167 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0610 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0610  hypothetical protein  100 
 
 		 209 aa  436  1e-121  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000000882813  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4342  hypothetical protein  74.16 
 
 		 209 aa  335  3.9999999999999995e-91  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0439  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  76.19 
 
 		 210 aa  335  3.9999999999999995e-91  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00596403  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3150  hypothetical protein  66 
 
 		 210 aa  282  2.0000000000000002e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3103  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  41.26 
 
 		 218 aa  180  2e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2161  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  42.11 
 
 		 216 aa  162  4.0000000000000004e-39  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.847826  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1931  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  42.63 
 
 		 203 aa  154  6e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0123  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  43.75 
 
 		 250 aa  152  2e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1613  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  40.22 
 
 		 191 aa  152  2.9999999999999998e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0166674  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0242  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  42.42 
 
 		 247 aa  150  1e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.137526  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2847  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  42.42 
 
 		 247 aa  150  1e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0169491  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0260  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  42.42 
 
 		 247 aa  150  1e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00168623  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3810  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  42.61 
 
 		 271 aa  149  3e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2970  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  43.17 
 
 		 263 aa  148  5e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00077588 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0153  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  43.72 
 
 		 233 aa  148  5e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02190  hypothetical protein  39.59 
 
 		 200 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.727435  normal  0.427786 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0186  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  45.88 
 
 		 253 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2243  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  42.27 
 
 		 206 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.030336  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3061  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  46.54 
 
 		 204 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.583013  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2102  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  42.27 
 
 		 206 aa  146  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.28508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2360  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  42.27 
 
 		 206 aa  146  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.24573  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3362  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  45.34 
 
 		 241 aa  146  3e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0117903  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3787  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  46.54 
 
 		 245 aa  145  3e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.54993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0254  hypothetical protein  39.09 
 
 		 200 aa  145  3e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2125  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  40.1 
 
 		 208 aa  145  5e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0173  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  46.58 
 
 		 253 aa  145  5e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.521655  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1616  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  40.62 
 
 		 202 aa  145  6e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0524891 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3178  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  47.95 
 
 		 234 aa  145  6e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0169  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  47.95 
 
 		 273 aa  144  7.0000000000000006e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.413087 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0731  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  40.1 
 
 		 201 aa  144  8.000000000000001e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.154797  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2855  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  47.95 
 
 		 234 aa  143  2e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0072  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  47.95 
 
 		 234 aa  143  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3430  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  47.95 
 
 		 234 aa  143  2e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1688  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  47.95 
 
 		 234 aa  143  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.332002  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3851  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  47.95 
 
 		 234 aa  143  2e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.315458  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3932  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  47.95 
 
 		 234 aa  143  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.329787  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3120  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  47.95 
 
 		 234 aa  143  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.806479  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2147  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  40.72 
 
 		 213 aa  143  2e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0658  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  38.46 
 
 		 245 aa  142  4e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0343248 
 
 
-
 
NC_003296  RS02054  chemotaxis protein  37.31 
 
 		 233 aa  141  6e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.124025  normal  0.0167614 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00056  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  39.09 
 
 		 194 aa  141  6e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.00180609  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3303  hypothetical protein  38.34 
 
 		 206 aa  140  9.999999999999999e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3692  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  37.76 
 
 		 220 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000909958  normal  0.0208475 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4375  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  44.67 
 
 		 253 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.893396  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2173  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  39.04 
 
 		 242 aa  140  1.9999999999999998e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0902871  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0570  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  41.98 
 
 		 234 aa  139  3e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.930718  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2089  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  40.78 
 
 		 206 aa  135  4e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.995215 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2701  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  39.11 
 
 		 227 aa  135  4e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1885  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  40.78 
 
 		 206 aa  135  5e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.182663 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5611  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  41.98 
 
 		 217 aa  135  6.0000000000000005e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.414458  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4053  CheD  36.79 
 
 		 236 aa  134  8e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4165  CheD  36.79 
 
 		 236 aa  134  8e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2214  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  39.32 
 
 		 206 aa  134  8e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.985834  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0701  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  42.24 
 
