More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3477 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3477  5'-3' exonuclease  100 
 
 		 270 aa  555  1e-157  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0234  DNA polymerase I  38.65 
 
 		 265 aa  191  8e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.196272  normal  0.294455 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2988  exonuclease IX  38.78 
 
 		 262 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.369035  hitchhiker  0.00000279054 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1396  exonuclease IX  39.52 
 
 		 262 aa  171  1e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.285435  hitchhiker  0.00837192 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2976  exonuclease IX  39.23 
 
 		 256 aa  170  2e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000898265  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2776  exonuclease IX  35.18 
 
 		 262 aa  170  2e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.147001 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1371  exonuclease IX  39.16 
 
 		 262 aa  169  4e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.372953  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1357  exonuclease IX  38.71 
 
 		 262 aa  167  1e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.364747  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1289  exonuclease IX  37.6 
 
 		 262 aa  167  1e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0967687  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2558  exonuclease IX  37.05 
 
 		 252 aa  166  4e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3460  exonuclease IX  38.52 
 
 		 252 aa  165  9e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000245724 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3311  exonuclease IX  38.46 
 
 		 255 aa  163  3e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00247146 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2716  exonuclease IX  35.85 
 
 		 260 aa  161  9e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.772252  normal  0.0192591 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2784  exonuclease IX  35.85 
 
 		 260 aa  161  9e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.435309  normal  0.0225112 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2886  exonuclease IX  38.71 
 
 		 260 aa  160  3e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000113102 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2756  exonuclease IX  37.55 
 
 		 256 aa  159  5e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.172231  normal  0.0671818 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0087  DNA polymerase I  35.61 
 
 		 903 aa  159  5e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3802  exonuclease IX  36.4 
 
 		 251 aa  158  1e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0329558  hitchhiker  0.00000392524 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2881  5'-3' exonuclease  35.55 
 
 		 263 aa  157  1e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.379054  normal  0.954883 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0568  DNA polymerase I  37.64 
 
 		 905 aa  157  2e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2776  exonuclease IX  37.25 
 
 		 255 aa  157  2e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2420  exonuclease IX  36.84 
 
 		 253 aa  156  3e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0044  DNA polymerase I  37.76 
 
 		 911 aa  156  4e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.812891  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3374  exonuclease IX  36.64 
 
 		 264 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.233411  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4978  DNA polymerase I  38.52 
 
 		 936 aa  155  7e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1542  DNA polymerase I  39.52 
 
 		 940 aa  153  2.9999999999999998e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0420  exonuclease IX  35.32 
 
 		 283 aa  153  2.9999999999999998e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000094948  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5325  DNA polymerase I  39.92 
 
 		 947 aa  152  4e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0930  exonuclease IX  36.67 
 
 		 260 aa  152  4e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0675386  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004248  exodeoxyribonuclease IX  36.26 
 
 		 260 aa  152  5e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00525267  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2860  DNA polymerase I  40.87 
 
 		 912 aa  152  5e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.129264  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0113  DNA polymerase I  36.64 
 
 		 896 aa  152  7e-36  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0541  DNA polymerase I  36.33 
 
 		 908 aa  152  7e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3813  DNA polymerase I  36.95 
 
 		 939 aa  151  1e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.273799  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2991  5'-3' exonuclease  36.82 
 
 		 253 aa  150  2e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3538  exonuclease IX  33.82 
 
 		 290 aa  150  2e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0099  DNA polymerase I  39.56 
 
 		 896 aa  150  2e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1325  DNA polymerase I  36.69 
 
 		 957 aa  150  2e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0419  DNA polymerase I  33.33 
 
 		 988 aa  150  2e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2573  DNA polymerase I  35.46 
 
 		 906 aa  150  3e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1549  exonuclease IX  38.18 
 
 		 236 aa  149  4e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01189  exonuclease IX  36.64 
 
 		 260 aa  149  4e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3175  5'-3' exonuclease  35.91 
 
 		 253 aa  149  6e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0378  DNA polymerase I  32.95 
 
 		 956 aa  148  8e-35  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2042  DNA polymerase I  35.54 
 
 		 937 aa  148  9e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.782294  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4517  DNA polymerase I  34.11 
 
 		 929 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.21603  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1841  DNA polymerase I  37.9 
 
 		 936 aa  147  1.0000000000000001e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.721717  normal  0.294412 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2435  DNA polymerase I  35.12 
 
 		 937 aa  147  1.0000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.326826  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0358  DNA polymerase I  35.12 
 
 		 910 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.681988  normal  0.0403702 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1002  exonuclease IX  34.84 
 
 		 251 aa  146  4.0000000000000006e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000174167  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0044  DNA polymerase I  36.95 
 
