More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4445 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4445  IS3 family transposase  100 
 
 		 252 aa  522  1e-147  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.323059  hitchhiker  0.0000497697 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2971  integrase catalytic region  92.96 
 
 		 293 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.43279 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1614  integrase catalytic region  92.96 
 
 		 293 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.670062 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3806  integrase catalytic region  92.96 
 
 		 293 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5425  integrase catalytic region  92.89 
 
 		 277 aa  384  1e-106  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.257494  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4257  Integrase catalytic region  77.01 
 
 		 271 aa  305  3e-82  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2220  Integrase catalytic region  65.87 
 
 		 291 aa  304  9.000000000000001e-82  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3179  Integrase catalytic region  65.87 
 
 		 291 aa  304  9.000000000000001e-82  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1533  Integrase catalytic region  65.87 
 
 		 291 aa  304  9.000000000000001e-82  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0415  integrase catalytic subunit  92.72 
 
 		 231 aa  296  2e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1347  IS3 putative transposase  58.19 
 
 		 290 aa  294  8e-79  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1844  integrase catalytic subunit  68.59 
 
 		 274 aa  266  2.9999999999999995e-70  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0683  integrase catalytic region  57.35 
 
 		 291 aa  264  1e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0398429  normal  0.496917 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2665  integrase catalytic region  57.35 
 
 		 291 aa  264  1e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.410607 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0564  integrase catalytic region  57.35 
 
 		 291 aa  264  1e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.011287  normal  0.276186 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0387  integrase catalytic region  65.46 
 
 		 283 aa  262  3e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2267  integrase catalytic region  65.46 
 
 		 283 aa  262  3e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.21514  hitchhiker  0.00902868 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2030  integrase catalytic region  65.46 
 
 		 283 aa  262  3e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0158715  normal  0.0307665 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0610  integrase catalytic region  65.46 
 
 		 283 aa  262  3e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3135  integrase catalytic region  65.46 
 
 		 283 aa  262  3e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4159  integrase catalytic region  65.46 
 
 		 283 aa  262  3e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1672  transposase IS3/IS911 family protein  58.05 
 
 		 383 aa  255  4e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1878  IS3 family transposase  59.2 
 
 		 279 aa  249  3e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00866146  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5455  transposase catalytic site ISRme11  54.71 
 
 		 283 aa  248  5e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.361338  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5497  transposase catalytic site ISRme11  54.71 
 
 		 283 aa  248  5e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3204  integrase catalytic subunit  59.2 
 
 		 279 aa  243  9.999999999999999e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000772302  unclonable  0.0000000000217557 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0141  ISEhe3, transposase orfB  60.31 
 
 		 270 aa  243  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000861887  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0326  ISEhe3, transposase orfB  60.31 
 
 		 270 aa  243  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.148326  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0347  ISEhe3, transposase orfB  60.31 
 
 		 270 aa  243  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0715002  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1260  ISEhe3, transposase orfB  60.31 
 
 		 270 aa  243  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0300091  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0435  ISEhe3, transposase orfB  60.31 
 
 		 270 aa  243  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2066  ISEhe3, transposase orfB  60.31 
 
 		 270 aa  243  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000480211  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3021  ISEhe3, transposase orfB  60.31 
 
 		 270 aa  243  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000678494  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2788  ISEhe3, transposase orfB  60.31 
 
 		 270 aa  243  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00739758  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1991  ISEhe3, transposase orfB  60.31 
 
 		 270 aa  243  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000291495  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4529  ISEhe3, transposase orfB  60.31 
 
 		 270 aa  243  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.313406  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3970  ISEhe3, transposase orfB  60.31 
 
 		 270 aa  243  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000757878  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0281  ISEhe3, transposase orfB  60.31 
 
 		 270 aa  243  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0741  integrase catalytic subunit  60.82 
 
 		 270 aa  243  1.9999999999999999e-63  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00504  ISxac3 transposase  59.26 
 
 		 272 aa  243  3e-63  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1786  integrase catalytic region  57.71 
 
 		 250 aa  243  3e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.552825 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00510  ISxac3 transposase  58.73 
 
 		 272 aa  241  9e-63  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0653453  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0157  integrase catalytic region  56.19 
 
 		 267 aa  240  1e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4709  integrase catalytic region  56.72 
 
 		 283 aa  240  1e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.704343  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3406  integrase catalytic region  56.19 
 
 		 269 aa  241  1e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0732  integrase catalytic region  56.19 
 
 		 267 aa  240  1e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0129  IS3 family transposase  57.71 
 
 		 279 aa  239  2e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.384021  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2341  Integrase catalytic region  59.79 
 
 		 269 aa  237  1e-61  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2466  integrase catalytic region  57.07 
 
 		 269 aa  238  1e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.724971  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02990  ISxac3 transposase  57.84 
 
