More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2971 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3806  integrase catalytic region  100 
 
 
293 aa  614  1e-175  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1614  integrase catalytic region  100 
 
 
293 aa  614  1e-175  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.670062 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2971  integrase catalytic region  100 
 
 
293 aa  614  1e-175  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.43279 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5425  integrase catalytic region  99.64 
 
 
277 aa  577  1e-164  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.257494  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0415  integrase catalytic subunit  96.1 
 
 
231 aa  470  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3179  Integrase catalytic region  68.73 
 
 
291 aa  446  1.0000000000000001e-124  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2220  Integrase catalytic region  68.73 
 
 
291 aa  446  1.0000000000000001e-124  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1533  Integrase catalytic region  68.73 
 
 
291 aa  446  1.0000000000000001e-124  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4257  Integrase catalytic region  76.67 
 
 
271 aa  440  9.999999999999999e-123  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1347  IS3 putative transposase  65.98 
 
 
290 aa  424  1e-117  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4445  IS3 family transposase  92.96 
 
 
252 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.323059  hitchhiker  0.0000497697 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1844  integrase catalytic subunit  70.44 
 
 
274 aa  405  1.0000000000000001e-112  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2665  integrase catalytic region  61.51 
 
 
291 aa  390  1e-107  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.410607 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0564  integrase catalytic region  61.51 
 
 
291 aa  390  1e-107  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.011287  normal  0.276186 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0683  integrase catalytic region  61.51 
 
 
291 aa  390  1e-107  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0398429  normal  0.496917 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1878  IS3 family transposase  65.22 
 
 
279 aa  385  1e-106  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00866146  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5455  transposase catalytic site ISRme11  63.83 
 
 
283 aa  382  1e-105  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.361338  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5497  transposase catalytic site ISRme11  63.83 
 
 
283 aa  382  1e-105  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4529  ISEhe3, transposase orfB  65.56 
 
 
270 aa  377  1e-103  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.313406  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0435  ISEhe3, transposase orfB  65.56 
 
 
270 aa  377  1e-103  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1260  ISEhe3, transposase orfB  65.56 
 
 
270 aa  377  1e-103  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0300091  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2030  integrase catalytic region  64.6 
 
 
283 aa  377  1e-103  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0158715  normal  0.0307665 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0141  ISEhe3, transposase orfB  65.56 
 
 
270 aa  377  1e-103  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000861887  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0741  integrase catalytic subunit  65.19 
 
 
270 aa  375  1e-103  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0347  ISEhe3, transposase orfB  65.56 
 
 
270 aa  377  1e-103  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0715002  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0326  ISEhe3, transposase orfB  65.56 
 
 
270 aa  377  1e-103  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.148326  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1991  ISEhe3, transposase orfB  65.56 
 
 
270 aa  377  1e-103  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000291495  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2267  integrase catalytic region  64.6 
 
 
283 aa  377  1e-103  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.21514  hitchhiker  0.00902868 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2066  ISEhe3, transposase orfB  65.56 
 
 
270 aa  377  1e-103  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000480211  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0610  integrase catalytic region  64.6 
 
 
283 aa  377  1e-103  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0387  integrase catalytic region  64.6 
 
 
283 aa  377  1e-103  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3135  integrase catalytic region  64.6 
 
 
283 aa  377  1e-103  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4159  integrase catalytic region  64.6 
 
 
283 aa  377  1e-103  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3021  ISEhe3, transposase orfB  65.56 
 
 
270 aa  377  1e-103  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000678494  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2788  ISEhe3, transposase orfB  65.56 
 
 
270 aa  377  1e-103  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00739758  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3970  ISEhe3, transposase orfB  65.56 
 
 
270 aa  377  1e-103  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000757878  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0281  ISEhe3, transposase orfB  65.56 
 
 
270 aa  377  1e-103  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0129  IS3 family transposase  63.41 
 
 
279 aa  373  1e-102  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.384021  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4709  integrase catalytic region  61.7 
 
 
283 aa  373  1e-102  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.704343  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1672  transposase IS3/IS911 family protein  59.86 
 
 
383 aa  370  1e-101  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2341  Integrase catalytic region  64.81 
 
 
269 aa  370  1e-101  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00504  ISxac3 transposase  62.55 
 
 
272 aa  366  1e-100  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3204  integrase catalytic subunit  63.41 
 
 
279 aa  365  1e-100  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000772302  unclonable  0.0000000000217557 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3406  integrase catalytic region  60.75 
 
 
269 aa  349  3e-95  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0732  integrase catalytic region  60.75 
 
 
267 aa  349  4e-95  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0157  integrase catalytic region  60.75 
 
 
267 aa  349  4e-95  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02990  ISxac3 transposase  61.22 
 
 
259 aa  345  4e-94  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2466  integrase catalytic region  62.41 
 
 
269 aa  345  4e-94  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.724971  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2460  transposase InsF for insertion sequence IS3A/B/C/D/E/fA  62.6 
 
