More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_1549 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_1549  exonuclease IX  100 
 
 		 236 aa  486  1e-136  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2716  exonuclease IX  93.86 
 
 		 260 aa  444  1.0000000000000001e-124  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.772252  normal  0.0192591 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2784  exonuclease IX  93.86 
 
 		 260 aa  444  1.0000000000000001e-124  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.435309  normal  0.0225112 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2886  exonuclease IX  92.11 
 
 		 260 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000113102 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1289  exonuclease IX  86.32 
 
 		 262 aa  424  1e-118  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0967687  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1396  exonuclease IX  87.11 
 
 		 262 aa  410  1e-114  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.285435  hitchhiker  0.00837192 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1357  exonuclease IX  86.67 
 
 		 262 aa  409  1e-113  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.364747  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2988  exonuclease IX  84.26 
 
 		 262 aa  410  1e-113  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.369035  hitchhiker  0.00000279054 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1371  exonuclease IX  83.83 
 
 		 262 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.372953  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2976  exonuclease IX  65.79 
 
 		 256 aa  326  2.0000000000000001e-88  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000898265  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2756  exonuclease IX  67.1 
 
 		 256 aa  322  4e-87  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.172231  normal  0.0671818 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3460  exonuclease IX  66.67 
 
 		 252 aa  321  7e-87  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000245724 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3311  exonuclease IX  65.94 
 
 		 255 aa  318  5e-86  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00247146 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2420  exonuclease IX  65.49 
 
 		 253 aa  310  1e-83  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2558  exonuclease IX  65.28 
 
 		 252 aa  295  3e-79  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2776  exonuclease IX  61.14 
 
 		 255 aa  289  2e-77  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2776  exonuclease IX  42.73 
 
 		 262 aa  174  1.9999999999999998e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.147001 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004248  exodeoxyribonuclease IX  42.33 
 
 		 260 aa  167  2e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00525267  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01189  exonuclease IX  42.52 
 
 		 260 aa  165  6.9999999999999995e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3538  exonuclease IX  39.82 
 
 		 290 aa  163  2.0000000000000002e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0930  exonuclease IX  41.85 
 
 		 260 aa  163  3e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0675386  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3374  exonuclease IX  41.23 
 
 		 264 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.233411  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3175  5'-3' exonuclease  41.28 
 
 		 253 aa  156  2e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0420  exonuclease IX  41.04 
 
 		 283 aa  156  3e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000094948  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3251  exonuclease IX  40.37 
 
 		 264 aa  154  1e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.143456  normal  0.869121 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2938  exonuclease IX  39.11 
 
 		 251 aa  152  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.653126  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0694  exonuclease IX  40.83 
 
 		 257 aa  152  5e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.305103  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02643  exonuclease IX  38.67 
 
 		 281 aa  150  1e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0890  5'-3' exonuclease  38.67 
 
 		 251 aa  151  1e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.858149  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0914  exonuclease IX  38.67 
 
 		 251 aa  151  1e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4062  exonuclease IX  38.67 
 
 		 251 aa  151  1e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2942  exonuclease IX  38.67 
 
 		 281 aa  150  1e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02605  hypothetical protein  38.67 
 
 		 281 aa  150  1e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3074  exonuclease IX  38.67 
 
 		 281 aa  150  1e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.256005  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3103  exonuclease IX  38.67 
 
 		 281 aa  150  1e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.28919  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3802  exonuclease IX  38.99 
 
 		 251 aa  150  2e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0329558  hitchhiker  0.00000392524 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3477  5'-3' exonuclease  38.18 
 
 		 270 aa  149  3e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3295  exonuclease IX  39.56 
 
 		 251 aa  149  5e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.609177  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2991  5'-3' exonuclease  40.37 
 
 		 253 aa  148  6e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3180  exonuclease IX  39.11 
 
 		 251 aa  148  7e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.529886  normal  0.683626 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3115  exonuclease IX  39.11 
 
 		 251 aa  148  7e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.925901  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3132  exonuclease IX  39.11 
 
 		 251 aa  148  9e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.171814 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2881  5'-3' exonuclease  37.78 
 
 		 263 aa  147  2.0000000000000003e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.379054  normal  0.954883 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2835  DNA polymerase I  33.48 
 
 		 893 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.333743  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3195  exonuclease IX  38.67 
 
 		 251 aa  145  5e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.926983  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1002  exonuclease IX  37.61 
 
 		 251 aa  141  7e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000174167  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1055  exonuclease IX  37.61 
 
 		 251 aa  141  7e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0541  DNA polymerase I  34.27 
 
 		 891 aa  141  8e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0346  DNA polymerase I  35.02 
 
 		 892 aa  141  8e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.335360000000001e-24 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0365  DNA polymerase I  34.56 
 
