More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_1347 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007498  Pcar_1347  IS3 putative transposase  100 
 
 
290 aa  611  9.999999999999999e-175  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2971  integrase catalytic region  65.98 
 
 
293 aa  424  1e-117  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.43279 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1614  integrase catalytic region  65.98 
 
 
293 aa  424  1e-117  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.670062 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3806  integrase catalytic region  65.98 
 
 
293 aa  424  1e-117  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1533  Integrase catalytic region  62.89 
 
 
291 aa  407  1e-113  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5425  integrase catalytic region  67.15 
 
 
277 aa  408  1e-113  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.257494  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3179  Integrase catalytic region  62.89 
 
 
291 aa  407  1e-113  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2220  Integrase catalytic region  62.89 
 
 
291 aa  407  1e-113  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4257  Integrase catalytic region  66.42 
 
 
271 aa  390  1e-107  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3021  ISEhe3, transposase orfB  65.56 
 
 
270 aa  387  1e-106  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000678494  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0347  ISEhe3, transposase orfB  65.56 
 
 
270 aa  387  1e-106  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0715002  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0435  ISEhe3, transposase orfB  65.56 
 
 
270 aa  387  1e-106  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0326  ISEhe3, transposase orfB  65.56 
 
 
270 aa  387  1e-106  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.148326  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1991  ISEhe3, transposase orfB  65.56 
 
 
270 aa  387  1e-106  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000291495  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0281  ISEhe3, transposase orfB  65.56 
 
 
270 aa  387  1e-106  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5455  transposase catalytic site ISRme11  64.87 
 
 
283 aa  387  1e-106  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.361338  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5497  transposase catalytic site ISRme11  64.87 
 
 
283 aa  387  1e-106  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1260  ISEhe3, transposase orfB  65.56 
 
 
270 aa  387  1e-106  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0300091  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3970  ISEhe3, transposase orfB  65.56 
 
 
270 aa  387  1e-106  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000757878  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2788  ISEhe3, transposase orfB  65.56 
 
 
270 aa  387  1e-106  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00739758  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0141  ISEhe3, transposase orfB  65.56 
 
 
270 aa  387  1e-106  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000861887  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2066  ISEhe3, transposase orfB  65.56 
 
 
270 aa  387  1e-106  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000480211  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4529  ISEhe3, transposase orfB  65.56 
 
 
270 aa  387  1e-106  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.313406  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2341  Integrase catalytic region  65.56 
 
 
269 aa  382  1e-105  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4709  integrase catalytic region  63.44 
 
 
283 aa  381  1e-105  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.704343  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1878  IS3 family transposase  63.27 
 
 
279 aa  381  1e-105  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00866146  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0741  integrase catalytic subunit  65.56 
 
 
270 aa  384  1e-105  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0683  integrase catalytic region  61.97 
 
 
291 aa  379  1e-104  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0398429  normal  0.496917 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0564  integrase catalytic region  61.97 
 
 
291 aa  379  1e-104  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.011287  normal  0.276186 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2665  integrase catalytic region  61.97 
 
 
291 aa  379  1e-104  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.410607 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1672  transposase IS3/IS911 family protein  60.21 
 
 
383 aa  377  1e-103  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0129  IS3 family transposase  62.55 
 
 
279 aa  373  1e-102  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.384021  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3204  integrase catalytic subunit  62.55 
 
 
279 aa  367  1e-100  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000772302  unclonable  0.0000000000217557 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1844  integrase catalytic subunit  62.77 
 
 
274 aa  367  1e-100  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00504  ISxac3 transposase  60.89 
 
 
272 aa  351  7e-96  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0644  transposase InsF for insertion sequence IS3A/B/C/D/E/fA  64.57 
 
 
255 aa  348  5e-95  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2460  transposase InsF for insertion sequence IS3A/B/C/D/E/fA  64.57 
 
 
255 aa  348  5e-95  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.593171  normal  0.440757 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2030  integrase catalytic region  59.86 
 
 
283 aa  347  1e-94  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0158715  normal  0.0307665 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0610  integrase catalytic region  59.86 
 
 
283 aa  347  1e-94  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0387  integrase catalytic region  59.86 
 
 
283 aa  347  1e-94  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3135  integrase catalytic region  59.86 
 
 
283 aa  347  1e-94  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4159  integrase catalytic region  59.86 
 
 
283 aa  347  1e-94  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2267  integrase catalytic region  59.86 
 
 
283 aa  347  1e-94  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.21514  hitchhiker  0.00902868 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3406  integrase catalytic region  59.85 
 
 
269 aa  341  8e-93  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0415  integrase catalytic subunit  65.8 
 
 
231 aa  340  2e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0157  integrase catalytic region  59.7 
 
 
267 aa  339  4e-92  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0732  integrase catalytic region  59.7 
 
 
267 aa  339  4e-92  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2466  integrase catalytic region  61.65 
 
 
269 aa  331  8e-90  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.724971  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02990  ISxac3 transposase  59.33 
 
