More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_2296 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_2296  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 		 238 aa  485  1e-136  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0366896 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3431  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.08 
 
 		 238 aa  297  1e-79  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000136725 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.42 
 
 		 249 aa  234  1.0000000000000001e-60  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0449  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.81 
 
 		 257 aa  198  7e-50  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.237578  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2872  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.34 
 
 		 222 aa  192  6e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2534  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.91 
 
 		 247 aa  186  3e-46  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.4 
 
 		 249 aa  182  4.0000000000000006e-45  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.000668025  hitchhiker  0.00000185563 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2774  short chain dehydrogenase family protein  40.52 
 
 		 258 aa  167  1e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.051909  hitchhiker  0.000224975 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1372  short chain dehydrogenase family protein  39.48 
 
 		 274 aa  167  1e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0570365 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2553  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.36 
 
 		 256 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1674  short chain dehydrogenase family protein  40.52 
 
 		 247 aa  166  4e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1470  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.36 
 
 		 255 aa  166  4e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00108636  hitchhiker  0.000219096 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2600  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.52 
 
 		 258 aa  165  5.9999999999999996e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000480386  hitchhiker  0.000000443735 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.52 
 
 		 258 aa  165  5.9999999999999996e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000108179  normal  0.0377265 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1393  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.09 
 
 		 247 aa  165  6.9999999999999995e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0083444  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.34 
 
 		 255 aa  156  3e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0196374  unclonable  0.0000000191957 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1486  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.79 
 
 		 247 aa  153  2e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0978937  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1491  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.79 
 
 		 247 aa  153  2e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000349992  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2860  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.79 
 
 		 247 aa  153  2e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0264369  hitchhiker  0.0000000000470617 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1522  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.36 
 
 		 247 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0183678  normal  0.814955 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2786  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.64 
 
 		 257 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0573631  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1221  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.47 
 
 		 241 aa  140  1.9999999999999998e-32  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.810471 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1335  short chain dehydrogenase family protein  34.76 
 
 		 247 aa  138  8.999999999999999e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00551908  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.65 
 
 		 260 aa  129  3e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2453  short chain dehydrogenase  34.69 
 
 		 261 aa  108  6e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2218  short chain dehydrogenase  27.8 
 
 		 249 aa  104  1e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0632  short chain dehydrogenase  29.46 
 
 		 249 aa  103  3e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1201  short chain dehydrogenase  28.33 
 
 		 289 aa  102  6e-21  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0718298  normal  0.0224844 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0885  short chain dehydrogenase  27.94 
 
 		 250 aa  102  6e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1219  short chain dehydrogenase  27.46 
 
 		 243 aa  100  1e-20  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1188  short chain dehydrogenase  27.92 
 
 		 291 aa  99.8  3e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0152839  normal  0.145128 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3342  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.47 
 
 		 245 aa  97.4  2e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.468783  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5791  short chain dehydrogenase  29.32 
 
 		 249 aa  96.3  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1010  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.13 
 
 		 254 aa  95.9  5e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.904003  normal  0.571542 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2452  short chain dehydrogenase  30.38 
 
 		 250 aa  95.9  5e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.88 
 
 		 247 aa  95.1  8e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.425796  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0185  short chain dehydrogenase  28.87 
 
 		 256 aa  94.4  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4209  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.74 
 
 		 247 aa  92.8  4e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.351821  normal  0.500614 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0469  short chain dehydrogenase  26.74 
 
 		 292 aa  92  6e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3863  short chain dehydrogenase  31.58 
 
 		 260 aa  92  8e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.331172  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0117  short chain dehydrogenase  26.91 
 
 		 250 aa  90.1  3e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1950  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.51 
 
 		 246 aa  89.4  4e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1903  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.74 
 
 		 242 aa  89.7  4e-17  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4715  short chain dehydrogenase  30.71 
 
 		 249 aa  89.4  4e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13470  short chain dehydrogenase  27.02 
 
 		 251 aa  89.4  5e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4335  short chain dehydrogenase  30.71 
 
 		 249 aa  89.4  5e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0693718  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4421  short chain dehydrogenase  30.71 
 
 		 249 aa  89.4  5e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.794825 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4050  short chain dehydrogenase  24.69 
 
 		 243 aa  89  6e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.119249  normal  0.0322229 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6048  short chain dehydrogenase  28.81 
 
