166 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_4053 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010678  Rpic_4053  CheD  100 
 
 		 236 aa  485  1e-136  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4165  CheD  100 
 
 		 236 aa  485  1e-136  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02054  chemotaxis protein  89.45 
 
 		 233 aa  428  1e-119  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.124025  normal  0.0167614 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1616  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  52.2 
 
 		 202 aa  221  9.999999999999999e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0524891 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1931  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  49.51 
 
 		 203 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3692  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  51.98 
 
 		 220 aa  212  4.9999999999999996e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000909958  normal  0.0208475 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0123  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  55.68 
 
 		 250 aa  209  4e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5611  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  50 
 
 		 217 aa  207  8e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.414458  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2970  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  50 
 
 		 263 aa  206  2e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00077588 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3810  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  55.11 
 
 		 271 aa  206  3e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3178  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  58.18 
 
 		 234 aa  200  9.999999999999999e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3362  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  49.49 
 
 		 241 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0117903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0731  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  51.93 
 
 		 201 aa  198  7e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.154797  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3303  hypothetical protein  44.62 
 
 		 206 aa  197  9e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2102  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  50 
 
 		 206 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.28508  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2855  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  57.58 
 
 		 234 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0072  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  57.58 
 
 		 234 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2847  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  49.49 
 
 		 247 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0169491  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0260  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  49.49 
 
 		 247 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00168623  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0242  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  49.49 
 
 		 247 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.137526  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3430  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  57.58 
 
 		 234 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1688  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  57.58 
 
 		 234 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.332002  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3851  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  57.58 
 
 		 234 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.315458  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3932  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  57.58 
 
 		 234 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.329787  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3120  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  57.58 
 
 		 234 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.806479  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2360  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  52.6 
 
 		 206 aa  196  3e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.24573  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2125  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  49.16 
 
 		 208 aa  194  7e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0186  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  49.49 
 
 		 253 aa  194  8.000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2243  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  48.91 
 
 		 206 aa  194  1e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.030336  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0173  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  48.98 
 
 		 253 aa  193  2e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.521655  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0169  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  55.09 
 
 		 273 aa  192  3e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.413087 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1885  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  50.85 
 
 		 206 aa  191  8e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.182663 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2089  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  50.85 
 
 		 206 aa  189  2e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.995215 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0570  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  51.48 
 
 		 234 aa  186  2e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.930718  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2214  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  49.15 
 
 		 206 aa  187  2e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.985834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0254  hypothetical protein  45.69 
 
 		 200 aa  187  2e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2116  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  52.6 
 
 		 206 aa  185  5e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0658  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  50.32 
 
 		 245 aa  185  7e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0343248 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02190  hypothetical protein  45.18 
 
 		 200 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.727435  normal  0.427786 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0701  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  50.58 
 
 		 219 aa  184  2.0000000000000003e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.376029 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1076  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  52.8 
 
 		 178 aa  181  7e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00274971 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4153  CheD, stimulates methylation of MCP protein  51.83 
 
 		 217 aa  181  9.000000000000001e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.340514  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2701  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  51.22 
 
 		 227 aa  180  2e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3103  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  42.79 
 
 		 218 aa  175  7e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2173  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  43.58 
 
 		 242 aa  173  1.9999999999999998e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0902871  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00056  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  45.6 
 
 		 194 aa  168  8e-41  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.00180609  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3787  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  43.65 
 
 		 245 aa  167  1e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.54993  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3061  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  51.35 
 
 		 204 aa  166  2e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.583013  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4375  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  48.65 
 
 		 253 aa  164  9e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.893396  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1844  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  45.05 
 
 		 198 aa  160  1e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.494723 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2161  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  44.86 
 
 		 216 aa  160  1e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.847826  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1613  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  43.72 
 
 		 191 aa  160  2e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0166674  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0160  chemotaxis protein CheD  40.21 
 
 		 195 aa  155  8e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2147  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  46.07 
 
