More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2604 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_2604  endonuclease III  100 
 
 		 227 aa  474  1e-133  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.324373  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2438  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  71.35 
 
 		 218 aa  300  9e-81  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00334229  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1489  endonuclease III  64.93 
 
 		 217 aa  298  3e-80  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.220134  normal  0.323214 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09263  endonuclease III/Nth  69.27 
 
 		 218 aa  295  6e-79  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.208041  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2158  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  66.03 
 
 		 209 aa  293  2e-78  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1009  endonuclease III/Nth  60.29 
 
 		 217 aa  285  2.9999999999999996e-76  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.544458  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02735  Endonuclease III/Nth  64.29 
 
 		 237 aa  285  4e-76  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1930  endonuclease III  62.68 
 
 		 216 aa  285  5e-76  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.491388  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07791  putative endonuclease  62.2 
 
 		 217 aa  278  3e-74  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_08631  putative endonuclease  61.65 
 
 		 217 aa  275  4e-73  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0210  putative endonuclease  60.77 
 
 		 217 aa  275  4e-73  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_08421  putative endonuclease  60.29 
 
 		 217 aa  275  4e-73  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.884282  hitchhiker  0.00457853 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2465  endonuclease III  60.7 
 
 		 220 aa  272  4.0000000000000004e-72  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.341333 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08661  putative endonuclease  61.17 
 
 		 217 aa  271  5.000000000000001e-72  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.659896  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_17641  putative endonuclease  58.06 
 
 		 217 aa  269  2e-71  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.96532 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0810  putative endonuclease  60.68 
 
 		 217 aa  269  2.9999999999999997e-71  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0256487  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0549  endonuclease III  62.12 
 
 		 212 aa  265  2.9999999999999995e-70  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.0850765 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09581  putative endonuclease  53.37 
 
 		 217 aa  244  9.999999999999999e-64  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.136749  hitchhiker  0.00149205 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1412  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  53.5 
 
 		 231 aa  218  7e-56  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.869538 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0510  endonuclease III  41.59 
 
 		 223 aa  187  1e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0470  endonuclease III  45.54 
 
 		 235 aa  184  1.0000000000000001e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1270  endonuclease III  42.72 
 
 		 215 aa  182  3e-45  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2109  endonuclease III  41.59 
 
 		 223 aa  181  1e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.171881  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1456  endonuclease III  42.25 
 
 		 215 aa  179  4e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1428  endonuclease III  42.25 
 
 		 215 aa  179  4e-44  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0645154  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1429  endonuclease III  42.25 
 
 		 215 aa  179  4e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.965291  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1570  endonuclease III  42.25 
 
 		 215 aa  179  4e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1641  endonuclease III  42.25 
 
 		 215 aa  179  4e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00426336 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1714  endonuclease III  42.25 
 
 		 215 aa  179  4e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.147583  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1676  endonuclease III  41.78 
 
 		 215 aa  177  1e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1472  endonuclease III  41.78 
 
 		 215 aa  175  6e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.822891  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1062  endonuclease III  41.15 
 
 		 227 aa  175  6e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.561785 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1603  endonuclease III  41.31 
 
 		 215 aa  174  9e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3742  endonuclease III  41.78 
 
 		 215 aa  174  9.999999999999999e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.941778  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0492  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase, endonuclease III  44.33 
 
 		 218 aa  174  9.999999999999999e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0222024 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0613  endonuclease III  40.8 
 
 		 286 aa  173  1.9999999999999998e-42  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0436  endonuclease III  43 
 
 		 220 aa  171  6.999999999999999e-42  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.22324  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2331  endonuclease III  45.37 
 
 		 211 aa  171  6.999999999999999e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0091  endonuclease III  43.07 
 
 		 237 aa  170  2e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0761  endonuclease III  44.44 
 
 		 197 aa  169  3e-41  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1022  endonuclease III  37.9 
 
 		 219 aa  167  9e-41  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0069  endonuclease III  45.13 
 
 		 210 aa  167  1e-40  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8862  endonuclease III  38.71 
 
 		 251 aa  167  1e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1540  endonuclease III  38.97 
 
 		 219 aa  167  2e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5194  endonuclease III  43.35 
 
 		 221 aa  166  2e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.03252e-16 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0248  endonuclease III  43.22 
 
 		 233 aa  166  2e-40  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1511  endonuclease III  38.97 
 
 		 219 aa  167  2e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3269  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  41.06 
 
 		 217 aa  166  2.9999999999999998e-40  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.398571  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0447  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  41.51 
 
 		 228 aa  164  8e-40  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0118  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  41.71 
 
