168 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1527 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_1527  hypothetical protein  100 
 
 		 160 aa  328  1e-89  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.101375 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1147  chemotaxis protein  39.35 
 
 		 170 aa  124  4.0000000000000003e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.332567  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1321  CheD, stimulates methylation of MCP protein  40.91 
 
 		 194 aa  116  9.999999999999999e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.776014  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0782  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  38.93 
 
 		 177 aa  114  5e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.896881 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0909  chemotaxis protein CheD, putative  37.33 
 
 		 168 aa  109  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3300  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  36.67 
 
 		 170 aa  102  3e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0905  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  35.14 
 
 		 173 aa  99  2e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0701  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  37.34 
 
 		 167 aa  99  3e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0356622  normal  0.347186 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2102  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  35.37 
 
 		 206 aa  98.2  4e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.28508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2360  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  35.37 
 
 		 206 aa  98.2  4e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.24573  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2617  CheD, stimulates methylation of MCP protein  34.44 
 
 		 165 aa  97.4  7e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1596  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  33.77 
 
 		 165 aa  95.9  2e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2243  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  34.01 
 
 		 206 aa  95.1  4e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.030336  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2214  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  35.37 
 
 		 206 aa  94  8e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.985834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3303  hypothetical protein  33.78 
 
 		 206 aa  92  3e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1007  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  36.48 
 
 		 157 aa  91.3  5e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000449804  normal  0.590403 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1885  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  34.69 
 
 		 206 aa  90.9  6e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.182663 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2125  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  34.69 
 
 		 208 aa  90.5  9e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2089  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  34.69 
 
 		 206 aa  90.5  1e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.995215 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3061  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  33.79 
 
 		 204 aa  89.7  2e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.583013  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3787  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  33.79 
 
 		 245 aa  89  2e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.54993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2116  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  34.69 
 
 		 206 aa  89  3e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0731  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  33.11 
 
 		 201 aa  85.9  2e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.154797  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0977  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  34.01 
 
 		 156 aa  86.3  2e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2173  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  31.72 
 
 		 242 aa  86.3  2e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0902871  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00056  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  37.24 
 
 		 194 aa  85.1  4e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.00180609  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1310  CheD  33.97 
 
 		 161 aa  84.3  5e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0024  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  33.57 
 
 		 157 aa  84  7e-16  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.375225  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0024  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  33.57 
 
 		 157 aa  84  7e-16  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000154554  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3294  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  33.95 
 
 		 175 aa  84  9e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.370177 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1613  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  31.08 
 
 		 191 aa  83.6  0.000000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0166674  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1931  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  31.76 
 
 		 203 aa  83.6  0.000000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4375  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  31.03 
 
 		 253 aa  83.2  0.000000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.893396  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0175  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  32.17 
 
 		 154 aa  83.2  0.000000000000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.155132  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1616  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  32.65 
 
 		 202 aa  82.8  0.000000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0524891 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0701  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  31.72 
 
 		 219 aa  82.8  0.000000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.376029 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2701  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  32.41 
 
 		 227 aa  82.8  0.000000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1727  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  31.47 
 
 		 154 aa  82  0.000000000000003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0735  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  31.76 
 
 		 154 aa  81.6  0.000000000000004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.466982  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2983  CheD, stimulates methylation of MCP protein  32.05 
 
 		 175 aa  81.6  0.000000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2161  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  32.5 
 
 		 216 aa  80.5  0.000000000000009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.847826  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0088  CheD  29.25 
 
 		 197 aa  79.7  0.00000000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1432  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  31.47 
 
 		 160 aa  80.1  0.00000000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0658  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  29.66 
 
 		 245 aa  80.1  0.00000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0343248 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0570  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  31.03 
 
 		 234 aa  79.3  0.00000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.930718  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1844  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  37.24 
 
 		 198 aa  79  0.00000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.494723 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0221  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  31.47 
 
 		 154 aa  79.3  0.00000000000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0450541  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0382  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  28.67 
 
 		 159 aa  79  0.00000000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0604  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  34.46 
 
 		 171 aa  78.6  0.00000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2899  CheD, stimulates methylation of MCP protein  29.41 
 
