61 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_3743 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_3743  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 159 aa  325  2.0000000000000001e-88  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0888  TetR family transcriptional regulator  97.48 
 
 		 159 aa  318  1.9999999999999998e-86  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00720668  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0851  TetR family transcriptional regulator  97.48 
 
 		 159 aa  318  1.9999999999999998e-86  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.134933  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3084  TetR family transcriptional regulator  97.48 
 
 		 159 aa  318  1.9999999999999998e-86  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.012098  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3421  TetR family transcriptional regulator  95.6 
 
 		 159 aa  313  6e-85  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0948  TetR family transcriptional regulator  95.6 
 
 		 159 aa  313  6e-85  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.961302 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0914  TetR family transcriptional regulator  95.6 
 
 		 159 aa  313  6e-85  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0939  transcriptional regulator, TetR family  95.6 
 
 		 159 aa  313  6e-85  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3067  TetR family transcriptional regulator  92.45 
 
 		 159 aa  308  2e-83  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00227859  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0733  TetR family transcriptional regulator  72.33 
 
 		 162 aa  244  3e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.307696  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3810  TetR family transcriptional regulator  64.78 
 
 		 159 aa  211  1.9999999999999998e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00990238 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3198  transcriptional regulator, TetR family protein  54.61 
 
 		 158 aa  186  1e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.99203  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0771  TetR family transcriptional regulator  56.29 
 
 		 184 aa  182  2.0000000000000003e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0648  TetR family transcriptional regulator  53.02 
 
 		 157 aa  179  1e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0903763  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05238  hypothetical protein  42.11 
 
 		 153 aa  119  9.999999999999999e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001349  transcriptional regulator LuxT  39.74 
 
 		 153 aa  120  9.999999999999999e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00000000649622  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0321  TetR family transcriptional regulator  51.92 
 
 		 161 aa  116  1.9999999999999998e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000162147  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0616  HTH-type transcriptional regulator LuxT  51.92 
 
 		 153 aa  115  3e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0291475  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02176  hypothetical protein  37.01 
 
 		 154 aa  91.7  4e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0421  transcriptional regulator, TetR family  27.88 
 
 		 198 aa  49.3  0.00002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0140  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 176 aa  45.1  0.0004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3587  TetR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 242 aa  44.7  0.0006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2970  putative transcriptional regulator  24.24 
 
 		 196 aa  44.3  0.0007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0889426  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0068  transcriptional regulator, TetR family  28.85 
 
 		 185 aa  43.1  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.139926 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35210  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 196 aa  43.9  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.831854 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1012  transcriptional regulator, TetR family  21.05 
 
 		 212 aa  43.5  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.156612  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17710  hypothetical protein  36.54 
 
 		 218 aa  43.5  0.001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.746787  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4179  transcriptional regulator, TetR family  34.43 
 
 		 396 aa  43.9  0.001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1903  transcriptional regulator, TetR family  37.5 
 
 		 192 aa  42.7  0.002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0461172  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0571  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 200 aa  42.7  0.002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.530829  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2372  transcriptional regulator, TetR family  37.04 
 
 		 193 aa  43.1  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.74201  normal  0.115149 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5390  TetR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 189 aa  42.7  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3259  transcriptional regulator, TetR family  25.42 
 
 		 219 aa  43.1  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.147915  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12460  transcriptional regulator  35.29 
 
 		 227 aa  42.4  0.003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2163  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 201 aa  42.4  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0855716  normal  0.614843 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7671  TetR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 188 aa  41.6  0.004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.403599  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5714  TetR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 188 aa  41.6  0.004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.297365 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6065  TetR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 188 aa  41.6  0.004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.340517  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1636  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 200 aa  41.6  0.004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0936  transcriptional regulator, TetR family protein  27.52 
 
 		 206 aa  41.6  0.004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5956  TetR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 188 aa  41.6  0.004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.341434  normal  0.49488 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1362  TetR family transcriptional regulator  24.39 
 
 		 211 aa  42  0.004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3206  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  33.9 
 
 		 218 aa  41.2  0.005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6619  TetR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 188 aa  41.6  0.005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.634361  normal  0.119433 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2881  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  33.9 
 
 		 218 aa  41.2  0.005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.531949 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0587  TetR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 198 aa  41.2  0.005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6137  TetR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 188 aa  41.6  0.005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.8739 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3066  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  33.9 
 
 		 218 aa  41.2  0.005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.283852  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1980  TetR family transcriptional regulator  51.52 
 
 		 187 aa  41.6  0.005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5772  TetR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 188 aa  41.6  0.005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2099  transcriptional regulator, TetR family  35.94 
 
 		 216 aa  41.2  0.006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0839  transcriptional regulator, TetR family  35.42 
 
 		 196 aa  41.2  0.006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0059  TetR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 186 aa  41.2  0.006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2194  TetR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 188 aa  41.2  0.006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.881672  normal  0.895019 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6861  TetR family transcriptional regulator  48.57 
 
 		 187 aa  40.8  0.007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0707  TetR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 219 aa  40.8  0.008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13066  AsnC family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 246 aa  40.8  0.008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.117427 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5603  TetR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 188 aa  40.4  0.009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0012  putative AcrAB operon repressor transcription regulator protein  22.94 
 
 		 219 aa  40.4  0.009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.631075  normal  0.0464367 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0265  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 200 aa  40.4  0.009  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00630944 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2329  TetR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 186 aa  40.4  0.009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.148714  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>