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for query gene SO_2280 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



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Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011663  Sbal223_1974  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  83.46 
 
 		 407 aa  671    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0583224  hitchhiker  0.00000495427 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2280  bicyclomycin resistance protein  100 
 
 		 407 aa  808    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2136  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  84.69 
 
 		 406 aa  673    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2385  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  83.46 
 
 		 407 aa  666    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00781  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1751  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  94.59 
 
 		 407 aa  731    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0172421  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1831  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  93.37 
 
 		 407 aa  719    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2373  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  83.95 
 
 		 407 aa  669    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.409175  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2488  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  83.46 
 
 		 407 aa  666    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0118329  hitchhiker  0.000775175 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2268  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  94.84 
 
 		 407 aa  734    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1629  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  76.75 
 
 		 406 aa  615  1e-175  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1956  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  78.48 
 
 		 408 aa  615  1e-175  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.587196  normal  0.0575166 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1912  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  77.83 
 
 		 408 aa  612  9.999999999999999e-175  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.758085  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2665  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  76.98 
 
 		 408 aa  610  1e-173  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0126331  hitchhiker  0.00560959 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1777  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  77.5 
 
 		 407 aa  604  9.999999999999999e-173  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0221977  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2043  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  75.45 
 
 		 406 aa  587  1e-166  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.678536  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2017  bicyclomycin resistance protein  63.78 
 
 		 401 aa  467  9.999999999999999e-131  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.470067  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4611  Bcr/CflA family multidrug resistance transporter  49.87 
 
 		 422 aa  359  5e-98  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.513743  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0012  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  36.83 
 
 		 395 aa  212  9e-54  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.502887  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3251  bicyclomycin/multidrug efflux system  33.24 
 
 		 402 aa  204  3e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.303475 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2019  bicyclomycin/multidrug efflux system  33.5 
 
 		 401 aa  194  3e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.11668  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2717  bicyclomycin/multidrug efflux system  31.75 
 
 		 399 aa  194  3e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0392308  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1491  bicyclomycin/multidrug efflux system  31.75 
 
 		 399 aa  193  4e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.646257  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2792  bicyclomycin/multidrug efflux system  32.17 
 
 		 401 aa  191  2e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1475  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  35 
 
 		 405 aa  191  2e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2434  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.92 
 
 		 405 aa  189  5e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.71242  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2458  bicyclomycin/multidrug efflux system  32.37 
 
 		 396 aa  190  5e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000150098 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2572  bicyclomycin/multidrug efflux system  32.37 
 
 		 396 aa  190  5e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00348003 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2415  bicyclomycin/multidrug efflux system  32.37 
 
 		 396 aa  189  8e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0436595  normal  0.152549 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2461  bicyclomycin/multidrug efflux system  32.37 
 
 		 396 aa  189  8e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.334321  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2370  bicyclomycin/multidrug efflux system  32.11 
 
 		 396 aa  188  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00149864  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0925  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.2 
 
 		 405 aa  188  1e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.805462  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3320  bicyclomycin/multidrug efflux system  33.16 
 
 		 396 aa  188  1e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0589131  normal  0.334809 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2331  bicyclomycin/multidrug efflux system  33.16 
 
 		 396 aa  188  1e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.369879  normal  0.0197956 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0485  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.92 
 
 		 458 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0824  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.2 
 
 		 434 aa  187  2e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0964  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.92 
 
 		 405 aa  187  4e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0833  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.92 
 
 		 405 aa  186  5e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02112  bicyclomycin/multidrug efflux system  33.16 
 
 		 396 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0940614  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1475  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  33.16 
 
 		 396 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000122457  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1465  bicyclomycin/multidrug efflux system  33.16 
 
 		 396 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0013409  normal  0.810342 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2320  bicyclomycin/multidrug efflux system  33.16 
 
 		 396 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.266963  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2480  bicyclomycin/multidrug efflux system  33.16 
 
 		 396 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.138563  n/a   
 
 
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NC_007974  Rmet_4752  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter Bcr/CflA subfamily  33.69 
 
 		 426 aa  184  2.0000000000000003e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.685858  normal  0.328295 
 
 
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NC_012892  B21_02071  hypothetical protein  33.16 
 
 		 396 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0947796  n/a   
 
 
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NC_007510  Bcep18194_A4067  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.36 
 
 		 405 aa  183  5.0000000000000004e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.23672  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2778  bicyclomycin/multidrug efflux system  31.16 
 
 		 398 aa  183  6e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.276165  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1767  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  34.18 
 
 		 397 aa  182  7e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2437  bicyclomycin/multidrug efflux system  32.2 
 
