166 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0905 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_0905  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  100 
 
 		 173 aa  357  4e-98  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1321  CheD, stimulates methylation of MCP protein  47.47 
 
 		 194 aa  146  2.0000000000000003e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.776014  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0782  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  41.56 
 
 		 177 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.896881 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1147  chemotaxis protein  40.51 
 
 		 170 aa  117  6e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.332567  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0909  chemotaxis protein CheD, putative  40.24 
 
 		 168 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3300  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  39.46 
 
 		 170 aa  107  1e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0701  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  37.66 
 
 		 219 aa  105  3e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.376029 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0254  hypothetical protein  37.42 
 
 		 200 aa  102  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2360  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  36.73 
 
 		 206 aa  100  9e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.24573  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2102  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  36.73 
 
 		 206 aa  100  1e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.28508  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2125  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  35.71 
 
 		 208 aa  100  1e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2243  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  37.16 
 
 		 206 aa  99.8  2e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.030336  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2617  CheD, stimulates methylation of MCP protein  37.58 
 
 		 165 aa  99  3e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4375  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  38.06 
 
 		 253 aa  99  3e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.893396  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1527  hypothetical protein  35.14 
 
 		 160 aa  99  3e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.101375 
 
 
-
 
NC_003296  RS02054  chemotaxis protein  34.44 
 
 		 233 aa  97.4  8e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.124025  normal  0.0167614 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1007  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  39.46 
 
 		 157 aa  97.4  9e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000449804  normal  0.590403 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2214  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  40 
 
 		 206 aa  96.7  1e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.985834  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1596  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  36.24 
 
 		 165 aa  96.7  1e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02190  hypothetical protein  35.48 
 
 		 200 aa  95.5  3e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.727435  normal  0.427786 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2701  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  34.64 
 
 		 227 aa  94.7  6e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0877  hypothetical protein  34.19 
 
 		 186 aa  94.4  8e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2173  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  37.31 
 
 		 242 aa  92.8  2e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0902871  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3303  hypothetical protein  36.17 
 
 		 206 aa  92.8  2e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0658  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  36.69 
 
 		 245 aa  92.4  3e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0343248 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2116  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  36.73 
 
 		 206 aa  91.3  6e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3061  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  37.59 
 
 		 204 aa  90.9  8e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.583013  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1885  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  36.05 
 
 		 206 aa  90.5  9e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.182663 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1741  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  32.7 
 
 		 171 aa  90.5  1e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0638  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  36 
 
 		 171 aa  90.5  1e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3787  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  37.59 
 
 		 245 aa  90.5  1e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.54993  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0629  CheD  36 
 
 		 171 aa  90.1  1e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2089  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  36.05 
 
 		 206 aa  89.7  2e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.995215 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4053  CheD  32.88 
 
 		 236 aa  89.4  3e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4165  CheD  32.88 
 
 		 236 aa  89.4  3e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0570  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  36.36 
 
 		 234 aa  88.6  4e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.930718  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0604  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  36 
 
 		 171 aa  87.8  7e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0731  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  32.68 
 
 		 201 aa  87  1e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.154797  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0701  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  32.24 
 
 		 167 aa  85.9  2e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0356622  normal  0.347186 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1782  CheD  34.9 
 
 		 234 aa  85.1  4e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.544534 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1076  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  33.33 
 
 		 178 aa  84.7  5e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00274971 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2983  CheD, stimulates methylation of MCP protein  31.93 
 
 		 175 aa  85.1  5e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0024  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  32.19 
 
 		 157 aa  84  9e-16  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.375225  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0024  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  32.19 
 
 		 157 aa  84  9e-16  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000154554  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00056  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  32.54 
 
 		 194 aa  84  9e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.00180609  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0712  CheD  33.1 
 
 		 157 aa  83.6  0.000000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2385  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  32.21 
 
 		 166 aa  83.6  0.000000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0336  hypothetical protein  33.77 
 
 		 185 aa  83.6  0.000000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1931  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  30.97 
 
 		 203 aa  82.4  0.000000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4129  CheD  33.85 
 
 		 160 aa  82  0.000000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000670022  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1432  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  33.75 
 
