167 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_3300 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_3300  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  100 
 
 		 170 aa  355  1.9999999999999998e-97  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0909  chemotaxis protein CheD, putative  42.14 
 
 		 168 aa  142  2e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0782  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  42.42 
 
 		 177 aa  139  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.896881 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1321  CheD, stimulates methylation of MCP protein  41.83 
 
 		 194 aa  132  3e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.776014  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1147  chemotaxis protein  41.29 
 
 		 170 aa  130  6.999999999999999e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.332567  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0905  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  39.46 
 
 		 173 aa  107  1e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1527  hypothetical protein  36.67 
 
 		 160 aa  102  3e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.101375 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1727  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  35.57 
 
 		 154 aa  102  3e-21  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0175  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  34.9 
 
 		 154 aa  100  1e-20  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.155132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0221  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  33.56 
 
 		 154 aa  97.1  1e-19  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0450541  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0735  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  34.23 
 
 		 154 aa  95.5  3e-19  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.466982  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2581  CheD  32.24 
 
 		 159 aa  83.6  0.000000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2385  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  32.68 
 
 		 166 aa  83.6  0.000000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2485  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  32.24 
 
 		 159 aa  82.8  0.000000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.380035  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2983  CheD, stimulates methylation of MCP protein  28.67 
 
 		 175 aa  82.8  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0877  hypothetical protein  29.22 
 
 		 186 aa  82.8  0.000000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0712  CheD  33.11 
 
 		 157 aa  82  0.000000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0701  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  26.88 
 
 		 167 aa  80.5  0.00000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0356622  normal  0.347186 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1007  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  33.1 
 
 		 157 aa  80.1  0.00000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000449804  normal  0.590403 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1741  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  32.32 
 
 		 171 aa  80.5  0.00000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1382  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  30.25 
 
 		 201 aa  79.7  0.00000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00327904  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2899  CheD, stimulates methylation of MCP protein  29.01 
 
 		 198 aa  79.3  0.00000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.5563900000000001e-18 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2022  CheD, stimulates methylation of MCP protein  33.58 
 
 		 166 aa  78.2  0.00000000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3212  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  30.87 
 
 		 212 aa  77  0.0000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2362  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  30.92 
 
 		 198 aa  77  0.0000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.45026  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1432  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  28.67 
 
 		 160 aa  76.3  0.0000000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1596  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  27.45 
 
 		 165 aa  75.9  0.0000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0431  hypothetical protein  33.08 
 
 		 173 aa  75.9  0.0000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.13773  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2617  CheD, stimulates methylation of MCP protein  26.88 
 
 		 165 aa  75.5  0.0000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3146  CheD  34.88 
 
 		 173 aa  74.3  0.0000000000007  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0111  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  31.25 
 
 		 166 aa  74.3  0.0000000000007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.290541  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1854  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  33.56 
 
 		 164 aa  74.3  0.0000000000007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0638  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  27.7 
 
 		 171 aa  73.9  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0629  CheD  27.7 
 
 		 171 aa  73.6  0.000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0604  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  27.7 
 
 		 171 aa  72.8  0.000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0024  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  34 
 
 		 157 aa  73.2  0.000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.375225  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0024  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  34 
 
 		 157 aa  73.2  0.000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000154554  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3303  hypothetical protein  26.92 
 
 		 206 aa  72.8  0.000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0800  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  30.52 
 
 		 167 aa  71.6  0.000000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0621769  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2102  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  30.07 
 
 		 206 aa  71.6  0.000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.28508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2243  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  30.07 
 
 		 206 aa  71.6  0.000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.030336  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2360  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  30.07 
 
 		 206 aa  71.6  0.000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.24573  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0726  chemotaxis protein CheD, putative  27.63 
 
 		 220 aa  71.2  0.000000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.345445  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2214  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  29.41 
 
 		 206 aa  71.2  0.000000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.985834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0941  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  35.97 
 
 		 163 aa  70.9  0.000000000008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.326065  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1931  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  29.93 
 
 		 203 aa  70.9  0.000000000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1310  CheD  29.49 
 
 		 161 aa  70.1  0.00000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1076  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  28.75 
 
 		 178 aa  70.1  0.00000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00274971 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2419  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  25.68 
 
 		 160 aa  70.1  0.00000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.333698  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1308  CheD  29.92 
 
 		 163 aa  70.5  0.00000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.950792  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0254  hypothetical protein  29.38 
 
