168 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1596 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_1596  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  100 
 
 		 165 aa  338  2e-92  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2617  CheD, stimulates methylation of MCP protein  85.45 
 
 		 165 aa  293  5e-79  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2983  CheD, stimulates methylation of MCP protein  49.06 
 
 		 175 aa  158  3e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1144  chemotaxis protein CheD, putative  43.07 
 
 		 131 aa  118  3.9999999999999996e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.000787559  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0701  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  40.25 
 
 		 167 aa  118  3.9999999999999996e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0356622  normal  0.347186 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2419  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  42.04 
 
 		 160 aa  114  8.999999999999998e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.333698  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1430  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  38.67 
 
 		 178 aa  110  7.000000000000001e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.166298  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2022  CheD, stimulates methylation of MCP protein  36.13 
 
 		 166 aa  98.6  3e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0877  hypothetical protein  33.33 
 
 		 186 aa  97.4  7e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0905  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  36.24 
 
 		 173 aa  96.7  1e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1527  hypothetical protein  33.77 
 
 		 160 aa  95.9  2e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.101375 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1321  CheD, stimulates methylation of MCP protein  35.71 
 
 		 194 aa  94.4  7e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.776014  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3294  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  32.89 
 
 		 175 aa  93.6  1e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.370177 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0398  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  35.22 
 
 		 183 aa  92.8  2e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.152516 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0629  CheD  35.1 
 
 		 171 aa  91.7  4e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0638  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  35.1 
 
 		 171 aa  91.7  4e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0604  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  35.1 
 
 		 171 aa  91.3  5e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3146  CheD  35.92 
 
 		 173 aa  90.9  6e-18  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0782  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  32.24 
 
 		 177 aa  90.1  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.896881 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2102  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  33.33 
 
 		 206 aa  88.6  3e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.28508  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0712  CheD  35 
 
 		 157 aa  88.6  3e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2360  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  33.33 
 
 		 206 aa  88.6  3e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.24573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1310  CheD  39.13 
 
 		 161 aa  88.6  4e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1782  CheD  35.22 
 
 		 234 aa  87.8  5e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.544534 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0221  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  32.45 
 
 		 154 aa  88.2  5e-17  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0450541  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2146  CheD  33.56 
 
 		 160 aa  87.4  7e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00139115  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1007  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  36.24 
 
 		 157 aa  87.4  8e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000449804  normal  0.590403 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2243  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  32.65 
 
 		 206 aa  87.4  8e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.030336  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1147  chemotaxis protein  32.89 
 
 		 170 aa  86.7  1e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.332567  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0955  CheD, stimulates methylation of MCP protein  34.29 
 
 		 173 aa  86.7  1e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00056  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  36.24 
 
 		 194 aa  86.3  2e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.00180609  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0024  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  33.11 
 
 		 157 aa  86.3  2e-16  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.375225  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0024  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  33.11 
 
 		 157 aa  86.3  2e-16  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000154554  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1432  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  30.63 
 
 		 160 aa  86.3  2e-16  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3209  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  37.24 
 
 		 162 aa  85.9  3e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000200637 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0175  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  31.13 
 
 		 154 aa  85.5  3e-16  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.155132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1727  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  31.79 
 
 		 154 aa  85.5  3e-16  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1407  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  35.33 
 
 		 176 aa  85.1  4e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.577059  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2385  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  32.19 
 
 		 166 aa  85.1  4e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1844  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  37.58 
 
 		 198 aa  84.7  5e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.494723 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0800  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  34.51 
 
 		 167 aa  84.3  6e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0621769  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0977  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  29.87 
 
 		 156 aa  84  8e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2214  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  34.46 
 
 		 206 aa  82.8  0.000000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.985834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2116  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  33.33 
 
 		 206 aa  82.8  0.000000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0382  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  31.29 
 
 		 159 aa  82.8  0.000000000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1665  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  28.77 
 
 		 162 aa  83.2  0.000000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00633684  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0439  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  32.26 
 
 		 210 aa  82  0.000000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00596403  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0735  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  29.8 
 
 		 154 aa  82  0.000000000000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.466982  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3212  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  31.85 
 
 		 212 aa  82  0.000000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4342  hypothetical protein  34.84 
 