 		 266 aa  89  6e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.549002  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3487  short chain dehydrogenase  28.93 
 
 		 270 aa  88.2  1e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0352  short chain dehydrogenase  29.46 
 
 		 259 aa  88.2  1e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2676  short chain dehydrogenase  30.89 
 
 		 264 aa  87.8  1e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.989358 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0171  short chain dehydrogenase  26.12 
 
 		 246 aa  87.4  2e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.808724 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3871  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 		 263 aa  87.4  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0320  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.39 
 
 		 240 aa  86.7  3e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0749  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.35 
 
 		 261 aa  85.9  5e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3237  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  30.58 
 
 		 262 aa  85.5  6e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.85457  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1063  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  30.58 
 
 		 262 aa  85.5  7e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2291  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  30.58 
 
 		 262 aa  85.5  7e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.448302  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3288  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  30.58 
 
 		 262 aa  85.5  7e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0537  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  30.58 
 
 		 262 aa  85.5  7e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.618923  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2168  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  30.58 
 
 		 262 aa  85.5  7e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.408948  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3273  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  30.58 
 
 		 262 aa  85.5  7e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0470  short chain dehydrogenase  29.58 
 
 		 259 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.382263 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0976  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.16 
 
 		 244 aa  83.6  0.000000000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4129  short chain dehydrogenase  28.51 
 
 		 270 aa  83.6  0.000000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4248  short chain dehydrogenase  29.55 
 
 		 259 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.215124 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0041  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.5 
 
 		 257 aa  82.8  0.000000000000004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0407  short chain dehydrogenase  28.63 
 
 		 259 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.317505  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2000  short chain dehydrogenase  28.63 
 
 		 259 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0087  short chain dehydrogenase  28.63 
 
 		 259 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0589  short chain dehydrogenase  28.63 
 
 		 259 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3096  short chain dehydrogenase  28.63 
 
 		 259 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2288  short chain dehydrogenase  28.63 
 
 		 259 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2567  short chain dehydrogenase  26.1 
 
 		 245 aa  82.4  0.000000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1759  hypothetical protein  25.83 
 
 		 240 aa  82.4  0.000000000000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2855  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.83 
 
 		 230 aa  82.4  0.000000000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0271383  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1026  short chain dehydrogenase  28.1 
 
 		 270 aa  82  0.000000000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.969015  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10962  short chain dehydrogenase  31.44 
 
 		 253 aa  82  0.000000000000007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.247015 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1759  hypothetical protein  25.83 
 
 		 240 aa  81.6  0.00000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2301  short chain dehydrogenase  25.61 
 
 		 246 aa  81.3  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00458311  hitchhiker  0.00750193 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3786  short chain dehydrogenase  24.49 
 
 		 246 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.468877 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0427  short chain dehydrogenase  28.22 
 
 		 259 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3806  short chain dehydrogenase  29.84 
 
 		 260 aa  80.5  0.00000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.187681 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.42 
 
 		 263 aa  80.9  0.00000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.19807  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1148  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.12 
 
 		 261 aa  80.9  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0372396  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4017  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.36 
 
 		 245 aa  80.5  0.00000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.980517  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1853  short chain dehydrogenase  28.28 
 
 		 249 aa  80.1  0.00000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.787999  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1597  short chain dehydrogenase  27.35 
 
 		 245 aa  80.9  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.139184  normal  0.109463 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4895  short chain dehydrogenase  27.27 
 
 		 258 aa  79.3  0.00000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000739396  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0780  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.8 
 
 		 251 aa  79  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6249  short chain dehydrogenase  27.53 
 
 		 245 aa  79  0.00000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7180  short chain dehydrogenase  26.61 
 
 		 248 aa  78.6  0.00000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.367118  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5291  short chain dehydrogenase  28.74 
 
 		 260 aa  78.2  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2271  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  23.58 
 
 		 262 aa  78.2  0.0000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4881  short chain dehydrogenase  28.69 
 
 		 249 aa  77.8  0.0000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.968651 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2049  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  26.06 
 
 		 230 aa  77.4  0.0000000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1708  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26 
 
 		 250 aa  77.4  0.0000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.361807  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3307  short chain dehydrogenase  27.64 
 
 		 261 aa  76.6  0.0000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0864591  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2904  short chain dehydrogenase  27.64 
 
 		 261 aa  76.6  0.0000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000166666  decreased coverage  0.000436169 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>