More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_2420 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_2420  exonuclease IX  100 
 
 		 253 aa  517  1e-146  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2716  exonuclease IX  68.13 
 
 		 260 aa  357  9.999999999999999e-98  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.772252  normal  0.0192591 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2784  exonuclease IX  68.13 
 
 		 260 aa  357  9.999999999999999e-98  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.435309  normal  0.0225112 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3460  exonuclease IX  67.2 
 
 		 252 aa  353  2e-96  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000245724 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2886  exonuclease IX  66.53 
 
 		 260 aa  351  7e-96  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000113102 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1289  exonuclease IX  66.01 
 
 		 262 aa  349  2e-95  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0967687  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3311  exonuclease IX  64.57 
 
 		 255 aa  347  1e-94  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00247146 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1357  exonuclease IX  66.8 
 
 		 262 aa  347  1e-94  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.364747  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1396  exonuclease IX  66.8 
 
 		 262 aa  345  3e-94  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.285435  hitchhiker  0.00837192 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2988  exonuclease IX  66.4 
 
 		 262 aa  344  8e-94  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.369035  hitchhiker  0.00000279054 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1371  exonuclease IX  66.8 
 
 		 262 aa  343  1e-93  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.372953  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2756  exonuclease IX  64 
 
 		 256 aa  342  2.9999999999999997e-93  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.172231  normal  0.0671818 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2976  exonuclease IX  65.6 
 
 		 256 aa  338  4e-92  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000898265  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2776  exonuclease IX  61.11 
 
 		 255 aa  332  4e-90  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2558  exonuclease IX  60 
 
 		 252 aa  320  1.9999999999999998e-86  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1549  exonuclease IX  65.49 
 
 		 236 aa  310  1e-83  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3374  exonuclease IX  43.2 
 
 		 264 aa  195  7e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.233411  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2776  exonuclease IX  41.31 
 
 		 262 aa  188  8e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.147001 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0930  exonuclease IX  42.4 
 
 		 260 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0675386  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2938  exonuclease IX  40.8 
 
 		 251 aa  177  1e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.653126  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0890  5'-3' exonuclease  40.8 
 
 		 251 aa  176  4e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.858149  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4062  exonuclease IX  40.8 
 
 		 251 aa  176  4e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0914  exonuclease IX  40.8 
 
 		 251 aa  176  4e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02643  exonuclease IX  40.4 
 
 		 281 aa  176  5e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3103  exonuclease IX  40.4 
 
 		 281 aa  176  5e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.28919  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3175  5'-3' exonuclease  40.71 
 
 		 253 aa  175  5e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2942  exonuclease IX  40.4 
 
 		 281 aa  176  5e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3074  exonuclease IX  40.4 
 
 		 281 aa  176  5e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.256005  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02605  hypothetical protein  40.4 
 
 		 281 aa  176  5e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3251  exonuclease IX  41.2 
 
 		 264 aa  175  7e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.143456  normal  0.869121 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3802  exonuclease IX  39.53 
 
 		 251 aa  175  7e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0329558  hitchhiker  0.00000392524 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3180  exonuclease IX  41.6 
 
 		 251 aa  173  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.529886  normal  0.683626 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3132  exonuclease IX  41.6 
 
 		 251 aa  173  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.171814 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3115  exonuclease IX  41.6 
 
 		 251 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.925901  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3295  exonuclease IX  41.2 
 
 		 251 aa  173  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.609177  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0694  exonuclease IX  39.36 
 
 		 257 aa  172  5e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.305103  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3195  exonuclease IX  41.2 
 
 		 251 aa  171  9e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.926983  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3538  exonuclease IX  37.55 
 
 		 290 aa  170  2e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01189  exonuclease IX  39.04 
 
 		 260 aa  170  2e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2881  5'-3' exonuclease  38.34 
 
 		 263 aa  169  4e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.379054  normal  0.954883 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004248  exodeoxyribonuclease IX  38.25 
 
 		 260 aa  168  6e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00525267  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2991  5'-3' exonuclease  41.6 
 
 		 253 aa  168  7e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0420  exonuclease IX  36.76 
 
 		 283 aa  164  9e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000094948  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1002  exonuclease IX  37.2 
 
 		 251 aa  160  2e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000174167  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1055  exonuclease IX  37.2 
 
 		 251 aa  160  2e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3477  5'-3' exonuclease  36.84 
 
 		 270 aa  156  3e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1441  DNA polymerase I  33.33 
 
 		 850 aa  147  1.0000000000000001e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2835  DNA polymerase I  33.2 
 
 		 893 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.333743  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0234  DNA polymerase I  34 
 
 		 265 aa  146  2.0000000000000003e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.196272  normal  0.294455 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1349  DNA polymerase I  35.66 
 
