278 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1292 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1292  ribonuclease activity regulator protein RraA  100 
 
 		 165 aa  337  5.9999999999999996e-92  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0683145  normal  0.12691 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1229  ribonuclease activity regulator protein RraA  99.39 
 
 		 165 aa  335  9.999999999999999e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.698827  normal  0.761807 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1354  ribonuclease activity regulator protein RraA  80.37 
 
 		 168 aa  259  1e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.498794  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1963  ribonuclease activity regulator protein RraA  69.18 
 
 		 165 aa  231  3e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1382  ribonuclease activity regulator protein RraA  68.29 
 
 		 170 aa  228  2e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.521864 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1593  ribonuclease activity regulator protein RraA  69.14 
 
 		 165 aa  228  4e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.11137  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2618  ribonuclease activity regulator protein RraA  69.14 
 
 		 165 aa  228  4e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0127005  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1368  ribonuclease activity regulator protein RraA  69.14 
 
 		 165 aa  228  4e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0226901  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2095  ribonuclease activity regulator protein RraA  69.14 
 
 		 165 aa  228  4e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000569604  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3218  ribonuclease activity regulator protein RraA  69.14 
 
 		 165 aa  228  4e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00155848  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2477  ribonuclease activity regulator protein RraA  69.14 
 
 		 165 aa  228  4e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000110984  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2531  ribonuclease activity regulator protein RraA  69.14 
 
 		 165 aa  228  4e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1992  ribonuclease activity regulator protein RraA  67.28 
 
 		 165 aa  222  1e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000162446  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1223  ribonuclease activity regulator protein RraA  68.55 
 
 		 164 aa  222  2e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.108874  normal  0.104257 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1374  ribonuclease activity regulator protein RraA  66.88 
 
 		 164 aa  218  3.9999999999999997e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000213066  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1645  ribonuclease activity regulator protein RraA  64.2 
 
 		 164 aa  214  5e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.002756  normal  0.0229312 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2492  ribonuclease activity regulator protein RraA  64.6 
 
 		 164 aa  214  5.9999999999999996e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000420166  hitchhiker  0.0053907 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1172  ribonuclease activity regulator protein RraA  54.66 
 
 		 161 aa  188  2e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.837665  normal  0.121951 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1561  ribonuclease activity regulator protein RraA  60.39 
 
 		 168 aa  187  7e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.220477  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1248  ribonuclease activity regulator protein RraA  53.42 
 
 		 159 aa  179  1e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.728506  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2372  ribonuclease activity regulator protein RraA  52.63 
 
 		 170 aa  172  1.9999999999999998e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.693976  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0585  regulator of ribonuclease activity A  52.83 
 
 		 163 aa  170  9e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.444909  normal  0.73105 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2403  ribonuclease activity regulator protein RraA  52.17 
 
 		 168 aa  168  3e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.330498  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1445  ribonuclease activity regulator protein RraA  52.17 
 
 		 168 aa  167  7e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3096  ribonuclease activity regulator protein RraA  50.96 
 
 		 163 aa  166  9e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2009  ribonuclease activity regulator protein RraA  52.56 
 
 		 167 aa  162  2.0000000000000002e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00664884 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0386  ribonuclease activity regulator protein RraA  50.32 
 
 		 167 aa  161  3e-39  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1955  ribonuclease activity regulator protein RraA  49.09 
 
 		 173 aa  159  1e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.30554  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3615  regulator of ribonuclease activity A  53.55 
 
 		 164 aa  157  5e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.507491  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2060  ribonuclease activity regulator protein RraA  46.01 
 
 		 163 aa  151  2.9999999999999998e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.163212  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2092  ribonuclease activity regulator protein RraA  46.5 
 
 		 162 aa  149  2e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.763155  hitchhiker  0.00360273 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1602  ribonuclease activity regulator protein RraA  47.47 
 
 		 163 aa  149  2e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.730491  hitchhiker  0.000000000811326 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1813  ribonuclease activity regulator protein RraA  48.25 
 
 		 161 aa  147  7e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.208296  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_8571  predicted protein  50 
 
 		 136 aa  147  9e-35  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0694704 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1595  ribonuclease activity regulator protein RraA  48.1 
 
 		 163 aa  146  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.462955  normal  0.0410006 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1772  ribonuclease activity regulator protein RraA  43.03 
 
 		 163 aa  146  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000823097  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3656  ribonuclease activity regulator protein RraA  47.47 
 
 		 163 aa  145  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.055385  normal  0.888026 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0465  ribonuclease activity regulator protein RraA  52.56 
 
 		 164 aa  145  2.0000000000000003e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2084  ribonuclease activity regulator protein RraA  47.47 
 
 		 163 aa  145  3e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0147593  normal  0.0154234 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2294  dimethylmenaquinone methyltransferase family protein  44.59 
 
 		 162 aa  143  1e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0136666  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00721  ribonuclease activity regulator protein RraA  46.15 
 
 		 175 aa  142  3e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41640  ribonuclease activity regulator protein RraA  43.67 
 
 		 162 aa  141  4e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2727  ribonuclease activity regulator protein RraA  46.34 
 
 		 163 aa  141  5e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.608878  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0220  ribonuclease activity regulator protein RraA  41.98 
 
 		 166 aa  140  8e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000505209  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3534  ribonuclease activity regulator protein RraA  44.59 
 
 		 162 aa  140  9e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.433731  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001751  ribonuclease E inhibitor RraA  44.87 
 
 		 169 aa  140  9e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00131194  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23290  ribonuclease activity regulator protein RraA  43.04 
 
 		 162 aa  139  1.9999999999999998e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3327  ribonuclease activity regulator protein RraA  43.83 
 