 		 939 aa  146  4.0000000000000006e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00167336  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1055  exonuclease IX  34.84 
 
 		 251 aa  146  4.0000000000000006e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2983  DNA polymerase I  34.29 
 
 		 892 aa  145  9e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2798  DNA polymerase I  34.01 
 
 		 888 aa  144  1e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2453  DNA polymerase I  37.25 
 
 		 907 aa  144  2e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0021  DNA polymerase I  35.51 
 
 		 902 aa  143  2e-33  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3317  DNA polymerase I  37.5 
 
 		 922 aa  143  3e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.397865  normal  0.106648 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1992  DNA polymerase I  35.51 
 
 		 902 aa  143  3e-33  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2669  DNA polymerase I  37.5 
 
 		 922 aa  143  3e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.48078  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02643  exonuclease IX  35.25 
 
 		 281 aa  142  4e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0890  5'-3' exonuclease  35.54 
 
 		 251 aa  143  4e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.858149  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2942  exonuclease IX  35.25 
 
 		 281 aa  142  4e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3103  exonuclease IX  35.25 
 
 		 281 aa  142  4e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.28919  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0914  exonuclease IX  35.54 
 
 		 251 aa  143  4e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3074  exonuclease IX  35.25 
 
 		 281 aa  142  4e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.256005  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02605  hypothetical protein  35.25 
 
 		 281 aa  142  4e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4062  exonuclease IX  35.54 
 
 		 251 aa  143  4e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2835  DNA polymerase I  33.6 
 
 		 893 aa  142  4e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.333743  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03749  DNA polymerase I  33.33 
 
 		 928 aa  142  5e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000312835  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4123  DNA polymerase I  33.33 
 
 		 928 aa  142  5e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000018502  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4152  DNA polymerase I  33.33 
 
 		 928 aa  142  5e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000213441  hitchhiker  0.000146367 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4382  DNA polymerase I  33.33 
 
 		 928 aa  142  5e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000170331  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03698  hypothetical protein  33.33 
 
 		 928 aa  142  5e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000500829  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2624  DNA polymerase I  34.71 
 
 		 934 aa  142  5e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.972131  normal  0.775806 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4246  DNA polymerase I  33.33 
 
 		 928 aa  142  5e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000118244  normal  0.166094 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4337  DNA polymerase I  33.33 
 
 		 928 aa  142  5e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.0000000000947993  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5306  DNA polymerase I  33.33 
 
 		 928 aa  142  6e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000330989  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4088  DNA polymerase I  33.33 
 
 		 928 aa  142  6e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000478192  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2230  DNA polymerase I  33.88 
 
 		 946 aa  142  7e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0541  DNA polymerase I  34.68 
 
 		 891 aa  141  9e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3941  DNA polymerase I  36.11 
 
 		 924 aa  141  9e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4227  DNA polymerase I  33.33 
 
 		 929 aa  141  9e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0477521  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3902  DNA polymerase I  31.23 
 
 		 892 aa  141  9.999999999999999e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000292646  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2048  DNA polymerase I  33.75 
 
 		 1022 aa  141  9.999999999999999e-33  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3620  DNA polymerase I  31.66 
 
 		 921 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00307404  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1148  DNA-directed DNA polymerase  36.89 
 
 		 937 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.725762  normal  0.433626 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3115  exonuclease IX  35.54 
 
 		 251 aa  140  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.925901  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0873  DNA polymerase I  33.47 
 
 		 941 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.504211  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3295  exonuclease IX  35.54 
 
 		 251 aa  140  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.609177  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3195  exonuclease IX  35.54 
 
 		 251 aa  140  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.926983  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2938  exonuclease IX  34.84 
 
 		 251 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.653126  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3180  exonuclease IX  35.54 
 
 		 251 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.529886  normal  0.683626 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3132  exonuclease IX  35.54 
 
 		 251 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.171814 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1478  DNA polymerase I  35.48 
 
 		 941 aa  139  3.9999999999999997e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.495398 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0675  DNA polymerase I  36.1 
 
 		 829 aa  139  3.9999999999999997e-32  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1711  DNA polymerase I  35.92 
 
 		 943 aa  139  3.9999999999999997e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.338945  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2692  DNA polymerase I  35 
 
 		 899 aa  139  6e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.700333  hitchhiker  0.00010677 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3094  DNA polymerase I  35 
 
 		 899 aa  139  6e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3251  exonuclease IX  34.43 
 
 		 264 aa  138  7.999999999999999e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.143456  normal  0.869121 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0080  DNA polymerase I  34.03 
 
 		 944 aa  138  8.999999999999999e-32  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.432939  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>