 
259 aa  331  1e-89  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00510  ISxac3 transposase  59.93 
 
 
272 aa  327  2.0000000000000001e-88  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0653453  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1786  integrase catalytic region  62.5 
 
 
250 aa  319  3e-86  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.552825 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4445  IS3 family transposase  58.19 
 
 
252 aa  294  1e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.323059  hitchhiker  0.0000497697 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2753  transposase  46.81 
 
 
286 aa  267  2e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.403453  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2905  integrase catalytic region  46.45 
 
 
286 aa  265  5e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6034  transposase InsF for insertion sequence IS3A/B/C/D/E/fA  45.42 
 
 
288 aa  265  8.999999999999999e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09750  Integrase, catalytic domain-containing protein  46.26 
 
 
286 aa  263  2e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41860  Integrase, catalytic domain-containing protein  46.26 
 
 
286 aa  263  2e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40520  Integrase, catalytic domain-containing protein  46.26 
 
 
286 aa  263  2e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16550  Integrase, catalytic domain-containing protein  46.26 
 
 
286 aa  263  2e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2168  Integrase catalytic region  46.52 
 
 
280 aa  263  2e-69  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0614321  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3327  Integrase catalytic region  46.52 
 
 
280 aa  263  2e-69  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20540  Integrase, catalytic domain-containing protein  46.26 
 
 
286 aa  263  2e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0402  Integrase catalytic region  46.52 
 
 
281 aa  261  1e-68  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.992853 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0928  transposase InsF for insertion sequence IS3A/B/C/D/E/fA  53.19 
 
 
239 aa  259  4e-68  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.394905  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0060  integrase catalytic subunit  63.33 
 
 
180 aa  257  1e-67  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1295  integrase catalytic subunit  47.45 
 
 
289 aa  256  3e-67  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1432  integrase catalytic subunit  47.45 
 
 
280 aa  256  3e-67  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.161592  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1823  Integrase catalytic region  47.37 
 
 
270 aa  254  1.0000000000000001e-66  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.484824  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1559  Integrase catalytic region  47.37 
 
 
270 aa  254  1.0000000000000001e-66  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0545  integrase catalytic subunit  47.45 
 
 
289 aa  254  1.0000000000000001e-66  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.435067  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0186  hypothetical protein  43.2 
 
 
294 aa  251  1e-65  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0198  hypothetical protein  43.2 
 
 
294 aa  251  1e-65  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0570  hypothetical protein  43.2 
 
 
294 aa  251  1e-65  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1111  hypothetical protein  43.2 
 
 
294 aa  251  1e-65  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1576  hypothetical protein  43.2 
 
 
294 aa  251  1e-65  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1484  Integrase catalytic region  46.62 
 
 
270 aa  248  6e-65  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370825  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2199  Integrase catalytic region  46.62 
 
 
270 aa  248  6e-65  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2949  Integrase catalytic region  46.62 
 
 
270 aa  248  6e-65  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1829  Integrase catalytic region  46.62 
 
 
270 aa  248  6e-65  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2011  Integrase catalytic region  46.62 
 
 
270 aa  248  6e-65  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.130464  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6260  integrase catalytic region  43.84 
 
 
291 aa  248  8e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1943  integrase catalytic region  43.31 
 
 
286 aa  248  1e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2002  integrase catalytic region  43.31 
 
 
286 aa  248  1e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.709933  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0340  integrase catalytic region  43.31 
 
 
286 aa  247  2e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0452  integrase catalytic region  43.31 
 
 
286 aa  247  2e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0552  integrase catalytic region  43.31 
 
 
286 aa  247  2e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.602741  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3730  integrase catalytic region  43.31 
 
 
286 aa  246  4e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3599  integrase catalytic region  42.96 
 
 
286 aa  245  4.9999999999999997e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3274  integrase catalytic region  42.96 
 
 
286 aa  245  4.9999999999999997e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4229  integrase catalytic region  42.96 
 
 
286 aa  245  4.9999999999999997e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1105  integrase catalytic region  42.96 
 
 
286 aa  245  4.9999999999999997e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.361745 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4250  integrase catalytic region  42.96 
 
 
286 aa  245  4.9999999999999997e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4972  integrase catalytic region  42.96 
 
 
286 aa  245  4.9999999999999997e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.422508  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2361  integrase catalytic subunit  67.28 
 
 
167 aa  246  4.9999999999999997e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000202779  decreased coverage  0.0000189175 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1032  integrase catalytic region  42.96 
 
 
286 aa  245  4.9999999999999997e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0840  integrase catalytic region  42.96 
 
 
286 aa  245  6e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.249045 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1289  ISCps2, transposase orfB  45.69 
 
 
272 aa  244  9.999999999999999e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.188636  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4961  integrase catalytic region  43.84 
 
 
296 aa  242  3.9999999999999997e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.764431  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4892  integrase catalytic region  43.84 
 
 
296 aa  242  3.9999999999999997e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.96486  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5791  integrase catalytic region  72.26 
 
 
166 aa  242  6e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>