58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3810 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3810  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 159 aa  325  2.0000000000000001e-88  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00990238 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0939  transcriptional regulator, TetR family  65.41 
 
 		 159 aa  214  2.9999999999999998e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0948  TetR family transcriptional regulator  65.41 
 
 		 159 aa  214  2.9999999999999998e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.961302 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0914  TetR family transcriptional regulator  65.41 
 
 		 159 aa  214  2.9999999999999998e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3067  TetR family transcriptional regulator  65.41 
 
 		 159 aa  214  2.9999999999999998e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00227859  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3421  TetR family transcriptional regulator  65.41 
 
 		 159 aa  214  2.9999999999999998e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3084  TetR family transcriptional regulator  65.41 
 
 		 159 aa  213  5.9999999999999996e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.012098  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0888  TetR family transcriptional regulator  65.41 
 
 		 159 aa  213  5.9999999999999996e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00720668  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0851  TetR family transcriptional regulator  65.41 
 
 		 159 aa  213  5.9999999999999996e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.134933  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3743  TetR family transcriptional regulator  64.78 
 
 		 159 aa  211  1.9999999999999998e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0733  TetR family transcriptional regulator  63.4 
 
 		 162 aa  211  3.9999999999999995e-54  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.307696  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0771  TetR family transcriptional regulator  62.75 
 
 		 184 aa  202  2e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0648  TetR family transcriptional regulator  58.33 
 
 		 157 aa  191  3e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0903763  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3198  transcriptional regulator, TetR family protein  55.33 
 
 		 158 aa  179  2e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.99203  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001349  transcriptional regulator LuxT  44.97 
 
 		 153 aa  122  3e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00000000649622  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05238  hypothetical protein  44 
 
 		 153 aa  120  8e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0321  TetR family transcriptional regulator  41.83 
 
 		 161 aa  118  3e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000162147  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0616  HTH-type transcriptional regulator LuxT  44.97 
 
 		 153 aa  112  2.0000000000000002e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0291475  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02176  hypothetical protein  38.16 
 
 		 154 aa  95.1  3e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2372  transcriptional regulator, TetR family  43.14 
 
 		 193 aa  48.1  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.74201  normal  0.115149 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0421  transcriptional regulator, TetR family  27.88 
 
 		 198 aa  47  0.0001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3206  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  33.73 
 
 		 218 aa  45.4  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2881  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  33.73 
 
 		 218 aa  45.4  0.0003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.531949 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3066  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  33.73 
 
 		 218 aa  45.4  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.283852  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5956  TetR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 188 aa  43.9  0.0008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.341434  normal  0.49488 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0140  TetR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 176 aa  43.9  0.0008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5714  TetR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 188 aa  43.9  0.0009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.297365 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0527  TetR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 198 aa  43.1  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.18684  normal  0.990571 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5772  TetR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 188 aa  43.1  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1903  transcriptional regulator, TetR family  38.33 
 
 		 192 aa  43.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0461172  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7671  TetR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 188 aa  43.1  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.403599  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3096  TetR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 202 aa  43.5  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0203472  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6619  TetR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 188 aa  43.1  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.634361  normal  0.119433 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6065  TetR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 188 aa  43.1  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.340517  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6137  TetR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 188 aa  43.1  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.8739 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0839  transcriptional regulator, TetR family  39.22 
 
 		 196 aa  43.5  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2872  TetR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 239 aa  42.7  0.002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1980  TetR family transcriptional regulator  42.55 
 
 		 187 aa  42.7  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5390  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 189 aa  43.1  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0936  transcriptional regulator, TetR family protein  27.52 
 
 		 206 aa  42  0.003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1128  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  33.87 
 
 		 227 aa  41.6  0.004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000181094 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0507  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  24.42 
 
 		 215 aa  40.8  0.007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.480121  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3146  transcriptional regulator, TetR family  24.42 
 
 		 215 aa  40.8  0.007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0376592  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00420  hypothetical protein  24.42 
 
 		 215 aa  40.8  0.007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0396  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  24.42 
 
 		 215 aa  40.8  0.007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0498  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  24.42 
 
 		 215 aa  40.8  0.007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00415  DNA-binding transcriptional repressor  24.42 
 
 		 215 aa  40.8  0.007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0554  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  24.42 
 
 		 215 aa  40.8  0.007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.627816  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0540  DNA-binding transcriptional repressor AcrR  24.42 
 
 		 215 aa  40.8  0.007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4623  TetR family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 213 aa  40.8  0.008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.317667  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03073  hypothetical protein  23.97 
 
 		 220 aa  40.4  0.009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.807649  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3457  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  23.97 
 
 		 220 aa  40.4  0.009  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000315342  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4581  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  23.97 
 
 		 220 aa  40.4  0.009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00305215  normal  0.159786 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3647  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  23.97 
 
 		 220 aa  40.4  0.009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0126984  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0442  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  23.97 
 
 		 220 aa  40.4  0.009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.114804  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3749  DNA-binding transcriptional regulator EnvR  23.97 
 
 		 220 aa  40.4  0.009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000431628  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0442  transcriptional regulator, TetR family  23.97 
 
 		 220 aa  40.4  0.009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.671353  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03122  DNA-binding transcriptional regulator  23.97 
 
 		 220 aa  40.4  0.009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.889925  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>