168 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0240 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0240  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  100 
 
 		 183 aa  377  1e-104  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.497247 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0335  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  81.52 
 
 		 184 aa  314  4e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.254495 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0303  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  80.43 
 
 		 184 aa  313  9.999999999999999e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00198735  normal  0.717495 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4071  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  77.17 
 
 		 184 aa  300  7.000000000000001e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.130637  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0284  hypothetical protein  56.57 
 
 		 188 aa  199  1.9999999999999998e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1441  CheD  54.59 
 
 		 191 aa  197  7e-50  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3628  hypothetical protein  59.48 
 
 		 180 aa  184  8e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0550026 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2630  chemotaxis protein  55.7 
 
 		 185 aa  174  5e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.100021  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3211  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  50 
 
 		 187 aa  166  2e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.192174  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2439  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  53.42 
 
 		 199 aa  160  1e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.310288  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2713  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  50.56 
 
 		 190 aa  160  1e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1103  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  53.42 
 
 		 199 aa  159  3e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.766752  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1613  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  44.63 
 
 		 191 aa  154  1e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0166674  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1931  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  49.36 
 
 		 203 aa  152  2e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1791  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  47.44 
 
 		 199 aa  152  2e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0242  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  43.5 
 
 		 247 aa  150  7e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.137526  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2847  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  43.5 
 
 		 247 aa  150  7e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0169491  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0260  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  43.5 
 
 		 247 aa  150  7e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00168623  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0169  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  51.37 
 
 		 273 aa  145  4.0000000000000006e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.413087 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3362  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  43.78 
 
 		 241 aa  142  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0117903  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2970  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  48.25 
 
 		 263 aa  141  4e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00077588 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1616  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  49.3 
 
 		 202 aa  141  5e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0524891 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3178  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  48.61 
 
 		 234 aa  141  5e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3692  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  39.89 
 
 		 220 aa  140  9e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000909958  normal  0.0208475 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2855  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  48.61 
 
 		 234 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0072  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  48.61 
 
 		 234 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3430  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  48.61 
 
 		 234 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1688  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  48.61 
 
 		 234 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.332002  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3851  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  48.61 
 
 		 234 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.315458  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3932  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  48.61 
 
 		 234 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.329787  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3120  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  48.61 
 
 		 234 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.806479  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5611  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  43.79 
 
 		 217 aa  139  3e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.414458  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3472  CheD  42.61 
 
 		 171 aa  137  6e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.580477  normal  0.226139 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0186  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  49.31 
 
 		 253 aa  136  2e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3810  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  46.15 
 
 		 271 aa  135  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0123  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  46.15 
 
 		 250 aa  135  4e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2161  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  39.44 
 
 		 216 aa  134  5e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.847826  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0173  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  48.61 
 
 		 253 aa  134  6.0000000000000005e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.521655  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0658  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  48.25 
 
 		 245 aa  131  6.999999999999999e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0343248 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4165  CheD  42.67 
 
 		 236 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00056  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  50 
 
 		 194 aa  129  2.0000000000000002e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.00180609  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4053  CheD  42.67 
 
 		 236 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0731  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  48.57 
 
 		 201 aa  129  3e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.154797  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02054  chemotaxis protein  42.67 
 
 		 233 aa  128  4.0000000000000003e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.124025  normal  0.0167614 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0160  chemotaxis protein CheD  42.62 
 
 		 195 aa  127  6e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4375  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  46.85 
 
 		 253 aa  128  6e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.893396  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3061  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  47.18 
 
 		 204 aa  124  6e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.583013  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2173  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  41.82 
 
 		 242 aa  124  6e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0902871  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3787  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  47.18 
 
 		 245 aa  124  7e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.54993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1076  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  43.26 
 
 		 178 aa  123  1e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00274971 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2243  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  44.52 
 
 		 206 aa  124  1e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.030336  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00414  CheD  49.23 
 
 		 169 aa  123  1e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.999613  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0208  chemotaxis protein; stimulates methylation of MCP proteins  41.53 
 
