More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2460 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_0644  transposase InsF for insertion sequence IS3A/B/C/D/E/fA  100 
 
 
255 aa  535  1e-151  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2460  transposase InsF for insertion sequence IS3A/B/C/D/E/fA  100 
 
 
255 aa  535  1e-151  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.593171  normal  0.440757 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1672  transposase IS3/IS911 family protein  88.14 
 
 
383 aa  476  1e-133  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1347  IS3 putative transposase  64.57 
 
 
290 aa  348  4e-95  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4257  Integrase catalytic region  62.35 
 
 
271 aa  345  3e-94  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1614  integrase catalytic region  62.6 
 
 
293 aa  344  7e-94  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.670062 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3806  integrase catalytic region  62.6 
 
 
293 aa  344  7e-94  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2971  integrase catalytic region  62.6 
 
 
293 aa  344  7e-94  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.43279 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5425  integrase catalytic region  62.6 
 
 
277 aa  344  8.999999999999999e-94  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.257494  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0281  ISEhe3, transposase orfB  61.42 
 
 
270 aa  338  5e-92  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1991  ISEhe3, transposase orfB  61.42 
 
 
270 aa  338  5e-92  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000291495  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3021  ISEhe3, transposase orfB  61.42 
 
 
270 aa  338  5e-92  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000678494  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2788  ISEhe3, transposase orfB  61.42 
 
 
270 aa  338  5e-92  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00739758  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1260  ISEhe3, transposase orfB  61.42 
 
 
270 aa  338  5e-92  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0300091  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0141  ISEhe3, transposase orfB  61.42 
 
 
270 aa  338  5e-92  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000861887  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0435  ISEhe3, transposase orfB  61.42 
 
 
270 aa  338  5e-92  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0347  ISEhe3, transposase orfB  61.42 
 
 
270 aa  338  5e-92  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0715002  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0326  ISEhe3, transposase orfB  61.42 
 
 
270 aa  338  5e-92  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.148326  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2066  ISEhe3, transposase orfB  61.42 
 
 
270 aa  338  5e-92  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000480211  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4529  ISEhe3, transposase orfB  61.42 
 
 
270 aa  338  5e-92  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.313406  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3970  ISEhe3, transposase orfB  61.42 
 
 
270 aa  338  5e-92  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000757878  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2341  Integrase catalytic region  61.42 
 
 
269 aa  330  9e-90  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3179  Integrase catalytic region  58.04 
 
 
291 aa  330  1e-89  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1533  Integrase catalytic region  58.04 
 
 
291 aa  330  1e-89  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2220  Integrase catalytic region  58.04 
 
 
291 aa  330  1e-89  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0741  integrase catalytic subunit  61.02 
 
 
270 aa  329  3e-89  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0129  IS3 family transposase  58.1 
 
 
279 aa  320  9.999999999999999e-87  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.384021  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1878  IS3 family transposase  57.31 
 
 
279 aa  318  5e-86  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00866146  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1844  integrase catalytic subunit  60.24 
 
 
274 aa  318  6e-86  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5455  transposase catalytic site ISRme11  59.11 
 
 
283 aa  315  3e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.361338  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5497  transposase catalytic site ISRme11  59.11 
 
 
283 aa  315  3e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0415  integrase catalytic subunit  61.47 
 
 
231 aa  315  5e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4709  integrase catalytic region  58.78 
 
 
283 aa  313  9.999999999999999e-85  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.704343  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3204  integrase catalytic subunit  57.31 
 
 
279 aa  311  3.9999999999999997e-84  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000772302  unclonable  0.0000000000217557 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00504  ISxac3 transposase  56.4 
 
 
272 aa  311  4.999999999999999e-84  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0683  integrase catalytic region  57.25 
 
 
291 aa  308  5e-83  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0398429  normal  0.496917 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2665  integrase catalytic region  57.25 
 
 
291 aa  308  5e-83  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.410607 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0564  integrase catalytic region  57.25 
 
 
291 aa  308  5e-83  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.011287  normal  0.276186 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2267  integrase catalytic region  55.51 
 
 
283 aa  305  5.0000000000000004e-82  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.21514  hitchhiker  0.00902868 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4159  integrase catalytic region  55.51 
 
 
283 aa  305  5.0000000000000004e-82  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3135  integrase catalytic region  55.51 
 
 
283 aa  305  5.0000000000000004e-82  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0387  integrase catalytic region  55.51 
 
 
283 aa  305  5.0000000000000004e-82  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2030  integrase catalytic region  55.51 
 
 
283 aa  305  5.0000000000000004e-82  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0158715  normal  0.0307665 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0610  integrase catalytic region  55.51 
 
 
283 aa  305  5.0000000000000004e-82  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00510  ISxac3 transposase  56.8 
 
 
272 aa  294  7e-79  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0653453  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02990  ISxac3 transposase  55.2 
 
 
259 aa  291  6e-78  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3406  integrase catalytic region  56.5 
 
 
269 aa  285  5.999999999999999e-76  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0157  integrase catalytic region  56.5 
 