 		 160 aa  81.3  0.000000000000006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0284  hypothetical protein  35.95 
 
 		 188 aa  81.3  0.000000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1616  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  33.11 
 
 		 202 aa  80.5  0.00000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0524891 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0088  CheD  33.33 
 
 		 197 aa  79.3  0.00000000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4153  CheD, stimulates methylation of MCP protein  29.76 
 
 		 217 aa  78.6  0.00000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.340514  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3150  hypothetical protein  34.93 
 
 		 210 aa  78.6  0.00000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1844  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  32.95 
 
 		 198 aa  78.2  0.00000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.494723 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0610  hypothetical protein  30.25 
 
 		 209 aa  77.8  0.00000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000000882813  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00414  CheD  31.62 
 
 		 169 aa  77.8  0.00000000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.999613  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0398  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  35.33 
 
 		 183 aa  77.8  0.00000000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.152516 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2022  CheD, stimulates methylation of MCP protein  30.97 
 
 		 166 aa  77.4  0.00000000000009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0439  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  32.19 
 
 		 210 aa  77.4  0.0000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00596403  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1310  CheD  34.69 
 
 		 161 aa  77  0.0000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3692  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  34.04 
 
 		 220 aa  76.6  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000909958  normal  0.0208475 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1308  CheD  34.53 
 
 		 163 aa  76.6  0.0000000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.950792  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1382  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  33.99 
 
 		 201 aa  76.6  0.0000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00327904  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0648  hypothetical protein  34.67 
 
 		 170 aa  75.9  0.0000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0642567  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3219  CheD, stimulates methylation of MCP protein  31.87 
 
 		 183 aa  76.6  0.0000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0914771 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5611  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  32.86 
 
 		 217 aa  75.5  0.0000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.414458  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22580  chemotaxis protein CheD  32.59 
 
 		 168 aa  75.9  0.0000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0160  chemotaxis protein CheD  28.93 
 
 		 195 aa  75.5  0.0000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0877  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  30.77 
 
 		 161 aa  75.9  0.0000000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.312761  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0208  chemotaxis protein; stimulates methylation of MCP proteins  28.3 
 
 		 200 aa  75.9  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1727  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  31.76 
 
 		 154 aa  75.9  0.0000000000003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0221  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  32.17 
 
 		 154 aa  75.1  0.0000000000004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0450541  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2362  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  34.21 
 
 		 198 aa  74.7  0.0000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.45026  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0382  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  30.46 
 
 		 159 aa  74.3  0.0000000000008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1791  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  34.93 
 
 		 199 aa  73.9  0.0000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0726  chemotaxis protein CheD, putative  31.82 
 
 		 220 aa  73.6  0.000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.345445  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3178  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  30.94 
 
 		 234 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4342  hypothetical protein  31.17 
 
 		 209 aa  73.6  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0175  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  30 
 
 		 154 aa  73.6  0.000000000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.155132  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2326  chemotaxis protein CheD, putative  30.46 
 
 		 199 aa  73.2  0.000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2855  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  30.94 
 
 		 234 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0072  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  30.94 
 
 		 234 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3430  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  30.94 
 
 		 234 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1688  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  30.94 
 
 		 234 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.332002  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3851  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  30.94 
 
 		 234 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.315458  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3932  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  30.94 
 
 		 234 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.329787  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3120  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  30.94 
 
 		 234 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.806479  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1665  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  30.89 
 
 		 162 aa  73.2  0.000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00633684  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3810  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  29.8 
 
 		 271 aa  72.4  0.000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1145  hypothetical protein  29.14 
 
 		 197 aa  72.4  0.000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0982  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  31.29 
 
 		 151 aa  72.4  0.000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1613  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  30.77 
 
 		 191 aa  72.4  0.000000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0166674  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0111  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  30.43 
 
 		 166 aa  72.4  0.000000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.290541  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0303  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  37.78 
 
 		 184 aa  72  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00198735  normal  0.717495 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1986  CheD family protein  32.86 
 
 		 156 aa  72  0.000000000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0103025  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2161  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  29.75 
 
 		 216 aa  72  0.000000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.847826  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0123  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  29.8 
 
 		 250 aa  71.6  0.000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>