More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2753 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_2753  transposase  100 
 
 
286 aa  595  1e-169  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.403453  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2905  integrase catalytic region  79.37 
 
 
286 aa  479  1e-134  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3327  Integrase catalytic region  71.33 
 
 
280 aa  433  1e-120  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2168  Integrase catalytic region  71.33 
 
 
280 aa  433  1e-120  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0614321  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1456  integrase catalytic region  73.3 
 
 
237 aa  345  7e-94  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0392097 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5539  transposase  77.6 
 
 
203 aa  323  2e-87  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.233578  normal  0.0199842 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1347  IS3 putative transposase  46.81 
 
 
290 aa  267  2e-70  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3179  Integrase catalytic region  48.41 
 
 
291 aa  267  2e-70  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2220  Integrase catalytic region  48.41 
 
 
291 aa  267  2e-70  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1533  Integrase catalytic region  48.41 
 
 
291 aa  267  2e-70  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3806  integrase catalytic region  47.74 
 
 
293 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1614  integrase catalytic region  47.74 
 
 
293 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.670062 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2971  integrase catalytic region  47.74 
 
 
293 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.43279 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6034  transposase InsF for insertion sequence IS3A/B/C/D/E/fA  51.57 
 
 
288 aa  263  3e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0578  ISRSO8-transposase orfB protein  47.33 
 
 
296 aa  260  2e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1549  ISRSO8-transposase orfB protein  47.33 
 
 
296 aa  260  2e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.797187 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2267  ISRSO8-transposase orfB protein  47.33 
 
 
296 aa  260  2e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.748248  normal  0.318024 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0548  ISRSO8-transposase orfB protein  47.33 
 
 
296 aa  260  2e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0340  integrase catalytic region  46.85 
 
 
286 aa  260  2e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0552  integrase catalytic region  46.85 
 
 
286 aa  260  2e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.602741  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0452  integrase catalytic region  46.85 
 
 
286 aa  260  2e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0683  integrase catalytic region  47.7 
 
 
291 aa  258  5.0000000000000005e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0398429  normal  0.496917 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0564  integrase catalytic region  47.7 
 
 
291 aa  258  5.0000000000000005e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.011287  normal  0.276186 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2665  integrase catalytic region  47.7 
 
 
291 aa  258  5.0000000000000005e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.410607 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3599  integrase catalytic region  46.5 
 
 
286 aa  258  6e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3274  integrase catalytic region  46.5 
 
 
286 aa  258  6e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0840  integrase catalytic region  46.5 
 
 
286 aa  258  6e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.249045 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4229  integrase catalytic region  46.5 
 
 
286 aa  258  6e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1105  integrase catalytic region  46.5 
 
 
286 aa  258  6e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.361745 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1032  integrase catalytic region  46.5 
 
 
286 aa  258  6e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4961  integrase catalytic region  47.33 
 
 
296 aa  258  6e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.764431  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4892  integrase catalytic region  47.33 
 
 
296 aa  258  6e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.96486  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4972  integrase catalytic region  46.5 
 
 
286 aa  258  6e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.422508  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4250  integrase catalytic region  46.5 
 
 
286 aa  258  6e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3730  integrase catalytic region  46.85 
 
 
286 aa  258  7e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1823  Integrase catalytic region  45.11 
 
 
270 aa  258  8e-68  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.484824  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1559  Integrase catalytic region  45.11 
 
 
270 aa  258  8e-68  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1943  integrase catalytic region  45.8 
 
 
286 aa  257  2e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2002  integrase catalytic region  45.8 
 
 
286 aa  257  2e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.709933  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0402  Integrase catalytic region  47.41 
 
 
281 aa  257  2e-67  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.992853 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2199  Integrase catalytic region  45.86 
 
 
270 aa  256  3e-67  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1484  Integrase catalytic region  45.86 
 
 
270 aa  256  3e-67  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370825  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1829  Integrase catalytic region  45.86 
 
 
270 aa  256  3e-67  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2011  Integrase catalytic region  45.86 
 
 
270 aa  256  3e-67  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.130464  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2949  Integrase catalytic region  45.86 
 
 
270 aa  256  3e-67  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5455  transposase catalytic site ISRme11  47.35 
 
 
283 aa  256  4e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.361338  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5497  transposase catalytic site ISRme11  47.35 
 
 
283 aa  256  4e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1878  IS3 family transposase  49.43 
 
 
279 aa  255  6e-67  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00866146  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0610  integrase catalytic region  49.08 
 
 
283 aa  254  9e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1991  ISEhe3, transposase orfB  48.28 
 
 
270 aa  254  9e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000291495  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0435  ISEhe3, transposase orfB  48.28 
 
 
270 aa  254  9e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2788  ISEhe3, transposase orfB  48.28 
 
