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for query gene RSc0216 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



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Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc0216  transport transmembrane protein  100 
 
 
409 aa  782    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1102  major facilitator superfamily permease  65.9 
 
 
420 aa  485  1e-136  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.441898  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6143  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  68.62 
 
 
420 aa  474  1e-132  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32370  Drug resistance transporter Bcr/CflA subfamily protein  53.23 
 
 
426 aa  400  9.999999999999999e-111  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3852  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  52.39 
 
 
407 aa  387  1e-106  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.64308  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1458  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  43.48 
 
 
399 aa  320  3e-86  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00531988  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0833  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  42.74 
 
 
405 aa  271  1e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0925  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  42.74 
 
 
405 aa  271  2e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.805462  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0485  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  42.74 
 
 
458 aa  271  2e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0964  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  42.74 
 
 
405 aa  271  2e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4067  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  42.62 
 
 
405 aa  269  5.9999999999999995e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.23672  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0824  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  42.74 
 
 
434 aa  269  8e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2434  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  41.9 
 
 
405 aa  268  1e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.71242  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1682  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  41.07 
 
 
414 aa  259  5.0000000000000005e-68  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0153282  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1546  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  42.46 
 
 
411 aa  254  3e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0843  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  41.09 
 
 
424 aa  251  1e-65  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0264  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  41.06 
 
 
411 aa  250  3e-65  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0749  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  38.68 
 
 
498 aa  247  3e-64  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.471391  normal  0.544805 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3008  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  43.3 
 
 
411 aa  241  1e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3096  major facilitator transporter  43.02 
 
 
411 aa  239  5e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3061  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  43.02 
 
 
411 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.195129  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0664  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  40.54 
 
 
401 aa  238  1e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0898  major facilitator superfamily multidrug efflux transporter  40.65 
 
 
416 aa  238  1e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3096  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  39.84 
 
 
406 aa  238  1e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0673947  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0657  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  39.73 
 
 
398 aa  238  2e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.327939  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0954  MFS family transporter  42.32 
 
 
414 aa  238  2e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.456329  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0624  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  41.23 
 
 
402 aa  237  2e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3892  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  38.75 
 
 
412 aa  237  3e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0543814  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0753  drug resistance transporter, Bcr/CflA family protein  37.97 
 
 
398 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.363927  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4575  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  40 
 
 
393 aa  234  3e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0180506  normal  0.0143089 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1571  MFS family transporter  40.85 
 
 
392 aa  234  3e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18090  major facilitator subfamily transporter protein  40.58 
 
 
392 aa  233  3e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10470  putative MFS transporter  42.62 
 
 
402 aa  232  1e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4752  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter Bcr/CflA subfamily  38.38 
 
 
426 aa  231  2e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.685858  normal  0.328295 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2139  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  41.9 
 
 
400 aa  229  5e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.935322  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2008  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  41.9 
 
 
400 aa  229  5e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.365941  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2605  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  41.9 
 
 
400 aa  229  5e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0772  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  41.9 
 
 
400 aa  229  5e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2458  bicyclomycin/multidrug efflux system  35.88 
 
 
396 aa  227  3e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000150098 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2572  bicyclomycin/multidrug efflux system  35.88 
 
 
396 aa  227  3e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00348003 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0634  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  38.89 
 
 
393 aa  227  4e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000940614 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2461  bicyclomycin/multidrug efflux system  35.88 
 
 
396 aa  226  5.0000000000000005e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.334321  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2415  bicyclomycin/multidrug efflux system  35.88 
 
 
396 aa  226  5.0000000000000005e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0436595  normal  0.152549 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2370  bicyclomycin/multidrug efflux system  35.88 
 
 
396 aa  226  5.0000000000000005e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00149864  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2049  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  37.59 
 
 
435 aa  225  1e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3251  bicyclomycin/multidrug efflux system  34.57 
 
 
402 aa  223  3e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.303475 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2717  bicyclomycin/multidrug efflux system  35.04 
 
 
399 aa  223  4e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0392308  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2792  bicyclomycin/multidrug efflux system  35.04 
 
 
401 aa  223  4.9999999999999996e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0011  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.03 
 
 
400 aa  223  6e-57  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.461677  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0589  Bcr/CflA family multidrug resistance transporter  37.88 
 
 
393 aa  222  8e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0628  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  37.88 
 
 
393 aa  222  8e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00837231  normal  0.960264 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3320  bicyclomycin/multidrug efflux system  35.03 
 
 
396 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0589131  normal  0.334809 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2331  bicyclomycin/multidrug efflux system  35.03 
 
