More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3242 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_3242  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  100 
 
 
156 aa  317  6e-86  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0923  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  83.78 
 
 
162 aa  258  2e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1199  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  76.87 
 
 
150 aa  245  2e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.565462  normal  0.954982 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2618  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  90.97 
 
 
156 aa  241  1.9999999999999999e-63  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.106137  normal  0.848302 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1301  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  74.83 
 
 
150 aa  239  1e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.959449 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1383  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  77.55 
 
 
151 aa  226  1e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.661134  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2299  putative tRNA/rRNA methyltransferase  74.17 
 
 
158 aa  212  1.9999999999999998e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.727719 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0153  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  67.57 
 
 
179 aa  207  6e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.62412 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0666  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  65.54 
 
 
149 aa  205  2e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.189394 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7081  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  69.59 
 
 
154 aa  204  3e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0465261  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0678  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  64.86 
 
 
149 aa  202  1e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.998737  normal  0.0166669 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0645  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  65.54 
 
 
149 aa  199  9.999999999999999e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.807504  normal  0.580297 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6224  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  67.57 
 
 
163 aa  199  9.999999999999999e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.839761  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3216  tRNA/rRNA methyltransferase  61.9 
 
 
161 aa  187  4e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4629  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  65.54 
 
 
176 aa  186  8e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.998464  normal  0.0967353 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2955  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  63.51 
 
 
154 aa  186  9e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.649621  normal  0.353812 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1544  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  60.54 
 
 
153 aa  186  1e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.781625  normal  0.0718657 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1620  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  58.22 
 
 
180 aa  186  1e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.236894  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2171  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  61.9 
 
 
153 aa  184  4e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1546  RNA methyltransferase  57.53 
 
 
159 aa  182  2.0000000000000003e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1495  RNA methyltransferase  57.53 
 
 
159 aa  182  2.0000000000000003e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2783  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  59.18 
 
 
153 aa  179  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.482099  normal  0.305951 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3802  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  65.75 
 
 
169 aa  178  2e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.123417 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3047  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  57.82 
 
 
153 aa  177  7e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.264748 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1005  RNA methyltransferase  55.41 
 
 
155 aa  166  1e-40  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1346  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  57.14 
 
 
152 aa  160  5.0000000000000005e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.202952  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0365  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  54.42 
 
 
160 aa  159  2e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0832169  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0735  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  53.38 
 
 
148 aa  157  4e-38  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.44981 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2241  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  54.05 
 
 
175 aa  154  3e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.103501  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1203  tRNA/rRNA methyltransferase  51.97 
 
 
151 aa  152  1e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0626663  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1874  RNA methyltransferase TrmH, group 2  48.05 
 
 
156 aa  146  1.0000000000000001e-34  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1397  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  54.05 
 
 
149 aa  141  3e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.806848  normal  0.241303 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0700  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  48.3 
 
 
156 aa  139  1.9999999999999998e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.340787  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0238  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.89 
 
 
153 aa  130  7.999999999999999e-30  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.460006  normal  0.0379576 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4609  TrmA family RNA methyltransferase  41.22 
 
 
153 aa  130  9e-30  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  hitchhiker  0.00112922  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1836  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.62 
 
 
152 aa  129  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.646648  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09981  SpoU family tRNA/rRNA methyltransferase  38.06 
 
 
160 aa  123  1e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.582415  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0272  RNA methyltransferase  40 
 
 
156 aa  122  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2332  RNA methyltransferase  42.18 
 
 
152 aa  122  2e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3194  RNA methyltransferase TrmH, group 2  40.54 
 
 
153 aa  121  4e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00355106  hitchhiker  0.0000259155 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2205  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  39.46 
 
 
152 aa  120  6e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2268  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  39.46 
 
 
152 aa  120  6e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00048141  hitchhiker  0.0001006 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_10001  SpoU family tRNA/rRNA methyltransferase  36.13 
 
 
160 aa  120  6e-27  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.437921  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3440  RNA methyltransferase TrmH, group 2  42.57 
 
 
158 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0265  RNA methyltransferase  41.89 
 
 
154 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.13438  normal  0.0255655 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3498  RNA methyltransferase  41.89 
 
 
154 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.584508  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2563  hypothetical protein  40.54 
 
 
149 aa  118  3e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0540  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  39.33 
 
 
156 aa  118  3e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.699614  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1308  rRNA methylase-like protein cspR  39.19 
 
 
153 aa  118  3e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1518  RNA methyltransferase  39.19 
 
