More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_4895 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007948  Bpro_4895  short chain dehydrogenase  100 
 
 
258 aa  523  1e-147  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000739396  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5291  short chain dehydrogenase  74.31 
 
 
260 aa  385  1e-106  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4129  short chain dehydrogenase  71.37 
 
 
270 aa  375  1e-103  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3487  short chain dehydrogenase  71.76 
 
 
270 aa  377  1e-103  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0151  short chain dehydrogenase  73.52 
 
 
261 aa  366  1e-100  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4782  short chain dehydrogenase  76.19 
 
 
264 aa  361  5.0000000000000005e-99  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3806  short chain dehydrogenase  67.06 
 
 
260 aa  342  2.9999999999999997e-93  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.187681 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6048  short chain dehydrogenase  63.64 
 
 
266 aa  334  7.999999999999999e-91  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.549002  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0185  short chain dehydrogenase  62.85 
 
 
267 aa  305  3e-82  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3863  short chain dehydrogenase  53.28 
 
 
260 aa  243  3e-63  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.331172  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0352  short chain dehydrogenase  52.76 
 
 
259 aa  231  8.000000000000001e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0427  short chain dehydrogenase  52.76 
 
 
259 aa  230  2e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0142  short chain dehydrogenase  52.85 
 
 
266 aa  230  2e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0407  short chain dehydrogenase  52.36 
 
 
259 aa  229  3e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.317505  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2000  short chain dehydrogenase  52.36 
 
 
259 aa  229  4e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0087  short chain dehydrogenase  52.36 
 
 
259 aa  229  4e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0130  short chain dehydrogenase  49.62 
 
 
265 aa  229  4e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.727225  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0589  short chain dehydrogenase  52.36 
 
 
259 aa  229  4e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2288  short chain dehydrogenase  52.36 
 
 
259 aa  229  4e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3096  short chain dehydrogenase  52.36 
 
 
259 aa  229  4e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0284  short chain dehydrogenase  53.03 
 
 
266 aa  226  3e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.600145  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0134  short chain dehydrogenase  52.09 
 
 
266 aa  226  4e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0099  short chain dehydrogenase  50.61 
 
 
265 aa  221  6e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2453  short chain dehydrogenase  47.66 
 
 
261 aa  221  9e-57  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0470  short chain dehydrogenase  51.38 
 
 
259 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.382263 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4248  short chain dehydrogenase  50 
 
 
259 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.215124 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6265  short chain dehydrogenase  52 
 
 
257 aa  216  2e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0185  short chain dehydrogenase  47.83 
 
 
256 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2834  short chain dehydrogenase  52.4 
 
 
257 aa  210  2e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.499263 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2971  short chain dehydrogenase  52.4 
 
 
257 aa  210  2e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2937  short chain dehydrogenase  52.4 
 
 
257 aa  209  4e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2308  short chain dehydrogenase  52.4 
 
 
257 aa  209  4e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2922  short chain dehydrogenase  52.4 
 
 
257 aa  209  4e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2676  short chain dehydrogenase  47.64 
 
 
264 aa  206  4e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.989358 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0382  short chain dehydrogenase  52.8 
 
 
257 aa  202  5e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.314117 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2785  short chain dehydrogenase  48.4 
 
 
254 aa  200  1.9999999999999998e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.73728  normal  0.939169 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2904  short chain dehydrogenase  44.96 
 
 
261 aa  177  2e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000166666  decreased coverage  0.000436169 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3307  short chain dehydrogenase  44.96 
 
 
261 aa  177  2e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0864591  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1727  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.08 
 
 
265 aa  142  5e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.218017  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0085  gluconate 5-dehydrogenase  36.73 
 
 
256 aa  137  2e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.69 
 
 
249 aa  135  4e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.646056  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.25 
 
 
260 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.06 
 
 
267 aa  126  3e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0396452 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0286  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.1 
 
 
267 aa  127  3e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
277 aa  125  7e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.44916 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0117  short chain dehydrogenase  35.48 
 
 
250 aa  125  1e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1974  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.78 
 
 
258 aa  124  1e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0427  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.04 
 
 
256 aa  124  2e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1440  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
277 aa  123  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.313918 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0184  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.22 
 
 
239 aa  116  3e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1903  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.93 
 
 
242 aa  116  3.9999999999999997e-25  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0375  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.81 
 
 
254 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.187579 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1087  short-chain dehydrogenase/reductase family protein  34.02 
 
 
245 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.3765  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2750  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.02 
 
 
245 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0379321  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3687  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.17 
 
 
243 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.97 
 
 
282 aa  109  4.0000000000000004e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.390824  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3967  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.13 
 
 
264 aa  109  5e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0321162  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4042  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.01 
 
 
264 aa  108  8.000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4357  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.01 
 
 
264 aa  108  8.000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4268  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  31.01 
 
 
264 aa  108  8.000000000000001e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
247 aa  108  9.000000000000001e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.425796  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3881  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase  31.4 
 
 
264 aa  107  1e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2618  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.04 
 
 
260 aa  107  2e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4141  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.63 
 
 
243 aa  107  2e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3889  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.01 
 
 
264 aa  107  2e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.674087  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2713  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.45 
 
 
266 aa  107  2e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0729  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.43 
 
 
259 aa  107  2e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.503076  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4665  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.06 
 
 
266 aa  107  2e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.871012  hitchhiker  0.000000000383418 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2941  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.44 
 
 
245 aa  107  2e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.19024  normal  0.201158 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1643  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
286 aa  107  2e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1484  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.94 
 
 
260 aa  107  2e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.591298  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2888  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.18 
 
 
257 aa  106  3e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0119499 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4158  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  31.01 
 
 
264 aa  106  3e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05303  oxidoreductase  35.08 
 
 
239 aa  106  3e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0813  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.81 
 
 
253 aa  107  3e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.05 
 
 
239 aa  106  4e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1565  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.94 
 
 
286 aa  106  4e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4205  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  30.23 
 
 
264 aa  105  5e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1889  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.54 
 
 
256 aa  106  5e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4017  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.35 
 
 
245 aa  105  5e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.980517  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2273  short chain dehydrogenase  31.12 
 
 
246 aa  106  5e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.869936  normal  0.452458 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4057  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
239 aa  105  7e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2391  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
260 aa  105  7e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.1 
 
 
243 aa  105  7e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.853199  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.45 
 
 
278 aa  105  8e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.343225  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000420  oxidoreductase short-chain dehydrogenase/reductase family  35.08 
 
 
239 aa  104  1e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.637186  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4325  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.89 
 
 
241 aa  105  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.715564 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4073  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.48 
 
 
252 aa  104  1e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.576341  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2964  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.78 
 
 
260 aa  104  2e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.166977 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0468  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.69 
 
 
257 aa  103  2e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0555  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.13 
 
 
239 aa  103  3e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0171  short chain dehydrogenase  29.51 
 
 
246 aa  103  4e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.808724 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.72 
 
 
300 aa  103  4e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.261261  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2306  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.52 
 
 
286 aa  103  4e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.930868  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4412  acetoacetyl-CoA reductase  29.95 
 
 
248 aa  103  4e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.785302 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4545  acetoacetyl-CoA reductase  29.95 
 
 
248 aa  103  4e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00570408 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0159  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.43 
 
 
249 aa  102  7e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.410897  normal  0.168063 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.28 
 
 
256 aa  102  8e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0984  short chain dehydrogenase  37.06 
 
 
283 aa  101  9e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4244  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  29.84 
 
 
264 aa  101  1e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>