More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3311 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3311  exonuclease IX  100 
 
 		 255 aa  529  1e-149  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00247146 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3460  exonuclease IX  81.67 
 
 		 252 aa  436  1e-121  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000245724 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2756  exonuclease IX  76 
 
 		 256 aa  402  1e-111  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.172231  normal  0.0671818 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2976  exonuclease IX  74.51 
 
 		 256 aa  401  1e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000898265  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2716  exonuclease IX  65.61 
 
 		 260 aa  351  5.9999999999999994e-96  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.772252  normal  0.0192591 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2784  exonuclease IX  65.61 
 
 		 260 aa  351  5.9999999999999994e-96  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.435309  normal  0.0225112 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2886  exonuclease IX  65.61 
 
 		 260 aa  351  7e-96  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000113102 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1289  exonuclease IX  64.86 
 
 		 262 aa  349  3e-95  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0967687  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1396  exonuclease IX  66.4 
 
 		 262 aa  347  1e-94  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.285435  hitchhiker  0.00837192 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2420  exonuclease IX  64.57 
 
 		 253 aa  347  1e-94  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1357  exonuclease IX  66 
 
 		 262 aa  347  1e-94  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.364747  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2988  exonuclease IX  66 
 
 		 262 aa  345  4e-94  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.369035  hitchhiker  0.00000279054 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1371  exonuclease IX  66 
 
 		 262 aa  343  1e-93  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.372953  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2558  exonuclease IX  64.4 
 
 		 252 aa  342  2.9999999999999997e-93  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2776  exonuclease IX  62.85 
 
 		 255 aa  333  2e-90  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1549  exonuclease IX  65.94 
 
 		 236 aa  318  6e-86  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3374  exonuclease IX  44.79 
 
 		 264 aa  207  1e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.233411  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2938  exonuclease IX  43.48 
 
 		 251 aa  198  7e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.653126  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0930  exonuclease IX  44.79 
 
 		 260 aa  198  7e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0675386  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3175  5'-3' exonuclease  42.08 
 
 		 253 aa  196  4.0000000000000005e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0890  5'-3' exonuclease  42.69 
 
 		 251 aa  195  6e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.858149  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0914  exonuclease IX  42.69 
 
 		 251 aa  195  6e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4062  exonuclease IX  42.69 
 
 		 251 aa  195  6e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02643  exonuclease IX  42.69 
 
 		 281 aa  195  7e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02605  hypothetical protein  42.69 
 
 		 281 aa  195  7e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2942  exonuclease IX  42.69 
 
 		 281 aa  195  7e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3103  exonuclease IX  42.69 
 
 		 281 aa  195  7e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.28919  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3074  exonuclease IX  42.69 
 
 		 281 aa  195  7e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.256005  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3251  exonuclease IX  42.4 
 
 		 264 aa  192  3e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.143456  normal  0.869121 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3180  exonuclease IX  43.48 
 
 		 251 aa  192  3e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.529886  normal  0.683626 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3115  exonuclease IX  43.48 
 
 		 251 aa  193  3e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.925901  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3132  exonuclease IX  43.48 
 
 		 251 aa  192  4e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.171814 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3295  exonuclease IX  43.08 
 
 		 251 aa  192  5e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.609177  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01189  exonuclease IX  40.94 
 
 		 260 aa  192  6e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004248  exodeoxyribonuclease IX  40.55 
 
 		 260 aa  191  8e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00525267  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3195  exonuclease IX  43.08 
 
 		 251 aa  190  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.926983  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3802  exonuclease IX  40.55 
 
 		 251 aa  188  9e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0329558  hitchhiker  0.00000392524 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2776  exonuclease IX  41.18 
 
 		 262 aa  188  9e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.147001 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2991  5'-3' exonuclease  41.7 
 
 		 253 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3538  exonuclease IX  38.38 
 
 		 290 aa  183  3e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0694  exonuclease IX  37.8 
 
 		 257 aa  179  2.9999999999999997e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.305103  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0420  exonuclease IX  38.04 
 
 		 283 aa  176  3e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000094948  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1055  exonuclease IX  38.37 
 
 		 251 aa  172  5.999999999999999e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1002  exonuclease IX  38.37 
 
 		 251 aa  172  5.999999999999999e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000174167  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3477  5'-3' exonuclease  38.46 
 
 		 270 aa  163  3e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2881  5'-3' exonuclease  38.89 
 
 		 263 aa  162  4.0000000000000004e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.379054  normal  0.954883 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3967  DNA polymerase I  39.1 
 
 		 931 aa  154  1e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.000137661  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4227  DNA polymerase I  37.22 
 
 		 929 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0477521  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4517  DNA polymerase I  37.31 
 
 		 929 aa  150  1e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.21603  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4164  DNA polymerase I  37.74 
 
 		 928 aa  149  3e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0170728  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1349  DNA polymerase I  35.93 
 
