52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3198 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_3198  transcriptional regulator, TetR family protein  100 
 
 		 158 aa  322  9e-88  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.99203  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3067  TetR family transcriptional regulator  55.48 
 
 		 159 aa  188  2e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00227859  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0733  TetR family transcriptional regulator  54.84 
 
 		 162 aa  188  2.9999999999999997e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.307696  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3084  TetR family transcriptional regulator  55.26 
 
 		 159 aa  187  7e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.012098  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0888  TetR family transcriptional regulator  55.26 
 
 		 159 aa  187  7e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00720668  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0851  TetR family transcriptional regulator  55.26 
 
 		 159 aa  187  7e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.134933  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0939  transcriptional regulator, TetR family  55.26 
 
 		 159 aa  186  9e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0914  TetR family transcriptional regulator  55.26 
 
 		 159 aa  186  9e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0948  TetR family transcriptional regulator  55.26 
 
 		 159 aa  186  9e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.961302 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3421  TetR family transcriptional regulator  55.26 
 
 		 159 aa  186  9e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3743  TetR family transcriptional regulator  54.61 
 
 		 159 aa  186  1e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3810  TetR family transcriptional regulator  55.33 
 
 		 159 aa  179  2e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00990238 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0648  TetR family transcriptional regulator  55.7 
 
 		 157 aa  173  7e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0903763  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0771  TetR family transcriptional regulator  53.33 
 
 		 184 aa  170  7.999999999999999e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001349  transcriptional regulator LuxT  40.4 
 
 		 153 aa  117  6e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00000000649622  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0321  TetR family transcriptional regulator  40.52 
 
 		 161 aa  117  6e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000162147  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05238  hypothetical protein  40.4 
 
 		 153 aa  114  3.9999999999999997e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0616  HTH-type transcriptional regulator LuxT  39.33 
 
 		 153 aa  101  4e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0291475  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02176  hypothetical protein  37.42 
 
 		 154 aa  94.4  6e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1663  regulator AmrR  27.2 
 
 		 223 aa  47  0.0001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.211549  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0318  TetR family regulatory protein  27.2 
 
 		 223 aa  47  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0868367  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1888  multidrug efflux operon transciptional regulator AmrR  27.2 
 
 		 223 aa  47  0.0001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.103015  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1902  multidrug efflux operon transciptional regulator AmrR  27.2 
 
 		 223 aa  47  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.00105547  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0842  regulator AmrR  27.2 
 
 		 223 aa  47  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.063166  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2056  TetR family regulatory protein  27.2 
 
 		 223 aa  47  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.273802  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6295  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 212 aa  45.8  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.100221  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1067  transcriptional regulator, TetR family  32.79 
 
 		 212 aa  45.8  0.0002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.530116 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0681  transcriptional regulator, TetR family  27 
 
 		 167 aa  45.4  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0989844  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0421  transcriptional regulator, TetR family  38.3 
 
 		 198 aa  45.1  0.0004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2446  regulator AmrR  27.2 
 
 		 209 aa  45.1  0.0004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.584689  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2372  transcriptional regulator, TetR family  38.89 
 
 		 193 aa  44.7  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.74201  normal  0.115149 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0839  transcriptional regulator, TetR family  35.62 
 
 		 196 aa  44.3  0.0007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3870  transcriptional regulator, TetR family  37.5 
 
 		 208 aa  42.7  0.002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0541518  normal  0.262725 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38380  putative transcriptional regulator  25.93 
 
 		 210 aa  42.7  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0126427 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4179  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 396 aa  42.4  0.003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5390  TetR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 189 aa  42.4  0.003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17710  hypothetical protein  38.46 
 
 		 218 aa  42  0.004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.746787  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3703  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  22.95 
 
 		 215 aa  41.6  0.004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.83778 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4372  TetR/AcrR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 224 aa  41.2  0.005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0837582  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2074  transcriptional regulator, TetR family  29.25 
 
 		 189 aa  40.8  0.007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.902771  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4170  TetR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 220 aa  40.8  0.007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0130344  normal  0.052898 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3559  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  23.39 
 
 		 220 aa  40.8  0.008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00735263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3749  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  23.39 
 
 		 220 aa  40.4  0.009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000431628  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3500  transcriptional regulator, TetR family  28.28 
 
 		 186 aa  40.4  0.009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.711575  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03073  hypothetical protein  23.39 
 
 		 220 aa  40.4  0.009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.807649  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4581  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  23.39 
 
 		 220 aa  40.4  0.009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00305215  normal  0.159786 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3647  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  23.39 
 
 		 220 aa  40.4  0.009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0126984  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0442  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  23.39 
 
 		 220 aa  40.4  0.009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.114804  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03122  DNA-binding transcriptional regulator  23.39 
 
 		 220 aa  40.4  0.009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.889925  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3457  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  23.39 
 
 		 220 aa  40.4  0.009  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000315342  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0442  transcriptional regulator, TetR family  23.39 
 
 		 220 aa  40.4  0.009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.671353  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1071  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  31.58 
 
 		 213 aa  40.4  0.01  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0117133  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>