 		 159 aa  138  3.9999999999999997e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0292  ribonuclease activity regulator protein RraA  43.14 
 
 		 165 aa  137  7e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2245  ribonuclease activity regulator protein RraA  43.59 
 
 		 171 aa  137  7.999999999999999e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4106  ribonuclease activity regulator protein RraA  42.5 
 
 		 161 aa  137  8.999999999999999e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0110  ribonuclease activity regulator protein RraA  42.5 
 
 		 161 aa  137  8.999999999999999e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0110  ribonuclease activity regulator protein RraA  42.5 
 
 		 161 aa  137  8.999999999999999e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3012  ribonuclease activity regulator protein RraA  43.21 
 
 		 159 aa  136  1e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000537886  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4795  ribonuclease activity regulator protein RraA  41.88 
 
 		 161 aa  136  1e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000170987 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3341  ribonuclease activity regulator protein RraA  43.21 
 
 		 159 aa  135  2e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0125864  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3341  ribonuclease activity regulator protein RraA  43.21 
 
 		 159 aa  135  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1909  ribonuclease activity regulator protein RraA  43.21 
 
 		 159 aa  134  4e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3109  ribonuclease activity regulator protein RraA  43.21 
 
 		 159 aa  134  4e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2071  regulator of ribonuclease activity A  42.14 
 
 		 161 aa  134  4e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3047  ribonuclease activity regulator protein RraA  43.83 
 
 		 159 aa  135  4e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0699347  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3122  ribonuclease activity regulator protein RraA  43.21 
 
 		 159 aa  134  5e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000380178  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3368  ribonuclease activity regulator protein RraA  43.21 
 
 		 159 aa  134  5e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4363  regulator of ribonuclease activity A  44.72 
 
 		 162 aa  134  5e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3321  ribonuclease activity regulator protein RraA  43.21 
 
 		 159 aa  134  8e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0177  ribonuclease activity regulator protein RraA  40.62 
 
 		 161 aa  133  9.999999999999999e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.607774  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2551  ribonuclease activity regulator protein RraA  43.95 
 
 		 161 aa  132  9.999999999999999e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0143021  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2087  ribonuclease activity regulator protein RraA  42.41 
 
 		 162 aa  133  9.999999999999999e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.188373  normal  0.130481 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0163  ribonuclease activity regulator protein RraA  40 
 
 		 161 aa  132  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03814  ribonuclease activity regulator protein RraA  41.88 
 
 		 161 aa  132  3e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4056  regulator of ribonuclease activity A  41.88 
 
 		 161 aa  132  3e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4089  ribonuclease activity regulator protein RraA  41.88 
 
 		 161 aa  132  3e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4371  ribonuclease activity regulator protein RraA  41.88 
 
 		 161 aa  132  3e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.520292 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4411  ribonuclease activity regulator protein RraA  41.88 
 
 		 161 aa  132  3e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.081305  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03763  hypothetical protein  41.88 
 
 		 161 aa  132  3e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4464  ribonuclease activity regulator protein RraA  41.88 
 
 		 161 aa  132  3e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1638  regulator of ribonuclease activity A  47.79 
 
 		 159 aa  132  3e-30  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.626899 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5386  ribonuclease activity regulator protein RraA  41.88 
 
 		 161 aa  132  3e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4161  ribonuclease activity regulator protein RraA  41.88 
 
 		 161 aa  132  3e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0421  ribonuclease activity regulator protein RraA  42.77 
 
 		 161 aa  130  5e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0433  ribonuclease activity regulator protein RraA  42.77 
 
 		 161 aa  130  5e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0304727  hitchhiker  0.000428302 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0447  ribonuclease activity regulator protein RraA  42.77 
 
 		 161 aa  130  5e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.944116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3893  ribonuclease activity regulator protein RraA  42.77 
 
 		 161 aa  130  5e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0137999  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1137  regulator of ribonuclease activity A  47.06 
 
 		 159 aa  130  6.999999999999999e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0508  ribonuclease activity regulator protein RraA  42.14 
 
 		 161 aa  130  6.999999999999999e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8444  regulator of ribonuclease activity A  45.86 
 
 		 159 aa  130  7.999999999999999e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4335  ribonuclease activity regulator protein RraA  40.62 
 
 		 161 aa  130  9e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0948467  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4305  ribonuclease activity regulator protein RraA  40.62 
 
 		 161 aa  130  9e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4419  ribonuclease activity regulator protein RraA  40.62 
 
 		 161 aa  130  9e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0477  ribonuclease activity regulator protein RraA  43.4 
 
 		 161 aa  130  9e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4489  ribonuclease activity regulator protein RraA  40.62 
 
 		 161 aa  130  9e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4421  ribonuclease activity regulator protein RraA  40.62 
 
 		 161 aa  130  9e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4197  ribonuclease activity regulator protein RraA  41.51 
 
 		 161 aa  130  1.0000000000000001e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4044  ribonuclease activity regulator protein RraA  40 
 
 		 161 aa  129  2.0000000000000002e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5056  ribonuclease activity regulator protein RraA  46.56 
 
 		 159 aa  129  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13889  ribonuclease activity regulator protein RraA  46.56 
 
 		 157 aa  129  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4070  ribonuclease activity regulator protein RraA  42.04 
 
 		 161 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3549  ribonuclease activity regulator protein RraA  40.88 
 
 		 161 aa  129  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00109264  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3723  ribonuclease activity regulator protein RraA  40.88 
 
 		 161 aa  129  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00679648  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5144  ribonuclease activity regulator protein RraA  46.56 
 
 		 159 aa  129  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>