More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyc_1201 on replicon NC_007204
Organism: Psychrobacter arcticus 273-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007204  Psyc_1201  short chain dehydrogenase  100 
 
 
289 aa  594  1e-169  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0718298  normal  0.0224844 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1188  short chain dehydrogenase  94.81 
 
 
291 aa  571  1.0000000000000001e-162  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0152839  normal  0.145128 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0469  short chain dehydrogenase  66.67 
 
 
292 aa  406  1.0000000000000001e-112  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0117  short chain dehydrogenase  58.3 
 
 
250 aa  300  2e-80  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2218  short chain dehydrogenase  54.84 
 
 
249 aa  283  3.0000000000000004e-75  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0632  short chain dehydrogenase  54.44 
 
 
249 aa  278  7e-74  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13470  short chain dehydrogenase  54.25 
 
 
251 aa  275  5e-73  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2452  short chain dehydrogenase  54.44 
 
 
250 aa  274  1.0000000000000001e-72  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0885  short chain dehydrogenase  51.63 
 
 
250 aa  266  2e-70  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.41 
 
 
247 aa  224  2e-57  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.425796  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10962  short chain dehydrogenase  45.35 
 
 
253 aa  223  2e-57  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.247015 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4715  short chain dehydrogenase  45.8 
 
 
249 aa  220  1.9999999999999999e-56  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4335  short chain dehydrogenase  45.8 
 
 
249 aa  219  3.9999999999999997e-56  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0693718  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4421  short chain dehydrogenase  45.8 
 
 
249 aa  219  3.9999999999999997e-56  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.794825 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4881  short chain dehydrogenase  45.42 
 
 
249 aa  216  2.9999999999999998e-55  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.968651 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1853  short chain dehydrogenase  44.58 
 
 
249 aa  212  3.9999999999999995e-54  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.787999  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3342  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.27 
 
 
245 aa  203  2e-51  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.468783  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.6 
 
 
260 aa  196  3e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01994  short chain dehydrogenase  61.54 
 
 
130 aa  168  9e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000979327  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1903  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.37 
 
 
242 aa  126  4.0000000000000003e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5291  short chain dehydrogenase  34.68 
 
 
260 aa  112  8.000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3806  short chain dehydrogenase  35.08 
 
 
260 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.187681 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0352  short chain dehydrogenase  33.87 
 
 
259 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0185  short chain dehydrogenase  37.25 
 
 
256 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0085  gluconate 5-dehydrogenase  33.89 
 
 
256 aa  110  4.0000000000000004e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01927  putative oxidoreductase  33.33 
 
 
252 aa  108  1e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.160278  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2288  short chain dehydrogenase  33.47 
 
 
259 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0087  short chain dehydrogenase  33.47 
 
 
259 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0589  short chain dehydrogenase  33.47 
 
 
259 aa  107  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0427  short chain dehydrogenase  33.47 
 
 
259 aa  107  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2713  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.53 
 
 
266 aa  107  2e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3096  short chain dehydrogenase  33.47 
 
 
259 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2000  short chain dehydrogenase  33.47 
 
 
259 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0407  short chain dehydrogenase  33.06 
 
 
259 aa  107  3e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.317505  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0588  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.5 
 
 
247 aa  105  8e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.622721  normal  0.233653 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2573  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.18 
 
 
246 aa  104  2e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4248  short chain dehydrogenase  34.4 
 
 
259 aa  103  3e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.215124 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2453  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 
261 aa  102  7e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0093  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.96 
 
 
266 aa  102  7e-21  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4578  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.17 
 
 
264 aa  102  7e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2296  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.33 
 
 
238 aa  102  8e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0366896 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4623  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.08 
 
 
265 aa  102  8e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1727  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.8 
 
 
265 aa  101  1e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.218017  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.87 
 
 
249 aa  101  2e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.646056  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0470  short chain dehydrogenase  32.79 
 
 
259 aa  101  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.382263 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.19 
 
 
247 aa  100  3e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.269971  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4845  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.5 
 
 
252 aa  100  3e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2393  short chain dehydrogenase  34.6 
 