 		 892 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0119  DNA polymerase I  38.12 
 
 		 978 aa  140  1.9999999999999998e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0123  DNA polymerase I  37.62 
 
 		 979 aa  139  3.9999999999999997e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.389931  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2983  DNA polymerase I  33.8 
 
 		 892 aa  138  6e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0021  DNA polymerase I  36.94 
 
 		 932 aa  138  7.999999999999999e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00121039  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4195  DNA polymerase I  36.94 
 
 		 932 aa  138  8.999999999999999e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00580719  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0023  DNA polymerase I  36.94 
 
 		 932 aa  138  8.999999999999999e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000103572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0592  DNA polymerase I  33.33 
 
 		 891 aa  137  1e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000108203  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0137  DNA polymerase I  37.13 
 
 		 976 aa  136  3.0000000000000003e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.909529  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5204  DNA polymerase I  35.43 
 
 		 1025 aa  135  5e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4164  DNA polymerase I  36.52 
 
 		 928 aa  135  8e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0170728  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3967  DNA polymerase I  37.16 
 
 		 931 aa  134  9e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.000137661  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3945  DNA polymerase I  35.71 
 
 		 978 aa  133  1.9999999999999998e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4227  DNA polymerase I  35.59 
 
 		 929 aa  133  3e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0477521  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2377  DNA polymerase I  34.29 
 
 		 1000 aa  132  3.9999999999999996e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0421438  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0453  DNA polymerase I  35.24 
 
 		 1014 aa  132  6e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3381  DNA polymerase I  35.89 
 
 		 1004 aa  131  1.0000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.30865  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0357  DNA polymerase I  35.38 
 
 		 1010 aa  130  2.0000000000000002e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.577843 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0848  DNA polymerase I  35.43 
 
 		 1032 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4210  DNA polymerase I  36.49 
 
 		 928 aa  129  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0026674  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1349  DNA polymerase I  36.24 
 
 		 924 aa  129  3e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.38206  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4388  DNA polymerase I  36.49 
 
 		 928 aa  129  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00514081  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4231  DNA polymerase I  36.49 
 
 		 928 aa  129  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000696994  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0299  DNA polymerase I  36.14 
 
 		 992 aa  129  3e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4327  DNA polymerase I  36.49 
 
 		 928 aa  129  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.44762 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4281  DNA polymerase I  36.49 
 
 		 928 aa  129  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.729451  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4517  DNA polymerase I  35 
 
 		 929 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.21603  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0956  DNA polymerase I  34.53 
 
 		 1033 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1504  DNA polymerase I  34.26 
 
 		 915 aa  128  7.000000000000001e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2846  DNA polymerase I  34.56 
 
 		 943 aa  128  8.000000000000001e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.411951  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0554  DNA polymerase A  35.19 
 
 		 903 aa  128  1.0000000000000001e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.266566  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2764  DNA polymerase I  36.49 
 
 		 935 aa  127  1.0000000000000001e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7357  DNA polymerase I  34.53 
 
 		 1020 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.409782  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0002  DNA polymerase I  35.27 
 
 		 968 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0221  DNA polymerase I  37.38 
 
 		 973 aa  126  3e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.978569  normal  0.324106 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03749  DNA polymerase I  35.59 
 
 		 928 aa  126  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000312835  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4123  DNA polymerase I  35.59 
 
 		 928 aa  126  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000018502  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4088  DNA polymerase I  35.59 
 
 		 928 aa  126  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000478192  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4152  DNA polymerase I  35.59 
 
 		 928 aa  126  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000213441  hitchhiker  0.000146367 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2573  DNA polymerase I  32 
 
 		 892 aa  125  4.0000000000000003e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000431166  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4337  DNA polymerase I  35.59 
 
 		 928 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.0000000000947993  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4382  DNA polymerase I  35.59 
 
 		 928 aa  126  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000170331  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5306  DNA polymerase I  35.59 
 
 		 928 aa  126  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000330989  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0949  ribonuclease H  38.97 
 
 		 482 aa  125  4.0000000000000003e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4246  DNA polymerase I  35.59 
 
 		 928 aa  125  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000118244  normal  0.166094 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03698  hypothetical protein  35.59 
 
 		 928 aa  126  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000500829  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4887  DNA polymerase I  35.91 
 
 		 934 aa  125  5e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000312634  hitchhiker  0.0000015928 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1688  DNA polymerase I  34.1 
 
 		 940 aa  125  8.000000000000001e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3902  DNA polymerase I  31.28 
 
 		 892 aa  124  1e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000292646  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4103  DNA polymerase I  37.76 
 
 		 999 aa  124  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0056  DNA polymerase I  36.24 
 
 		 935 aa  123  3e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>