 		 924 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.38206  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0221  DNA polymerase I  35.66 
 
 		 973 aa  144  2e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.978569  normal  0.324106 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0541  DNA polymerase I  31.4 
 
 		 891 aa  140  3e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0346  DNA polymerase I  30.98 
 
 		 892 aa  139  3e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.335360000000001e-24 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0365  DNA polymerase I  30.98 
 
 		 892 aa  138  7.999999999999999e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3155  exonuclease IX  39.8 
 
 		 218 aa  137  1e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0554  DNA polymerase A  35.43 
 
 		 903 aa  137  1e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.266566  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0787  DNA polymerase I  32.95 
 
 		 876 aa  137  1e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4227  DNA polymerase I  31.68 
 
 		 929 aa  137  2e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0477521  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2798  DNA polymerase I  31.85 
 
 		 888 aa  135  6.0000000000000005e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00016  DNA polymerase I  31.78 
 
 		 930 aa  135  6.0000000000000005e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4517  DNA polymerase I  30.92 
 
 		 929 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.21603  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4164  DNA polymerase I  33.59 
 
 		 928 aa  135  7.000000000000001e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0170728  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0113  DNA polymerase I  32.16 
 
 		 896 aa  135  9e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1504  DNA polymerase I  31.66 
 
 		 915 aa  134  9.999999999999999e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4231  DNA polymerase I  32.06 
 
 		 928 aa  133  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000696994  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1172  DNA polymerase I  33.59 
 
 		 893 aa  133  1.9999999999999998e-30  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4388  DNA polymerase I  32.06 
 
 		 928 aa  133  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00514081  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4281  DNA polymerase I  32.06 
 
 		 928 aa  133  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.729451  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2983  DNA polymerase I  31.97 
 
 		 892 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4327  DNA polymerase I  32.06 
 
 		 928 aa  133  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.44762 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4246  DNA polymerase I  31.56 
 
 		 928 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000118244  normal  0.166094 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3536  DNA polymerase I  34.48 
 
 		 1060 aa  133  3e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.139482  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0099  DNA polymerase I  32.16 
 
 		 896 aa  133  3e-30  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0056  DNA polymerase I  33.97 
 
 		 935 aa  133  3e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4210  DNA polymerase I  32.06 
 
 		 928 aa  133  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0026674  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3967  DNA polymerase I  32.43 
 
 		 931 aa  132  3.9999999999999996e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.000137661  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0592  DNA polymerase I  31.3 
 
 		 891 aa  132  6e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000108203  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2399  DNA polymerase I  32.49 
 
 		 1047 aa  132  6e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.245921  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1494  5'-3' exonuclease  31.37 
 
 		 299 aa  131  7.999999999999999e-30  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.32691  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0774  ribonuclease H  33.46 
 
 		 474 aa  131  7.999999999999999e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.245945  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0021  DNA polymerase I  31.94 
 
 		 932 aa  131  9e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00121039  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4195  DNA polymerase I  31.94 
 
 		 932 aa  131  9e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00580719  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2673  DNA polymerase I  32.33 
 
 		 878 aa  131  9e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000968641  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0023  DNA polymerase I  31.94 
 
 		 932 aa  131  9e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000103572  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03749  DNA polymerase I  31.3 
 
 		 928 aa  130  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000312835  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4123  DNA polymerase I  31.3 
 
 		 928 aa  130  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000018502  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03698  hypothetical protein  31.3 
 
 		 928 aa  130  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000500829  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2909  DNA polymerase I  33.85 
 
 		 932 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.033314  normal  0.843304 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4337  DNA polymerase I  31.3 
 
 		 928 aa  130  1.0000000000000001e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.0000000000947993  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0419  DNA polymerase I  30.71 
 
 		 988 aa  131  1.0000000000000001e-29  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5306  DNA polymerase I  31.3 
 
 		 928 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000330989  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2694  DNA polymerase I  32.49 
 
 		 1047 aa  130  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4887  DNA polymerase I  33.33 
 
 		 934 aa  131  1.0000000000000001e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000312634  hitchhiker  0.0000015928 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4382  DNA polymerase I  31.3 
 
 		 928 aa  130  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000170331  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4152  DNA polymerase I  31.3 
 
 		 928 aa  130  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000213441  hitchhiker  0.000146367 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2471  DNA polymerase I  32.49 
 
 		 1047 aa  130  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.195384  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0378  DNA polymerase I  30.71 
 
 		 956 aa  130  2.0000000000000002e-29  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2156  DNA polymerase I  31.8 
 
 		 872 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2017  DNA polymerase I  31.25 
 
 		 866 aa  130  2.0000000000000002e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4088  DNA polymerase I  31.3 
 
 		 928 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000478192  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>