More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_A0129 on replicon NC_004349
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004349  SO_A0129  IS3 family transposase  100 
 
 		 279 aa  585  1e-166  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.384021  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3204  integrase catalytic subunit  94.62 
 
 		 279 aa  549  1e-155  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000772302  unclonable  0.0000000000217557 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1878  IS3 family transposase  93.19 
 
 		 279 aa  545  1e-154  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00866146  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1260  ISEhe3, transposase orfB  68.4 
 
 		 270 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0300091  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0326  ISEhe3, transposase orfB  68.4 
 
 		 270 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.148326  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0281  ISEhe3, transposase orfB  68.4 
 
 		 270 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0141  ISEhe3, transposase orfB  68.4 
 
 		 270 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000861887  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0347  ISEhe3, transposase orfB  68.4 
 
 		 270 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0715002  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0435  ISEhe3, transposase orfB  68.4 
 
 		 270 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4529  ISEhe3, transposase orfB  68.4 
 
 		 270 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.313406  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3970  ISEhe3, transposase orfB  68.4 
 
 		 270 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000757878  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3021  ISEhe3, transposase orfB  68.4 
 
 		 270 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000678494  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2066  ISEhe3, transposase orfB  68.4 
 
 		 270 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000480211  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1991  ISEhe3, transposase orfB  68.4 
 
 		 270 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000291495  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2788  ISEhe3, transposase orfB  68.4 
 
 		 270 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00739758  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0741  integrase catalytic subunit  68.03 
 
 		 270 aa  397  1e-109  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2341  Integrase catalytic region  66.54 
 
 		 269 aa  384  1e-106  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4257  Integrase catalytic region  65.93 
 
 		 271 aa  381  1e-105  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5425  integrase catalytic region  63.77 
 
 		 277 aa  374  1e-103  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.257494  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1347  IS3 putative transposase  62.55 
 
 		 290 aa  373  1e-102  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3179  Integrase catalytic region  63.04 
 
 		 291 aa  372  1e-102  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1533  Integrase catalytic region  63.04 
 
 		 291 aa  372  1e-102  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2971  integrase catalytic region  63.41 
 
 		 293 aa  373  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.43279 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1614  integrase catalytic region  63.41 
 
 		 293 aa  373  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.670062 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2220  Integrase catalytic region  63.04 
 
 		 291 aa  372  1e-102  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3806  integrase catalytic region  63.41 
 
 		 293 aa  373  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1844  integrase catalytic subunit  62.64 
 
 		 274 aa  357  9.999999999999999e-98  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2665  integrase catalytic region  59.63 
 
 		 291 aa  340  1e-92  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.410607 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0564  integrase catalytic region  59.63 
 
 		 291 aa  340  1e-92  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.011287  normal  0.276186 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0683  integrase catalytic region  59.63 
 
 		 291 aa  340  1e-92  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0398429  normal  0.496917 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5455  transposase catalytic site ISRme11  61.48 
 
 		 283 aa  340  1e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.361338  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5497  transposase catalytic site ISRme11  61.48 
 
 		 283 aa  340  1e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4709  integrase catalytic region  58.89 
 
 		 283 aa  332  4e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.704343  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0387  integrase catalytic region  59.41 
 
 		 283 aa  331  9e-90  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0610  integrase catalytic region  59.41 
 
 		 283 aa  331  9e-90  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2030  integrase catalytic region  59.41 
 
 		 283 aa  331  9e-90  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0158715  normal  0.0307665 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2267  integrase catalytic region  59.41 
 
 		 283 aa  331  9e-90  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.21514  hitchhiker  0.00902868 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3135  integrase catalytic region  59.41 
 
 		 283 aa  331  9e-90  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4159  integrase catalytic region  59.41 
 
 		 283 aa  331  9e-90  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2460  transposase InsF for insertion sequence IS3A/B/C/D/E/fA  58.1 
 
 		 255 aa  320  9.999999999999999e-87  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.593171  normal  0.440757 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0644  transposase InsF for insertion sequence IS3A/B/C/D/E/fA  58.1 
 
 		 255 aa  320  9.999999999999999e-87  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00504  ISxac3 transposase  56.93 
 
 		 272 aa  319  3e-86  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2361  integrase catalytic subunit  90.96 
 
 		 167 aa  318  5e-86  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000202779  decreased coverage  0.0000189175 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1672  transposase IS3/IS911 family protein  53.62 
 
 		 383 aa  318  7.999999999999999e-86  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0415  integrase catalytic subunit  63.48 
 
 		 231 aa  312  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2466  integrase catalytic region  59.02 
 
 		 269 aa  308  5e-83  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.724971  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3406  integrase catalytic region  54.37 
 
 		 269 aa  304  1.0000000000000001e-81  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0157  integrase catalytic region  54.37 
 
 		 267 aa  303  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0732  integrase catalytic region  54.37 
 
 		 267 aa  303  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02990  ISxac3 transposase  55.68 
 
