More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4209 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_4209  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 		 247 aa  498  1e-140  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.351821  normal  0.500614 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2567  short chain dehydrogenase  42.04 
 
 		 245 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6249  short chain dehydrogenase  44.08 
 
 		 245 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1550  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.95 
 
 		 248 aa  199  3e-50  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2301  short chain dehydrogenase  41.22 
 
 		 246 aa  194  2e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00458311  hitchhiker  0.00750193 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1010  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.74 
 
 		 254 aa  191  9e-48  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.904003  normal  0.571542 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0498  short chain dehydrogenase  43.27 
 
 		 243 aa  189  2.9999999999999997e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.795397 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0171  short chain dehydrogenase  41.22 
 
 		 246 aa  189  4e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.808724 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1708  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.73 
 
 		 250 aa  185  7e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.361807  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2273  short chain dehydrogenase  43.27 
 
 		 246 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.869936  normal  0.452458 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3786  short chain dehydrogenase  40.82 
 
 		 246 aa  178  5.999999999999999e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.468877 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0896  short chain dehydrogenase  40.41 
 
 		 246 aa  178  7e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.98 
 
 		 254 aa  177  1e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 		 249 aa  175  5e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.726547  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2832  short chain dehydrogenase  38.65 
 
 		 244 aa  166  2.9999999999999998e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0580098  normal  0.214495 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1648  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 		 245 aa  163  2.0000000000000002e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1950  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.68 
 
 		 246 aa  160  3e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0143  short chain dehydrogenase  38.71 
 
 		 243 aa  155  5.0000000000000005e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.896795 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4050  short chain dehydrogenase  36.03 
 
 		 243 aa  155  8e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.119249  normal  0.0322229 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 		 255 aa  153  2.9999999999999998e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.376241  normal  0.808586 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1219  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 		 243 aa  152  2.9999999999999998e-36  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5791  short chain dehydrogenase  36.55 
 
 		 249 aa  144  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1597  short chain dehydrogenase  35.71 
 
 		 245 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.139184  normal  0.109463 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1026  short chain dehydrogenase  32.64 
 
 		 270 aa  133  1.9999999999999998e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.969015  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2164  short chain dehydrogenase  35.39 
 
 		 247 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_3976  short chain dehydrogenase  39.68 
 
 		 245 aa  132  3e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00930617  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0976  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.86 
 
 		 244 aa  130  2.0000000000000002e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.29 
 
 		 251 aa  126  3e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.150929 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7180  short chain dehydrogenase  34 
 
 		 248 aa  124  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.367118  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01390  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  33.05 
 
 		 251 aa  115  8.999999999999998e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.253341 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1177  short chain dehydrogenase  32.27 
 
 		 260 aa  113  3e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.56412  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5001  short chain dehydrogenase  35.03 
 
 		 256 aa  111  9e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5382  short chain dehydrogenase  35.03 
 
 		 256 aa  111  9e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5089  short chain dehydrogenase  35.03 
 
 		 256 aa  111  9e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.415289 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5628  short chain dehydrogenase  31.98 
 
 		 260 aa  110  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.391011  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.84 
 
 		 254 aa  109  3e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13825  short chain dehydrogenase  34.39 
 
 		 254 aa  109  3e-23  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1741  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.3 
 
 		 252 aa  107  2e-22  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1759  hypothetical protein  29.27 
 
 		 240 aa  107  2e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1759  hypothetical protein  29.67 
 
 		 240 aa  105  5e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0251  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.99 
 
 		 253 aa  105  7e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.29884  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3873  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.39 
 
 		 257 aa  104  1e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00422733 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2475  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.98 
 
 		 252 aa  104  1e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.907428  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03335  putative oxidoreductase  36.23 
 
 		 240 aa  102  5e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.472323  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4120  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.57 
 
 		 254 aa  101  1e-20  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.2 
 
 		 247 aa  100  2e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0680281  normal  0.231101 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22830  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  30.92 
 
 		 247 aa  100  3e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.702609 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3435  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.79 
 
 		 249 aa  99.4  5e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.220031  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0271  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.92 
 
 		 250 aa  97.4  2e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1903  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.39 
 
 		 242 aa  94.4  2e-18  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2296  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.74 
 