 		 200 aa  70.1  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0382  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  27.33 
 
 		 159 aa  70.5  0.00000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1885  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  29.68 
 
 		 206 aa  69.7  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.182663 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0963  CheD, stimulates methylation of MCP protein  29.09 
 
 		 199 aa  69.3  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0336  hypothetical protein  28.97 
 
 		 185 aa  69.7  0.00000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0977  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  34.09 
 
 		 156 aa  68.9  0.00000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22580  chemotaxis protein CheD  31.88 
 
 		 168 aa  68.6  0.00000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0982  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  29.17 
 
 		 151 aa  68.6  0.00000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2089  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  30.07 
 
 		 206 aa  68.6  0.00000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.995215 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0955  CheD, stimulates methylation of MCP protein  32.56 
 
 		 173 aa  68.6  0.00000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0235  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  29.1 
 
 		 172 aa  68.6  0.00000000004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.367659  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0648  hypothetical protein  29.87 
 
 		 170 aa  68.6  0.00000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0642567  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4129  CheD  29.13 
 
 		 160 aa  68.2  0.00000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000670022  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2173  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  29.75 
 
 		 242 aa  68.2  0.00000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0902871  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07640  chemotaxis protein CheD  29.58 
 
 		 158 aa  67.8  0.00000000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000135078  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2701  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  29.25 
 
 		 227 aa  67.8  0.00000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0088  CheD  28.47 
 
 		 197 aa  67.8  0.00000000007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1417  CheD  30.08 
 
 		 145 aa  67  0.0000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0653716  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3061  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  28.57 
 
 		 204 aa  67  0.0000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.583013  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2125  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  29.01 
 
 		 208 aa  66.6  0.0000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3472  hypothetical protein  28.79 
 
 		 156 aa  66.6  0.0000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.771884 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1372  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  32.58 
 
 		 159 aa  66.2  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.239439  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0662  CheD, stimulates methylation of MCP protein  27.39 
 
 		 163 aa  66.2  0.0000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.436046  normal  0.296152 
 
 
-
 
NC_003296  RS02054  chemotaxis protein  26.49 
 
 		 233 aa  65.5  0.0000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.124025  normal  0.0167614 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1616  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  29.33 
 
 		 202 aa  65.5  0.0000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0524891 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02190  hypothetical protein  29.52 
 
 		 200 aa  65.9  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.727435  normal  0.427786 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3787  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  29.53 
 
 		 245 aa  65.9  0.0000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.54993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1334  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  32.76 
 
 		 137 aa  65.1  0.0000000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.104931  normal  0.313636 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0731  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  29.17 
 
 		 201 aa  65.1  0.0000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.154797  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1613  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  27.21 
 
 		 191 aa  65.1  0.0000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0166674  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2146  CheD  28.12 
 
 		 160 aa  65.1  0.0000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00139115  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0153  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  28.48 
 
 		 233 aa  64.7  0.0000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4053  CheD  26.49 
 
 		 236 aa  64.3  0.0000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0877  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  28.57 
 
 		 161 aa  64.3  0.0000000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.312761  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4165  CheD  26.49 
 
 		 236 aa  64.3  0.0000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2116  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  29.41 
 
 		 206 aa  64.3  0.0000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1201  CheD-like chemotaxis protein  31.25 
 
 		 162 aa  63.5  0.000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.331529  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3209  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  31.54 
 
 		 162 aa  63.9  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000200637 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0398  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  27.27 
 
 		 183 aa  63.9  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.152516 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4375  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  28.19 
 
 		 253 aa  63.5  0.000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.893396  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3219  CheD, stimulates methylation of MCP protein  26.75 
 
 		 183 aa  63.5  0.000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0914771 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3150  hypothetical protein  29.03 
 
 		 210 aa  62.8  0.000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1144  chemotaxis protein CheD, putative  25.78 
 
 		 131 aa  62.4  0.000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.000787559  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0439  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  30.92 
 
 		 210 aa  62.4  0.000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00596403  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0658  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  25.85 
 
 		 245 aa  62.4  0.000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0343248 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0160  chemotaxis protein CheD  26.62 
 
 		 195 aa  61.6  0.000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0570  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  26 
 
 		 234 aa  61.6  0.000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.930718  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4342  hypothetical protein  27.61 
 
 		 209 aa  61.6  0.000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3178  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  26.06 
 
 		 234 aa  61.6  0.000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0701  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  27.89 
 
 		 219 aa  61.2  0.000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.376029 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>