 		 259 aa  301  6.000000000000001e-81  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00510  ISxac3 transposase  56.18 
 
 		 272 aa  295  4e-79  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0653453  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1786  integrase catalytic region  60.53 
 
 		 250 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.552825 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0060  integrase catalytic subunit  68.72 
 
 		 180 aa  275  4e-73  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2753  transposase  47.55 
 
 		 286 aa  246  3e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.403453  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13740  Integrase catalytic region  45.72 
 
 		 277 aa  244  9.999999999999999e-64  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000154434  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3327  Integrase catalytic region  46.42 
 
 		 280 aa  241  1e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2168  Integrase catalytic region  46.42 
 
 		 280 aa  241  1e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0614321  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4445  IS3 family transposase  57.71 
 
 		 252 aa  239  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.323059  hitchhiker  0.0000497697 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0186  hypothetical protein  44.57 
 
 		 294 aa  237  1e-61  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0570  hypothetical protein  44.57 
 
 		 294 aa  237  1e-61  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1111  hypothetical protein  44.57 
 
 		 294 aa  237  1e-61  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1576  hypothetical protein  44.57 
 
 		 294 aa  237  1e-61  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0198  hypothetical protein  44.57 
 
 		 294 aa  237  2e-61  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0402  Integrase catalytic region  45.66 
 
 		 281 aa  235  5.0000000000000005e-61  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.992853 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0928  transposase InsF for insertion sequence IS3A/B/C/D/E/fA  50.21 
 
 		 239 aa  233  3e-60  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.394905  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0552  integrase catalytic region  43.7 
 
 		 286 aa  232  5e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.602741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0452  integrase catalytic region  43.7 
 
 		 286 aa  232  5e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0340  integrase catalytic region  43.7 
 
 		 286 aa  232  5e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0139  Integrase catalytic region  43.82 
 
 		 280 aa  231  9e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4972  integrase catalytic region  43.33 
 
 		 286 aa  231  1e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.422508  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3730  integrase catalytic region  43.7 
 
 		 286 aa  231  1e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1582  Integrase catalytic region  43.82 
 
 		 280 aa  231  1e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1705  Integrase catalytic region  43.82 
 
 		 280 aa  231  1e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0840  integrase catalytic region  43.33 
 
 		 286 aa  231  1e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.249045 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3599  integrase catalytic region  43.33 
 
 		 286 aa  231  1e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1032  integrase catalytic region  43.33 
 
 		 286 aa  231  1e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1105  integrase catalytic region  43.33 
 
 		 286 aa  231  1e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.361745 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3274  integrase catalytic region  43.33 
 
 		 286 aa  231  1e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4250  integrase catalytic region  43.33 
 
 		 286 aa  231  1e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4229  integrase catalytic region  43.33 
 
 		 286 aa  231  1e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2905  integrase catalytic region  44.53 
 
 		 286 aa  229  4e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1943  integrase catalytic region  42.96 
 
 		 286 aa  228  8e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2002  integrase catalytic region  42.96 
 
 		 286 aa  228  8e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.709933  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1097  Integrase catalytic region  46.55 
 
 		 293 aa  228  1e-58  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1653  Integrase catalytic region  46.55 
 
 		 293 aa  227  1e-58  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0770327  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0260  Integrase catalytic region  46.55 
 
 		 293 aa  227  1e-58  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.314535 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0824  Integrase catalytic region  46.55 
 
 		 293 aa  228  1e-58  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.503124  normal  0.225797 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1536  Integrase catalytic region  46.55 
 
 		 293 aa  227  1e-58  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0496158  hitchhiker  0.00036326 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00290  Integrase catalytic region  44.24 
 
 		 291 aa  226  2e-58  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6034  transposase InsF for insertion sequence IS3A/B/C/D/E/fA  43.28 
 
 		 288 aa  223  2e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1289  ISCps2, transposase orfB  43.98 
 
 		 272 aa  220  1.9999999999999999e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.188636  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5791  integrase catalytic region  64.52 
 
 		 166 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1559  Integrase catalytic region  40.23 
 
 		 270 aa  216  2e-55  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1823  Integrase catalytic region  40.23 
 
 		 270 aa  216  2e-55  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.484824  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09750  Integrase, catalytic domain-containing protein  43.82 
 
 		 286 aa  214  9.999999999999999e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41860  Integrase, catalytic domain-containing protein  43.82 
 
 		 286 aa  214  9.999999999999999e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20540  Integrase, catalytic domain-containing protein  43.82 
 
 		 286 aa  214  9.999999999999999e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1484  Integrase catalytic region  40.23 
 
 		 270 aa  214  9.999999999999999e-55  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370825  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2199  Integrase catalytic region  40.23 
 
 		 270 aa  214  9.999999999999999e-55  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40520  Integrase, catalytic domain-containing protein  43.82 
 
 		 286 aa  214  9.999999999999999e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>