 		 198 aa  78.6  0.00000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.5563900000000001e-18 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0629  CheD  33.11 
 
 		 171 aa  78.2  0.00000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02190  hypothetical protein  31.72 
 
 		 200 aa  77.4  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.727435  normal  0.427786 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3103  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  29.8 
 
 		 218 aa  77  0.00000000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0254  hypothetical protein  31.72 
 
 		 200 aa  77  0.00000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0638  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  33.11 
 
 		 171 aa  77  0.00000000000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1076  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  33.1 
 
 		 178 aa  75.9  0.0000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00274971 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1144  chemotaxis protein CheD, putative  33.83 
 
 		 131 aa  74.7  0.0000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.000787559  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2419  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  32.72 
 
 		 160 aa  74.7  0.0000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.333698  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4053  CheD  31.51 
 
 		 236 aa  74.3  0.0000000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02054  chemotaxis protein  31.51 
 
 		 233 aa  74.3  0.0000000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.124025  normal  0.0167614 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4165  CheD  31.51 
 
 		 236 aa  74.3  0.0000000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2022  CheD, stimulates methylation of MCP protein  31.13 
 
 		 166 aa  73.9  0.0000000000009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3150  hypothetical protein  32.89 
 
 		 210 aa  73.9  0.0000000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1407  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  33.1 
 
 		 176 aa  73.2  0.000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.577059  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2845  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  34.27 
 
 		 161 aa  73.6  0.000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.244077  normal  0.188439 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1382  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  28.05 
 
 		 201 aa  73.2  0.000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00327904  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0439  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  31.29 
 
 		 210 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00596403  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0153  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  28.66 
 
 		 233 aa  73.6  0.000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2855  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  30.46 
 
 		 234 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0072  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  30.46 
 
 		 234 aa  72.8  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4342  hypothetical protein  31.97 
 
 		 209 aa  72.4  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3430  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  30.46 
 
 		 234 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1688  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  30.46 
 
 		 234 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.332002  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3851  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  30.46 
 
 		 234 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.315458  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3932  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  30.46 
 
 		 234 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.329787  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3120  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  30.46 
 
 		 234 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.806479  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0610  hypothetical protein  31.97 
 
 		 209 aa  72.8  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000000882813  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0982  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  29.58 
 
 		 151 aa  72.4  0.000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3362  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  30.61 
 
 		 241 aa  72  0.000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0117903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3178  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  30.61 
 
 		 234 aa  72  0.000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2385  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  29.2 
 
 		 166 aa  71.6  0.000000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0169  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  31.29 
 
 		 273 aa  71.6  0.000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.413087 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0123  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  29.25 
 
 		 250 aa  70.9  0.000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1854  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  32 
 
 		 164 aa  70.9  0.000000000007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1308  CheD  26.92 
 
 		 163 aa  68.9  0.00000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.950792  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3810  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  29.53 
 
 		 271 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3146  CheD  32.56 
 
 		 173 aa  68.9  0.00000000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2146  CheD  29.1 
 
 		 160 aa  68.9  0.00000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00139115  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3201  chemotaxis protein CheD, putative  29.25 
 
 		 162 aa  68.2  0.00000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.945605  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1986  CheD family protein  30.14 
 
 		 156 aa  68.2  0.00000000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0103025  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0242  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  29.93 
 
 		 247 aa  68.2  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.137526  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2847  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  29.93 
 
 		 247 aa  68.2  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0169491  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0260  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  29.93 
 
 		 247 aa  68.6  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00168623  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0963  CheD, stimulates methylation of MCP protein  28.93 
 
 		 199 aa  68.2  0.00000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2326  chemotaxis protein CheD, putative  28.67 
 
 		 199 aa  67.8  0.00000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2362  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  35.87 
 
 		 198 aa  67.4  0.00000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.45026  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0877  hypothetical protein  29.3 
 
 		 186 aa  67.4  0.00000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2970  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  29.53 
 
 		 263 aa  67.4  0.00000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00077588 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3209  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  32.03 
 
 		 162 aa  67.4  0.00000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000200637 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1441  CheD  31.43 
 
 		 191 aa  66.2  0.0000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>