 		 258 aa  163  2.0000000000000002e-39  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2355  endonuclease III  41.79 
 
 		 220 aa  163  2.0000000000000002e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2405  endonuclease III  41.79 
 
 		 220 aa  163  2.0000000000000002e-39  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.997056  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1364  endonuclease III  41.87 
 
 		 230 aa  163  2.0000000000000002e-39  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.621669  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0437  endonuclease III  36.45 
 
 		 246 aa  162  3e-39  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.186096 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1172  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  39.25 
 
 		 218 aa  161  1e-38  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0261583  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3627  endonuclease III  38.83 
 
 		 220 aa  160  1e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.620738  normal  0.69522 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04910  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase /endonuclease III  38.1 
 
 		 238 aa  159  2e-38  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1731  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  39.72 
 
 		 223 aa  160  2e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13250  endonuclease III  40.59 
 
 		 210 aa  160  2e-38  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0422  endonuclease III  40.31 
 
 		 234 aa  159  2e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.226123  normal  0.147146 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0960  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  38.24 
 
 		 212 aa  159  3e-38  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1993  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  38.99 
 
 		 263 aa  159  3e-38  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3556  endonuclease III  38.73 
 
 		 225 aa  158  6e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.848548 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36110  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase /endonuclease III  41.36 
 
 		 256 aa  158  6e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.755364 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0804  endonuclease III  40.89 
 
 		 219 aa  158  8e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.61713 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0205  endonuclease III  42.41 
 
 		 239 aa  157  9e-38  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0490975  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2727  endonuclease III  38.54 
 
 		 224 aa  157  1e-37  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0255  endonuclease III  41.03 
 
 		 257 aa  157  2e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1299  endonuclease III  40.89 
 
 		 213 aa  157  2e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000804758  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0190  endonuclease III  38.94 
 
 		 224 aa  156  3e-37  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0826  endonuclease III  38.54 
 
 		 212 aa  156  3e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.377332 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1289  endonuclease III  39.32 
 
 		 220 aa  155  4e-37  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  decreased coverage  0.00130293  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1954  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  38.86 
 
 		 278 aa  155  4e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.524488 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0469  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  39.6 
 
 		 241 aa  155  4e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.751701 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1187  endonuclease III, DNA repair  36.92 
 
 		 214 aa  155  4e-37  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  decreased coverage  0.00300969  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3376  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  40.2 
 
 		 277 aa  155  4e-37  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.996166  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0720  endonuclease III  37.26 
 
 		 284 aa  155  5.0000000000000005e-37  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1735  endonuclease III  41.71 
 
 		 215 aa  155  6e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.61574  normal  0.277364 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1889  endonuclease III  43.14 
 
 		 211 aa  154  7e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3057  endonuclease III  40.58 
 
 		 208 aa  154  8e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2991  endonuclease III  40 
 
 		 233 aa  154  8e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1772  endonuclease III  40 
 
 		 224 aa  154  9e-37  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1563  endonuclease III  43.14 
 
 		 211 aa  154  9e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0700228  normal  0.157438 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0457  endonuclease III  36.49 
 
 		 211 aa  154  1e-36  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.791842 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1623  endonuclease III  43.14 
 
 		 211 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.475261  normal  0.347988 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0153  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  43.43 
 
 		 237 aa  154  1e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1551  endonuclease III  43.14 
 
 		 211 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.651941  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2676  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  40.59 
 
 		 214 aa  154  1e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1721  endonuclease III  43.14 
 
 		 211 aa  154  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.161227  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0203  endonuclease III / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase  43.96 
 
 		 218 aa  153  2e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.419558  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0150  endonuclease III  40 
 
 		 215 aa  154  2e-36  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3934  endonuclease III  38.83 
 
 		 234 aa  153  2e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.386422  hitchhiker  0.00986962 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4848  endonuclease III  40.84 
 
 		 246 aa  153  2e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0961  endonuclease III  40.51 
 
 		 207 aa  153  2e-36  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000122491  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0326  endonuclease III  38.78 
 
 		 241 aa  153  2e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.425287  normal  0.0561637 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5316  endonuclease III  38.61 
 
 		 248 aa  152  2.9999999999999998e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.541945 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10790  endonuclease III  41.03 
 
 		 212 aa  152  2.9999999999999998e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2899  endonuclease III  40.29 
 
 		 213 aa  152  4e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.786495  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1283  DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / endonuclease III  37.19 
 
 		 213 aa  152  4e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000000427752  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4319  endonuclease III  37.88 
 
 		 276 aa  152  4e-36  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.145875 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>