 		 393 aa  182  8.000000000000001e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.413789  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003780  permease  34.45 
 
 		 400 aa  180  2.9999999999999997e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.142338  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1911  bicyclomycin/multidrug efflux system  32.04 
 
 		 396 aa  179  1e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1316  major facilitator superfamily permease  35.6 
 
 		 403 aa  176  5e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000323105 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0571  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.24 
 
 		 399 aa  174  1.9999999999999998e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0910669  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1240  bicyclomycin/multidrug efflux system  33.6 
 
 		 401 aa  171  3e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000341384  n/a   
 
 
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NC_009783  VIBHAR_02654  bicyclomycin/multidrug efflux system  33.07 
 
 		 400 aa  170  4e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0034  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.59 
 
 		 400 aa  169  8e-41  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.276652  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0664  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.79 
 
 		 401 aa  169  9e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1546  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.79 
 
 		 411 aa  168  1e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1571  MFS family transporter  33.15 
 
 		 392 aa  167  2e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18090  major facilitator subfamily transporter protein  33.15 
 
 		 392 aa  167  2e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1682  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.94 
 
 		 414 aa  167  2.9999999999999998e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0153282  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0876  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.06 
 
 		 405 aa  167  2.9999999999999998e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.453625  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0073  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.26 
 
 		 403 aa  167  4e-40  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0540889  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3562  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  31.58 
 
 		 392 aa  166  6.9999999999999995e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.424378  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1640  bicyclomycin/multidrug efflux system  32.33 
 
 		 396 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3096  major facilitator transporter  30.72 
 
 		 411 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0011  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.87 
 
 		 400 aa  164  2.0000000000000002e-39  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.461677  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2351  bicyclomycin/multidrug efflux system  30.11 
 
 		 398 aa  164  3e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1479  bicyclomycin/multidrug efflux system  30.3 
 
 		 370 aa  163  4.0000000000000004e-39  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3061  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.41 
 
 		 411 aa  162  7e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.195129  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3008  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.41 
 
 		 411 aa  162  7e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0558  bicyclomycin/multidrug efflux system  30.03 
 
 		 403 aa  162  9e-39  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2139  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.16 
 
 		 400 aa  162  1e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.935322  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2605  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.16 
 
 		 400 aa  162  1e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1982  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  28.27 
 
 		 416 aa  162  1e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2008  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.16 
 
 		 400 aa  162  1e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.365941  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0772  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.16 
 
 		 400 aa  162  1e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3262  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  34.26 
 
 		 414 aa  160  4e-38  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.35835  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2852  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.9 
 
 		 409 aa  159  9e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0657  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.71 
 
 		 398 aa  159  1e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.327939  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1854  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  31.82 
 
 		 412 aa  159  1e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.888494  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0264  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.5 
 
 		 411 aa  158  2e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3096  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  29.38 
 
 		 406 aa  157  4e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0673947  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20220  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  31.82 
 
 		 415 aa  155  9e-37  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.179817 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0389  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.27 
 
 		 404 aa  155  9e-37  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000107544  unclonable  0.00000000056227 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2049  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  28.93 
 
 		 435 aa  155  1e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2172  drug transport transmembrane protein  28.18 
 
 		 407 aa  155  2e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.309598  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0898  major facilitator superfamily multidrug efflux transporter  29.8 
 
 		 416 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2346  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  34.47 
 
 		 408 aa  154  2.9999999999999998e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3300  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  34.08 
 
 		 400 aa  154  2.9999999999999998e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013730  Slin_3348  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  29.32 
 
 		 411 aa  153  5e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.241483 
 
 
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NC_010622  Bphy_0624  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.86 
 
 		 402 aa  150  3e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010501  PputW619_4575  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.73 
 
 		 393 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0180506  normal  0.0143089 
 
 
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NC_012917  PC1_1452  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  28.79 
 
 		 418 aa  150  3e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.266521  n/a   
 
 
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NC_014151  Cfla_1045  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  31.52 
 
 		 461 aa  150  4e-35  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007969  Pcryo_0383  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.78 
 
 		 419 aa  150  4e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0372929 
 
 
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NC_010682  Rpic_2375  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  28.85 
 
 		 394 aa  150  5e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.525477 
 
 
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NC_011894  Mnod_6143  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  29.38 
 
 		 420 aa  150  5e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009380  Strop_3036  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.43 
 
 		 414 aa  150  6e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.340151 
 
 
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NC_010322  PputGB1_0634  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.75 
 
 		 393 aa  149  8e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000940614 
 
 
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NC_004578  PSPTO_0753  drug resistance transporter, Bcr/CflA family protein  30.41 
 
 		 398 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.363927  n/a   
 
 
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