 
270 aa  254  9e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00739758  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3021  ISEhe3, transposase orfB  48.28 
 
 
270 aa  254  9e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000678494  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3970  ISEhe3, transposase orfB  48.28 
 
 
270 aa  254  9e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000757878  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2066  ISEhe3, transposase orfB  48.28 
 
 
270 aa  254  9e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000480211  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1260  ISEhe3, transposase orfB  48.28 
 
 
270 aa  254  9e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0300091  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2030  integrase catalytic region  49.08 
 
 
283 aa  254  9e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0158715  normal  0.0307665 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4159  integrase catalytic region  49.08 
 
 
283 aa  254  9e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0387  integrase catalytic region  49.08 
 
 
283 aa  254  9e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2267  integrase catalytic region  49.08 
 
 
283 aa  254  9e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.21514  hitchhiker  0.00902868 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0347  ISEhe3, transposase orfB  48.28 
 
 
270 aa  254  9e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0715002  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0326  ISEhe3, transposase orfB  48.28 
 
 
270 aa  254  9e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.148326  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4529  ISEhe3, transposase orfB  48.28 
 
 
270 aa  254  9e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.313406  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3135  integrase catalytic region  49.08 
 
 
283 aa  254  9e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0141  ISEhe3, transposase orfB  48.28 
 
 
270 aa  254  9e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000861887  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0281  ISEhe3, transposase orfB  48.28 
 
 
270 aa  254  9e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0186  hypothetical protein  43.51 
 
 
294 aa  254  1.0000000000000001e-66  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0570  hypothetical protein  43.51 
 
 
294 aa  254  1.0000000000000001e-66  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1111  hypothetical protein  43.51 
 
 
294 aa  254  1.0000000000000001e-66  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1576  hypothetical protein  43.51 
 
 
294 aa  254  1.0000000000000001e-66  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0198  hypothetical protein  43.51 
 
 
294 aa  254  2.0000000000000002e-66  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4709  integrase catalytic region  47.81 
 
 
283 aa  253  3e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.704343  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3406  integrase catalytic region  49.05 
 
 
269 aa  252  5.000000000000001e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0732  integrase catalytic region  49.05 
 
 
267 aa  251  7e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0157  integrase catalytic region  49.05 
 
 
267 aa  251  7e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0741  integrase catalytic subunit  48.67 
 
 
270 aa  251  8.000000000000001e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5425  integrase catalytic region  47.78 
 
 
277 aa  251  8.000000000000001e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.257494  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1672  transposase IS3/IS911 family protein  45.39 
 
 
383 aa  249  3e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3204  integrase catalytic subunit  47.92 
 
 
279 aa  248  1e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000772302  unclonable  0.0000000000217557 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1844  integrase catalytic subunit  47.74 
 
 
274 aa  247  2e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0129  IS3 family transposase  47.55 
 
 
279 aa  246  3e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.384021  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2341  Integrase catalytic region  47.51 
 
 
269 aa  246  3e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6260  integrase catalytic region  45.07 
 
 
291 aa  245  4.9999999999999997e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2848  integrase catalytic subunit  46.39 
 
 
302 aa  244  9.999999999999999e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.419389  normal  0.679584 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1127  integrase catalytic subunit  46.1 
 
 
289 aa  244  9.999999999999999e-64  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.70947  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1989  integrase catalytic subunit  46.1 
 
 
289 aa  244  9.999999999999999e-64  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.866629  normal  0.746727 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1010  IS3 family transposase orfB  43.77 
 
 
302 aa  243  3e-63  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1015  IS3 family transposase orfB  43.77 
 
 
293 aa  242  3.9999999999999997e-63  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1072  IS3 family transposase orfB  43.77 
 
 
302 aa  242  5e-63  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.48838  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1116  IS3 family transposase orfB  43.77 
 
 
293 aa  242  5e-63  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4257  Integrase catalytic region  48.85 
 
 
271 aa  242  7e-63  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00504  ISxac3 transposase  46.69 
 
 
272 aa  240  2e-62  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2644  integrase catalytic subunit  44.72 
 
 
289 aa  239  4e-62  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0116112  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2087  putative IS3 family transposase orfB  45.26 
 
 
296 aa  238  5.999999999999999e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.360317  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2544  IS3 family transposase orfB  45.26 
 
 
296 aa  238  5.999999999999999e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.765664  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2735  putative IS3 transposase integrase  45.26 
 
 
296 aa  238  5.999999999999999e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0386866 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3565  putative transposase  45.26 
 
 
296 aa  238  5.999999999999999e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0131  putative transposase  45.26 
 
 
296 aa  238  5.999999999999999e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0634  putative transposase  45.26 
 
 
296 aa  238  5.999999999999999e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214662  normal  0.0414488 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6050  integrase catalytic region  46.1 
 
 
286 aa  239  5.999999999999999e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>