 		 259 aa  222  4.9999999999999996e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4425  integrase, catalytic region  55.73 
 
 		 201 aa  222  6e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2460  transposase InsF for insertion sequence IS3A/B/C/D/E/fA  60.36 
 
 		 255 aa  221  7e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.593171  normal  0.440757 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0644  transposase InsF for insertion sequence IS3A/B/C/D/E/fA  60.36 
 
 		 255 aa  221  7e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3398  integrase catalytic region  51.96 
 
 		 199 aa  197  1.0000000000000001e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0282933  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0402  Integrase catalytic region  47.94 
 
 		 281 aa  184  9e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.992853 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6034  transposase InsF for insertion sequence IS3A/B/C/D/E/fA  43.75 
 
 		 288 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0928  transposase InsF for insertion sequence IS3A/B/C/D/E/fA  52.47 
 
 		 239 aa  176  3e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.394905  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2753  transposase  44.61 
 
 		 286 aa  174  9.999999999999999e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.403453  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1089  Integrase catalytic region  40.8 
 
 		 286 aa  170  2e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0545  integrase catalytic subunit  40.09 
 
 		 289 aa  169  3e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.435067  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1295  integrase catalytic subunit  40.09 
 
 		 289 aa  169  3e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1432  integrase catalytic subunit  40.09 
 
 		 280 aa  169  3e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.161592  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40520  Integrase, catalytic domain-containing protein  39.23 
 
 		 286 aa  169  4e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16550  Integrase, catalytic domain-containing protein  39.23 
 
 		 286 aa  169  4e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20540  Integrase, catalytic domain-containing protein  39.23 
 
 		 286 aa  169  4e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41860  Integrase, catalytic domain-containing protein  39.23 
 
 		 286 aa  169  4e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09750  Integrase, catalytic domain-containing protein  39.23 
 
 		 286 aa  169  4e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6050  integrase catalytic region  39.02 
 
 		 286 aa  169  5e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6112  integrase catalytic region  39.02 
 
 		 286 aa  169  5e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.116632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0378  integrase catalytic region  39.02 
 
 		 286 aa  169  5e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010502  Mrad2831_6485  integrase catalytic region  39.02 
 
 		 286 aa  169  5e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2570  integrase catalytic region  39.02 
 
 		 286 aa  169  5e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0561673  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0876  Integrase catalytic region  42.67 
 
 		 286 aa  169  6e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6260  integrase catalytic region  41.63 
 
 		 291 aa  168  9e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2905  integrase catalytic region  43.14 
 
 		 286 aa  167  1e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4961  integrase catalytic region  43.69 
 
 		 296 aa  167  1e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.764431  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4892  integrase catalytic region  43.69 
 
 		 296 aa  167  1e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.96486  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1846  putative transposase  43.19 
 
 		 296 aa  166  2e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0796912  normal  0.758368 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2087  putative IS3 family transposase orfB  43.19 
 
 		 296 aa  166  2e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.360317  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2544  IS3 family transposase orfB  43.19 
 
 		 296 aa  166  2e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.765664  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2735  putative IS3 transposase integrase  43.19 
 
 		 296 aa  166  2e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0386866 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3565  putative transposase  43.19 
 
 		 296 aa  166  2e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0131  putative transposase  43.19 
 
 		 296 aa  166  2e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0634  putative transposase  43.19 
 
 		 296 aa  166  2e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214662  normal  0.0414488 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0452  integrase catalytic region  40.29 
 
 		 286 aa  165  5e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0552  integrase catalytic region  40.29 
 
 		 286 aa  165  5e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.602741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0340  integrase catalytic region  40.29 
 
 		 286 aa  165  5e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0840  integrase catalytic region  40.29 
 
 		 286 aa  165  5.9999999999999996e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.249045 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3769  putative transposase  41.15 
 
 		 296 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3730  integrase catalytic region  40.29 
 
 		 286 aa  164  1.0000000000000001e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2168  Integrase catalytic region  43.78 
 
 		 280 aa  163  2.0000000000000002e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0614321  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0578  ISRSO8-transposase orfB protein  43.2 
 
 		 296 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1549  ISRSO8-transposase orfB protein  43.2 
 
 		 296 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.797187 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0548  ISRSO8-transposase orfB protein  43.2 
 
 		 296 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1032  integrase catalytic region  39.81 
 
 		 286 aa  164  2.0000000000000002e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1105  integrase catalytic region  39.81 
 
 		 286 aa  164  2.0000000000000002e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.361745 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3599  integrase catalytic region  39.81 
 
 		 286 aa  164  2.0000000000000002e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4972  integrase catalytic region  39.81 
 
 		 286 aa  164  2.0000000000000002e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.422508  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4229  integrase catalytic region  39.81 
 
 		 286 aa  164  2.0000000000000002e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3274  integrase catalytic region  39.81 
 
 		 286 aa  164  2.0000000000000002e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>