 
396 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.369879  normal  0.0197956 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1491  bicyclomycin/multidrug efflux system  35.04 
 
 
399 aa  221  9.999999999999999e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.646257  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3081  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  33.42 
 
 
409 aa  220  3e-56  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.707115 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0034  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.21 
 
 
400 aa  219  7.999999999999999e-56  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.276652  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0073  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.21 
 
 
403 aa  218  1e-55  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0540889  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2437  bicyclomycin/multidrug efflux system  34.81 
 
 
393 aa  219  1e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.413789  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02112  bicyclomycin/multidrug efflux system  35.03 
 
 
396 aa  217  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0940614  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1475  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  35.03 
 
 
396 aa  217  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000122457  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1465  bicyclomycin/multidrug efflux system  35.03 
 
 
396 aa  217  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0013409  normal  0.810342 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4036  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  41.22 
 
 
406 aa  217  2.9999999999999998e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2480  bicyclomycin/multidrug efflux system  35.03 
 
 
396 aa  217  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.138563  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02071  hypothetical protein  35.03 
 
 
396 aa  217  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0947796  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2320  bicyclomycin/multidrug efflux system  35.03 
 
 
396 aa  217  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.266963  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2019  bicyclomycin/multidrug efflux system  34.3 
 
 
401 aa  217  4e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.11668  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2778  bicyclomycin/multidrug efflux system  35.59 
 
 
398 aa  216  5.9999999999999996e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.276165  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0571  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  37.19 
 
 
399 aa  214  2.9999999999999995e-54  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0910669  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1911  bicyclomycin/multidrug efflux system  32.48 
 
 
396 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2351  bicyclomycin/multidrug efflux system  35.01 
 
 
398 aa  213  5.999999999999999e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3348  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  34.56 
 
 
411 aa  213  7e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.241483 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3797  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  36.96 
 
 
405 aa  212  7.999999999999999e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.947543  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13380  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  41.21 
 
 
424 aa  211  2e-53  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.223533  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5119  drug resistance transporter, Bcr/CflA family  35.44 
 
 
416 aa  211  2e-53  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1452  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  33.25 
 
 
418 aa  210  4e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.266521  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1867  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  38.27 
 
 
406 aa  210  4e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.960562  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8150  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  36.02 
 
 
412 aa  210  5e-53  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2897  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  37.01 
 
 
396 aa  209  7e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.151649  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1702  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  36.91 
 
 
412 aa  208  1e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.627963 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1796  bicyclomycin/multidrug efflux system  34.12 
 
 
395 aa  208  1e-52  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.174211  normal  0.0404664 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1640  bicyclomycin/multidrug efflux system  33.33 
 
 
396 aa  207  2e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0109  conserved hypothetical protein, putative drug resistance transporter, Bcr/CflA family  31.35 
 
 
413 aa  207  2e-52  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000456469  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5745  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  36.93 
 
 
417 aa  207  2e-52  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2001  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  36.91 
 
 
412 aa  207  3e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0443671  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2346  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  40.94 
 
 
408 aa  206  4e-52  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0848  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  38.74 
 
 
404 aa  206  6e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0827  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  41.22 
 
 
389 aa  204  2e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4137  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  34.67 
 
 
409 aa  204  2e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0321092  normal  0.661568 
 
 
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NC_012560  Avin_10090  Drug resistance transporter Bcr/CflA subfamily  39.56 
 
 
392 aa  204  3e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0442276  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3614  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  40.85 
 
 
407 aa  203  4e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003780  permease  35.13 
 
 
400 aa  203  4e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.142338  n/a   
 
 
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NC_010184  BcerKBAB4_0167  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  35.49 
 
 
398 aa  202  6e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_009783  VIBHAR_02654  bicyclomycin/multidrug efflux system  35.37 
 
 
400 aa  202  7e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_009654  Mmwyl1_1767  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.69 
 
 
397 aa  202  8e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_003295  RSc2172  drug transport transmembrane protein  37.4 
 
 
407 aa  202  9.999999999999999e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.309598  normal 
 
 
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NC_013421  Pecwa_1841  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  34.82 
 
 
418 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_008255  CHU_2159  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.27 
 
 
410 aa  201  1.9999999999999998e-50  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.832459 
 
 
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NC_009441  Fjoh_2852  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.29 
 
 
409 aa  198  1.0000000000000001e-49  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_007963  Csal_1475  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  35.63 
 
 
405 aa  199  1.0000000000000001e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_013037  Dfer_1982  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  31.19 
 
 
416 aa  198  1.0000000000000001e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
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