 		 200 aa  122  2e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4153  CheD, stimulates methylation of MCP protein  43.21 
 
 		 217 aa  123  2e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.340514  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2125  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  42.07 
 
 		 208 aa  122  3e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3303  hypothetical protein  39.51 
 
 		 206 aa  122  3e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0254  hypothetical protein  40.12 
 
 		 200 aa  122  3e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0701  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  45.06 
 
 		 219 aa  122  4e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.376029 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1844  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  53.33 
 
 		 198 aa  122  4e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.494723 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2102  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  44.52 
 
 		 206 aa  122  4e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.28508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2360  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  44.52 
 
 		 206 aa  122  4e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.24573  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3103  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  36.84 
 
 		 218 aa  119  1.9999999999999998e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0439  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  42.14 
 
 		 210 aa  119  3e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00596403  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1885  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  45.21 
 
 		 206 aa  118  3.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.182663 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3150  hypothetical protein  41.49 
 
 		 210 aa  118  4.9999999999999996e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0963  CheD, stimulates methylation of MCP protein  41.67 
 
 		 199 aa  118  4.9999999999999996e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2089  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  44.52 
 
 		 206 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.995215 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0570  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  44.37 
 
 		 234 aa  116  1.9999999999999998e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.930718  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2214  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  44.52 
 
 		 206 aa  116  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.985834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2147  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  37.85 
 
 		 213 aa  116  1.9999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0726  chemotaxis protein CheD, putative  46.9 
 
 		 220 aa  115  3.9999999999999997e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.345445  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2701  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  42.58 
 
 		 227 aa  114  6e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02190  hypothetical protein  37.58 
 
 		 200 aa  114  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.727435  normal  0.427786 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2845  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  41.73 
 
 		 161 aa  114  1.0000000000000001e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.244077  normal  0.188439 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22580  chemotaxis protein CheD  42.22 
 
 		 168 aa  113  1.0000000000000001e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0088  CheD  34.44 
 
 		 197 aa  112  3e-24  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3219  CheD, stimulates methylation of MCP protein  43.62 
 
 		 183 aa  112  3e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0914771 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2362  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  41.45 
 
 		 198 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.45026  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1042  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  42.95 
 
 		 183 aa  109  2.0000000000000002e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4342  hypothetical protein  39.51 
 
 		 209 aa  109  3e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2116  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  44.52 
 
 		 206 aa  109  3e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0610  hypothetical protein  41.67 
 
 		 209 aa  107  9.000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000000882813  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0153  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  41.89 
 
 		 233 aa  106  1e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2326  chemotaxis protein CheD, putative  45.04 
 
 		 199 aa  106  2e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1382  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  41.78 
 
 		 201 aa  105  3e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00327904  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0382  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  36.62 
 
 		 159 aa  105  3e-22  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1145  hypothetical protein  36.42 
 
 		 197 aa  102  3e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0024  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  38.85 
 
 		 157 aa  100  1e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.375225  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0024  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  38.85 
 
 		 157 aa  100  1e-20  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000154554  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0638  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  40.69 
 
 		 171 aa  99.4  3e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2899  CheD, stimulates methylation of MCP protein  39.73 
 
 		 198 aa  99.4  3e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.5563900000000001e-18 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0648  hypothetical protein  44.35 
 
 		 170 aa  99.4  3e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0642567  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0604  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  40 
 
 		 171 aa  98.2  6e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0629  CheD  40 
 
 		 171 aa  97.8  8e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3209  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  36.3 
 
 		 162 aa  90.5  1e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000200637 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3294  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  39.13 
 
 		 175 aa  90.1  2e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.370177 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3201  chemotaxis protein CheD, putative  34.84 
 
 		 162 aa  88.6  4e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.945605  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1665  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  35.77 
 
 		 162 aa  87  1e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00633684  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2022  CheD, stimulates methylation of MCP protein  35.57 
 
 		 166 aa  85.5  4e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1741  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  36.13 
 
 		 171 aa  82  0.000000000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>