142 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0336 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0336  hypothetical protein  100 
 
 		 185 aa  367  1e-101  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0905  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  33.77 
 
 		 173 aa  83.6  0.000000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0782  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  34.56 
 
 		 177 aa  81.6  0.000000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.896881 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0909  chemotaxis protein CheD, putative  31.62 
 
 		 168 aa  76.6  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1596  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  34.27 
 
 		 165 aa  71.2  0.000000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3300  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  28.97 
 
 		 170 aa  69.7  0.00000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2617  CheD, stimulates methylation of MCP protein  33.79 
 
 		 165 aa  68.2  0.00000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1147  chemotaxis protein  34.04 
 
 		 170 aa  65.1  0.0000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.332567  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0731  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  29.93 
 
 		 201 aa  62.8  0.000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.154797  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2214  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  31.21 
 
 		 206 aa  63.2  0.000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.985834  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1527  hypothetical protein  26.62 
 
 		 160 aa  63.5  0.000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.101375 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1885  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  28.57 
 
 		 206 aa  62.8  0.000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.182663 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3294  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  28.85 
 
 		 175 aa  62.8  0.000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.370177 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2089  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  28.78 
 
 		 206 aa  61.2  0.000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.995215 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1321  CheD, stimulates methylation of MCP protein  30.87 
 
 		 194 aa  60.5  0.00000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.776014  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2385  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  32.21 
 
 		 166 aa  60.8  0.00000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2326  chemotaxis protein CheD, putative  26.06 
 
 		 199 aa  60.1  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5611  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  27.22 
 
 		 217 aa  59.7  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.414458  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2362  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  27.16 
 
 		 198 aa  60.1  0.00000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.45026  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2022  CheD, stimulates methylation of MCP protein  31.76 
 
 		 166 aa  60.1  0.00000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0024  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  33.04 
 
 		 157 aa  60.1  0.00000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000154554  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0221  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  29.55 
 
 		 154 aa  60.1  0.00000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0450541  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2243  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  26.62 
 
 		 206 aa  60.5  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.030336  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0024  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  33.04 
 
 		 157 aa  60.1  0.00000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.375225  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1007  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  33.08 
 
 		 157 aa  59.7  0.00000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000449804  normal  0.590403 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0284  hypothetical protein  30.77 
 
 		 188 aa  58.9  0.00000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0111  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  25.56 
 
 		 166 aa  58.5  0.00000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.290541  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0941  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  33.04 
 
 		 163 aa  58.5  0.00000005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.326065  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2983  CheD, stimulates methylation of MCP protein  27.03 
 
 		 175 aa  58.5  0.00000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1665  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  27.35 
 
 		 162 aa  58.5  0.00000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00633684  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2360  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  26.62 
 
 		 206 aa  58.2  0.00000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.24573  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2102  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  26.62 
 
 		 206 aa  58.2  0.00000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.28508  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0629  CheD  33.58 
 
 		 171 aa  58.2  0.00000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3103  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  25.47 
 
 		 218 aa  57.8  0.00000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2125  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  29.14 
 
 		 208 aa  57.4  0.0000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3362  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  27.92 
 
 		 241 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0117903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3178  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  28.21 
 
 		 234 aa  57  0.0000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2847  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  28.57 
 
 		 247 aa  57.4  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0169491  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0260  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  28.57 
 
 		 247 aa  57.4  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00168623  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0175  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  27.21 
 
 		 154 aa  57  0.0000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.155132  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1854  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  28.97 
 
 		 164 aa  57  0.0000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0242  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  28.57 
 
 		 247 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.137526  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0123  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  28.26 
 
 		 250 aa  57  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0701  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  27.85 
 
 		 167 aa  57  0.0000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0356622  normal  0.347186 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0382  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  32.76 
 
 		 159 aa  57  0.0000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0335  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  31.67 
 
 		 184 aa  55.8  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.254495 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1310  CheD  33.8 
 
 		 161 aa  56.2  0.0000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0303  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  30.83 
 
 		 184 aa  55.8  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00198735  normal  0.717495 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2116  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  29.5 
 
 		 206 aa  56.2  0.0000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0648  hypothetical protein  32.48 
 
 		 170 aa  55.8  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0642567  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0638  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  32.85 
 
