More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_0415 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_0415  integrase catalytic subunit  100 
 
 
231 aa  486  1e-136  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1614  integrase catalytic region  96.1 
 
 
293 aa  470  1e-132  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.670062 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3806  integrase catalytic region  96.1 
 
 
293 aa  470  1e-132  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2971  integrase catalytic region  96.1 
 
 
293 aa  470  1e-132  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.43279 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5425  integrase catalytic region  96.1 
 
 
277 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.257494  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4257  Integrase catalytic region  76.19 
 
 
271 aa  378  1e-104  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2220  Integrase catalytic region  68.4 
 
 
291 aa  353  1e-96  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1533  Integrase catalytic region  68.4 
 
 
291 aa  353  1e-96  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3179  Integrase catalytic region  68.4 
 
 
291 aa  353  1e-96  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1347  IS3 putative transposase  65.8 
 
 
290 aa  340  1e-92  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1844  integrase catalytic subunit  68.4 
 
 
274 aa  330  2e-89  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1878  IS3 family transposase  65.65 
 
 
279 aa  325  4.0000000000000003e-88  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00866146  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0741  integrase catalytic subunit  65.37 
 
 
270 aa  324  6e-88  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4529  ISEhe3, transposase orfB  64.94 
 
 
270 aa  323  1e-87  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.313406  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0435  ISEhe3, transposase orfB  64.94 
 
 
270 aa  323  1e-87  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0326  ISEhe3, transposase orfB  64.94 
 
 
270 aa  323  1e-87  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.148326  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0281  ISEhe3, transposase orfB  64.94 
 
 
270 aa  323  1e-87  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2066  ISEhe3, transposase orfB  64.94 
 
 
270 aa  323  1e-87  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000480211  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2788  ISEhe3, transposase orfB  64.94 
 
 
270 aa  323  1e-87  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00739758  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1991  ISEhe3, transposase orfB  64.94 
 
 
270 aa  323  1e-87  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000291495  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3970  ISEhe3, transposase orfB  64.94 
 
 
270 aa  323  1e-87  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000757878  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3021  ISEhe3, transposase orfB  64.94 
 
 
270 aa  323  1e-87  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000678494  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1260  ISEhe3, transposase orfB  64.94 
 
 
270 aa  323  1e-87  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0300091  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0347  ISEhe3, transposase orfB  64.94 
 
 
270 aa  323  1e-87  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0715002  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0141  ISEhe3, transposase orfB  64.94 
 
 
270 aa  323  1e-87  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000861887  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2341  Integrase catalytic region  65.37 
 
 
269 aa  321  8e-87  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5455  transposase catalytic site ISRme11  64.76 
 
 
283 aa  317  9e-86  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.361338  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5497  transposase catalytic site ISRme11  64.76 
 
 
283 aa  317  9e-86  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0564  integrase catalytic region  61.9 
 
 
291 aa  317  1e-85  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.011287  normal  0.276186 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2665  integrase catalytic region  61.9 
 
 
291 aa  317  1e-85  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.410607 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0683  integrase catalytic region  61.9 
 
 
291 aa  317  1e-85  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0398429  normal  0.496917 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2460  transposase InsF for insertion sequence IS3A/B/C/D/E/fA  61.47 
 
 
255 aa  315  4e-85  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.593171  normal  0.440757 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0644  transposase InsF for insertion sequence IS3A/B/C/D/E/fA  61.47 
 
 
255 aa  315  4e-85  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4709  integrase catalytic region  63.44 
 
 
283 aa  314  6e-85  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.704343  normal 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0129  IS3 family transposase  63.48 
 
 
279 aa  312  1.9999999999999998e-84  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.384021  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0610  integrase catalytic region  63.64 
 
 
283 aa  311  4.999999999999999e-84  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0387  integrase catalytic region  63.64 
 
 
283 aa  311  4.999999999999999e-84  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2267  integrase catalytic region  63.64 
 
 
283 aa  311  4.999999999999999e-84  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.21514  hitchhiker  0.00902868 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4159  integrase catalytic region  63.64 
 
 
283 aa  311  4.999999999999999e-84  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3135  integrase catalytic region  63.64 
 
 
283 aa  311  4.999999999999999e-84  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2030  integrase catalytic region  63.64 
 
 
283 aa  311  4.999999999999999e-84  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0158715  normal  0.0307665 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3204  integrase catalytic subunit  64.89 
 
 
279 aa  310  1e-83  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000772302  unclonable  0.0000000000217557 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00504  ISxac3 transposase  61.16 
 
 
272 aa  307  9e-83  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3406  integrase catalytic region  60.81 
 
 
269 aa  300  1e-80  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0732  integrase catalytic region  60.81 
 
 
267 aa  300  2e-80  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0157  integrase catalytic region  60.81 
 
 
267 aa  300  2e-80  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1672  transposase IS3/IS911 family protein  59.57 
 
 
383 aa  300  2e-80  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4445  IS3 family transposase  92.72 
 