 
344 aa  100  3e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.895738 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3863  short chain dehydrogenase  33.2 
 
 
260 aa  99.8  5e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.331172  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3063  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.82 
 
 
248 aa  99.4  6e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.172179  normal  0.840489 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3487  short chain dehydrogenase  33.06 
 
 
270 aa  99.4  7e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.78 
 
 
252 aa  99  7e-20  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4129  short chain dehydrogenase  33.06 
 
 
270 aa  99  8e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0635  putative short-chain dehydrogenase/reductase  31.96 
 
 
246 aa  99  8e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.660542  normal  0.0297002 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0099  short chain dehydrogenase  34.18 
 
 
265 aa  99  8e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.58 
 
 
264 aa  99  9e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5731  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.77 
 
 
246 aa  99  9e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.836966 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0494  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.78 
 
 
252 aa  98.2  1e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.17 
 
 
247 aa  98.6  1e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.8 
 
 
249 aa  98.2  1e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4738  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.42 
 
 
260 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.9226  normal  0.284155 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6265  short chain dehydrogenase  34.67 
 
 
257 aa  97.4  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0468  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.85 
 
 
257 aa  97.4  2e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.41 
 
 
256 aa  98.2  2e-19  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1481  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.28 
 
 
240 aa  97.1  3e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13102  short-chain type dehydrogenase/reductase  31.12 
 
 
276 aa  97.4  3e-19  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.432292  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3335  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.18 
 
 
246 aa  97.1  3e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3907  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.36 
 
 
246 aa  97.1  3e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.267776 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4895  short chain dehydrogenase  33.98 
 
 
258 aa  96.7  4e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000739396  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1889  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.78 
 
 
256 aa  96.3  5e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0938  short chain dehydrogenase  33.51 
 
 
242 aa  95.9  6e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2534  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.4 
 
 
247 aa  95.9  6e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2904  short chain dehydrogenase  31.62 
 
 
261 aa  95.9  7e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000166666  decreased coverage  0.000436169 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0449  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.6 
 
 
257 aa  95.9  7e-19  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.237578  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3307  short chain dehydrogenase  31.62 
 
 
261 aa  95.9  7e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0864591  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.67 
 
 
257 aa  95.9  7e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.76225  normal  0.242071 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1627  oxidoreductase  31.94 
 
 
255 aa  95.5  8e-19  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3431  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.54 
 
 
238 aa  95.5  8e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000136725 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5776  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
335 aa  94.7  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.171589  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0911  short chain dehydrogenase  33.51 
 
 
242 aa  94.4  2e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0130  short chain dehydrogenase  33.48 
 
 
265 aa  94  2e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.727225  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5584  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.6 
 
 
344 aa  94  3e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.753226  normal  0.910238 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0729  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.28 
 
 
259 aa  93.6  3e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.503076  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2834  short chain dehydrogenase  35.64 
 
 
257 aa  93.2  4e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.499263 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0323  clavaldehyde dehydrogenase  30.89 
 
 
245 aa  93.6  4e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.869868 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4138  short chain dehydrogenase  31.68 
 
 
303 aa  93.2  4e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.452621  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2942  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.6 
 
 
272 aa  93.2  4e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.81 
 
 
244 aa  92.8  5e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0353  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.23 
 
 
262 aa  92.8  5e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2896  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.44 
 
 
240 aa  92.8  5e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148916  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.63 
 
 
271 aa  92.8  6e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.722445  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1650  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.14 
 
 
254 aa  92.8  6e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.206138  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1836  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.54 
 
 
260 aa  92.8  6e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3172  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.54 
 
 
250 aa  92.4  7e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0471693  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11271  short-chain type dehydrogenase/reductase  29.59 
 
 
276 aa  92.4  8e-18  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000317139  hitchhiker  0.0033897 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0044  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.96 
 
 
264 aa  92.4  8e-18  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3693  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.06 
 
 
309 aa  92  9e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000420  oxidoreductase short-chain dehydrogenase/reductase family  30.73 
 
 
239 aa  92  9e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.637186  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.49 
 
 
252 aa  91.7  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2430  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.96 
 
 
274 aa  91.7  1e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>