 		 924 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.38206  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4102  DNA polymerase I  36.84 
 
 		 930 aa  146  3e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000162392  normal  0.404063 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03749  DNA polymerase I  36.47 
 
 		 928 aa  146  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000312835  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4123  DNA polymerase I  36.47 
 
 		 928 aa  146  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000018502  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03698  hypothetical protein  36.47 
 
 		 928 aa  146  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000500829  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4382  DNA polymerase I  36.47 
 
 		 928 aa  146  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000170331  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4152  DNA polymerase I  36.47 
 
 		 928 aa  146  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000213441  hitchhiker  0.000146367 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4337  DNA polymerase I  36.47 
 
 		 928 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.0000000000947993  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5306  DNA polymerase I  36.47 
 
 		 928 aa  146  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000330989  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4088  DNA polymerase I  36.47 
 
 		 928 aa  145  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000478192  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4246  DNA polymerase I  36.47 
 
 		 928 aa  145  6e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000118244  normal  0.166094 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0015  DNA polymerase I  34.12 
 
 		 928 aa  143  2e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.853211  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1441  DNA polymerase I  35.8 
 
 		 850 aa  143  3e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4210  DNA polymerase I  36.47 
 
 		 928 aa  143  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0026674  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0113  DNA polymerase I  35.94 
 
 		 896 aa  142  4e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4327  DNA polymerase I  36.47 
 
 		 928 aa  142  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.44762 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4388  DNA polymerase I  36.47 
 
 		 928 aa  142  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00514081  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4231  DNA polymerase I  36.47 
 
 		 928 aa  142  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000696994  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4281  DNA polymerase I  36.47 
 
 		 928 aa  142  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.729451  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0023  DNA polymerase I  35.09 
 
 		 932 aa  142  6e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000103572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0021  DNA polymerase I  35.09 
 
 		 932 aa  142  6e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00121039  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4195  DNA polymerase I  35.09 
 
 		 932 aa  142  6e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00580719  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3155  exonuclease IX  39.22 
 
 		 218 aa  142  7e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2835  DNA polymerase I  30.89 
 
 		 893 aa  141  8e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.333743  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0234  DNA polymerase I  32.55 
 
 		 265 aa  141  8e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.196272  normal  0.294455 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00016  DNA polymerase I  34.65 
 
 		 930 aa  140  1.9999999999999998e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1612  DNA polymerase I  32.43 
 
 		 902 aa  140  1.9999999999999998e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0099  DNA polymerase I  35.55 
 
 		 896 aa  139  3e-32  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0592  DNA polymerase I  32.16 
 
 		 891 aa  140  3e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000108203  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0718  DNA polymerase I  35.47 
 
 		 951 aa  139  3e-32  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3185  fused DNA polymerase 5'->3' exonuclease and 3'->5' polymerase and 3'->5' exonuclease  31.92 
 
 		 938 aa  138  7e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.994376  normal  0.149667 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0227  DNA polymerase I  35.47 
 
 		 934 aa  138  7.999999999999999e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.774927  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4887  DNA polymerase I  36.64 
 
 		 934 aa  136  3.0000000000000003e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000312634  hitchhiker  0.0000015928 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0073  DNA polymerase I  33.84 
 
 		 926 aa  135  7.000000000000001e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.800167  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0087  DNA polymerase I  32.81 
 
 		 903 aa  134  9.999999999999999e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0787  DNA polymerase I  32.81 
 
 		 876 aa  134  9.999999999999999e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0541  DNA polymerase I  31.62 
 
 		 891 aa  132  5e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0554  DNA polymerase A  32.68 
 
 		 903 aa  132  5e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.266566  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0346  DNA polymerase I  30.89 
 
 		 892 aa  132  5e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.335360000000001e-24 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1494  5'-3' exonuclease  32.69 
 
 		 299 aa  131  1.0000000000000001e-29  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.32691  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2798  DNA polymerase I  31.4 
 
 		 888 aa  131  1.0000000000000001e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3905  DNA polymerase I  33.86 
 
 		 922 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0001632  normal  0.292845 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3997  DNA polymerase I  33.86 
 
 		 922 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00125715  normal  0.0107257 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4109  DNA polymerase I  33.86 
 
 		 922 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000411128  normal  0.224079 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4669  DNA polymerase I  33.46 
 
 		 922 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2415  DNA polymerase I  33.71 
 
 		 888 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.0701371 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0044  DNA polymerase I  33.73 
 
 		 939 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00167336  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0548  DNA polymerase I  33.71 
 
 		 928 aa  129  3e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.965006  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0093  DNA-directed DNA polymerase  31.58 
 
 		 923 aa  130  3e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00183207  normal  0.0262318 
 
 
-
 
NC_004310  BR0123  DNA polymerase I  33.33 
 
 		 979 aa  129  4.0000000000000003e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.389931  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>