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for query gene PC1_1640 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



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Organism name

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Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_1640  bicyclomycin/multidrug efflux system  100 
 
 
396 aa  785    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1911  bicyclomycin/multidrug efflux system  95.96 
 
 
396 aa  758    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2792  bicyclomycin/multidrug efflux system  78.06 
 
 
401 aa  625  1e-178  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1491  bicyclomycin/multidrug efflux system  77.41 
 
 
399 aa  624  1e-178  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.646257  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2717  bicyclomycin/multidrug efflux system  77.66 
 
 
399 aa  627  1e-178  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0392308  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2437  bicyclomycin/multidrug efflux system  75.19 
 
 
393 aa  590  1e-167  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.413789  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2351  bicyclomycin/multidrug efflux system  75.44 
 
 
398 aa  580  1e-164  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3251  bicyclomycin/multidrug efflux system  73.98 
 
 
402 aa  575  1.0000000000000001e-163  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.303475 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3320  bicyclomycin/multidrug efflux system  71.17 
 
 
396 aa  561  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0589131  normal  0.334809 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2331  bicyclomycin/multidrug efflux system  71.17 
 
 
396 aa  561  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.369879  normal  0.0197956 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2458  bicyclomycin/multidrug efflux system  71.17 
 
 
396 aa  555  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000150098 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2572  bicyclomycin/multidrug efflux system  71.17 
 
 
396 aa  555  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00348003 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2415  bicyclomycin/multidrug efflux system  70.92 
 
 
396 aa  553  1e-156  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0436595  normal  0.152549 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2370  bicyclomycin/multidrug efflux system  70.66 
 
 
396 aa  552  1e-156  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00149864  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2461  bicyclomycin/multidrug efflux system  70.92 
 
 
396 aa  553  1e-156  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.334321  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02112  bicyclomycin/multidrug efflux system  70.92 
 
 
396 aa  548  1e-155  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0940614  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1475  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  70.92 
 
 
396 aa  548  1e-155  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000122457  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1465  bicyclomycin/multidrug efflux system  70.92 
 
 
396 aa  548  1e-155  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0013409  normal  0.810342 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2320  bicyclomycin/multidrug efflux system  70.92 
 
 
396 aa  548  1e-155  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.266963  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2778  bicyclomycin/multidrug efflux system  70.96 
 
 
398 aa  549  1e-155  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.276165  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2480  bicyclomycin/multidrug efflux system  70.92 
 
 
396 aa  548  1e-155  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.138563  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02071  hypothetical protein  70.92 
 
 
396 aa  548  1e-155  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0947796  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2019  bicyclomycin/multidrug efflux system  50.78 
 
 
401 aa  377  1e-103  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.11668  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003780  permease  49.48 
 
 
400 aa  351  2e-95  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.142338  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1796  bicyclomycin/multidrug efflux system  48.83 
 
 
395 aa  350  2e-95  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.174211  normal  0.0404664 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02654  bicyclomycin/multidrug efflux system  48.96 
 
 
400 aa  349  5e-95  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1240  bicyclomycin/multidrug efflux system  47.66 
 
 
401 aa  337  1.9999999999999998e-91  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000341384  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0558  bicyclomycin/multidrug efflux system  43.97 
 
 
403 aa  316  5e-85  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1479  bicyclomycin/multidrug efflux system  43.37 
 
 
370 aa  308  1.0000000000000001e-82  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1767  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  38.44 
 
 
397 aa  256  7e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32370  Drug resistance transporter Bcr/CflA subfamily protein  35.68 
 
 
426 aa  241  1e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2434  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.3 
 
 
405 aa  232  9e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.71242  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0824  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.78 
 
 
434 aa  228  2e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0749  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  35.25 
 
 
498 aa  227  3e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.471391  normal  0.544805 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0833  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.78 
 
 
405 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10470  putative MFS transporter  36.01 
 
 
402 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0954  MFS family transporter  36.57 
 
 
414 aa  226  6e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.456329  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0964  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.04 
 
 
405 aa  226  8e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0925  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.78 
 
 
405 aa  224  1e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.805462  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4067  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.27 
 
 
405 aa  225  1e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.23672  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0485  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.04 
 
 
458 aa  225  1e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4752  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter Bcr/CflA subfamily  35.32 
 
 
426 aa  222  7e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.685858  normal  0.328295 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5119  drug resistance transporter, Bcr/CflA family  31.12 
 
 
416 aa  222  9e-57  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0167  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.87 
 
 
398 aa  221  1.9999999999999999e-56  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1475  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  35.12 
 
 
405 aa  221  3e-56  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0264  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  34.99 
 
 
411 aa  216  4e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1682  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  35.16 
 
 
414 aa  216  5e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0153282  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1571  MFS family transporter  35.22 
 
