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for query gene Ssed_1316 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



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Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1316  major facilitator superfamily permease  100 
 
 		 403 aa  791    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000323105 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1475  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  37.89 
 
 		 405 aa  230  3e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0012  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  36.68 
 
 		 395 aa  218  2e-55  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.502887  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1956  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  37.08 
 
 		 408 aa  206  9e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.587196  normal  0.0575166 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2665  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  36.46 
 
 		 408 aa  203  5e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0126331  hitchhiker  0.00560959 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0876  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  35.16 
 
 		 405 aa  201  9.999999999999999e-51  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.453625  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1777  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  34.69 
 
 		 407 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0221977  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2136  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  36.36 
 
 		 406 aa  186  4e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3300  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  36.49 
 
 		 400 aa  186  8e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1751  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  35.75 
 
 		 407 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0172421  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1974  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  36.34 
 
 		 407 aa  184  3e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0583224  hitchhiker  0.00000495427 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1682  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.02 
 
 		 414 aa  183  4.0000000000000006e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0153282  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1912  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  34.46 
 
 		 408 aa  183  5.0000000000000004e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.758085  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1831  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  35.4 
 
 		 407 aa  182  7e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0657  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.49 
 
 		 398 aa  181  2e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.327939  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2488  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  36.34 
 
 		 407 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0118329  hitchhiker  0.000775175 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2385  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  36.34 
 
 		 407 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00781  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2373  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  36.34 
 
 		 407 aa  180  4e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.409175  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3348  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  31.27 
 
 		 411 aa  179  1e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.241483 
 
 
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NC_003912  CJE0034  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.81 
 
 		 400 aa  177  2e-43  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.276652  n/a   
 
 
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NC_007954  Sden_2043  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.7 
 
 		 406 aa  178  2e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.678536  n/a   
 
 
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NC_008577  Shewana3_2268  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  35.23 
 
 		 407 aa  177  2e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0954  MFS family transporter  34.62 
 
 		 414 aa  177  3e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.456329  n/a   
 
 
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NC_008787  CJJ81176_0073  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  34.1 
 
 		 403 aa  177  3e-43  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0540889  n/a   
 
 
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NC_012039  Cla_0109  conserved hypothetical protein, putative drug resistance transporter, Bcr/CflA family  32.57 
 
 		 413 aa  177  4e-43  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000456469  n/a   
 
 
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NC_008700  Sama_2017  bicyclomycin resistance protein  32.56 
 
 		 401 aa  177  4e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.470067  normal  1 
 
 
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NC_004347  SO_2280  bicyclomycin resistance protein  35.6 
 
 		 407 aa  176  5e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_008345  Sfri_1629  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.42 
 
 		 406 aa  176  6e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_004578  PSPTO_0753  drug resistance transporter, Bcr/CflA family protein  31.2 
 
 		 398 aa  176  7e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.363927  n/a   
 
 
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NC_013131  Caci_8150  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  30.79 
 
 		 412 aa  174  1.9999999999999998e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_002939  GSU0264  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.72 
 
 		 411 aa  173  3.9999999999999995e-42  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007492  Pfl01_0664  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.49 
 
 		 401 aa  174  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3320  bicyclomycin/multidrug efflux system  31.82 
 
 		 396 aa  171  2e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0589131  normal  0.334809 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2019  bicyclomycin/multidrug efflux system  30.49 
 
 		 401 aa  171  2e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.11668  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2331  bicyclomycin/multidrug efflux system  31.82 
 
 		 396 aa  171  2e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.369879  normal  0.0197956 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10470  putative MFS transporter  33.51 
 
 		 402 aa  171  3e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4575  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.62 
 
 		 393 aa  169  1e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0180506  normal  0.0143089 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0843  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.9 
 
 		 424 aa  168  1e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02112  bicyclomycin/multidrug efflux system  31.1 
 
 		 396 aa  168  2e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0940614  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1475  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  31.1 
 
 		 396 aa  168  2e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000122457  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2320  bicyclomycin/multidrug efflux system  31.1 
 
 		 396 aa  168  2e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.266963  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02071  hypothetical protein  31.1 
 
 		 396 aa  168  2e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0947796  n/a   
 
 
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NC_010468  EcolC_1465  bicyclomycin/multidrug efflux system  31.1 
 
 		 396 aa  168  2e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0013409  normal  0.810342 
 
 
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NC_009801  EcE24377A_2480  bicyclomycin/multidrug efflux system  31.1 
 
 		 396 aa  168  2e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.138563  n/a   
 
 
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NC_009783  VIBHAR_02654  bicyclomycin/multidrug efflux system  32.2 
 
 		 400 aa  167  4e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_009832  Spro_3251  bicyclomycin/multidrug efflux system  31.66 
 
 		 402 aa  166  5e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.303475 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3892  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  32.79 
 
 		 412 aa  166  1.0000000000000001e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0543814  n/a   
 
 
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NC_009441  Fjoh_2852  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.03 
 
 		 409 aa  165  1.0000000000000001e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008255  CHU_2159  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.73 
 
