4248  short chain dehydrogenase  26.02 
 
 		 259 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.215124 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2971  short chain dehydrogenase  31.01 
 
 		 257 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0371  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.05 
 
 		 243 aa  56.2  0.0000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>