 
392 aa  216  8e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18090  major facilitator subfamily transporter protein  34.96 
 
 
392 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1102  major facilitator superfamily permease  31.56 
 
 
420 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.441898  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3852  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  33.07 
 
 
407 aa  213  5.999999999999999e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.64308  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8150  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  35.68 
 
 
412 aa  211  1e-53  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4036  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  35 
 
 
406 aa  210  3e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0657  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.93 
 
 
398 aa  210  4e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.327939  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0843  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.95 
 
 
424 aa  210  4e-53  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0183  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.63 
 
 
416 aa  209  5e-53  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000244367  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0624  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.42 
 
 
402 aa  210  5e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0181  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.63 
 
 
416 aa  209  5e-53  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0571  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.42 
 
 
399 aa  209  5e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0910669  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0202  drug resistance transporter, Bcr/CflA family  31.63 
 
 
416 aa  209  7e-53  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0216  transport transmembrane protein  34.21 
 
 
409 aa  208  1e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0170  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.38 
 
 
419 aa  208  1e-52  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000813415  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0173  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.12 
 
 
416 aa  208  1e-52  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0181141  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3096  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  34.2 
 
 
406 aa  208  1e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0673947  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6000  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  34.31 
 
 
399 aa  208  1e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.923433  normal  0.331381 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0206  drug resistance transporter, Bcr/CflA family  31.12 
 
 
416 aa  208  1e-52  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.993392  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3348  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  31.76 
 
 
411 aa  208  1e-52  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.241483 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7148  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  33.07 
 
 
399 aa  207  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0226  drug resistance transporter, Bcr/CflA family  31.63 
 
 
416 aa  207  2e-52  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0898  major facilitator superfamily multidrug efflux transporter  35.87 
 
 
416 aa  207  3e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0202  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.12 
 
 
419 aa  207  4e-52  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3797  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  36.47 
 
 
405 aa  206  5e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.947543  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5745  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  31.94 
 
 
417 aa  205  1e-51  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1546  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.73 
 
 
411 aa  203  5e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13380  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  35.1 
 
 
424 aa  203  5e-51  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.223533  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0753  drug resistance transporter, Bcr/CflA family protein  32.99 
 
 
398 aa  202  7e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.363927  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2852  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.01 
 
 
409 aa  202  9.999999999999999e-51  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3892  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  33.87 
 
 
412 aa  201  1.9999999999999998e-50  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0543814  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4173  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  35.31 
 
 
400 aa  201  1.9999999999999998e-50  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2159  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.28 
 
 
410 aa  201  1.9999999999999998e-50  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.832459 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4137  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  31.38 
 
 
409 aa  201  1.9999999999999998e-50  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0321092  normal  0.661568 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6143  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  32.89 
 
 
420 aa  199  7e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_008825  Mpe_A3595  putative membrane transport protein  34.5 
 
 
404 aa  199  7e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_008700  Sama_2017  bicyclomycin resistance protein  34.07 
 
 
401 aa  199  7.999999999999999e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.470067  normal 
 
 
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NC_013526  Tter_2346  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  36.24 
 
 
408 aa  198  2.0000000000000003e-49  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_012791  Vapar_2897  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  33.25 
 
 
396 aa  198  2.0000000000000003e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.151649  n/a   
 
 
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NC_007492  Pfl01_0664  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.35 
 
 
401 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_008752  Aave_1867  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  34.73 
 
 
406 aa  197  4.0000000000000005e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.960562  normal 
 
 
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NC_007434  BURPS1710b_3096  major facilitator transporter  33.23 
 
 
411 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_008782  Ajs_1702  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.42 
 
 
412 aa  196  5.000000000000001e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.627963 
 
 
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NC_009074  BURPS668_3008  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.23 
 
 
411 aa  196  6e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_009076  BURPS1106A_3061  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.23 
 
 
411 aa  196  6e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.195129  n/a   
 
 
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NC_009092  Shew_1777  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  34.53 
 
 
407 aa  195  1e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0221977  normal 
 
 
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NC_013595  Sros_5989  sugar (and other) transporter  36.29 
 
 
411 aa  195  1e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.291494  normal  0.241739 
 
 
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NC_006348  BMA2139  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.23 
 
 
400 aa  194  2e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.935322  n/a   
 
 
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NC_012917  PC1_1452  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  29.9 
 
 
418 aa  194  2e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.266521  n/a   
 
 
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NC_008785  BMASAVP1_A0772  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.23 
 
 
400 aa  194  2e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_009080  BMA10247_2008  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.23 
 
 
400 aa  194  2e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.365941  n/a   
 
 
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NC_008836  BMA10229_A2605  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.23 
 
 
400 aa  194  2e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_014210  Ndas_1958  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  35.01 
 
 
437 aa  194  2e-48  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.00219492  hitchhiker  0.00000496056 
 
 
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