 
255 aa  344  8.999999999999999e-94  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.593171  normal  0.440757 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0644  transposase InsF for insertion sequence IS3A/B/C/D/E/fA  62.6 
 
 
255 aa  344  8.999999999999999e-94  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00510  ISxac3 transposase  61.8 
 
 
272 aa  341  7e-93  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0653453  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1786  integrase catalytic region  62.08 
 
 
250 aa  317  1e-85  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.552825 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0060  integrase catalytic subunit  69.83 
 
 
180 aa  276  3e-73  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0928  transposase InsF for insertion sequence IS3A/B/C/D/E/fA  54.89 
 
 
239 aa  267  1e-70  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.394905  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2753  transposase  47.74 
 
 
286 aa  266  2.9999999999999995e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.403453  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0402  Integrase catalytic region  49.63 
 
 
281 aa  261  8.999999999999999e-69  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.992853 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2905  integrase catalytic region  47.39 
 
 
286 aa  260  2e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6034  transposase InsF for insertion sequence IS3A/B/C/D/E/fA  46.83 
 
 
288 aa  259  4e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3327  Integrase catalytic region  47.65 
 
 
280 aa  256  3e-67  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2168  Integrase catalytic region  47.65 
 
 
280 aa  256  3e-67  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0614321  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1295  integrase catalytic subunit  48.18 
 
 
289 aa  253  2.0000000000000002e-66  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1432  integrase catalytic subunit  48.18 
 
 
280 aa  253  2.0000000000000002e-66  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.161592  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0545  integrase catalytic subunit  48.18 
 
 
289 aa  251  7e-66  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.435067  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0340  integrase catalytic region  45.45 
 
 
286 aa  252  7e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0552  integrase catalytic region  45.45 
 
 
286 aa  252  7e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.602741  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0452  integrase catalytic region  45.45 
 
 
286 aa  252  7e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3730  integrase catalytic region  45.45 
 
 
286 aa  250  2e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4229  integrase catalytic region  45.1 
 
 
286 aa  250  2e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1032  integrase catalytic region  45.1 
 
 
286 aa  250  2e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4972  integrase catalytic region  45.1 
 
 
286 aa  250  2e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.422508  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4250  integrase catalytic region  45.1 
 
 
286 aa  250  2e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1105  integrase catalytic region  45.1 
 
 
286 aa  250  2e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.361745 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3599  integrase catalytic region  45.1 
 
 
286 aa  250  2e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3274  integrase catalytic region  45.1 
 
 
286 aa  250  2e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0840  integrase catalytic region  45.1 
 
 
286 aa  250  2e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.249045 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2002  integrase catalytic region  44.76 
 
 
286 aa  248  9e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.709933  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1943  integrase catalytic region  44.76 
 
 
286 aa  248  9e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2361  integrase catalytic subunit  68.1 
 
 
167 aa  248  1e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000202779  decreased coverage  0.0000189175 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0198  hypothetical protein  42.71 
 
 
294 aa  243  1.9999999999999999e-63  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0186  hypothetical protein  42.71 
 
 
294 aa  243  3e-63  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0570  hypothetical protein  42.71 
 
 
294 aa  243  3e-63  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1111  hypothetical protein  42.71 
 
 
294 aa  243  3e-63  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1576  hypothetical protein  42.71 
 
 
294 aa  243  3e-63  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5791  integrase catalytic region  69.62 
 
 
166 aa  241  7.999999999999999e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40520  Integrase, catalytic domain-containing protein  41.34 
 
 
286 aa  238  1e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16550  Integrase, catalytic domain-containing protein  41.34 
 
 
286 aa  238  1e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09750  Integrase, catalytic domain-containing protein  41.34 
 
 
286 aa  238  1e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20540  Integrase, catalytic domain-containing protein  41.34 
 
 
286 aa  238  1e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41860  Integrase, catalytic domain-containing protein  41.34 
 
 
286 aa  238  1e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4961  integrase catalytic region  44.1 
 
 
296 aa  237  2e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.764431  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4892  integrase catalytic region  44.1 
 
 
296 aa  237  2e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.96486  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1289  ISCps2, transposase orfB  46.21 
 
 
272 aa  237  2e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.188636  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1559  Integrase catalytic region  43.61 
 
 
270 aa  235  5.0000000000000005e-61  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1823  Integrase catalytic region  43.61 
 
 
270 aa  235  5.0000000000000005e-61  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.484824  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6260  integrase catalytic region  42.91 
 
 
291 aa  234  9e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1653  Integrase catalytic region  46.45 
 
 
293 aa  234  1.0000000000000001e-60  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0770327  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0260  Integrase catalytic region  46.45 
 
 
293 aa  234  1.0000000000000001e-60  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.314535 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1536  Integrase catalytic region  46.45 
 
 
293 aa  234  1.0000000000000001e-60  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0496158  hitchhiker  0.00036326 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00290  Integrase catalytic region  45 
 
 
291 aa  234  1.0000000000000001e-60  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4425  integrase, catalytic region  61.11 
 
 
201 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>