More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1397 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_1397  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  100 
 
 		 149 aa  297  3e-80  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.806848  normal  0.241303 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1346  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  66.23 
 
 		 152 aa  187  5.999999999999999e-47  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.202952  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0365  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  58.28 
 
 		 160 aa  179  1e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0832169  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2241  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  60 
 
 		 175 aa  177  4e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.103501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2955  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  62.91 
 
 		 154 aa  170  5e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.649621  normal  0.353812 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3216  tRNA/rRNA methyltransferase  56.38 
 
 		 161 aa  164  4e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1544  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  55.78 
 
 		 153 aa  164  4e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.781625  normal  0.0718657 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1620  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  56.85 
 
 		 180 aa  163  9e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.236894  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6224  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  55.63 
 
 		 163 aa  162  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.839761  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0735  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  56.76 
 
 		 148 aa  160  4.0000000000000004e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.44981 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3047  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  54.42 
 
 		 153 aa  158  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.264748 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1203  tRNA/rRNA methyltransferase  53.02 
 
 		 151 aa  157  4e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0626663  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7081  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  55.33 
 
 		 154 aa  155  1e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0465261  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1546  RNA methyltransferase  54.11 
 
 		 159 aa  155  2e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1495  RNA methyltransferase  54.11 
 
 		 159 aa  155  2e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2783  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  56.76 
 
 		 153 aa  155  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.482099  normal  0.305951 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0645  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  54.05 
 
 		 149 aa  152  1e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.807504  normal  0.580297 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0153  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  53.02 
 
 		 179 aa  151  2e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.62412 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0666  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  52.7 
 
 		 149 aa  151  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.189394 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0678  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  50.68 
 
 		 149 aa  149  1e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.998737  normal  0.0166669 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1199  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  52.38 
 
 		 150 aa  147  5e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.565462  normal  0.954982 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1005  RNA methyltransferase  50 
 
 		 155 aa  147  5e-35  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2171  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  51.02 
 
 		 153 aa  146  1.0000000000000001e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0700  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  48.03 
 
 		 156 aa  145  2.0000000000000003e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.340787  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0923  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  54.36 
 
 		 162 aa  144  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2299  putative tRNA/rRNA methyltransferase  53.95 
 
 		 158 aa  144  5e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.727719 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4629  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  52.03 
 
 		 176 aa  141  3e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.998464  normal  0.0967353 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1301  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  50.34 
 
 		 150 aa  141  4e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.959449 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1383  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  52.38 
 
 		 151 aa  139  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.661134  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3854  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44.59 
 
 		 157 aa  125  2.0000000000000002e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2618  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  54.42 
 
 		 156 aa  122  2e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.106137  normal  0.848302 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0132  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.89 
 
 		 154 aa  121  3e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4038  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.92 
 
 		 154 aa  121  3e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3802  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  52.05 
 
 		 169 aa  120  5e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.123417 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0124  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.89 
 
 		 154 aa  120  9e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3242  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  54.05 
 
 		 156 aa  118  3e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16300  predicted rRNA methylase SpoU family  40.54 
 
 		 155 aa  114  6e-25  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.292915  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1880  RNA methyltransferase TrmH, group 2  42.07 
 
 		 155 aa  113  6.9999999999999995e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000892134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0540  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  41.33 
 
 		 156 aa  113  8.999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.699614  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3736  RNA methyltransferase  41.22 
 
 		 154 aa  112  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.607715 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3934  RNA methyltransferase  41.22 
 
 		 154 aa  112  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000097835  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3807  RNA methyltransferase  40.54 
 
 		 154 aa  111  3e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.509614  normal  0.994657 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0307  RNA methyltransferase  40.54 
 
 		 154 aa  111  3e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4175  RNA methyltransferase TrmH, group 2  40 
 
 		 156 aa  111  4.0000000000000004e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2736  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  39.86 
 
 		 155 aa  111  4.0000000000000004e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.372982  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4396  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  41.33 
 
 		 153 aa  110  5e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.198314  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4247  RNA methyltransferase  41.22 
 
 		 154 aa  110  5e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0108586  hitchhiker  0.00213899 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0452  RNA methyltransferase  40 
 
 		 156 aa  110  5e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1874  RNA methyltransferase TrmH, group 2  40.41 
 
 		 156 aa  110  8.000000000000001e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0616  RNA methyltransferase TrmH, group 2  40.54 
 
 		 154 aa  109  1.0000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_10001  SpoU family tRNA/rRNA methyltransferase  34.84 
 