 		 209 aa  81.6  0.000000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0877  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  30.82 
 
 		 161 aa  81.3  0.000000000000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.312761  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1616  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  34.87 
 
 		 202 aa  80.1  0.00000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0524891 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1931  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  30.61 
 
 		 203 aa  80.5  0.00000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2089  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  32.65 
 
 		 206 aa  79.7  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.995215 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0955  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  33.33 
 
 		 171 aa  80.1  0.00000000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.301241  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0610  hypothetical protein  30.97 
 
 		 209 aa  80.1  0.00000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000000882813  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1308  CheD  34.04 
 
 		 163 aa  79.7  0.00000000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.950792  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0570  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  34.67 
 
 		 234 aa  79.7  0.00000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.930718  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1885  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  32.43 
 
 		 206 aa  78.2  0.00000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.182663 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0088  CheD  31.33 
 
 		 197 aa  78.6  0.00000000000004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1741  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  33.79 
 
 		 171 aa  78.2  0.00000000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0111  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  34.09 
 
 		 166 aa  78.2  0.00000000000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.290541  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07640  chemotaxis protein CheD  30.5 
 
 		 158 aa  77.8  0.00000000000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000135078  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2173  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  32.65 
 
 		 242 aa  77.4  0.00000000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0902871  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0909  chemotaxis protein CheD, putative  30.26 
 
 		 168 aa  77  0.00000000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0235  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  29.1 
 
 		 172 aa  77  0.0000000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.367659  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3303  hypothetical protein  29.93 
 
 		 206 aa  77  0.0000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3150  hypothetical protein  29.59 
 
 		 210 aa  76.3  0.0000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0701  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  32.03 
 
 		 219 aa  75.9  0.0000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.376029 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0160  chemotaxis protein CheD  30.87 
 
 		 195 aa  75.5  0.0000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3300  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  27.45 
 
 		 170 aa  75.9  0.0000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4129  CheD  34.06 
 
 		 160 aa  75.9  0.0000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000670022  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0648  hypothetical protein  35.1 
 
 		 170 aa  75.5  0.0000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0642567  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2687  hypothetical protein  32 
 
 		 161 aa  75.5  0.0000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2125  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  31.29 
 
 		 208 aa  75.1  0.0000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1145  hypothetical protein  32.7 
 
 		 197 aa  75.1  0.0000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00414  CheD  35.04 
 
 		 169 aa  74.7  0.0000000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.999613  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0169  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  30.87 
 
 		 273 aa  74.3  0.0000000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.413087 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2362  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  33.33 
 
 		 198 aa  74.3  0.0000000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.45026  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1986  CheD family protein  27.7 
 
 		 156 aa  73.9  0.0000000000008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0103025  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1382  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  32.45 
 
 		 201 aa  73.9  0.0000000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00327904  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2439  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  33.96 
 
 		 199 aa  73.9  0.0000000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.310288  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3201  chemotaxis protein CheD, putative  33.11 
 
 		 162 aa  73.6  0.000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.945605  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2899  CheD, stimulates methylation of MCP protein  33.76 
 
 		 198 aa  73.6  0.000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.5563900000000001e-18 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3178  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  30.67 
 
 		 234 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3061  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  32.67 
 
 		 204 aa  73.6  0.000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.583013  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0254  hypothetical protein  36.18 
 
 		 200 aa  73.2  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2326  chemotaxis protein CheD, putative  28.95 
 
 		 199 aa  73.2  0.000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2855  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  30.67 
 
 		 234 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0072  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  30.67 
 
 		 234 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3430  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  30.67 
 
 		 234 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1688  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  30.67 
 
 		 234 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.332002  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0493  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  30.99 
 
 		 161 aa  72.4  0.000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1103  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  33.33 
 
 		 199 aa  72.8  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.766752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3851  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  30.67 
 
 		 234 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.315458  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3932  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  30.67 
 
 		 234 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.329787  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3120  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  30.67 
 
 		 234 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.806479  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0731  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  32.21 
 
 		 201 aa  72  0.000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.154797  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0982  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  29.5 
 
 		 151 aa  72.4  0.000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4375  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  30.92 
 
 		 253 aa  72.4  0.000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.893396  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>