 		 238 aa  92.8  5e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0366896 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2462  putative short chain dehydrogenase  31.12 
 
 		 255 aa  91.7  1e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12109  short-chain type dehydrogenase  32.5 
 
 		 249 aa  91.3  1e-17  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0969854  normal  0.809118 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3431  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 		 238 aa  91.7  1e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000136725 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.63 
 
 		 249 aa  89.7  4e-17  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.000668025  hitchhiker  0.00000185563 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2519  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.88 
 
 		 260 aa  87.4  2e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.362714  normal  0.975867 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2482  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.88 
 
 		 260 aa  87.4  2e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.257102  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2177  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.92 
 
 		 256 aa  87.4  2e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.108863  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0813  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.04 
 
 		 249 aa  87.4  2e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2527  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.88 
 
 		 260 aa  87.4  2e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.712859 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3253  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.62 
 
 		 264 aa  85.9  6e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.200417  normal  0.189117 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4024  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.12 
 
 		 247 aa  83.6  0.000000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0286474  normal  0.0317437 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3539  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.75 
 
 		 271 aa  84.3  0.000000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3135  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.33 
 
 		 246 aa  84  0.000000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3342  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.94 
 
 		 245 aa  83.2  0.000000000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.468783  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1141  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.52 
 
 		 244 aa  83.2  0.000000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.46714  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4248  short chain dehydrogenase  28.97 
 
 		 259 aa  82.8  0.000000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.215124 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1974  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.86 
 
 		 258 aa  81.6  0.00000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2049  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  27.66 
 
 		 230 aa  80.9  0.00000000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2453  short chain dehydrogenase  29.73 
 
 		 261 aa  80.5  0.00000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33490  short-chain alcohol dehydrogenase  29.95 
 
 		 247 aa  80.5  0.00000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.343117  normal  0.392445 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1889  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.31 
 
 		 256 aa  80.5  0.00000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0352  short chain dehydrogenase  29.92 
 
 		 259 aa  79  0.00000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2785  short chain dehydrogenase  29.32 
 
 		 254 aa  79  0.00000000000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.73728  normal  0.939169 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6265  short chain dehydrogenase  31.37 
 
 		 257 aa  79  0.00000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0286  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.48 
 
 		 267 aa  78.6  0.00000000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.07 
 
 		 300 aa  78.6  0.00000000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.261261  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.09 
 
 		 267 aa  78.2  0.0000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0396452 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0470  short chain dehydrogenase  26.98 
 
 		 259 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.382263 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12310  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  31.55 
 
 		 270 aa  77  0.0000000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.3676  normal  0.223065 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0099  short chain dehydrogenase  33.17 
 
 		 265 aa  76.6  0.0000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2904  short chain dehydrogenase  30.86 
 
 		 261 aa  76.3  0.0000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000166666  decreased coverage  0.000436169 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3307  short chain dehydrogenase  30.86 
 
 		 261 aa  76.3  0.0000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0864591  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6445  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.58 
 
 		 272 aa  76.3  0.0000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0468  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.57 
 
 		 257 aa  75.9  0.0000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01434  Short chain dehydrogenase family protein  26.53 
 
 		 239 aa  75.9  0.0000000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.2 
 
 		 260 aa  75.9  0.0000000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1729  short chain dehydrogenase  30.09 
 
 		 227 aa  75.9  0.0000000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0407  short chain dehydrogenase  29.13 
 
 		 259 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.317505  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2000  short chain dehydrogenase  29.13 
 
 		 259 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0087  short chain dehydrogenase  29.13 
 
 		 259 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0589  short chain dehydrogenase  29.13 
 
 		 259 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4895  short chain dehydrogenase  27.95 
 
 		 258 aa  74.7  0.000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000739396  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3096  short chain dehydrogenase  29.13 
 
 		 259 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2288  short chain dehydrogenase  29.13 
 
 		 259 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4715  short chain dehydrogenase  30.77 
 
 		 249 aa  73.9  0.000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2087  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.95 
 
 		 259 aa  74.3  0.000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1221  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  26.4 
 
 		 241 aa  73.6  0.000000000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.810471 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0727  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.43 
 
 		 245 aa  73.6  0.000000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00978147  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2922  short chain dehydrogenase  28.72 
 
 		 257 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>