 
267 aa  285  7e-76  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0732  integrase catalytic region  56.5 
 
 
267 aa  285  7e-76  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2466  integrase catalytic region  58.3 
 
 
269 aa  280  2e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.724971  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1786  integrase catalytic region  57.89 
 
 
250 aa  265  5.999999999999999e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.552825 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0060  integrase catalytic subunit  62.01 
 
 
180 aa  257  1e-67  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0928  transposase InsF for insertion sequence IS3A/B/C/D/E/fA  49.79 
 
 
239 aa  246  4e-64  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.394905  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2361  integrase catalytic subunit  65.03 
 
 
167 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000202779  decreased coverage  0.0000189175 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2753  transposase  48.33 
 
 
286 aa  227  1e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.403453  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0186  hypothetical protein  47.86 
 
 
294 aa  223  2e-57  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0570  hypothetical protein  47.86 
 
 
294 aa  223  2e-57  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1111  hypothetical protein  47.86 
 
 
294 aa  223  2e-57  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1576  hypothetical protein  47.86 
 
 
294 aa  223  2e-57  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0198  hypothetical protein  47.86 
 
 
294 aa  223  3e-57  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4445  IS3 family transposase  60.36 
 
 
252 aa  221  7e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.323059  hitchhiker  0.0000497697 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5791  integrase catalytic region  62.58 
 
 
166 aa  221  7e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2905  integrase catalytic region  46.67 
 
 
286 aa  218  7.999999999999999e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3327  Integrase catalytic region  43.67 
 
 
280 aa  216  2e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2168  Integrase catalytic region  43.67 
 
 
280 aa  216  2e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0614321  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1295  integrase catalytic subunit  44.98 
 
 
289 aa  209  4e-53  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1432  integrase catalytic subunit  44.98 
 
 
280 aa  209  4e-53  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.161592  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1823  Integrase catalytic region  44.72 
 
 
270 aa  208  7e-53  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.484824  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1559  Integrase catalytic region  44.72 
 
 
270 aa  208  7e-53  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0545  integrase catalytic subunit  44.98 
 
 
289 aa  207  1e-52  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.435067  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1829  Integrase catalytic region  44.72 
 
 
270 aa  204  1e-51  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2949  Integrase catalytic region  44.72 
 
 
270 aa  204  1e-51  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2199  Integrase catalytic region  44.72 
 
 
270 aa  204  1e-51  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1484  Integrase catalytic region  44.72 
 
 
270 aa  204  1e-51  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370825  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2011  Integrase catalytic region  44.72 
 
 
270 aa  204  1e-51  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.130464  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1289  ISCps2, transposase orfB  41.3 
 
 
272 aa  202  5e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.188636  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0139  Integrase catalytic region  41.22 
 
 
280 aa  201  7e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6034  transposase InsF for insertion sequence IS3A/B/C/D/E/fA  44.18 
 
 
288 aa  201  7e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1582  Integrase catalytic region  41.22 
 
 
280 aa  201  9e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1705  Integrase catalytic region  41.22 
 
 
280 aa  201  9e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0452  integrase catalytic region  40.96 
 
 
286 aa  201  9.999999999999999e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0340  integrase catalytic region  40.96 
 
 
286 aa  201  9.999999999999999e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0552  integrase catalytic region  40.96 
 
 
286 aa  201  9.999999999999999e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.602741  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13740  Integrase catalytic region  43.37 
 
 
277 aa  200  1.9999999999999998e-50  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000154434  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1653  Integrase catalytic region  44.81 
 
 
293 aa  200  1.9999999999999998e-50  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0770327  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1536  Integrase catalytic region  44.81 
 
 
293 aa  200  1.9999999999999998e-50  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0496158  hitchhiker  0.00036326 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0260  Integrase catalytic region  44.81 
 
 
293 aa  200  1.9999999999999998e-50  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.314535 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1097  Integrase catalytic region  44.81 
 
 
293 aa  199  3e-50  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0824  Integrase catalytic region  44.81 
 
 
293 aa  199  3e-50  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.503124  normal  0.225797 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4250  integrase catalytic region  40.56 
 
 
286 aa  199  3.9999999999999996e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4972  integrase catalytic region  40.56 
 
 
286 aa  199  3.9999999999999996e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.422508  normal 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3739  integrase catalytic region  42.68 
 
 
285 aa  199  3.9999999999999996e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3274  integrase catalytic region  40.56 
 
 
286 aa  199  3.9999999999999996e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1105  integrase catalytic region  40.56 
 
 
286 aa  199  3.9999999999999996e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.361745 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3599  integrase catalytic region  40.56 
 
 
286 aa  199  3.9999999999999996e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1032  integrase catalytic region  40.56 
 
 
286 aa  199  3.9999999999999996e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3730  integrase catalytic region  40.96 
 
 
286 aa  199  3.9999999999999996e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4229  integrase catalytic region  40.56 
 
 
286 aa  199  3.9999999999999996e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0840  integrase catalytic region  40.56 
 
 
286 aa  199  5e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.249045 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1943  integrase catalytic region  40.08 
 
 
286 aa  198  7e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>