More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1383 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_1383  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  100 
 
 
151 aa  315  2e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.661134  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1199  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  85.81 
 
 
150 aa  275  2e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.565462  normal  0.954982 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1301  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  82.67 
 
 
150 aa  269  9e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.959449 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0923  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  82.99 
 
 
162 aa  261  2e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2618  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  78.38 
 
 
156 aa  211  2.9999999999999995e-54  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.106137  normal  0.848302 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6224  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  65.99 
 
 
163 aa  206  6e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.839761  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3242  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  77.55 
 
 
156 aa  206  1e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0153  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  63.95 
 
 
179 aa  204  3e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.62412 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7081  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  65.31 
 
 
154 aa  203  8e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0465261  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2299  putative tRNA/rRNA methyltransferase  66.67 
 
 
158 aa  199  9e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.727719 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0666  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  61.9 
 
 
149 aa  199  9e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.189394 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0678  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  61.22 
 
 
149 aa  196  7e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.998737  normal  0.0166669 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3216  tRNA/rRNA methyltransferase  60.14 
 
 
161 aa  195  2.0000000000000003e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0645  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  60.54 
 
 
149 aa  194  4.0000000000000005e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.807504  normal  0.580297 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1544  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  59.86 
 
 
153 aa  191  2e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.781625  normal  0.0718657 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4629  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  62.59 
 
 
176 aa  188  2e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.998464  normal  0.0967353 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1620  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  56.85 
 
 
180 aa  184  3e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.236894  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2955  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  58.5 
 
 
154 aa  181  2.0000000000000003e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.649621  normal  0.353812 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3047  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  56 
 
 
153 aa  180  6e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.264748 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2783  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  54.67 
 
 
153 aa  178  2.9999999999999997e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.482099  normal  0.305951 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3802  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  59.6 
 
 
169 aa  177  2.9999999999999997e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.123417 
 
 
-
 
NC_004310  BR1546  RNA methyltransferase  54.73 
 
 
159 aa  177  4e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1495  RNA methyltransferase  54.73 
 
 
159 aa  177  4e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0365  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  58.5 
 
 
160 aa  171  2.9999999999999996e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0832169  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2171  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  55.41 
 
 
153 aa  169  1e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1005  RNA methyltransferase  56 
 
 
155 aa  169  1e-41  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2241  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  56.46 
 
 
175 aa  166  7e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.103501  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1346  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  52.7 
 
 
152 aa  157  3e-38  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.202952  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1203  tRNA/rRNA methyltransferase  49.66 
 
 
151 aa  148  2e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0626663  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1397  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  52.38 
 
 
149 aa  147  6e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.806848  normal  0.241303 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0735  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  47.26 
 
 
148 aa  146  9e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.44981 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1874  RNA methyltransferase TrmH, group 2  46.67 
 
 
156 aa  139  1.9999999999999998e-32  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1880  RNA methyltransferase TrmH, group 2  43.33 
 
 
155 aa  136  1e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000892134  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0700  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44.22 
 
 
156 aa  133  9e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.340787  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3854  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.42 
 
 
157 aa  133  9.999999999999999e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4038  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.76 
 
 
154 aa  129  1.0000000000000001e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0132  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.45 
 
 
154 aa  126  9.000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0432  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  45.33 
 
 
152 aa  126  1.0000000000000001e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.112018  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1308  rRNA methylase-like protein cspR  41.61 
 
 
153 aa  126  1.0000000000000001e-28  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1518  RNA methyltransferase  41.61 
 
 
153 aa  125  2.0000000000000002e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5103  RNA methyltransferase  41.51 
 
 
153 aa  124  3e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3440  RNA methyltransferase TrmH, group 2  42.67 
 
 
158 aa  124  3e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0238  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40.27 
 
 
153 aa  124  3e-28  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.460006  normal  0.0379576 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0616  RNA methyltransferase TrmH, group 2  42.95 
 
 
154 aa  124  6e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0124  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.45 
 
 
154 aa  124  6e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0307  RNA methyltransferase  41.45 
 
 
154 aa  123  7e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4925  RNA methyltransferase  40.88 
 
 
153 aa  122  1e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.61078  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0413  RNA methyltransferase  41.45 
 
 
153 aa  123  1e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.85413 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1836  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.45 
 
 
152 aa  123  1e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.646648  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5052  RNA methyltransferase  40.88 
 
 
157 aa  122  2e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0599206  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2407  RNA methyltransferase CspR  42.67 
 
 
154 aa  122  2e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2182  RNA methyltransferase TrmH, group 2  39.47 
 