 		 213 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00414  CheD  44.12 
 
 		 169 aa  152  5.9999999999999996e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.999613  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0208  chemotaxis protein; stimulates methylation of MCP proteins  39.69 
 
 		 200 aa  150  1e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0153  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  43.98 
 
 		 233 aa  151  1e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0439  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  38.86 
 
 		 210 aa  144  1e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00596403  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3150  hypothetical protein  37.11 
 
 		 210 aa  138  7.999999999999999e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1042  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  43.96 
 
 		 183 aa  138  1e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0303  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  45.14 
 
 		 184 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00198735  normal  0.717495 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4342  hypothetical protein  35.38 
 
 		 209 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0610  hypothetical protein  36.79 
 
 		 209 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000000882813  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4071  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  46.21 
 
 		 184 aa  132  5e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.130637  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0284  hypothetical protein  42.5 
 
 		 188 aa  132  5e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0335  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  43.75 
 
 		 184 aa  132  6e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.254495 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0088  CheD  35.75 
 
 		 197 aa  130  2.0000000000000002e-29  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3219  CheD, stimulates methylation of MCP protein  41.76 
 
 		 183 aa  129  4.0000000000000003e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0914771 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0726  chemotaxis protein CheD, putative  40.74 
 
 		 220 aa  125  4.0000000000000003e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.345445  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0240  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  42.67 
 
 		 183 aa  125  8.000000000000001e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.497247 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3211  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  44.68 
 
 		 187 aa  120  9.999999999999999e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.192174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1441  CheD  40.67 
 
 		 191 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1145  hypothetical protein  36.46 
 
 		 197 aa  119  6e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3628  hypothetical protein  40.94 
 
 		 180 aa  118  7.999999999999999e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0550026 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2845  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  41.96 
 
 		 161 aa  115  6e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.244077  normal  0.188439 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0963  CheD, stimulates methylation of MCP protein  38.36 
 
 		 199 aa  115  6e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1103  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  40.6 
 
 		 199 aa  111  9e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.766752  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2439  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  37.59 
 
 		 199 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.310288  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3472  CheD  42.52 
 
 		 171 aa  107  2e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.580477  normal  0.226139 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22580  chemotaxis protein CheD  38.31 
 
 		 168 aa  106  3e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2630  chemotaxis protein  40.88 
 
 		 185 aa  105  7e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.100021  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1310  CheD  40.91 
 
 		 161 aa  105  8e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2326  chemotaxis protein CheD, putative  34.04 
 
 		 199 aa  104  1e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1791  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  36.55 
 
 		 199 aa  102  6e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2899  CheD, stimulates methylation of MCP protein  35.67 
 
 		 198 aa  100  2e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.5563900000000001e-18 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2362  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  34.22 
 
 		 198 aa  100  2e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.45026  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2713  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  35.86 
 
 		 190 aa  100  3e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1382  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  36.77 
 
 		 201 aa  99  5e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00327904  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1007  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  40.54 
 
 		 157 aa  97.4  2e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000449804  normal  0.590403 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0638  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  38.46 
 
 		 171 aa  95.9  6e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0629  CheD  38.46 
 
 		 171 aa  95.1  8e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1432  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  35.26 
 
 		 160 aa  95.1  9e-19  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0604  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  37.76 
 
 		 171 aa  92.8  4e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0382  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  34.46 
 
 		 159 aa  91.7  9e-18  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0905  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  32.88 
 
 		 173 aa  89.4  5e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1407  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  36.3 
 
 		 176 aa  87.4  2e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.577059  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0024  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  37.06 
 
 		 157 aa  86.3  4e-16  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000154554  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0648  hypothetical protein  38.76 
 
 		 170 aa  86.3  4e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0642567  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0024  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  37.06 
 
 		 157 aa  86.3  4e-16  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.375225  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1986  CheD family protein  33.56 
 
 		 156 aa  82.8  0.000000000000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0103025  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>