 
252 aa  296  2e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.323059  hitchhiker  0.0000497697 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02990  ISxac3 transposase  60.27 
 
 
259 aa  291  4e-78  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2466  integrase catalytic region  62.78 
 
 
269 aa  290  1e-77  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.724971  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00510  ISxac3 transposase  60.27 
 
 
272 aa  282  2.0000000000000002e-75  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0653453  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0060  integrase catalytic subunit  69.27 
 
 
180 aa  275  6e-73  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1786  integrase catalytic region  63.78 
 
 
250 aa  258  7e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.552825 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0928  transposase InsF for insertion sequence IS3A/B/C/D/E/fA  53.85 
 
 
239 aa  250  1e-65  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.394905  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2361  integrase catalytic subunit  68.79 
 
 
167 aa  245  4e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000202779  decreased coverage  0.0000189175 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5791  integrase catalytic region  67.72 
 
 
166 aa  238  5e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6034  transposase InsF for insertion sequence IS3A/B/C/D/E/fA  49.11 
 
 
288 aa  224  1e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2905  integrase catalytic region  49.12 
 
 
286 aa  222  4.9999999999999996e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2753  transposase  48.23 
 
 
286 aa  221  9.999999999999999e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.403453  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2168  Integrase catalytic region  50.23 
 
 
280 aa  221  9.999999999999999e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0614321  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3327  Integrase catalytic region  50.23 
 
 
280 aa  221  9.999999999999999e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0402  Integrase catalytic region  49.77 
 
 
281 aa  217  1e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.992853 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0186  hypothetical protein  45.26 
 
 
294 aa  213  1.9999999999999998e-54  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0198  hypothetical protein  45.26 
 
 
294 aa  213  1.9999999999999998e-54  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0570  hypothetical protein  45.26 
 
 
294 aa  213  1.9999999999999998e-54  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1111  hypothetical protein  45.26 
 
 
294 aa  213  1.9999999999999998e-54  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1576  hypothetical protein  45.26 
 
 
294 aa  213  1.9999999999999998e-54  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0260  Integrase catalytic region  49.56 
 
 
293 aa  211  7e-54  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.314535 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1653  Integrase catalytic region  49.56 
 
 
293 aa  211  7e-54  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0770327  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1536  Integrase catalytic region  49.56 
 
 
293 aa  211  7e-54  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0496158  hitchhiker  0.00036326 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0824  Integrase catalytic region  49.12 
 
 
293 aa  208  6e-53  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.503124  normal  0.225797 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1097  Integrase catalytic region  49.12 
 
 
293 aa  208  6e-53  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1295  integrase catalytic subunit  49.53 
 
 
289 aa  207  8e-53  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1432  integrase catalytic subunit  49.53 
 
 
280 aa  207  8e-53  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.161592  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0624  putative transposase B  48.46 
 
 
272 aa  206  2e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0545  integrase catalytic subunit  49.53 
 
 
289 aa  206  2e-52  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.435067  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0340  integrase catalytic region  45.78 
 
 
286 aa  205  5e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0552  integrase catalytic region  45.78 
 
 
286 aa  205  5e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.602741  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0452  integrase catalytic region  45.78 
 
 
286 aa  205  5e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4892  integrase catalytic region  46.02 
 
 
296 aa  205  6e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.96486  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4961  integrase catalytic region  46.02 
 
 
296 aa  205  6e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.764431  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1289  ISCps2, transposase orfB  47.06 
 
 
272 aa  204  9e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.188636  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3599  integrase catalytic region  45.33 
 
 
286 aa  203  1e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4250  integrase catalytic region  45.33 
 
 
286 aa  203  1e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4229  integrase catalytic region  45.33 
 
 
286 aa  203  1e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1233  putative transposase B  48.02 
 
 
272 aa  204  1e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1298  putative transposase B  48.02 
 
 
272 aa  204  1e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1032  integrase catalytic region  45.33 
 
 
286 aa  203  1e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4972  integrase catalytic region  45.33 
 
 
286 aa  203  1e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.422508  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1105  integrase catalytic region  45.33 
 
 
286 aa  203  1e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.361745 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3274  integrase catalytic region  45.33 
 
 
286 aa  203  1e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13740  Integrase catalytic region  47.96 
 
 
277 aa  203  2e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000154434  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0840  integrase catalytic region  45.33 
 
 
286 aa  203  2e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.249045 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3730  integrase catalytic region  45.78 
 
 
286 aa  203  2e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1943  integrase catalytic region  45.33 
 
 
286 aa  202  3e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2002  integrase catalytic region  45.33 
 
 
286 aa  202  3e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.709933  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0578  ISRSO8-transposase orfB protein  47.49 
 
 
296 aa  202  4e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1549  ISRSO8-transposase orfB protein  47.49 
 
 
296 aa  202  4e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.797187 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2267  ISRSO8-transposase orfB protein  47.49 
 
 
296 aa  202  4e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.748248  normal  0.318024 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0548  ISRSO8-transposase orfB protein  47.49 
 
 
296 aa  202  4e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>