 
154 aa  122  2e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00014694  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4242  RNA methyltransferase  41.56 
 
 
154 aa  121  4e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.175929 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3163  RNA methyltransferase  42.21 
 
 
154 aa  120  6e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2332  RNA methyltransferase  40 
 
 
152 aa  120  8e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0541  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  39.33 
 
 
152 aa  119  1.9999999999999998e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.854981 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0874  RNA methyltransferase  38.82 
 
 
159 aa  119  1.9999999999999998e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.812063  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00152  RNA methyltransferase  40.13 
 
 
159 aa  117  3.9999999999999996e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11010  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  38.67 
 
 
162 aa  117  3.9999999999999996e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0271045  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4812  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  42.11 
 
 
157 aa  117  3.9999999999999996e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.799981  hitchhiker  0.00015333 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3946  RNA methyltransferase  39.74 
 
 
153 aa  117  4.9999999999999996e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1943  RNA methyltransferase  38.82 
 
 
156 aa  117  6e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4396  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  40 
 
 
153 aa  117  6e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.198314  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1241  RNA methyltransferase TrmH, group 2  38.16 
 
 
183 aa  117  6e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0265  RNA methyltransferase  40.27 
 
 
154 aa  117  6e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.13438  normal  0.0255655 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0272  RNA methyltransferase  37.75 
 
 
156 aa  117  7e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0264  RNA methyltransferase  39.07 
 
 
154 aa  117  7.999999999999999e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000114775 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4529  RNA methyltransferase  39.6 
 
 
154 aa  116  9e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2343  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  38.67 
 
 
159 aa  116  9e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.2665  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4175  RNA methyltransferase TrmH, group 2  39.07 
 
 
156 aa  116  9e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0213  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  40 
 
 
154 aa  116  9e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.653568  normal  0.505987 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4126  RNA methyltransferase  39.47 
 
 
154 aa  116  9e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00837599  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2267  rRNA methylase  39.07 
 
 
158 aa  116  9.999999999999999e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00105703  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2539  RNA methyltransferase  40.67 
 
 
159 aa  116  9.999999999999999e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.438382  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3194  RNA methyltransferase TrmH, group 2  38.93 
 
 
153 aa  116  9.999999999999999e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00355106  hitchhiker  0.0000259155 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0211  RNA methyltransferase  40 
 
 
154 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000450191  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1648  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  38.16 
 
 
156 aa  116  9.999999999999999e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.158148  normal  0.993753 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2460  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.11 
 
 
155 aa  116  9.999999999999999e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000877061 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2090  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  39.33 
 
 
153 aa  116  9.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000512947 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0540  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  38.41 
 
 
156 aa  115  9.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.699614  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0990  RNA methyltransferase  40.79 
 
 
154 aa  116  9.999999999999999e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.411714  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67710  putative rRNA methylase  43.05 
 
 
153 aa  116  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000281538  normal  0.793348 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0990  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37.09 
 
 
172 aa  115  1.9999999999999998e-25  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002216  tRNA (cytosine34-2'-O-)-methyltransferase  38.82 
 
 
159 aa  115  1.9999999999999998e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5323  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  38.16 
 
 
151 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4881  RNA methyltransferase TrmH, group 2  37.5 
 
 
151 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0129  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  40.13 
 
 
157 aa  114  3e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.253397  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3736  RNA methyltransferase  39.07 
 
 
154 aa  114  3.9999999999999997e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.607715 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0026  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.05 
 
 
160 aa  114  3.9999999999999997e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3934  RNA methyltransferase  39.07 
 
 
154 aa  114  3.9999999999999997e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000097835  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0805  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  39.74 
 
 
168 aa  114  5e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.309509 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2417  hypothetical protein  38.26 
 
 
149 aa  114  6e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4247  RNA methyltransferase  39.07 
 
 
154 aa  114  6e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0108586  hitchhiker  0.00213899 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4609  TrmA family RNA methyltransferase  36.91 
 
 
153 aa  114  6e-25  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  hitchhiker  0.00112922  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1677  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  38.82 
 
 
161 aa  114  6e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.451539  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0152  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  36 
 
 
166 aa  113  6.9999999999999995e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.143728  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5861  putative rRNA methylase  40.79 
 
 
153 aa  113  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0279492  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2563  hypothetical protein  38.26 
 
 
149 aa  113  7.999999999999999e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0127  RNA methyltransferase  35.53 
 
 
164 aa  113  8.999999999999998e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00636988  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3498  RNA methyltransferase  38.93 
 
 
154 aa  113  1.0000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.584508  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>