 		 160 aa  109  1.0000000000000001e-23  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.437921  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4126  RNA methyltransferase  41.1 
 
 		 154 aa  109  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00837599  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4529  RNA methyltransferase  40.54 
 
 		 154 aa  108  2.0000000000000002e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0874  RNA methyltransferase  40 
 
 		 159 aa  108  2.0000000000000002e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.812063  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3498  RNA methyltransferase  39.86 
 
 		 154 aa  107  4.0000000000000004e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.584508  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0213  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  40.41 
 
 		 154 aa  107  5e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.653568  normal  0.505987 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2407  RNA methyltransferase CspR  39.73 
 
 		 154 aa  107  5e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2343  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  40.28 
 
 		 159 aa  107  5e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.2665  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2539  RNA methyltransferase  39.19 
 
 		 159 aa  107  6e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.438382  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09981  SpoU family tRNA/rRNA methyltransferase  34.84 
 
 		 160 aa  107  6e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.582415  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2563  hypothetical protein  35.62 
 
 		 149 aa  107  6e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2906  RNA methyltransferase  39.33 
 
 		 170 aa  107  6e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3280  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  41.22 
 
 		 157 aa  107  6e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2721  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.33 
 
 		 160 aa  107  7.000000000000001e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.647154 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2768  RNA methyltransferase  39.33 
 
 		 156 aa  107  7.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0211  RNA methyltransferase  40.41 
 
 		 154 aa  107  7.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000450191  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5052  RNA methyltransferase  39.19 
 
 		 157 aa  106  9.000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0599206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4925  RNA methyltransferase  39.19 
 
 		 153 aa  106  9.000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.61078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0337  RNA methyltransferase TrmH, group 2  39.46 
 
 		 151 aa  106  1e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.296895  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3946  RNA methyltransferase  39.73 
 
 		 153 aa  105  1e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0272  RNA methyltransferase  37.33 
 
 		 156 aa  106  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2417  hypothetical protein  35.42 
 
 		 149 aa  105  2e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5103  RNA methyltransferase  38.51 
 
 		 153 aa  105  2e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0264  RNA methyltransferase  37.16 
 
 		 154 aa  105  2e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000114775 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4242  RNA methyltransferase  37.84 
 
 		 154 aa  105  2e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.175929 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4881  RNA methyltransferase TrmH, group 2  38.51 
 
 		 151 aa  105  3e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2267  rRNA methylase  40 
 
 		 158 aa  105  3e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00105703  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0939  SpoU family tRNA/rRNA methyltransferase  33.33 
 
 		 160 aa  104  3e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.113139  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2862  RNA methyltransferase  38 
 
 		 156 aa  104  4e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.427649 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5323  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  38.51 
 
 		 151 aa  104  4e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3163  RNA methyltransferase  35.81 
 
 		 154 aa  104  4e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1670  RNA methyltransferase  38.51 
 
 		 165 aa  104  4e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3910  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37.33 
 
 		 158 aa  104  4e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6180  RNA methyltransferase TrmH, group 2  38 
 
 		 156 aa  104  5e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1241  RNA methyltransferase TrmH, group 2  36.67 
 
 		 183 aa  104  5e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00152  RNA methyltransferase  38.41 
 
 		 159 aa  103  8e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2182  RNA methyltransferase TrmH, group 2  37.67 
 
 		 154 aa  103  8e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00014694  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2885  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40.82 
 
 		 158 aa  103  9e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.938343  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3440  RNA methyltransferase TrmH, group 2  37.84 
 
 		 158 aa  103  1e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2799  hypothetical tRNA/rRNA methyltransferase  39.87 
 
 		 159 aa  102  2e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.100203  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0413  RNA methyltransferase  37.16 
 
 		 153 aa  102  2e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.85413 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1677  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  38.26 
 
 		 161 aa  102  2e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.451539  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4812  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  38.36 
 
 		 157 aa  102  2e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.799981  hitchhiker  0.00015333 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3301  RNA methyltransferase  37.67 
 
 		 154 aa  102  2e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0858286 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2845  RNA methyltransferase  37.33 
 
 		 156 aa  101  3e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0422  RNA methyltransferase  37.33 
 
 		 156 aa  101  3e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1418  RNA methyltransferase  37.33 
 
 		 156 aa  101  3e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4034  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  36.49 
 
 		 157 aa  101  3e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2851  RNA methyltransferase  37.33 
 
 		 172 aa  101  3e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0174  RNA methyltransferase  37.33 
 
 		 156 aa  101  3e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>