 		 171 aa  55.8  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4071  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  29.86 
 
 		 184 aa  56.2  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.130637  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1616  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  27.34 
 
 		 202 aa  55.5  0.0000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0524891 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2855  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  27.92 
 
 		 234 aa  55.1  0.0000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0072  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  27.92 
 
 		 234 aa  55.1  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3430  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  27.92 
 
 		 234 aa  55.1  0.0000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1688  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  27.92 
 
 		 234 aa  55.1  0.0000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.332002  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3851  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  27.92 
 
 		 234 aa  55.1  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.315458  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3932  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  27.92 
 
 		 234 aa  55.1  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.329787  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3120  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  27.92 
 
 		 234 aa  55.1  0.0000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.806479  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1727  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  26.47 
 
 		 154 aa  55.1  0.0000005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0208  chemotaxis protein; stimulates methylation of MCP proteins  29.8 
 
 		 200 aa  55.1  0.0000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0169  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  28.66 
 
 		 273 aa  55.1  0.0000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.413087 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4375  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  25.74 
 
 		 253 aa  54.7  0.0000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.893396  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1432  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  25.56 
 
 		 160 aa  54.7  0.0000007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4129  CheD  31.5 
 
 		 160 aa  55.1  0.0000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000670022  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2439  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  25 
 
 		 199 aa  54.7  0.0000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.310288  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3810  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  27.54 
 
 		 271 aa  54.7  0.0000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0604  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  32.85 
 
 		 171 aa  54.7  0.0000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3211  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  30.51 
 
 		 187 aa  54.7  0.0000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.192174  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1613  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  24.46 
 
 		 191 aa  54.3  0.0000009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0166674  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0160  chemotaxis protein CheD  27.33 
 
 		 195 aa  54.3  0.0000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3692  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  28.57 
 
 		 220 aa  54.3  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000909958  normal  0.0208475 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2173  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  26.09 
 
 		 242 aa  53.9  0.000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0902871  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1103  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  28.81 
 
 		 199 aa  53.9  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.766752  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2630  chemotaxis protein  28.66 
 
 		 185 aa  53.9  0.000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.100021  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0955  CheD, stimulates methylation of MCP protein  28.86 
 
 		 173 aa  53.5  0.000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1334  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  32.17 
 
 		 137 aa  53.1  0.000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.104931  normal  0.313636 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1441  CheD  31.47 
 
 		 191 aa  52.8  0.000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3787  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  25.74 
 
 		 245 aa  52.8  0.000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.54993  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00414  CheD  26.24 
 
 		 169 aa  52.4  0.000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.999613  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3146  CheD  30.2 
 
 		 173 aa  52.4  0.000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2147  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  30 
 
 		 213 aa  52.4  0.000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3303  hypothetical protein  28.35 
 
 		 206 aa  52  0.000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0439  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  27.94 
 
 		 210 aa  52  0.000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00596403  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3472  CheD  31.3 
 
 		 171 aa  52  0.000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.580477  normal  0.226139 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02190  hypothetical protein  28.37 
 
 		 200 aa  51.6  0.000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.727435  normal  0.427786 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0254  hypothetical protein  28.37 
 
 		 200 aa  51.2  0.000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4342  hypothetical protein  27.94 
 
 		 209 aa  51.2  0.000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1430  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  30.58 
 
 		 178 aa  50.4  0.00001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.166298  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3061  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  25.74 
 
 		 204 aa  50.8  0.00001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.583013  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2889  catalytic domain of components of various dehydrogenase complexes  31.3 
 
 		 205 aa  50.8  0.00001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2161  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  26.35 
 
 		 216 aa  50.4  0.00001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.847826  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1791  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  29.17 
 
 		 199 aa  50.8  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0235  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  28.45 
 
 		 172 aa  50.4  0.00001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.367659  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0240  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  28.81 
 
 		 183 aa  50.8  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.497247 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0186  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  27.92 
 
 		 253 aa  50.4  0.00001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1144  chemotaxis protein CheD, putative  28.46 
 
 		 131 aa  49.7  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.000787559  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1407  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  30.16 
 
 		 176 aa  50.1  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.577059  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0173  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  27.92 
 
 		 253 aa  50.4  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.521655  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>