 		 410 aa  165  1.0000000000000001e-39  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.832459 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1571  MFS family transporter  29.04 
 
 		 392 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009708  YpsIP31758_2717  bicyclomycin/multidrug efflux system  29.84 
 
 		 399 aa  164  2.0000000000000002e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0392308  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2792  bicyclomycin/multidrug efflux system  29.46 
 
 		 401 aa  164  2.0000000000000002e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003780  permease  32.2 
 
 		 400 aa  164  2.0000000000000002e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.142338  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18090  major facilitator subfamily transporter protein  28.54 
 
 		 392 aa  163  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3081  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  31.59 
 
 		 409 aa  162  7e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.707115 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1491  bicyclomycin/multidrug efflux system  29.57 
 
 		 399 aa  162  7e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.646257  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5245  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.56 
 
 		 425 aa  162  1e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0964  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.46 
 
 		 405 aa  162  1e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0011  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  33.81 
 
 		 400 aa  162  1e-38  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.461677  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5333  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.56 
 
 		 425 aa  162  1e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.601093  normal  0.346965 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1640  bicyclomycin/multidrug efflux system  32.05 
 
 		 396 aa  162  1e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1982  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  29.72 
 
 		 416 aa  162  1e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1911  bicyclomycin/multidrug efflux system  31.7 
 
 		 396 aa  161  2e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4611  Bcr/CflA family multidrug resistance transporter  31.69 
 
 		 422 aa  161  2e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.513743  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2572  bicyclomycin/multidrug efflux system  30.48 
 
 		 396 aa  161  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00348003 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0485  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.38 
 
 		 458 aa  161  2e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2370  bicyclomycin/multidrug efflux system  30.29 
 
 		 396 aa  161  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00149864  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2458  bicyclomycin/multidrug efflux system  30.48 
 
 		 396 aa  161  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000150098 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3797  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.69 
 
 		 405 aa  161  2e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.947543  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2415  bicyclomycin/multidrug efflux system  30.48 
 
 		 396 aa  160  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0436595  normal  0.152549 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0925  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.17 
 
 		 405 aa  160  3e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.805462  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2461  bicyclomycin/multidrug efflux system  30.48 
 
 		 396 aa  160  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.334321  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2375  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  29.27 
 
 		 394 aa  160  4e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.525477 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1975  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  29.27 
 
 		 394 aa  160  5e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0833  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.29 
 
 		 405 aa  160  5e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5624  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.99 
 
 		 425 aa  160  5e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.598733  normal  0.403775 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22050  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  30.42 
 
 		 437 aa  159  7e-38  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.977582  normal  0.972538 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4067  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.29 
 
 		 405 aa  159  9e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.23672  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1452  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  30.38 
 
 		 418 aa  158  2e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.266521  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3036  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  32.11 
 
 		 414 aa  158  2e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.340151 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0589  Bcr/CflA family multidrug resistance transporter  30.26 
 
 		 393 aa  157  3e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0824  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.29 
 
 		 434 aa  157  3e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0628  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.26 
 
 		 393 aa  157  3e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00837231  normal  0.960264 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3262  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.65 
 
 		 414 aa  157  3e-37  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.35835  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2425  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.4 
 
 		 402 aa  157  5.0000000000000005e-37  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2379  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  31.4 
 
 		 402 aa  157  5.0000000000000005e-37  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0966987  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0634  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  30.26 
 
 		 393 aa  156  8e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000940614 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2778  bicyclomycin/multidrug efflux system  29.25 
 
 		 398 aa  156  8e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.276165  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2437  bicyclomycin/multidrug efflux system  31.06 
 
 		 393 aa  155  1e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.413789  n/a   
 
 
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NC_009457  VC0395_A1240  bicyclomycin/multidrug efflux system  29.6 
 
 		 401 aa  154  2.9999999999999998e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000341384  n/a   
 
 
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NC_010084  Bmul_2434  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  28.4 
 
 		 405 aa  154  4e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.71242  normal  1 
 
 
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NC_007974  Rmet_4752  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter Bcr/CflA subfamily  29.51 
 
 		 426 aa  153  5e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.685858  normal  0.328295 
 
 
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NC_013421  Pecwa_1841  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  31.35 
 
 		 418 aa  153  5.9999999999999996e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009715  CCV52592_0947  drug resistance transporter  32.28 
 
 		 392 aa  152  8e-36  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013169  Ksed_20220  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  29.6 
 
 		 415 aa  151  2e-35  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.179817 
 
 
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NC_013526  Tter_2346  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  28.71 
 
 		 408 aa  151  2e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008709  Ping_1796  bicyclomycin/multidrug efflux system  31.78 
 
 		 395 aa  151  2e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.174211  normal  0.0404664 
 
 
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NC_013159  Svir_13380  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  29.46 
 
 		 424 aa  150  3e-35  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.223533  normal  1 
 
 
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NC_013730  Slin_4137  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  29.89 
 
 		 409 aa  150  3e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0321092  normal  0.661568 
 
 
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NC_013093  Amir_5745  drug resistance transporter, Bcr/CflA subfamily  31.75 
 
 		 417 aa  150  4e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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