 
153 aa  117  3.9999999999999996e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4242  RNA methyltransferase  42.31 
 
 
154 aa  117  7e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.175929 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4529  RNA methyltransferase  41.22 
 
 
154 aa  117  7.999999999999999e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0616  RNA methyltransferase TrmH, group 2  41.89 
 
 
154 aa  117  7.999999999999999e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1037  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37.24 
 
 
162 aa  116  9e-26  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67710  putative rRNA methylase  43.42 
 
 
153 aa  116  9e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000281538  normal  0.793348 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2417  hypothetical protein  40.41 
 
 
149 aa  116  9.999999999999999e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5861  putative rRNA methylase  42.86 
 
 
153 aa  116  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0279492  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5103  RNA methyltransferase  41.33 
 
 
153 aa  116  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1880  RNA methyltransferase TrmH, group 2  39.46 
 
 
155 aa  116  9.999999999999999e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000892134  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4247  RNA methyltransferase  41.33 
 
 
154 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0108586  hitchhiker  0.00213899 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3807  RNA methyltransferase  40.67 
 
 
154 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.509614  normal  0.994657 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0307  RNA methyltransferase  41.83 
 
 
154 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0213  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  41.78 
 
 
154 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.653568  normal  0.505987 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0211  RNA methyltransferase  41.78 
 
 
154 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000450191  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0874  RNA methyltransferase  40 
 
 
159 aa  115  1.9999999999999998e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.812063  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3736  RNA methyltransferase  40.67 
 
 
154 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.607715 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3934  RNA methyltransferase  40.67 
 
 
154 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000097835  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0124  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.33 
 
 
154 aa  115  3e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2090  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  39.6 
 
 
153 aa  115  3e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000512947 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4038  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.33 
 
 
154 aa  115  3e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4175  RNA methyltransferase TrmH, group 2  38.67 
 
 
156 aa  114  3.9999999999999997e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0413  RNA methyltransferase  41.33 
 
 
153 aa  114  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.85413 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0450  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40.54 
 
 
152 aa  114  5e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0939  SpoU family tRNA/rRNA methyltransferase  34.19 
 
 
160 aa  114  5e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.113139  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2721  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.72 
 
 
160 aa  114  5e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.647154 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5052  RNA methyltransferase  40.67 
 
 
157 aa  114  6e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0599206  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4925  RNA methyltransferase  40.67 
 
 
153 aa  114  6e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.61078  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1909  RNA methyltransferase  40.27 
 
 
156 aa  114  6e-25  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0507641  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0552  RNA methyltransferase  38.71 
 
 
157 aa  114  6e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.242542  normal  0.84663 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0127  RNA methyltransferase  37.5 
 
 
164 aa  114  6e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00636988  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4126  RNA methyltransferase  41.1 
 
 
154 aa  114  6e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00837599  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1943  RNA methyltransferase  40.27 
 
 
156 aa  114  6e-25  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.158878  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11010  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  37.84 
 
 
162 aa  114  6e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0271045  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1648  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  37.5 
 
 
156 aa  114  6e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.158148  normal  0.993753 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1391  RNA methyltransferase  38.93 
 
 
156 aa  114  6.9999999999999995e-25  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.444743  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04710  RNA methyltransferase TrmH, group 2  41.22 
 
 
153 aa  114  6.9999999999999995e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.187102  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09600  predicted rRNA methylase SpoU family  40.13 
 
 
159 aa  114  6.9999999999999995e-25  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.00000307354  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1004  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  39.19 
 
 
188 aa  114  6.9999999999999995e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2343  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  40.41 
 
 
159 aa  114  6.9999999999999995e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.2665  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1323  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44 
 
 
156 aa  114  6.9999999999999995e-25  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.431138  normal  0.429518 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0132  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40.67 
 
 
154 aa  114  6.9999999999999995e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2885  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.89 
 
 
158 aa  113  8.999999999999998e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.938343  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5323  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  40 
 
 
151 aa  113  8.999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0264  RNA methyltransferase  39.86 
 
 
154 aa  113  8.999999999999998e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000114775 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0099  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  40.67 
 
 
157 aa  113  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4034  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  40.67 
 
 
157 aa  113  1.0000000000000001e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4396  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  41.22 
 
 
153 aa  113  1.0000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.198314  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0432  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  43.62 
 
 
152 aa  113  1.0000000000000001e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.112018  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4110  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  40.67 
 
 
157 aa  112  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3943  putative tRNA/rRNA methyltransferase YibK  40.67 
 
 
157 aa  113  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>