 		 219 aa  134  9.999999999999999e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.376029 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1844  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  38.07 
 
 		 198 aa  132  3.9999999999999996e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.494723 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2116  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  39.69 
 
 		 206 aa  129  3e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00414  CheD  39.52 
 
 		 169 aa  128  5.0000000000000004e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.999613  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0088  CheD  39.89 
 
 		 197 aa  127  1.0000000000000001e-28  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0208  chemotaxis protein; stimulates methylation of MCP proteins  36.45 
 
 		 200 aa  126  3e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0160  chemotaxis protein CheD  37.5 
 
 		 195 aa  125  6e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1145  hypothetical protein  38.35 
 
 		 197 aa  122  5e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1076  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  36.84 
 
 		 178 aa  119  1.9999999999999998e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00274971 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3211  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  40.94 
 
 		 187 aa  118  4.9999999999999996e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.192174  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4153  CheD, stimulates methylation of MCP protein  35.23 
 
 		 217 aa  119  4.9999999999999996e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.340514  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2326  chemotaxis protein CheD, putative  39.77 
 
 		 199 aa  118  6e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0284  hypothetical protein  44.06 
 
 		 188 aa  117  1.9999999999999998e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2362  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  36.97 
 
 		 198 aa  115  3e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.45026  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2439  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  43.28 
 
 		 199 aa  113  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.310288  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3219  CheD, stimulates methylation of MCP protein  37.42 
 
 		 183 aa  113  2.0000000000000002e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0914771 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1042  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  37.42 
 
 		 183 aa  112  3e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1103  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  43.28 
 
 		 199 aa  112  3e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.766752  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3628  hypothetical protein  42.07 
 
 		 180 aa  111  7.000000000000001e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0550026 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0303  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  44.44 
 
 		 184 aa  107  9.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00198735  normal  0.717495 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2630  chemotaxis protein  42.96 
 
 		 185 aa  107  9.000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.100021  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1791  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  44.6 
 
 		 199 aa  107  1e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0963  CheD, stimulates methylation of MCP protein  36.36 
 
 		 199 aa  107  2e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0726  chemotaxis protein CheD, putative  37.11 
 
 		 220 aa  106  3e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.345445  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1382  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  32.97 
 
 		 201 aa  106  3e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00327904  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3472  CheD  44.44 
 
 		 171 aa  105  5e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.580477  normal  0.226139 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1007  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  38.36 
 
 		 157 aa  105  6e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000449804  normal  0.590403 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0335  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  44.27 
 
 		 184 aa  105  6e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.254495 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4071  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  43.57 
 
 		 184 aa  105  6e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.130637  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0240  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  43.66 
 
 		 183 aa  103  1e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.497247 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1310  CheD  38.36 
 
 		 161 aa  102  3e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2899  CheD, stimulates methylation of MCP protein  33.33 
 
 		 198 aa  103  3e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.5563900000000001e-18 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1441  CheD  40.43 
 
 		 191 aa  102  4e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0638  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  34.93 
 
 		 171 aa  101  1e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0604  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  34.25 
 
 		 171 aa  99.8  2e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2845  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  38 
 
 		 161 aa  99.8  2e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.244077  normal  0.188439 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0629  CheD  34.25 
 
 		 171 aa  98.6  6e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22580  chemotaxis protein CheD  39.71 
 
 		 168 aa  98.6  6e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0977  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  36.49 
 
 		 156 aa  97.4  1e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2713  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  37.13 
 
 		 190 aa  97.8  1e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3294  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  35.53 
 
 		 175 aa  91.7  8e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.370177 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0800  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  37.88 
 
 		 167 aa  89.7  3e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0621769  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1986  CheD family protein  32.26 
 
 		 156 aa  89  5e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0103025  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0024  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  32.88 
 
 		 157 aa  87.8  1e-16  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.375225  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0024  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  32.88 
 
 		 157 aa  87.8  1e-16  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000154554  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0648  hypothetical protein  36.64 
 
 		 170 aa  87.4  1e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0642567  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0877  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  32.89 
 
 		 161 aa  86.3  3e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.312761  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>